单细胞测序第18页

chip_seq质量评估之计算样本间的相关性

为了保证重复样本具有较好的一致性，除了在实验上保证操作流程的规范化，对于测序数据，我们也需要对其进行评估。

生信修炼手册·2023-10-27 20:53

【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有

1.起因之前的代码(单细胞分析实录(17):非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法，只有4个python命令行，就跟Linux下面的lsgrep一样的。

TOP生物信息·2023-10-27 16:28

运行picard FixMateInformation的问题

运行picardFixMateInformation单端测序数据正常，运行两端测序数据没有结果。

浩瀚之宇·2023-10-27 16:30

免疫组库数据分析||immunarch教程：Kmer 与 Motif 分析

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics单细胞免疫组库

周运来就是我·2023-10-27 12:55

群体遗传学习笔记：NGS结构变异检测原理

随着测序的成本越来越低，测序技术越发先进，除了研究单核苷酸多态性(SNP)。研究者们开始慢慢将目光转向了各位复杂，但是也同样非常常见的结构变异(SV)。

lakeseafly·2023-10-27 06:49

单细胞scRNA-seq学习笔记6-单细胞批次效应

课程学习生信技能树单细胞转录组（基础）现在福利来了，单细胞课程免费开放了：#完整版视频上线！全！面！免！费！

天涯清水·2023-10-27 04:18

2021-12-26 测序 TPM

TPM与RPKM和FPKM是相似的，但是其对测序深度和基因长度归一化的顺序不一致，得到的结果也略有差别。Step1:对每个基因的长度进行归一化。

一去二三·2023-10-27 03:46

2021-11-18

2020-05-2610:17某物种基因组被测序后，大部分课题组都会发表一些基因家族分析的文章，此举常常被误解为“灌水”，其实不然，理清基因组内基因家族成员分类组成，是挖掘和物种特性相关的生物学问题的第一步工作

844ed84ba80d·2023-10-27 01:04

用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding

背景介绍在得到初步的组装结果之后，如果手上有10xgenomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的往期推送10x基因组数据的组装)

卖萌哥·2023-10-27 01:33

单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析

本文是参考学习单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_Satija·2023-10-26 16:07

宏基因组，代谢组：高分文章中物种与代谢物相关性热图是怎么画的？

测序行业的蓬勃发展，带来微生物组学日新月异的变化。目前，单一组学的文章不断“贬值”，前沿研究的目光从单一组学逐步拓展至多组学对贯穿分析，即结合多个组学的分析角度，从多个层面阐述生物学机制。

Seurat_Satija·2023-10-26 15:49

单细胞小谈：Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor Heterogeneity

前言前期单细胞文献阅读：单细胞好文1--Tracingtumorigenesisinasolidtumormodelatsingle-cellresolution单细胞好文2--Single-cellRNA-seqhighlightsintra-tumoralheterogeneityandmalignantprogressioninPDAC

冻春卷·2023-10-26 15:51

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

它的全部特性需要用单细胞空间分辨率在器官范围内对基因表达进行深入探索。

六博说·2023-10-26 13:45

2022-04-08

CliCanRes|黑色素瘤单细胞分析发现免疫治疗新靶点原创图灵基因图灵基因2022-04-0807:03收录于话题#前沿分子生物学机制肢端雀斑样痣黑色素瘤是一种罕见的皮肤癌。

图灵基因·2023-10-26 11:10

宏基因组学研究—宏基因组Reads的组装与分类/分箱

1.高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息；利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解

JarySun·2023-10-26 09:10

学习小组Day7--魏东升

想不到测序这么复杂，迷迷糊糊先写个轮廓。其实差的很远，重点知识还是二代测序知识吧，由于样品的浓度不够，所以，需要巢式PCR扩增测序样品，过程非常繁琐。

魏东升_1b7f·2023-10-26 08:06

《终身学习》学习记录一

举例，单细胞细胞膜表面布满受体，用以收集环境的信息。现代人的学习焦虑。这个焦虑本质上是“谋

桃为果·2023-10-26 06:06

【单细胞转录组】KEGG通路反推基因列表

#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2NAME)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTID)PATH2ID<-mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAM

