- Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确
xiaolan39
MD前端编辑器html
g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能总是不准确@TOC在做的两个项目中,利用g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能结果非常不可靠,底物带两个硫酸根离子,g_mmpbsa在计算带电的底物与酶的结合能时总是不准确,因此后续若底物带电,可能不适合用g_mmpbsa计算。欢迎使用Markdown编辑器你好!这是你第一次使用Markdown编辑器所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown
- g_mmpbsa:Gromacs 插件,计算MM/PBSA
CocoCream
GROMACSpythonGromacs
ContentsInstallationTutorial1:BindingEnergyofSingleProtein-InhibitorComplexThreestepscalculationOnestepcalculationAverageBindingEnergyCalculationTutorial2:EnergyContributionofResiduestoBindingUsageg_m
- 2022-02-10amber,mmpbsa
DoubleT_2aac
ante-MMPBSA.py-pbox.prmtop-ccom.prmtop-s":WAT,Cl-"--radii=mbondi2ante-MMPBSA.py-pbox.prmtop-crec.prmtop-s":WAT,Cl-,475"--radii=mbondi2ante-MMPBSA.py-pbox.prmtop-clig.prmtop-s":WAT,cl-,1-474"--radii=mb
- Gromacs&g_mmpbsa安装教程
yangbobor
生物信息生物信息
环境:linuxCentOS7.3安装均为单机版本,默认安装,且使用二进制文件。1、下载安装cmake-3.14.1不好使用yum直接安装cmake因为yum下载的cmake版本过低,不适用于gromacs的编译cmake官网下载安装包https://cmake.org/download/#wgethttps://github.com/Kitware/CMake/releases/download
- Gromacs g_mmpbsa结合能分析
xiaolan39
MD
利用g_mmpbsa计算时的命令:这里有一步法,也有三步法三步法的命令:a:计算真空中的势能g_mmpbsa-fmd_0_100_center.xtc-smd_0_100.tpr-nindex.ndx-pdie2-decomp产生两个文件energy_MM.xvgandcontrib_MM.datb:计算极性溶剂化能g_mmpbsa-fmd_0_100_center.xtc-smd_0_100.t
- gmx一定要在linux下运行么,gmx_mmpbsa使用说明
小野校长
简介gmx_mmpbsa用于计算GROMACS轨迹的MMPBSA结合能,并进行能量分解.计算时,MM部分由脚本自行完成,PBSA部分借助APBS程序完成.因此,在使用gmx_mmpbsa前,必需安装好GROMACS和APBS程序.如果你已经需要使用这个脚本了,那说明你已经得到了GROMACS的轨迹,GROMACS自然是已经安装好了的.而APBS的安装也很简单,官方网站提供了二进制版本,Linux和
- MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析
贺俊宏
分子动力学mmgbsa分子动力学CADD
MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介2.输入文件准备2.1拓扑文件处理2.2mmpbsa.in的编译3.运行程序4.绘图1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介在运行完MD之后,毫无疑问需要对其进行分析.其中结合自由能计算就是必不可少的一部分:配体和受体的游离态到结合态之间存在一个能量差,用这个能量差可以衡量两者结合的亲密度.下图是结合MMGBS
- 利用利用MMPBSA计算多聚体的结合自由能
rogerzhanglijie
分子动力学
最近这几天一直在进行自由能的计算,期间遇到了各种错误,整了一周的时间,这周二终于在无意中找到了解决问题的方法。因为MMPBSA一般是用已经跑出来的轨迹进行自由能的计算,因此在计算过程中一定要注意对输入文件的处理,否则输入文件的一个小小的差错就有可能导致运行过程中出现各种错误,我计算的过程中基本上遇到了各种错误。现在列举如下,希望看到这篇文章的人在处理多聚体的时候能够少走一些弯路。错误列表:错误列表
- 【分子动力学模拟】centos7使用gmx_MMPBSA时使用gmx_MMPBSA_ana时无法调用pyqt5
meta_Yuren
软件问题功能测试
