snp

translatesAutoresizingMaskIntoConstraints

以前的label.frame.origin.y+label.frame.size.height+10如今只用：button.snp_makeConstraints{$0.top.equalTo(label.snp_bottom
Smallwolf_JS·2022-02-08 14:01

SNP位点注释

基本概念SNP：单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。
EwanH·2022-02-07 17:51

多组学联合分析-Matrix eQTL

ultrafasteQTLanalysisvialargematrixoperations（https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts163）eQTL（表达数量性状位点）计算transcript-SNP
Richard_Zhou·2022-02-07 08:55

关于SNP

://www.ebi.ac.uk/sites/ebi.ac.uk/files/content.ebi.ac.uk/materials/2014/140217_AgriOmics/dan_bolser_snp_calling.pdf
豆芽_tw·2022-02-07 02:25

Objective-C实现链式编程

MASConstraintMaker*make){make.width.height.equalTo(@50);make.center.equalTo(self.view);}];//SnapKitswiftbox.snp.makeConst
_小沫·2022-02-05 22:04

利用重测序数据Call SNP,并尝试构建遗传图谱

#构建refgenomeindexfilebwaindexgenome.fastagenomevimsam_file.sh#!/usr/bin/envbashforiin{s1,d1,fuben,muben}do#将重测序的cleandata回帖到参考基因组上bwamem-t28-M./data/genome.fasta./data/${i}_1.fq./data/${i}_2.fq>./${i}
IANMOONE·2022-02-05 03:51

bcftools根据样品拆分vcf文件

含有不同样本的变异位点的vcf文件image.png利用bcftools提取DB_sample.list中的样品的vcf文件bcftoolsview-SDB_sample.listsamples.gatk.con.snp
17号小行星·2022-01-25 15:23

GATK：HaplotypeCaller变异检测

本文是阅读一个做算法的文章，有些收获和想法，作为一种记录我们在使用gatkcallsnp的时候，常常使用HaplotypeCaller这个参数，这个参数的目的是检测出用来进行snp及小indel变异HaplotypeCaller
小潤澤·2022-01-24 00:53

VCF文件参数解读

VCF(variantcallformat)文件记录了所有样品基因组中所有位置变异（主要包括SNP和InDel）信息。
ytbao·2021-12-22 15:12

Swift 实现变量方法的前缀效果

Swift中也是，但是大部分第三方框架的前缀效果都像下面这种效果：view.snp.makeConstraintszhe//snp就是所谓的前缀这种前缀效果看着很高级、这也是swift的一大亮点，实现起来就是给
你duck不必呀·2021-11-12 10:03

3K水稻SNP数据集的简单利用

3010份亚洲稻群体重测序项目是由中国农业科学院作物科学研究所牵头，联合国际水稻研究所、华大基因等16家单位共同完成。该研究对来自89个国家的3,010份水稻品种进行了重测序研究（resequence），参考的是日本晴（Nipponbare）基因组。所有3,010个基因组的平均测序深度（averagesequencingdepth）为14×,平均基因组覆盖率（averagegenomecovera
Nuvolar·2021-10-10 22:23

基因组基本概念、名词

单体型（haplotype）单体型（haplotype）也称单倍型，位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点被称作单体型（haplotype）。
little_sandy·2021-09-20 19:56

SNP检测和进化分析（Snippy）

一.简介Snippy是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心SNP，进行比对构建进化树。
小飞虎·2021-09-17 17:55

snpQT-又一个人基因组SNP填充和GWAS流程

发现搜索引擎是个神奇的东西，偶然想起的关键词一搜索，获得的就是意想不到的结果，我以imputation+qc搜索，就找到了snpQT（发音SnipCute）这样一个神奇的工具/流程。这个流程的目的是让你的SNPcute，为处理人类基因变异提供了帮助：基因组版本转换（b37->b38或者反过来）样本质控人群分层填充前质控本地填充填充后质控GWAS使用自动化的nextflow流程，我们在Singula
zd200572·2021-09-06 21:45

基因流分析——D统计

因此，它们经常使用它研究SNP基因组层面的基因渗入。不完全谱系分选：基因树与物种谱系树或种群树不一致的现象。基因流？在群体遗传学上，基
EwanH·2021-09-06 11:16

【plink系列】第1篇-数据格式

因为最近群里有小伙伴问plink使用和数据处理的问题，鉴于plink在SNP数据的处理上发挥的作用那真不是一般大，小Q想着那就更新一个系列来讲解plink以及它在数据处理上的应用吧。
EvoPopGenQ·2021-09-03 23:21

