单细胞测序第15页

annovar对非模式生物建库注释

annovar简介在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在callsnp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多，但是我们所研究的物种却不仅限于人类

小潤澤·2023-11-22 03:04

1130转录组分析（三）--王通老师讲解

不如好好学生信吧·2023-11-22 01:36

ATAC-seq经典之作

Transpositionofnativechromatinforfastandsensitiveepigenomicprofilingofopenchromatin,DNA-bindingproteinsandnucleosomeposition表观测序领域大牛

Shaoqian_Ma·2023-11-21 22:28

单细胞EB病毒基因检测技术助力鼻咽癌感染机制研究

鼻咽癌（Nasopharyngealcarcinoma,NPC）是一种发生于鼻咽黏膜柱状上皮的恶性肿瘤，绝大多数为鳞状细胞癌。常见临床症状为鼻塞、涕中带血、耳闷堵感、听力下降、复视及头痛等。全球80%鼻咽癌发生在中国，60%发生在南方特别是广东，故称作“中国癌“又叫“广东癌“。鼻咽解剖结构罹患鼻咽癌的名人罹患鼻咽癌的名人香港著名导演陈木胜，以执导警匪片著称，知名的作品包括《双雄》《新警察故

生物医学小站·2023-11-21 22:29

单细胞测序+免疫，还可以这样做！

近些年，免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点，单细胞测序也是越来越受欢迎，这篇文章就很好的将二者进行了结合，从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。

概普生信·2023-11-21 21:50

空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20

黄甫一·2023-11-21 19:47

山核桃的基因组测序

ThegenomesofpecanandChinesehickoryprovideinsightsintoCaryaevolutionandnutnutrition作者：肖力宏黄见钦单位：浙江农林大学文章地址：https://academic.oup.com/gigascience/article/8/5/giz036/5484800主要内容：利用二代和三代测序技术对美国山核桃和中国山核桃的

香波地海·2023-11-21 12:03

贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件等，也可公开下载。

生信石头·2023-11-21 10:57

Chipseq单端测序数据分析

工作目录mkdir-p~/maos/chipseqcd~/maos/chipseqmkdir{sra,fastq,fastqc,trim,bam,bw,bed,peak,pic}downloadfastqfile#method1:sratoolkitscatsrr.txt|whilereadlinedoprefetch-O$wkd/sra$linedone#method2:axel#findthe

bred·2023-11-21 09:50

平庸者伟岸-《知鱼之乐》随笔

首先，变异者一旦得逞，总是翻脸不认祖宗，甚至摇身化作让老前辈全然无法应对的天敌，这种情形最早见于作为后续一切生物之鼻祖的原始蓝绿藻，它们的进化变种，就是专为收割蓝绿藻为食的真核单细胞浮游生物，结果把老佛爷弄得

静无波·2023-11-20 09:56

硅藻科普 | 可养殖的是硅藻，不是硅藻泥

它是一类单细胞植物，大小在0.

virusko·2023-11-20 04:12

单细胞分析最佳实践

单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（上）单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（中）单细胞RNA-s

FionaMoon·2023-11-20 03:02

利用codon神器10倍提升我的python代码效率

下面是我的过滤单细胞reads数据的python脚本#coding=utf-8importsys,osimportgzipimportrandomfq1_file=sys.argv[1]fq2_file

awk_bioinfo·2023-11-19 23:18

基因组重测序与转录组联合分析简介

基因组重测序是挖掘候选基因的重要手段，转录组测序则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重测序中的全基因组关联分析（GWAS）、数量性状基因座（QTL）等方式可以挖掘到重要性状的关键候选基因。

花生学生信·2023-11-19 20:29

单细胞分析文献分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》

《Orchestratingsingle-cellanalysiswithBioconductor》这篇文章时2019年发表在naturemethod上的一篇单细胞分析流程方法类文章，主要介绍的利用Bioconductor

