单细胞测序第19页

基因组重测序数据分析脚本

~/Process/result/depth.txt将测序深度保存为depth.txt4.

lizg·2023-10-22 06:42

自然语言处理---经典序列模型

它一般以文本序列数据为输入,以该序列对应的隐含序列为输出.什么是隐含序列:*序列数据中每个单元包含的隐性信息,这些隐性信息之间也存在一定关联.举个例子:给定一段文本:"人生该如何起头"我们看到的这句话可以叫做:观测序列我们可以将这句话以词为单位进行划分得到

lichunericli·2023-10-22 05:20

数学建模预测方法集锦

当时间序列的数值由于受周期变动和不规则变动的影响，起伏较大，不易显示出发展趋势时，可用移动平均法，消除这些因素的影响，分析、预测序列的长期趋势。移动平均法简单移动平均法加权移动平均法趋势移动

CTGU_daffodil·2023-10-22 00:34

【RNA structures】RNA转录的重构和前沿测序技术

文章目录RNA转录重建1先简单介绍一下测序相关技术2MaptoGenomeMethods2.1Step1Mappingreadstothegenome2.2Step2Dealwithsplicedreads2.3Step3Resolveindividualtranscriptsandtheirexpressionlevels3Align-de-novoapproaches3.1Step1

丸丸丸子w·2023-10-21 22:02

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲RNAseq的应用第二课RNAseq技术转录组概念中心法则（高通量测序验证了中心法则是正确的

Drone_xjw·2023-10-21 20:42

FastQC

Fastq文件fastq文件格式fastq文件命名规则Illumina测序仪下机FASTQ命名为(NextSeqCN500下机数据为bcl格式，经过bcl2fastq转化后名称类似)，例如：Samplexx_S53

生信大猫·2023-10-21 17:49

2022-04-02

CancerCell|高通量单细胞分析胶质母细胞瘤异质性原创骄阳似我图灵基因2022-04-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：作者及其研究团队使用高通量单细胞基因组分析方法来描述原发性胶质母细胞瘤以及匹配的患者来源的外植体和胶质球细胞系的遗传和转录组异质性

图灵基因·2023-10-21 16:12

分享一篇 Science 里不同批次的单细胞数据整合及批次校正方法

science.jpg分享一篇Science里不同批次的单细胞数据整合及批次校正方法[1]ZhengL,QinS,SiW,WangA,XingB,GaoR,RenX,WangL,WuX,ZhangJ,WuN

木舟笔记·2023-10-21 14:02

PhenoGraph聚类算法

单细胞域（domai

_linun_·2023-10-21 11:56

5.单细胞 RNA-seq：质控后相关流程

单细胞RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞，我们可以继续后续流程。最终，我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型，但是还有几个步骤需要完成。

denghb001·2023-10-21 10:09

2019文献汇总 | 单细胞与病毒感染

我的单细胞测序project主要是做炎症相关的单细胞转录分析，在检索paper的过程中，发现有关单细胞测序和病毒相关的文献是很少的，大致统计一下也不过十几篇，追根究底可能有两个方面的原因：（1）我们做感染的还是很穷哒

生信宝典·2023-10-21 09:32

重测序基因组：Pi核酸多样性计算

如何计算核酸多样性Pi本期笔记分享关于核酸多样性pi计算的方法和相关技巧，主要包括原始数据整理、分组文件设置、计算原理、操作流程、可视化绘图等步骤。基因组Pi核酸多样性（Pinucleicaciddiversity）是一种遗传学研究中用来描述种群内核酸序列多样性的指标，通常用π（pi）符号表示。它衡量了在一组生物个体的基因组中，不同核苷酸位置上的多态性水平，这种多样性是通过比较不同个体之间的DNA

生信分析笔记·2023-10-21 04:12

近乎全文翻译：Somatic Evolution in Non-neoplastic IBD Affected Colon

研究人员对来自46个IBD患者的446个结肠隐窝进行了全基因组测序，并将其与他们以前发表的有关正常结肠突变情况的41个非IBD对照的412个隐窝进行了比较。文章发现受炎症性肠病影响的结肠上皮细胞的平

宛廿庚·2023-10-21 03:13

通过 blast 结果查看测序数据fastq是否被污染，以及污染reads所属物种、所占比例

由于NGS测序时混库的原因，我们得到的数据有被其他物种污染的可能，所以当我们拿到测序数据时，如何确定我们的数据是否被污染呢？

风风是超人·2023-10-21 02:57

通过HipSTR 对二代测序（NGS）数据进行短串联重复序列（short tandem repeats，STR）检测

人类基因组DNA有30亿个碱基（bp），其中10%是串联重复序列，称为卫星DNA。按重复单位的长短，又可分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。STR:短串联重复序列（shorttandemrepeats，STR）也称微卫星DNA（microsatelliteDNA）,通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列。STR序列符合孟德尔遗传定律，个体间存在相同的短串联重复序列，但重复的次数在