这是由于centos7的库太老了,建议使用conda安装,我们可以调用conda的库exportLD_LIBRARY_PATH="/home/user/miniconda/envs/gmxMMPBSA/lib"将上面的环境变量添加进入~/.bashrc,source后基本可以解决问题
- gmx_MMPBSA--计算蛋白-配体自由能及能量分解
A Dluter
动力学模拟gromacs
GitHub中gmx-MMPBSA的蛋白-配体自由能计算命令:[user@localhostgmx-mmpbsa]$mpirun-np2gmx_MMPBSAMPI-O-immpbsa.in-cscom.tpr-ciindex.ndx-cg113-ctcom_traj.xtc-rsrec.pdb-rirec_index.ndx-rg1-rtrec_traj.pdb-lmligand.mol2-lsl
- gmx_MMPBSA.py的安装及使用--只翻译部分内容,具体可参考官方文档(https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/)
我不是yang
moleculesimulationstudy大数据
程序gmx_MMPBSA:主程序,执行计算功能gmx_MMPBSA_ana:图形界面分析数据并保存高质量图片gmx_MMPBSA_test:测试环境GROMACS:version4.x.xor5.x.xor20xx.xAmberTools:20or21Python3安装两种安装方式:condaenvironmentAmberToolscompilation1.condacondacreate-ng
- gmx-MMPBSA — error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file
A Dluter
动力学模拟centosgromacslinux
操作系统Centos8运行gmx_MMPBSA时,出现errorwhileloadingsharedlibraries:libgfortran.so.3:cannotopensharedobjectfile错误:[userrr@localhostgmx_MMPBSA]$gmx_MMPBSA-O-immpbsa.in-csmd.tpr-ciindex.ndx-cg114-ctfbd.xtc-lmUN
- 分子动力学模拟自由能计算gmx_mmpbsa脚本原理和使用
蛋白质模拟小白
算法gromacs
先讲原理:前三项是标准的键能项(MM,包括键,角,和二面角的变化引起的能量变化、库伦势、范德瓦尔斯相互作用),Gpol和Gnp是溶剂化自由能的极性和非极性贡献。Gpol通常通过求解PB方程或使用广义Born(GB)模型获得,而非极性项通过与溶剂可及表面积(SASA)的线性关系进行估计。最后一项是绝对温度T乘以熵S,通过振动频率的正常模式分析进行估计。Gpol周围的水,电解质会对盒子内的蛋白质原子电
- 利用并行的方法计算自由能
rogerzhanglijie
分子动力学
利用Amber中的模块MMPBSA.py.MPI进行自由能的并行计算。在计算的过程中,需要为每一个进程(线程)分配相同数目的贞数据,当然也不按照这样的分配方法。其目的主要是为了使并行的过程更加的高效。首先要准备并行过程中的输入文件mmpbsa.in,这个文件的生成过程可以参考Amber手册中的MMPBSA这一章节中所讲的。具体的并行过程中的执行命令如下:mpirun-np4$AMBERHOME/b
- 用Amber进行能量分解和计算结合自由能——MMPBSA工具
Molecular_Model
软件学习
用Amber进行能量分解和计算结合自由能Firstrelease:2018-01-13Lastupdate:2018-03-17四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn),专业从事分子模拟,量子化学等计算服务,欢迎咨询!Amber是一款适用于生物大分子的动力学模拟的软件,其官方网站是http://ambermd.org/index.html,目前最新版本为Amber17,Amber软件
- #AMBER 分子动力学软件Amber18介绍与基础教程(持续更新)
贺俊宏
分子动力学
Amber是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下:其中又分为:1.系统预处理预处理(pdb预处理,LEAP,antechamber和gaff等)2.运行动力学模拟(sander,pmemd等)3.结果分析(mdout_analyzer.py,MMPBSA,cpptraj,FEW等)1.系统预处理:>首先,进行分子动力学模拟我们需要对手中的pdb格式的3D蛋白质,核酸或者小分子配体,进行
- 用NAMD轨迹文件算mmpbsa
mCpG
为安装PyTopol做准备,先安装pip要先安装python,以及easy_install,再安装pip安装PyTopolpipinstallpytopol安装完PyTopol后,在D:\Python27\Scripts下有psf2top.py,开始转化psf文件。如果只有蛋白,参数可以只用par_all36_prot.prm。psf2top.py-ppr.psf-cpar_all36_na.pr