Geekero·2023-10-26 06:04

生信格式之sam、bam

一、sam、bam简介1、samSequenceAlignment/Mapformat，直译就是序列比对格式；序列比对是测序结果分析中最基础的一步操作，它主要基于参考序列信息回答了每条reads来自人的哪条染色体的哪个区域

小贝学生信·2023-10-26 03:59

10X单细胞（10X空间转录组）之单细胞精度分析细胞通讯

开工了，到了我们上班的时间了，刚开始，我们来分享一些新出现的方法，看看方法上有哪些更新，我们虽然做不了潮流的引领者，但是要跟随潮流，保证自己不被时代抛弃，今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结，我们借鉴一下，并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细

单细胞空间交响乐·2023-10-26 03:34

根据已有序列提纯二三代测序数据

提纯二代数据bwaindexreference.fastabwamem-t10reference.fastaillumina_1.fastqillumina_2.fastq>[email protected]>out.bambedtoolsbamtofastq-iout.bam-fqmito_f1.fq-fq2mito_f2.fq提纯三代数据bwaindexr

马连洼小法师·2023-10-25 23:44

2021-10-01-day7-重点是

国庆节快乐~今天的作业是关于测序知识的。这个我第一天就循着生信星球的文章看过，今天系统看了一下，收获颇多。

重点是·2023-10-25 19:25

人体微生物研究能改善临床肿瘤治疗吗?

利用突破性的DNA测序技术，科学家们确定了数以百万计的基因和成千上万种不同的物种，在我们体内的各种各样的细菌、病毒、真菌和单细胞微生物构成了人体的微生物世界。“微生物群落是一种复杂的代谢器

亨利福特健康·2023-10-25 17:16

代码解读- scanpy.pp.normalize_total

作者：童蒙编辑：angelicascanpy代码解读来啦~单细胞分析第一步是对数据进行标准化，标准化的方法有很多，下面给大家解读一下scanpy的一个：函数为：scanpy.pp.normalize_total

生信阿拉丁·2023-10-25 17:00

RNAvelocity系列教程5：scVelo 的基本知识

首先，scVelo的输入数据是（未剪切）和（剪切）的两个计数矩阵，这些矩阵可以从标准测序协议中获取，如使用velocyto或loompy/kallisto计数管道。

Seurat_Satija·2023-10-25 17:18

人的动物性，社会性，人性

在人类进化长河中，人的动物性是不能避免的，这也是万物有灵的表现，从单细胞生物到今天的我们

Luibe阁主·2023-10-25 15:14

Fastq文件的获取

下安装SRAToolkit工具使用SRAToolkit工具下载SRA数据Fastq文件的获取author:CYH-BIdate:2023.10.25Fastq文件得获取,可以从NCBI获取，也可以自己测序得到结果

CYH-BI·2023-10-25 12:37

转录组之序列剪切（Trimmomatic）[学习笔记通俗易懂版]

2023年7月6号本文知乎地址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/642000061在这里我们们先介绍以下为什么需要进行序列剪切；序列剪切（sequencetrimming）是在测序数据分析中的一

CYH-BI·2023-10-25 12:07

免疫组库数据分析||immunarch教程：Clonotypes annotation

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR前情提要：10×Genomics单细胞免疫组库

周运来就是我·2023-10-25 09:24

现在这三本低分期刊已经对纯生信不友好了

注意：我们所说的纯生信是没有补任何实验和自己的测序数据的。NO.1MedSciMonit，影响因子：2.649，中科

SCI狂人团队·2023-10-25 09:03

单细胞中的标准化和PCA：哈佛生信课程学习（一）

搬运自哈佛生物信息课程：《IntroductiontoSingle-cellRNA-seq》链接：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/lessons/05_normalization_and_PCA.html本节主要内容：CountNormalizationandPrincipalComponentAnalysisAfterattainingourhig

BINBINCC·2023-10-25 05:00

单细胞 RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群

2021年5月27日，美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章，该研究采用单细胞RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌

晶典教你玩转科研·2023-10-25 03:56

最完整的人参考基因组

国际人类基因组测序协会在2001年发表了人类基因组草图，今天这篇文献2021年5月27由Telomere-to-Telomere(T2T)发表于bioRxiv，刚好在草图发布20周年之后。。

xiaoji_hb·2023-10-24 22:37

10X单细胞空间联合分析之十一（CellTrek）

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，第一天分享一个简单的内容，就是一个新的单细胞空间分析的软件，CellTrek，这个软件最新的地方在于添加了细胞之间的共定位分析，文章在Spatialchartingofsinglecelltranscriptomesintissues