重测序数据（简化基因组和非简化基因组）的Clean data 到snp-indel的vcf步骤

最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（cleandata到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是多个样品进行分析，最好是写循环语句，这里我仅举一个例子“sample1”作为样品进行脚本编写。############中国科学院植物研究所#################################孟庆霖###########2021-6-10参考基因组索引构建#第一步bwacd/d
93830eddc2a4·2021-08-30 10:41

RXSwift使用

touchUpInside).subscribe{(btn)inprint("按钮点击")}.disposed(by:bag)btn.backgroundColor=.redview.addSubview(btn)btn.snp.makeConstraints
Ciao丶·2021-08-26 13:08

iPhone 12mini 的白条 statusBarFrame.height 适配

49.0+34.0:49.0)collectionView.snp.makeConstraints{$0.top.equalToSup
开始就会被黏住·2021-06-25 01:40

使用SNPhylo构建群体系统发生树

SNPhylo是一个基于SNP数据构建群体系统发生树的流程工具，它能接受VCF,HapMap和简单SNP数据格式作为输入，经过一系列的过滤（低质量数据、连锁不平衡）得到用于构建系统发生树的输入数据，最后会自动调用
xuzhougeng·2021-06-21 17:30

snp数据构建NJtree（phylip软件）

参考链接SNP数据构建系统进化树-https://www.jianshu.com/p/57599b6a71e8https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856https://www.cnblogs.com
铃_0d92·2021-06-21 15:27

SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）

从理论上来看每一个SNP位点都可以有4种不同的变异形式,但实际上发生的只有两种，即转换和颠换,二者之比为2:1。
夸克光子·2021-06-16 10:57

我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚类分析流程

个人进行SNP分析用的软件是snippy，主要是可以一次批量完成。准备工作：1.待分析的序列文件（fastq/fasta)，可以先筛选掉冗余的序列文件。包含每个序列文件名、所在路径的txt文件。
大坏蛋HYB·2021-06-15 13:14

SNP数据构建系统进化树

总结下自己前面用snp构建系统进化树的方法吧。1.构建进化树的算法构建系统进化树的方法主要有以下几类：基于距离矩阵的方法:NJ（邻接法）MP（最大简约法）ML（最大似然法）以及贝叶斯法。
生信要进步·2021-06-14 15:47

2021-01-05重测序数据call SNP 流程

bwa+samtools+picardtools+GATKcallSNP流程如何利用重测序进行SNP分析？
夏大希·2021-06-13 07:42

SCAN | 查看基因的eQTL及SNP是哪些基因的eQTL

简介该数据库包含针对SNP（人类）的两类注释内容：基于位置关系，给出该SNP位于基因哪个区域（如intronic,intergeni,etc）。
fatlady·2021-06-13 02:57

系统发育（进化）树绘制小结

可以用类似SNPhylo的流程来处理，它支持VCF，HapMap和简单SNP数据格式作为输入。当你下载安装的时候，你会发现它用的也是PHY
bioin·2021-06-07 21:31

这几首小清新歌曲，轻松单曲循环无压力

1.snp《雨后的咖啡》雨后的咖啡图片发自App一首小清新的歌曲，让你随着轻快的旋律，心都变得干净了，轻盈透明的女声，把你带到一个自然无忧的境界。
星星乐园·2021-06-05 03:33

win10 安装db2 10.1 并使用DBserver连接db2数据库

https://pan.baidu.com/s/1pkQrz1AG5YxTk09nzIOGoQ提取码：twnqdb2驱动链接：https://pan.baidu.com/s/1WBX4h9s5QXHT5snP9kCkKA
心如猛虎细嗅蔷薇·2021-05-27 16:26

VCF文件格式说明

1.什么是VCFCVF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是CVF格式，和GATK的CVF格式有点差别。
晓佥·2021-05-20 13:43

群体遗传学习笔记-测序技术学习

通过全基因组重测序，将不同梯度插入片段（Insert-Size）的测序文库结合短序列（Short-Reads）、双末端（Paired-End），可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、拷贝数变异(CopyNumberVariation
lakeseafly·2021-05-18 09:59

常用GWAS统计方法和模型简介

GWAS中的H0是标记的回归系数为零,SNP对表型没有影响。备择假设(H1，也叫对立假设，AlternativeHypothesis):与原假
rapunzel0103·2021-05-17 02:57

2019-08-01 VCF格式的学习及对VCF文件的统计

VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和G
Koalaemu·2021-05-15 03:35

关于SNP的过滤（3）：如何从NGS生成高质量的SNP数据集？

背景知识随着高通量测序方法的出现，大量DNA序列可以应用于SNP的发现。这些数据中SNP的识别依赖于计算方法。它们取决于您是否对种系或体细胞突变感兴趣。
lakeseafly·2021-05-11 15:42

swift 代码块

snapkitmake.top.equalTo(nameLabel.snp.bottom).offset(14)快捷键：mmtbmake.right.equalTo(arrowView.snp.left
ngugg·2021-05-10 06:13

