snp

直播课程《Mutmap数据分析实操》重现NBT经典分析内容！

前面我们介绍了MutMap的分析原理，今天我们组学大讲堂推出直播课程，手把手教大家如何从原始数据做MutMap分析，包括计算snp-index，关联
组学大讲堂·2023-04-08 10:25

GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)

GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline：SNP+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling
小贝学生信·2023-04-07 14:26

全转录组关联分析TWAS的原理与方法

Resther审稿：童蒙编辑：angelica什么是TWAS对GWAS（genome-wideassociationstudy,全基因组关联分析）大家应该比较熟悉，是分析遗传变异（genotype,如SNP
生信阿拉丁·2023-04-07 04:02

ISIS路由协议基础

2.LSP：链路状态信息单元，它包含了链路状态的更新，类似OSPF的LSU3.SNP：包含了两种，一种叫CSNP，一种叫PSNPCSNP：Completesequencenumberpacke
weixin_34043301·2023-04-06 04:57

生物信息数据质控详解（全基因组）第一辑

目标全基因组关联研究(GWAS)在鉴定单核苷酸多态性(SNP)和表型特征之间的关联方面变得越来越流行。GWAS方法通常应用于社会科学。但是，需要仔细进行统计分析，并且需要使用专用的遗传学软件。
超级宇航员·2023-04-05 04:09

2022-02-16

然而，目前的诊断方法，如RT-PCR（逆转录聚合酶链反应）、FISH（荧光原位杂交）、核型分析和SNP（单核苷酸多态性）阵列，往往无法检测基因融合。荷
图灵基因·2023-04-04 18:13

多文解读：多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）应用

1、SNP对表型的解释方差应用PRS，可以计算SNP对表型的遗传解释方差，这是目前文献的主流做法。如下截图，SNP对
橙子牛奶糖·2023-04-03 17:16

GWAS学习笔记（1）-何为GWAS

寻找SNP，找出基因型和表型之间有无任何关联。如何找呢，就是在全基因组范围内检测后，找到与
Akuooo·2023-04-03 02:13

GWAS - plink提取染色体位置范围内的SNP位点

一、首先学会打开文件写给像我一样的小白，如果你手头有bim、fam等文件，怎么查看呢？双击是不行的！！！！首先打开terminal，cd到文件所在的目录，然后使用vim命令：cd/User/Downloads/sge_genedatavixxxxx.bim其中，文件位路径只需要直接选中文件夹，并且拖到terminal中就可以了！！二、plink命令与文件格式：–bfile、--file和--tfi
SnowPye·2023-04-02 20:28

SNP Calling

以GATK流程为例，简单来说，SNPCalling主要包括以下几步：1.给参考基因组建立索引：samtoolsfaidx、bwaindex,gatkCreateSequenceDictionary2.比对到参考基因组，生成SAM文件：bwamem3.排序并生成BAM文件，并对BAM文件进行PCR重复标记（这一步生成MarkDup.bam）：samtoolssort、gatkMarkDuplicat
杨亮_SAAS·2023-03-31 15:38

每周文献 2022-01-05

文章题目：Asingle-nucleotidemutationwithintheTBX3enhancerincreasedbodysizeinChinesehorses（TBX3增强子内的SNP增加了我国家马的体型
杨博士聊生信·2023-03-31 13:10

HTS Notes

##HISATIndexsgenome:HFMindexforreferencegenome_snp:HierarchicalGraphFMindex(HGFM)indexforreferenceplusSNPsgenome_tran
浩瀚之宇·2023-03-29 08:53

遗传多样性软件 CLUMPAK 使用说明

structure官网发现这个软件，好像是整合了clumpp与distruct的功能，网页版CLUMPAK有两种格式input，除了structure还有admicture，这个运行速度快，好像只使用snp
EZ·2023-03-28 08:12

GWAS分析-说人话（1）什么是GWAS，都分析啥？

全基因组关联分析（Genome-wideassociationstudy）是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异，即单核苷酸多态性（SNP），从中筛选出与疾病相关的SNPs。维基百科链接：全基因组
医学小蛋散·2023-03-28 03:06

【R画图学习13.3】散点图---曼哈顿图

曼哈顿图，我自己最常用于的场景就是GWAS分析之后，常使用它展示基因组中与某种表型显著相关的SNP位点或基因型信息。
jjjscuedu·2023-03-26 15:21

化妆桌上随手可见的平价好物

1、SNP燕窝补水面膜刚刚洗完脸用的就是这款面膜，因为自己是干性皮肤，这款面膜的主要功效就是深层
柒拾柒·2023-03-26 08:08

Short Read Aligners

当检查SNP或者结构差异时更适合使用alignment，而当处理RNA-seq时只需要mapping把reads放到正确
pearlp·2023-03-25 20:16

基因检测到底有啥用

基因检测，取被检测者的血液、口腔粘膜细胞，经提取和扩增其基因信息后，通过基因芯片技术或超高通量SNP分型技术，对被检测者细胞中的DNA分子的基因信息进行检测，分析他所含有的各种疾病易感基因的情况，从而使人们能及时了解自己的基因信息
恩本健康9167·2023-03-25 15:54