小潤澤·2023-11-19 20:14

基因组与群体进化，解析物种进化历程-04

基于高质量的基因组和不同茶树基因组重测序来探索基因组变异，将有助于更好地利用这些宝贵的基因组资源，

百迈客生物·2023-11-19 18:45

GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具

三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步，泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。

花生学生信·2023-11-19 15:12

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

NGS测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 15:52

bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer

我们在[生物信息学100个基础问题——第5题测序建库的adapter](https://zhuanlan.zhihu.com/p/34691037"\t"_blank)的时候讨论过adapter的问

RachaelRiggs·2023-11-19 09:20

微生物多样性研究10步走（第一步）-OTU聚类与注释

通常微生物多样性分析都是基于二代测序技术来实现的。二代测序的上机、建库等实验流程我们暂且不聊，我们从拿到下机数据来讲起。本期先为大家分享一个基础概念--OTU。

f70420f979c3·2023-11-19 06:08

一起做论文的兄弟

大三之前我们玩着各自的游戏我玩我的暗黑你玩你的传奇毕业前夕不知怎么分到了同一个毕业课题芍鸡标本中线粒体的提取与测序自从开了课题就再也见不到你的实体如同你的发型飘逸如同你的刘海诡异每次有事找你总是回着同样的信息不急

古瑞特·2023-11-19 06:15

2023-06-09 scRNA-seq分析个人分析记录贴

前言scRNA-seq越来越成为一种常规测序内容，最近正好分析一些scRNA-seq的数据，把分析过程记录下来，便于后续再次使用。对于走过的坑也进行记录，后续便于解决问题。

xiaoguolaile·2023-11-19 04:23

测序原理碎碎念

大家都知道高通量测序，那你知道测序的接头是如何加上去的吗？

BINBINCC·2023-11-19 04:12

「干活」基因组组装之前要做的：Genome Survey

可以系统性地称为genomesurvey，这是一个非常简单的分析，但是其实有一些问题是值得注意的GenomeSurvey一般基于Illuminashortreads进行分析，因为二代测序便宜，先测出来试试水

陈有朴·2023-11-19 04:46

生信星球学习小组第29期第七天

双脱氧链终止法原理固定的点开始随机在某一个特定的碱基处终止并且在每个碱基后面进行荧光标记产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸尿素变性的PAGE胶上电泳检测获得可见DNA碱基序列优点准确性高达99.999%缺点通量低1000bp第二代循环阵列合成测序法

科研狗Poppy·2023-11-19 02:57

一文看懂植物单细胞测序怎么做？

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst随着单细胞测序技术的突破，单细胞测序的时代已然到来。

生信阿拉丁·2023-11-19 02:36

给男友发：“我来大姨妈了，难受想哭！”男友的回复哭笑不得！

但很多直男完全是不解风情的单细胞动物，当女友跟他倾诉来大姨妈的无助时，他们的反应常常让女生失望。给男友发：“我来大姨妈了，难受想哭！”男友的回复哭笑不得！女生给男友发：“我来大姨妈了，难受想哭！”

莫名其妙的大风·2023-11-19 01:59

【STM32】STM32F103C8T6+nrf24l01收发示例

STM32F103C8T6+nrf24l01收发示例nrf24l01模块引脚定义项目基于标准库开发项目架构更新内容（2023-3-14）✨使用STM32f103VE板子分别对程序进行了验证实测，使用SPI1查询接收发测序测试没有成功

perseverance52·2023-11-17 13:13

多组学整合，快速定位关键代谢通路，解析分子机制

16s全长扩增子测序可提供细菌构成、基因丰度，可以解决who-有谁以及many-有多少的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决whathappened-发生了啥的问题。

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

10月客户文章盘点——累计IF 141.5

凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标，在科研测序领域深耕不辍，吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟，参与并完成多个高科技项目。

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:01

SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案

pbmc3k是单细胞经典数据集，SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因，在R里直接下载很容易失败。

