snp

1+1>2，GWAS+转录组联合分析，你一定要知道！

大量研究表明GWAS发现的SNP往往能影响附近基因的表达量，并最终造
诺禾致源·2021-04-13 12:31

Holman2017 一个SNP亲子鉴定的流程

HolmanLE,GarciadelaserranaD,OnoufriouA,etal.2017.AworkflowusedtodesignlowdensitySNPpanelsforparentageassignmentandtraceabilityinaquaculturespeciesanditsvalidationinAtlanticsalmon.Aquaculture476(June):
董八七·2021-03-12 02:16

韩妆代理价格

【代理价格】可莱丝进价105卖150SNP燕窝面膜进价105卖130-150SNP黑珍珠面膜进价105卖130-150韩国贵妇眼膜进价80卖90-120芭妮兰卸妆膏进价106卖126丽得资进价100卖130
你看到的我是蓝色的·2021-03-11 21:30

GATK4流程学习之RNA-Seq variant calling(SNP+INDEL)

GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline：SNP+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling
小贝学生信·2021-02-24 10:43

GATK4流程学习之背景知识与前期准备

GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline：SNP+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling
小贝学生信·2021-02-24 10:22

【plink系列】第2篇-如何修改plink里的样本信息

第1篇-数据格式：https://www.jianshu.com/p/ebaa8311b318首先我们假设数据是这个样子的，2个样本，2个SNP，这里采用ped&mapplink.ped&plink.mapped
EvoPopGenQ·2021-01-27 10:17

如何对细菌基因组做SNP calling

本方法主要参考https://www.jianshu.com/p/e305f6824707bwa-mem2mem-t4-MPAO1.fastafqdata/WT-LCG7144_combined_R1.fastq.gzfqdata/WT-LCG7144_combined_R2.fastq.gz-oalign_bam/WT.samsamtoolsview-S-balign_bam//WT.sam-o
Jung_He·2021-01-18 18:20

【临检杂谈】---遗传咨询常用数据库盘点（建议收藏）

单基因遗传病集中在单碱基位点分析的数据库一、频率数据库（目的：排除良性SNP位点）dbSNP数据库常用的频率数据库，dbSNP包含人类单核苷酸变异、微卫星、小片段插入和缺失、出版物、种群频率、分子检测结果
卡布达b1·2021-01-18 17:21

变异信息提取（call SNP pipeline）1(old version)

在此记录一下从重测序的fastq文件提取SNP，过滤VCF的一系列流程。之前的做法还是一步一步慢慢来，但涉及到更多的个体数据就很麻烦，因此写了一个小小的sh脚本，也算是节约时间吧。
Morriyaty·2021-01-13 19:21

SNP过滤时常用参数的解析（群体遗传）

关于为何要进行SNP的过滤：第一，低质量和无信息的SNP会影响后续群体结构或GWAS的分析结果，甚至影响后续对生物学问题的解释；第二，群体研究时，由于测序的个体较多检测出来的变异位点经常会数以千万计，进一步过滤会减少后续分析时
bettermaan·2021-01-05 10:57

2021-01-02根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果

转载自：https://www.cnblogs.com/triple-y/p/10331449.html收集vcftools所有用法命令vcftools--vcfsnp.bialles.vcf--SNPdensity100000--outStatResults/SNPdensity100000是指定窗口长度--out是输出文件的前缀使用R语言中的circlize包画图参考用circlize包绘制c
麦冬花儿·2021-01-04 16:43

ANNOVAR结果说明-SNP/INDEL

一结果文件说明1VCF(VariantCallFormat)是储存Variation结果的文件格式该文件的#列为文件的详细解读信息2*.hg19_multianno.xls是在VCF的基础上，用ANNOVAR注释，并增加OMIM、GO、KEGG等数据库功能注释信息。二结果文件（*.hg19_multianno.xls）按照功能区域注释基因及区域注释变异位点所处的基因（对应的氨基酸）可能直接与疾病相
九月_1012·2020-12-25 13:26

Structrue分析

安装软件admixtrue文件snp##不能有multiallelbcftoolsview-M2-vsnpsSNP.filtered.vcf>zy-bi.vcf##挑选每个基因上的一个位点，需要不连锁perlrandSnps.plzy_un.vcf
铃_0d92·2020-11-26 18:59

检测选择信号/位点

LEA软件包(LFMM模型)和PCADAPT软件如何检测选择信号总体的思想就是通过这几款软件、不同的算法计算出每一个位点的z-score，然后对z-score进行整合、筛选位点FST的计算方法##对每一个SNP
杨康chin·2020-11-24 16:12

iOS 的 snapKit 布局简单技巧，leading = centerX

one.snp.makeConstraints{(m)inm.centerX.equalTo(view.snp.centerX).multipliedBy(0.5)m.centerY.equalToSuperview
black_pearl·2020-11-23 22:04