- 利用并行的方法计算自由能
rogerzhanglijie
利用Amber中的模块MMPBSA.py.MPI进行自由能的并行计算。在计算的过程中,需要为每一个进程(线程)分配相同数目的贞数据,当然也不按照这样的分配方法。其目的主要是为了使并行的过程更加的高效。首先要准备并行过程中的输入文件mmpbsa.in,这个文件的生成过程可以参考Amber手册中的MMPBSA这一章节中所讲的。具体的并行过程中的执行命令如下:mpirun-np4$AMBERHOME/b
- 利用利用MMPBSA计算多聚体的结合自由能
rogerzhanglijie
最近这几天一直在进行自由能的计算,期间遇到了各种错误,整了一周的时间,这周二终于在无意中找到了解决问题的方法。 因为MMPBSA一般是用已经跑出来的轨迹进行自由能的计算,因此在计算过程中一定要注意对输入文件的处理,否则输入文件的一个小小的差错就有可能导致运行过程中出现各种错误,我计算的过程中基本上遇到了各种错误。现在列举如下,希望看到这篇文章的人在处理多聚体的时候能够少
- java Illegal overloaded getter method with ambiguous type for propert的解决
zwllxs
javajdk
好久不来iteye,今天又来看看,哈哈,今天碰到在编码时,反射中会抛出
Illegal overloaded getter method with ambiguous type for propert这么个东东,从字面意思看,是反射在获取getter时迷惑了,然后回想起java在boolean值在生成getter时,分别有is和getter,也许我们的反射对象中就有is开头的方法迷惑了jdk,
- IT人应当知道的10个行业小内幕
beijingjava
工作互联网
10. 虽然IT业的薪酬比其他很多行业要好,但有公司因此视你为其“佣人”。
尽管IT人士的薪水没有互联网泡沫之前要好,但和其他行业人士比较,IT人的薪资还算好点。在接下的几十年中,科技在商业和社会发展中所占分量会一直增加,所以我们完全有理由相信,IT专业人才的需求量也不会减少。
然而,正因为IT人士的薪水普遍较高,所以有些公司认为给了你这么多钱,就把你看成是公司的“佣人”,拥有你的支配
- java 实现自定义链表
CrazyMizzz
java数据结构
1.链表结构
链表是链式的结构
2.链表的组成
链表是由头节点,中间节点和尾节点组成
节点是由两个部分组成:
1.数据域
2.引用域
3.链表的实现
&nbs
- web项目发布到服务器后图片过一会儿消失
麦田的设计者
struts2上传图片永久保存
作为一名学习了android和j2ee的程序员,我们必须要意识到,客服端和服务器端的交互是很有必要的,比如你用eclipse写了一个web工程,并且发布到了服务器(tomcat)上,这时你在webapps目录下看到了你发布的web工程,你可以打开电脑的浏览器输入http://localhost:8080/工程/路径访问里面的资源。但是,有时你会突然的发现之前用struts2上传的图片
- CodeIgniter框架Cart类 name 不能设置中文的解决方法
IT独行者
CodeIgniterCart框架
今天试用了一下CodeIgniter的Cart类时遇到了个小问题,发现当name的值为中文时,就写入不了session。在这里特别提醒一下。 在CI手册里也有说明,如下:
$data = array(
'id' => 'sku_123ABC',
'qty' => 1,
'
- linux回收站
_wy_
linux回收站
今天一不小心在ubuntu下把一个文件移动到了回收站,我并不想删,手误了。我急忙到Nautilus下的回收站中准备恢复它,但是里面居然什么都没有。 后来我发现这是由于我删文件的地方不在HOME所在的分区,而是在另一个独立的Linux分区下,这是我专门用于开发的分区。而我删除的东东在分区根目录下的.Trash-1000/file目录下,相关的删除信息(删除时间和文件所在
- jquery回到页面顶端
知了ing
htmljquerycss
html代码:
<h1 id="anchor">页面标题</h1>
<div id="container">页面内容</div>
<p><a href="#anchor" class="topLink">回到顶端</a><
- B树、B-树、B+树、B*树
矮蛋蛋
B树
原文地址:
http://www.cnblogs.com/oldhorse/archive/2009/11/16/1604009.html
B树
即二叉搜索树:
1.所有非叶子结点至多拥有两个儿子(Left和Right);
&nb
- 数据库连接池
alafqq
数据库连接池
http://www.cnblogs.com/xdp-gacl/p/4002804.html
@Anthor:孤傲苍狼
数据库连接池
用MySQLv5版本的数据库驱动没有问题,使用MySQLv6和Oracle的数据库驱动时候报如下错误:
java.lang.ClassCastException: $Proxy0 cannot be cast to java.sql.Connec