第二章 创建并管理一个生信项目

第二章笔记本章目的：帮助读者了解实现生物信息学项目的可重复性和鲁棒性所需要的准备工作和持续性文档记录的习惯项目的目录结构命名原则起个简洁又清楚的名字（文件夹名&文件名）例子：研究关于ZeaMays的SNP
6102·2023-03-24 11:40

GEO数据挖掘基本流程与代码

数据探索（分组之间是否有差异，PCA、整个数据的热图）4.limma差异分析及可视化（P值、logFC，火山图、差异基因的热图）5.富集分析KEGG、GO注意：该标准流程只适用于表达芯片分析，甲基化、SNP
嗷呜嗷呜www·2023-03-24 06:18

连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSC

SNPj的LDscore可以被定义为该SNP与一定范围内其他SNP的r2之和。LDscore衡量了该SNP标记的遗传变异性的大小。为什么要做LDscoreregression？
可能性之兽·2023-03-24 02:01

GWAS 数据格式说明

其变量构成：名称描述rs#SNP的标识符alleles基于NCBI数据库的SNP等位基因chromSNP所在的染色体posSNP在染色体上的位置strand相对于参考序列
陈光辉_花生所·2023-03-23 16:33

在线snp imputation网站知多少（三个中国人参考）

最近又搜索了下SNPimputation，发现随着中国人多个万人基因组项目的完成，我们自己的参考也已经建立，但是一般只局限在课题组内部，不公开，只提供了在线填充服务。不过，这也是极好的，如果样本不多可以考虑用一下，暂时发现有3个，基本上都类似于MichiganImputationServer的模式。1、ChinaMap项目(http://www.mbiobank.com/)参考是ChinaMAP.
zd200572·2023-03-21 18:20

Swift-渐变色圆环进度条

overridefuncviewDidLoad(){super.viewDidLoad()self.view.addSubview(self.progressView)self.progressView.snp.makeConstraints
我是一个大胖墩·2023-03-21 15:19

snp数据PCA分析

1.质控和LD过滤1.1质控:删除信息缺失严重的个体和位点plink2--vcfzy_bsz-bi.vcf--mind0.10--maf0.05--geno0.05--hwe0.0001\--outzy_bsz_fi--recodevcf-iid\--allow-extra-chr--set-missing-var-ids@:#\--keep-allele-order--mind0.10去除基因型
铃_0d92·2023-03-21 11:24

动态下划线和字体动态缩放

lineAdd:UIView,lineColor:UIColor){baseView.addSubview(lineAdd)lineAdd.backgroundColor=lineColorlineAdd.snp.makeConstraints
CimonsLee·2023-03-21 08:52

bedtools 批量提取snp前后1000bp片段

准备条件1知晓snp位置，位于第x条染色体上12345678bp2生成.txt文件，文件格式如下txt文件格式第一列表示snp染色体位置第二列表示snp前500bp位置第三列表示snp后500bp位置要使用
奔跑的Forrest·2023-03-21 03:30

1.Swift自动布局SnapKit的详细使用介绍

view3.snp_makeConstraints{(make)in//横向坐标等于view1make.centerX.equalTo(view1)//纵向坐标等于view1(横和纵都相等就等于对view1
上下求索zsh·2023-03-20 21:59

BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做？

又是一周打工人的开局，小编又来啦，来兑现上一专题说的BSA定位后的缩小候选区间&相关实验内容整理哟~缩小候选区间的方法总结如下：☑与遗传图谱结果相结合，基于表型数据，进行QTL定位，与BSA结果相结合；☑开发SNP
felix108·2023-03-20 15:28

SyRI：一款从组装的基因组中检测结构变异的实用软件

SyRI可识别共线性区域，结构重排（倒置，易位和重复），局部变异（SNP，indels，CNV等）以及未比对上的区域。SyRI使用一种空前的方法，它从识别最长的共线性区域开始。由于所有非共
生信师姐·2023-03-20 13:31

rehh包的使用

Rehh包的使用一、数据的输入数据的输入格式有5种1.标准单倍型格式，参考文件bta12_cgu.hap,使用less-S命令查看image.png其中每行代表一个单倍型，每个单倍型有1424个SNP,
宗肃書·2023-03-20 08:16

RAD测序鉴定鹅产蛋相关SNP标记

文章来源：IdentificationofLaying-RelatedSNPMarkersinGeeseUsingRADSequencing阅读者：樊云鹏摘要产蛋性能是鹅生产的一个重要经济性状。由于产蛋性能的遗传力较低，因此制定一种标记辅助选择(MAS)策略具有重要意义。确定与目标性状相关的序列变异是量化MAS的前提，但目前对鹅基因组的研究较少，这严重阻碍了鹅产蛋性状遗传标记的识别。最近开发的限制
虾里巴人·2023-03-20 07:36