GWAS基本概念

文章来自：Conceptsandrelevanceofgenome-wideassociationstudies我觉得读完这篇文章需要认识SNP,Haplotype,alleles,LD这些基本概念。
M78_a·2020-10-21 10:24

12月份月计划（改）--全外显子测序分析方法构建

参考流程：生信技能树(全）WES（全外显子测序）分析流程WES流程文件解读1http://userweb.eng.gla.ac.uk/cosmika.goswami/snp_calling/SNPCalling.htmlxxx
一只烟酒僧·2020-10-16 17:16

如何构建SNPs-based phylogenetic tree

如果根据SNP或者Indel构建其系统进化树，可以展示群体中不同个体的相互关系，基因变异相似的往往会在同一个树的cluster中，一颗好的树可以给你一个群体大概的分类(你这个群体中有多少个cluster
lakeseafly·2020-10-11 04:29

vcf文件说明

1.什么是VCFCVF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。
生信师姐·2020-10-08 19:52

商品列表

/img/a.jpg",text:"SNP燕窝水库补水面膜贴10片/盒（男士女士通用护肤化妆品）",nowPrice:109,delPrice:299,percent:0.35},{id:1002,src
N_ora·2020-09-16 06:20

UIView+PlaceholderView介绍

，SnapKit的snp.有效避免项目中命名冲突3、采用extension方式实现，实现代码解耦总结了一下，
一个爱解剖程序的人·2020-09-16 02:02

小胖说swift02--------Swift如何使用Masonry和SnapKit

SnapKit：v.snp_makeConstraints{(make)in由于Swift和oc语法不一样equalTo(self.view)是传入参数make.top.equalTo(self.view
郝高明·2020-09-13 05:43

「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释

文章我们用于实战的数据集来自于2019年发表于NG的西瓜文章，它提供了GATK过滤后的SNP数据集用于分析，并且附录提供了完整的样本信息。
徐洲更hoptop·2020-09-13 03:28

iOS UIscrollView上添加View，设置约束不显示解决办法

privatefunccreatUI(){contentView.addSubview(scrollView)scrollView.snp.makeConstraint
Z_oneday·2020-09-12 16:21

s2p标准格式

目录s2p文件的格式dB和角度线性幅度和角度虚部和实部举例：s2p文件导入后报错以及修改从snp文件看数据是否校准射频电路的仿真与测量都会用到snp文件，比如网络分析仪的测量结果存储会存成snp文件，该文件可以导入到仿真软件中
潇洒的电磁波·2020-09-12 13:01

SNP 命名总结

关于snp位点的命名其实并不统一，大家在文献中一般用的都是习惯或者说惯用名称。
arnoyshell·2020-09-12 05:51

GWAS | 原理和流程 | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot |...

先从直觉上理解一下GWAS的原理：核心就是SNP与表型的关联，对于每一个genome位点，如果某个SNP总是与某疾病同时出现，那我们就可以推测这个SNP极有可能会导致这个疾病。
weixin_30497527·2020-09-11 20:01

常见的监控方案

:Cactiicacti是基于孔AMP平台展现的网络流量监测及分析工具，通过sNP技术或自定义脚本从目标设备/主机获取监控指标信息;其次进行数据存诸，调用模板将数据存到数想库，使用rrdtool存储和更新数据
程序员面试吧·2020-09-10 11:41

Fst的计算原理与实战

它往往从基因的多样性来估计，比如SNP或者microsatellites(串联重复序列一种，长度小于等于10bp)。是一种以哈温平衡为前提的种群遗传学统计
hs6605015·2020-08-28 22:34

「博客翻译」SNP过滤教程（一）

次等位基因频率和基因型总深度(genotypecalldepth)去过滤VCF文件学习使用vcflib过滤FreeBayes分析RAD数据后得到VCF文件根据群体内HWE过滤VCF学习将VCF文件分开输出为SNP
徐洲更hoptop·2020-08-26 23:36

Lnc2Catlas:肿瘤相关的lncRNA数据库

lnc2Catlas是一个肿瘤相关的lncRNA数据库，网址如下https://lnc2catlas.bioinfotech.org/home/通过以下三种计算方式来分析肿瘤相关的lncRNA通过RNAsnp预测SNP
生信修炼手册·2020-08-26 14:49

GATK Best Practices — step2 胚系突变 SNP/INDEL（Germline SNPs + Indels）

一、胚系突变SNP/INDEL（GermlineSNPs+Indels）的介绍胚系突变又叫生殖细胞突变，是来源于精子或卵子这些生殖细胞的突变，因此通常身上所有细胞都带有突变。
小灰灰不会飞那又怎样·2020-08-24 21:36