从vcf文件提取exon中的snp和Indel

首先制作bed格式的文件包含基因组全部的外显子区域坐标如下：#downloadgff3filewget-chttp://rice.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.gff3cmd:perl-alne'{pr
sober01·2021-05-07 05:53

VCF文件格式说明

1.VCF介绍CVF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是CVF格式，和GATK的CVF格式有点差别。
枫狂灬呆子·2021-05-03 14:04

如何对SNP设计引物: CAPS, dCAPS

最近一直在帮师姐根据SNP找基因组上的酶切多态位点，然后给她提供该位点附近1kb的序列，让她去设计引物。
xuzhougeng·2021-04-29 19:51

SnapKit

1097.html例子letredView=UIView()redView.backgroundColor=UIColor.redself.view.addSubview(redView)redView.snp.makeCo
工匠良辰·2021-04-29 05:56

freebayes软件准确性验证

介绍下freebayes软件FreeBayes是一种贝叶斯遗传变异检测器，设计用于发现小的多态性，特别是SNP（单核苷酸多态性），插入缺失（插入和缺失），MNP（多核苷酸多态性）和复杂事件（复合插入和替代事件
破冰前行·2021-04-25 02:46

科普笔记16 minor allele frequency 次等位基因频率

引用自NCBI的概念（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf）Globalminorallelefrequency
珜守約·2021-04-21 20:12

circos 学习手册（二十）

下面我们先以散点图为例，来简单说明绘制语法1.散点图我们使用的数据记录的是每100kb的SNP密度1.1默认设置每个都有默认的参数设置，在etc/tracks中定义了#etc/tracks/scatter.conf
名本无名·2021-04-21 08:35

GWAS显著性阈值设置

Bonferroni校正P值：0.05/n，n为SNP个数。Bonferroni校正P值是最严格的多重检验校正方法，假设每次检验为独立事件，因此除以n。
王胤yin·2021-04-20 15:23

R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子

做曼哈顿图的数据通常是以下这种格式image.png第一列是SNP对应的一个名字第二列是染色体编号第三列是SNP在染色体的位置第四列是特征对应的一个P值如果有多个特征依次往后排就可以了曼哈顿图可以理解成一个
小明的数据分析笔记本·2021-04-19 03:36

2019-11-18 VCF格式解析

来源：//www.jianshu.com/writer#/notebooks/38505831/notes/56543457VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文件，下面所记录的是以GATK软件结果的
_客舍青青_·2021-04-18 21:41

构建SNPs系统发育树

如果根据SNP或者Indel构建其系统进化树，可以展示群体中不同个体的相互关系，基因变异相似的往往会在同一个树的cluster中，一颗好的树可以给你一个群体大概的分类(你这个群体中有多少个cluster
小光amateur·2021-04-18 08:17

细菌全基因组测序数据构建SNP系统发育树

本次分析使用到的数据及数据处理流程参考文献“https://doi.org/10.1186/s13756-018-0352-y”。考虑到时间及存储有限，且此次分析的目的仅为跑pipeline，因此本次测试仅用了ERP020566中的小部分数据，见ERR.list。整个数据处理过程包括如下步骤：数据下载及转化：包括NCBI下载sra数据以及候选的参考基因组数据；数据预处理参考基因组选择callSNP
涤生生·2021-04-17 17:14

Science | 群体研究新思路：De novo + GWAS

前言GWAS，即全基因组关联分析（GenomeWideAssociationStudy），是指在全基因组范围内对多个个体（一般300个以上）的单核苷酸多态性（SNP）进行检测，并进而将基因型与表型性状进行群体水平的统计学分析
鹿明生物·2021-04-15 08:41

2020-09-13

大多数特征相关的SNP效应小，而且很多位于非编码区。许多SNP可能通过它们对表达水平和/或其他“组”性状的影响来影响复杂的性状。芝加哥大学的
Boowean·2021-04-15 02:11

R语言画棒棒糖图（lollipop）展示snp在基因上的位置

今天在一个微信群里看见有人问下面两幅图用R语言如何实现image.pngimage.png第一幅就是散点图两列数据x,y用来控制散点的位置，一列变量用来映射颜色，Frequency用来映射大小。这个实现起来相对比较容易。还有一列用来添加文字标签下面我们构造一份数据集用来画图df<-data.frame(pvalue=sample(seq(0,1,by=0.001),20,replace=F),Ef
小明的数据分析笔记本·2021-04-13 16:10
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