三代测序技术大显身手之动植物SV研究

过去由于SNP只涉及到单个碱基的变异，容易检出，一直是基因组变异研究的热点，但其实结构变异（SV）亦是动植物性状多样性的重要原因。利用三代测序技术进行动植物结构变异检测
贝瑞科服·2023-03-18 13:42

A resource of variant effect predictions of single nucleotide variants in model organisms

该文章的亮点主要在于从分子机制层面解析SNV，在人类疾病相关的SNP研究中，早在2012年就有相关的对SNP进行注释的工作（以RegulomeDB为代表），那时还只是
Zhai1994·2023-03-17 10:48

Swift扩展方法（Kingfisher）

swift写第三方扩展(OC中的分类)时，可能会直接就往扩展里面写方法，简单又方便，然而当我们看一些常用你的三方（例如：Kingfisher、SnapKit）等，都会用一个简单的参数引出（例如：kf、snp
文刂Rn·2023-03-17 07:24

【基因组学工具】变异注释SnpEff

写在前面在进行基因组学研究中，总避免不了对一些SNP和Indel进行分析，如何去注释它们的，就需要用到SnpEff，SnpEff是一个变异注释和预测变异影响(氨基酸和核酸改变)的工具。
巩翔宇Ibrahimovic·2023-03-16 16:03

三代变异检测操作说明-DeepVariant

：Charon审稿：童蒙编辑：amethyst众所周知，三代测序的单碱基测序错误率远远高于二代测序，PB的单碱基错误率有10-15%，而ONT也有5-20%[1]，那么如此高的错误率是不是就一定不能做SNP
生信阿拉丁·2023-03-15 19:12

SNP功能注释网站合集

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。
橙子牛奶糖·2023-03-14 04:32

2018-09-26

用核酸序列画树也是基于SNP和Inde
JoJomjchen·2023-03-13 09:52

RNA-seq

检测范围：mRNA表达量；mRNA的可变剪接；融合基因；SNP测序方法建库（illumina公司的TruseqRNA建库）正常抽提到的总RNA有95%是rRNA，只有2-3%是mRNA。
没有眼镜·2023-03-13 06:22

遗传多样性参数计算

1使用vcftool计算pi值输入文件：SNP_qc0818.vcf,未LD过滤，若文件较大则过滤更好工作路径：/home2/yl/abi/Gorilla/fq_data/2021/PI/每个物种目录整理为一个文件夹
铃_0d92·2023-03-11 01:16

NCBI Gene数据库中检索基因结构

变异包含很多种：单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失突变（INDEL）、拷贝数变异（CNV）以及结构变异（SV）等。
weixinsuoxian·2023-03-10 14:11

lncRNA高分机制思路-2：SNP调控lncRNA机制讨论

在lncRNA机制研究里，有一小众人群在做SNP调控lncRNA表达，或功能改变的机制研究，不少CNS文章。SNP是突变位点，已报道许多重要的SNP与疾病密切关联。
纪伟讲测序·2023-03-09 13:55

HIBAG——对SNP芯片数据进行HLA imputation

HIBAG是用于使用SNP数据估算HLA类型的软件包，该软件包配套根据现有数据库估算的参数，因此只需要输入自己的芯片数据，无需访问大型数据库，即可得到HLAimputation信息。
亚里亚的塔·2023-03-09 10:07

BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做？

又是一周打工人的开局，小编又来啦，来兑现上一专题说的BSA定位后的缩小候选区间&相关实验内容整理哟~缩小候选区间的方法总结如下：☑与遗传图谱结果相结合，基于表型数据，进行QTL定位，与BSA结果相结合；☑开发SNP
felix108·2023-03-08 23:47

SNP数据的AMOVA分析 和 Mantel分析

一AMOVA分析1将VCF转换为arp格式，定义populationPGDspider软件vcftoarp.png2导入Alrequin并定义groupArlequin_set_group.png3starting开始运算结果见XX.res里的XX.xml文件。二**Mantel分析**1计算地理距离：方法a：利用GenALExv.6.503将经纬度转换为地理距离Mantel.png方法b：#根据
铃_0d92·2023-02-19 04:01

甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型（ewastools工具）

介绍一下如何使用ewastools推测甲基化数据的SNP基因型下载、安装ewastools以下例子是ewastools的安装，其他的包比如magrittr、svd等,电脑没装的话，也需要一一装上去。
橙子牛奶糖·2023-02-17 18:46

Swift5 snapKit用法实践

snapKit常规用法snaptKit是masonry的swift版本，布局方便，然后我们来看看在项目中都有哪些用处吧~例子1：创建一个aview，距父view左边、上边100，右边50，高100aView.snp.makeConstraints
小奉不在乎·2023-02-06 19:28

swift UITextView 随着输入文字高度，自适应高度

使用SnapKit布局1.背景view(introBg)高度不设置introBg.snp.makeConstraints{makeinmake.left.right.equalToSuperview()
溪小希·2023-02-04 13:40

新版TCGA不同癌种数据合并

文章目录加载数据和R包合并数据提取信息合并miRNA合并CNV合并SNP加载数据和R包数据都是之前下载好的，可以参考之前的推文：我们直
医学和生信笔记·2023-02-03 20:58
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