单细胞空间交响乐·2023-10-24 21:01

高通量测序中的接头（adapter）到底是什么

首先放一张测序示意图，在DNA片段两端所加的序列即接头序列，也就是我们今天要讲述的主角。

云养江停·2023-10-24 18:52

单细胞预测doublets软件

在做单细胞测序时，常常出现一定比例的doublets,可以通过DoubletFinder去除。

生信编程日常·2023-10-24 07:51

2019-08-26

第一步进行末修，即在末端磷酸帽子保护碱基；第二步在3’端加A，把接头加到需测序片段的两端，是将基因转化为可以上测序仪的状态；第三步则是扩增，因为之前的效率不

参错·2023-10-23 20:18

组间差异分析神器-STAMP | 分析技能

在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组间差异分析metastats（只能用于两组之间的差异比较）、LEfSe、秩和检验等。

斗战胜佛oh·2023-10-23 15:27

构建一个近乎完整的植物基因组

shotgunOLC（CELERAassembler）：木瓜、大豆、杨树等早期测序植物。454/IlluminaDBG短序列高深度带来植物基因组组装大爆发，但质量

生物信息与育种·2023-10-23 14:47

技术方法-谱系追踪_Cell Stem Cell

安哥生个信·2023-10-23 13:31

单细胞矩阵iNMF分解

scINSIGHTforinterpretingsingle-cellgeneexpressionfrombiologicallyheterogeneousdata》的文章，利用IntegrateNMF的方法解决单细胞批次整合的问题越来越多的

小潤澤·2023-10-23 12:58

时间序列的单细胞转录组数据分析

——恩格斯单细胞转录组数据分析在阐述多细胞生物发育与疾病进程方面已经开发了多种新的方法，如比较有名的轨迹推断(TI，trajectoryinference)。

周运来就是我·2023-10-23 08:12

单细胞36计之31---RPKM、FPKM、TPM

基础不牢，地动山摇，单细胞有时候也要计算这些值。

Seurat_Satija·2023-10-23 07:33

2022-04-14

NatBiotech|从DNA片段谱推断基因表达原创榴莲不酥图灵基因2022-04-1407:03收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：榴莲不酥IF=54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：无细胞DNA测序的表观遗传表达推断

图灵基因·2023-10-23 05:17

学习小组Day7——林瑶

一代测序（Sanger测序）：利用双脱氧核苷酸ddNTP去摸索DNA分子二代测序构建DNA文库上样桥式PCR测序名词结构化基因组学（核酸序列分析）转录组学（基因表达分析）蛋白质组学代谢组学Day7.png

瑶_4ff9·2023-10-23 05:18

系统发育常见软件与在线工具合集

1.数据获取1.1测序数据整理DNAstarDNAstar是一个序列编辑和分析的全功能包，其子包Seqman能比对和手动调整Sanger测序文件，操作简单，但默认不解析少量低质量测序结果的测序文件Chromas

张振zz·2023-10-23 01:54

用IGV判断NGS链特异性

现在很多人都从NCBI上下载高通量测序的SRA文件重新分析利用，想要更加准确地利用这些数据，首先要明确SRA的特征。测序的目的是一方面，建库的类型是一方面，链特异性也是很重要的一方面。

木制品_1125·2023-10-23 00:49

检测snp和InDel的工具：snippy~可用于检测两条fasta序列之间的变异生成vcf格式文件

github主页对软件的介绍image.png通常利用二代测序数据检测单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失（InDels）变异的基本流程是1测序数据与参考基因

小明的数据分析笔记本·2023-10-23 00:47

单细胞测序文章图表复现05—免疫细胞亚群再分类

本文是参考学习CNS图表复现04—单细胞聚类分群的resolution参数问题的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-10-23 00:30

基因组重测序数据分析脚本

~/Process/result/depth.txt将测序深度保存为depth.txt4.

lizg·2023-10-22 06:42

推荐频道

单细胞测序