协方差分析 | ANCOVA (Analysis of Covariance) | R代码

standardize协方差分析最经典的一个例子就是GWAS中移除SNP中的人种因素。
weixin_30781631·2020-08-23 04:15

bcftools进行SNP calling

欢迎关注"生信修炼手册"！bcftools也可以进行SNPcalling。在之前的版本中，通常都是和samtools的mpileup命令结合使用,命令如下samtoolsmpileup-ufref.faaln.bam|bcftoolsview-bvcg->var.raw.bcf由于samtools和bcftools更新得都很快，只要有一个版本不对，采用上面的pipeline就会报错。为了减少版本不
生信修炼手册·2020-08-22 22:32

SnapKit自动布局(二)

snp_updateConstraints效果图如下。ShowYourCodevarbutton:UIButton!
dowhilenet·2020-08-22 09:40

变异检测与其相应的工具的选择

常见的基因组变异一般可以归为如下几类：变异种类中文意思简单定义SNP中等文单核苷酸多态性一个碱基的变化INDEL插入或
lakeseafly·2020-08-22 04:49

GEO TCGA公共数据挖掘培训

TCGA数据库包含11,000个病人的33种肿瘤的7个不同层面的基因数据(包括基因表达、CNV，SNP，DNA甲基化，miRNA，外显子组等)和临床数据，意在解析癌症发生的分子机制、肿瘤的亚型和治疗靶点等
生信宝典·2020-08-21 01:38

Bioinfomatics dataset

.1000genomes.org/Datacollectionandacatalogofhumanvariation###dbSNPhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP
weixin_30709809·2020-08-20 12:21

2019.02.20，日精进第174天

1.比学习：学习了snp落地实操。懂得了：心情是形容出来的，所以改变形容词就能改变自己的心情。自己制造的悲哀叫自悲。潜意识不分对错真假，只要你不断重复，就会成为事实。
所以努力·2020-08-20 00:21

科普笔记12：Genome Re-sequencing 基因组重测序

全基因组重测序的个体，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel，Insertion/Deletion）、结构变异位点（SV，StructureVariation
珜守約·2020-08-19 18:08

2017-08-30

SNP燕窝补水面膜韩系面膜用了不少、主要诉求还是补水。这款面膜纸薄厚适中、贴合度好。精华液的量也比较合适、敷着不会觉得闷。敷完以后按摩一下精华就吸收了、会有一点点黏还是要稍微洗一下。
捏捏呛·2020-08-19 00:04

外显子测序简介

外显子测序主用用来分析基因组上的变异位点，包括SNP和INDEL。外显子区域占整个人类基因组1%的比例，但是却包含了85%左右的已知疾病变异。
生信修炼手册·2020-08-18 23:24

swift3 UILabel部分字体变颜色，修改行间距

make.left.equalToSuperview().offset(15)make.right.equalToSuperview().offset(-15)//不能少的一句upLeftLabel.snp.makeConstraints
20120623·2020-08-18 05:03

利用Crontab实现对Oracle数据库的定时备份

在第一种方法中需要数据库启动后台进程SNP，并且需在Oracle的初始化文件中加入任务队列的启动参数，而第二种方法不需对
bjbs_270·2020-08-17 10:29

群体遗传 | NGS结构变异检测原理

随着测序成本越来越低，测序技术越发先进，除了研究单核苷酸多态性(SNP)。研究者们开始慢慢将目光转向了结构变异(SV)。
生信师姐·2020-08-16 15:56

常见的监控方案

:Cactiicacti是基于孔AMP平台展现的网络流量监测及分析工具，通过sNP技术或自定义脚本从目标设备/主机获取监控指标信息;其次进行数据存诸，调用模板将数据存到数想库，使用rrdtool存储和更新数据
马哥教育·2020-08-13 14:00

群体遗传学统计指标——群体间分歧度检验（Fst）

它往往从基因的多样性来估计，比如SNP。是一种以哈温平衡为前提的种群遗传学统计方法。在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种，较为常见的就是
EwanH·2020-08-11 11:48

多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools

这种文件很难对同组不同样本进行差异SNP分析，此处就需要对文件进行合并。
xiaoji_hb·2020-08-11 11:33

How to Understand Transportation Lane Configuration in SAP SNP

HowtoUnderstandTransportationLaneConfigurationinSAPSNPClickLinktoJumptoSectionExecutiveSummaryIntroduction:HowTransporationLanesareSetupinAPOWhatisaTransporationLane?DimensionsoftheTransportationLaneT
喜欢打酱油的老鸟·2020-08-10 08:22

娱乐版HLA分型网页升级了

之前做了一个简单的网页，使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据，当然准确性不咋的，也就玩玩，上线后为大约100+人提供了服务，这是伯值得骄傲的事，因为第一次能为大家提供服务。
zd200572·2020-08-08 01:43
上一页 4 5 6 7 8 9 10 11 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他