慎终君·2023-11-15 05:58

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-14 22:57

第三代基因测序技术革新云计算的应用

第三代基因测序技术革新云计算的应用一位准妈妈，在怀孕12-24周时，需要做唐氏儿的筛查，传统唐筛的方式准确率低，如果结果显示危险性高，那么准妈妈还需要做羊膜穿刺等进一步检查。

weixin_34336526·2023-11-14 13:59

基因检测技术的发展与创新：安全文件数据传输的重要作用

随着基因检测技术的高速发展，我们可以通过对基因进行测序、分析和解读，更深入地认识自己，预防和治疗各种遗传性疾病，甚至实现个性化医疗和精准健康管理。基因检测技术已经成为生命科学领域的重要工具和创新动力。

镭速·2023-11-14 13:48

2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章高级数据库搜索下）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除

穆易青·2023-11-14 01:42

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除

穆易青·2023-11-14 01:12

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章高级数据库搜索上）

DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的

穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章双序列比对引言）

可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后

穆易青·2023-11-14 00:40

分布式NAS集群突破HPC存储瓶颈！

HPC广泛应用于油气勘探、天气分析、基因测序、高校科研、尖端实验室。对于存储系统要求必须足够的性能，

smart1998·2023-11-13 20:47

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面（看到曾老师收费不能白嫖我就写个脚本）首先我下载了一个10x的文件集合哈我的理想是整成这个样打开后是这个样式如何实现呢我提供了py的脚本

sayhello1025·2023-11-13 16:06

研究前沿 | Science：单细胞测序助力绘制迄今最完善的灵长类动物前大脑发育图谱

引言大脑发育的关键分子机制在啮齿动物中已有所了解，但在灵长类动物中仍然不清楚，这限制了研究者对高级认知能力起源和功能障碍的理解。此外，在包括人类在内的灵长类动物中，关于轴突投射路径上的丘脑区域和皮层区域多样化的早期分子事件的信息匮乏，尤其是在神经干细胞生成神经元和胶质细胞的过程中。2023年10月12日Science在线发表了题为Molecularprogramsofregionalspecifi

bioyigene·2023-11-13 16:59

macOS使用conda初体会

最近在扫盲测序的一些知识其中需要安装一些软件进行练习，如质控的fastqc，然后需要用conda来配置环境变量和安装软件。

长腿猴子请来的救兵·2023-11-13 06:34

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。

简佐义的博客·2023-11-12 22:32

Pacbio测序原理以及SMRT bell文库构建流程简述

Pacbio测序原理及SMRTbell文库构建流程简述（二）mp.weixin.qq.com大家好，今天跟大家继续分享关于PacBioSMRT测序仪的相关知识，分享内容主要参考PB官方的《TemplatePreparationandSequencingGuide

hello~bye~·2023-11-11 13:01

非肿瘤+WGCNA+单细胞，快来抄作业

今天给同学们分享一篇生信文章“m6ARegulatorsIsDifferentlyExpressedandCorrelatedWithImmuneResponseofEsophagealCancer”，这篇文章发表在DisMarkers期刊上，影响因子为3.464。结果解读：食道癌中差异表达基因（DEGs）的鉴定和功能注释作者进行了整体分析，并绘制了箱线图、数据密度图和主成分分析（PCA）图（图1

生信风暴·2023-11-10 19:47

华为服务器串号官网查询系统,查询服务器序列号

查询服务器序列号内容精选换一换简要介绍randfold是一个独立的基因测序相关软件，它从原始序列开始随机显示其核苷酸顺序。

A兰舍硅藻泥·2023-11-10 07:11

转座子的鉴定

不同的算法实现的目标有所不同，如从头算法主要是为了发现新的转座子，因此常用来在新测序的基因组中鉴别新的转座子，而多数基于同源性算法的软件主要被用来注释

生信学习小达人·2023-11-09 10:44

Nat. Med. | 基于遗传学原发部位未知癌症的分类和治疗反应预测

作者开发了OncoNPC，这是一个基于机器学习的分类器，使用来自三个机构的22种癌症类型中的36,445个肿瘤的定向次世代测序（NGS）数据进行训练。肿瘤N

DrugAI·2023-11-08 20:42

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2023-11-08 08:55

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