- java泛型
百合不是茶
java泛型
泛型
在Java SE 1.5之前,没有泛型的情况的下,通过对类型Object的引用来实现参数的“任意化”,任意化的缺点就是要实行强制转换,这种强制转换可能会带来不安全的隐患
泛型的特点:消除强制转换 确保类型安全 向后兼容
简单泛型的定义:
泛型:就是在类中将其模糊化,在创建对象的时候再具体定义
class fan
- javascript闭包[两个小测试例子]
bijian1013
JavaScriptJavaScript
一.程序一
<script>
var name = "The Window";
var Object_a = {
name : "My Object",
getNameFunc : function(){
var that = this;
return function(){
- 探索JUnit4扩展:假设机制(Assumption)
bijian1013
javaAssumptionJUnit单元测试
一.假设机制(Assumption)概述 理想情况下,写测试用例的开发人员可以明确的知道所有导致他们所写的测试用例不通过的地方,但是有的时候,这些导致测试用例不通过的地方并不是很容易的被发现,可能隐藏得很深,从而导致开发人员在写测试用例时很难预测到这些因素,而且往往这些因素并不是开发人员当初设计测试用例时真正目的,
- 【Gson四】范型POJO的反序列化
bit1129
POJO
在下面这个例子中,POJO(Data类)是一个范型类,在Tests中,指定范型类为PieceData,POJO初始化完成后,通过
String str = new Gson().toJson(data);
得到范型化的POJO序列化得到的JSON串,然后将这个JSON串反序列化为POJO
import com.google.gson.Gson;
import java.
- 【Spark八十五】Spark Streaming分析结果落地到MySQL
bit1129
Stream
几点总结:
1. DStream.foreachRDD是一个Output Operation,类似于RDD的action,会触发Job的提交。DStream.foreachRDD是数据落地很常用的方法
2. 获取MySQL Connection的操作应该放在foreachRDD的参数(是一个RDD[T]=>Unit的函数类型),这样,当foreachRDD方法在每个Worker上执行时,
- NGINX + LUA实现复杂的控制
ronin47
nginx lua
安装lua_nginx_module 模块
lua_nginx_module 可以一步步的安装,也可以直接用淘宝的OpenResty
Centos和debian的安装就简单了。。
这里说下freebsd的安装:
fetch http://www.lua.org/ftp/lua-5.1.4.tar.gz
tar zxvf lua-5.1.4.tar.gz
cd lua-5.1.4
ma
- java-递归判断数组是否升序
bylijinnan
java
public class IsAccendListRecursive {
/*递归判断数组是否升序
* if a Integer array is ascending,return true
* use recursion
*/
public static void main(String[] args){
IsAccendListRecursiv
- Netty源码学习-DefaultChannelPipeline2
bylijinnan
javanetty
Netty3的API
http://docs.jboss.org/netty/3.2/api/org/jboss/netty/channel/ChannelPipeline.html
里面提到ChannelPipeline的一个“pitfall”:
如果ChannelPipeline只有一个handler(假设为handlerA)且希望用另一handler(假设为handlerB)
来
- Java工具之JPS
chinrui
java
JPS使用
熟悉Linux的朋友们都知道,Linux下有一个常用的命令叫做ps(Process Status),是用来查看Linux环境下进程信息的。同样的,在Java Virtual Machine里面也提供了类似的工具供广大Java开发人员使用,它就是jps(Java Process Status),它可以用来
- window.print分页打印
ctrain
window
function init() {
var tt = document.getElementById("tt");
var childNodes = tt.childNodes[0].childNodes;
var level = 0;
for (var i = 0; i < childNodes.length; i++) {
- 安装hadoop时 执行jps命令Error occurred during initialization of VM
daizj
jdkhadoopjps
在安装hadoop时,执行JPS出现下面错误
[slave16]
[email protected]:/tmp/hsperfdata_hdfs# jps
Error occurred during initialization of VM
java.lang.Error: Properties init: Could not determine current working
- PHP开发大型项目的一点经验
dcj3sjt126com
PHP重构
一、变量 最好是把所有的变量存储在一个数组中,这样在程序的开发中可以带来很多的方便,特别是当程序很大的时候。变量的命名就当适合自己的习惯,不管是用拼音还是英语,至少应当有一定的意义,以便适合记忆。变量的命名尽量规范化,不要与PHP中的关键字相冲突。 二、函数 PHP自带了很多函数,这给我们程序的编写带来了很多的方便。当然,在大型程序中我们往往自己要定义许多个函数,几十
- android笔记之--向网络发送GET/POST请求参数
dcj3sjt126com
android
使用GET方法发送请求
private static boolean sendGETRequest (String path,
Map<String, String> params) throws Exception{
//发送地http://192.168.100.91:8080/videoServi
- linux复习笔记 之bash shell (3) 通配符
eksliang
linux 通配符linux通配符
转载请出自出处:
http://eksliang.iteye.com/blog/2104387
在bash的操作环境中有一个非常有用的功能,那就是通配符。
下面列出一些常用的通配符,如下表所示 符号 意义 * 万用字符,代表0个到无穷个任意字符 ? 万用字符,代表一定有一个任意字符 [] 代表一定有一个在中括号内的字符。例如:[abcd]代表一定有一个字符,可能是a、b、c
- Android关于短信加密
gqdy365
android
关于Android短信加密功能,我初步了解的如下(只在Android应用层试验):
1、因为Android有短信收发接口,可以调用接口完成短信收发;
发送过程:APP(基于短信应用修改)接受用户输入号码、内容——>APP对短信内容加密——>调用短信发送方法Sm
- asp.net在网站根目录下创建文件夹
hvt
.netC#hovertreeasp.netWeb Forms
假设要在asp.net网站的根目录下建立文件夹hovertree,C#代码如下:
string m_keleyiFolderName = Server.MapPath("/hovertree");
if (Directory.Exists(m_keleyiFolderName))
{
//文件夹已经存在
return;
}
else
{
try
{
D
- 一个合格的程序员应该读过哪些书
justjavac
程序员书籍
编者按:2008年8月4日,StackOverflow 网友 Bert F 发帖提问:哪本最具影响力的书,是每个程序员都应该读的?
“如果能时光倒流,回到过去,作为一个开发人员,你可以告诉自己在职业生涯初期应该读一本, 你会选择哪本书呢?我希望这个书单列表内容丰富,可以涵盖很多东西。”
很多程序员响应,他们在推荐时也写下自己的评语。 以前就有国内网友介绍这个程序员书单,不过都是推荐数
- 单实例实践
跑龙套_az
单例
1、内部类
public class Singleton {
private static class SingletonHolder {
public static Singleton singleton = new Singleton();
}
public Singleton getRes
- PO VO BEAN 理解
q137681467
VODTOpo
PO:
全称是 persistant object持久对象 最形象的理解就是一个PO就是数据库中的一条记录。 好处是可以把一条记录作为一个对象处理,可以方便的转为其它对象。
BO:
全称是 business object:业务对象 主要作用是把业务逻辑封装为一个对象。这个对
- 战胜惰性,暗自努力
金笛子
努力
偶然看到一句很贴近生活的话:“别人都在你看不到的地方暗自努力,在你看得到的地方,他们也和你一样显得吊儿郎当,和你一样会抱怨,而只有你自己相信这些都是真的,最后也只有你一人继续不思进取。”很多句子总在不经意中就会戳中一部分人的软肋,我想我们每个人的周围总是有那么些表现得“吊儿郎当”的存在,是否你就真的相信他们如此不思进取,而开始放松了对自己的要求随波逐流呢?
我有个朋友是搞技术的,平时嘻嘻哈哈,以
- NDK/JNI二维数组多维数组传递
wenzongliang
二维数组jniNDK
多维数组和对象数组一样处理,例如二维数组里的每个元素还是一个数组 用jArray表示,直到数组变为一维的,且里面元素为基本类型,去获得一维数组指针。给大家提供个例子。已经测试通过。
Java_cn_wzl_FiveChessView_checkWin( JNIEnv* env,jobject thiz,jobjectArray qizidata)
{
jint i,j;
int s