风风是超人·2023-10-21 02:26

BBKNN：python单细胞样本整合和批次效应处理算法

2020.09.09本教程介绍了Scanpy包自带的用于整合样本，并处理批次效应的BBKNN算法和用于对比的ingest基础算法。本文主要从函数的理解、软件包的使用和结果的解释入手，在PBMC和Pancreas两个数据集上实现，偏重于应用，基本不涉及批次效应的理论。批次效应的理论原理将在未来通过2篇论文来解释。1.依赖：（1）数据集（全部需要挂VPN）：PBMC：pbmc3k_processed(

切瓜少年·2023-10-21 01:02

CCPlotR | 轻松拿捏单细胞分析之细胞交互！~

1写在前面周末了各位，昨天去看了奥本海默，不得不说，大神就是大神。比起我们的电影，似乎诺兰更好地还原了奥本海默的真实。言归正传，今天分享的是CCPlotR包，用于基于scRNAseq数据推断细胞间相互作用的可视化。2用到的包rm(list=ls())#devtools::install_github("Sarah145/CCPlotR")library(tidyverse)library(CCPl

生信漫卷·2023-10-20 23:31

单细胞必学R包！~（一）（预处理与降维聚类）

1写在前面忙碌的一周结束了，终于迎来周末了。这周的手术真的是做到崩溃，2天的手术都过点了。真的希望有时间静下来思考一下。最近的教程可能会陆续写一下Monocle3，炙手可热啊，欢迎大家分享经验。2用到的包rm(list=ls())library(tidyverse)library(monocle3)3示例数据这里我们用一下准备好的示例数据，出自这篇paper：https://www.science

生信漫卷·2023-10-20 23:55

学习小组Day7笔记--lele

主要内容是测序原理和一些数据常见格式。

ELLE0622·2023-10-20 18:24

NBT：快准全！geNomad——宏病毒组鉴定新工具

期刊：naturebiotechnology影响因子：46.9发表时间：2023年9月在测序数据中识别可移动遗传元件对了解其多样性、生态学、生物技术应用和对公共健康的影响至关重要。

SHANGHAILINGEN·2023-10-20 18:52

单端测序 paired-end mate-paired测序的区别

单端测序我的理解就是一条序列测到头paired-end测序正常的illumina测序，如图下mate-paired测序先把基因组打成2-10KB的样子，序列比较长，然后双端修复环化，添加生物素，然后在把环化后的基因

Amelie_ec72·2023-10-20 14:59

空间转录组介绍

今天，就带大家全面了解一下这项新技术——Visium空间转录组测序。为什么要做空间转录组呢？我们

空谷百合花·2023-10-20 11:18

外行如何看谱系孩子的基因测序报告

本文是对之前《自己解读谱系孩子的基因测序报告》一文的修订，希望能尽量做到内容正确。不当和谬误之处，敬请指正。

椰菜君·2023-10-20 09:28

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程

1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc

onlyme_862a·2023-10-19 20:03

学习小组Day7笔记--天天

测序的故事啊，第七天了一转眼就过去了，因为开题的问题，还拖后了一天交作业深感罪恶。。这个东东学的我是一脸懵逼啊。。果然很高级。。

炽天使爱学习·2023-10-19 20:17

《共情的力量》第三章

前者的第一个标题是单细胞生物竟然也会社交。

画堂春sd·2023-10-19 18:10

凌恩快讯 | 凌恩生物联手墨卓生物，为中国科研注入国人力量！

凌恩生物又添新设备，成功引进墨卓生物科技高稳定、高性价比的MobiNova®单细胞解决方案，构建凌恩单细胞组学产线，这一产品线的构建，将极大拓展凌恩生物在农学、医学相关科研领域的服务范围，为中国的单细胞科研注入国人力量

SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:53

文章必备| 叶绿体基因组高级分析内容汇总

随着高通量测序技术的快速发展，利用叶绿体来研究细胞器的起源、结构、进化正受到越来越广泛的关注。图

SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:21

单细胞学习3

cluster不同聚类方法比较normmlization，去除一些批次效应等外部因素。通过对表达矩阵的矩阵的聚类，对细胞群体进行分类。无监督聚类：hierarchicalclustering，k-meansclustering，graph-basedclustering。library(SingleCellExperiment)deng<-readRDS("D:/paopaoR/mass/deng

soleil要好好学习呀·2023-10-19 16:02

一文读懂 ChIPseq

一、介绍ChIP-seq，测序方法ChIP指染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP），seq指的是二代测序方法作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况原理：

白墨石·2023-10-19 15:32

2022-08-18

-1809:40发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=69.504推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了可扩展的阵列多价细胞外相互作用筛选(SAVEXIS)方法，并建立一个交互式多组织单细胞图谱

图灵基因·2023-10-19 15:36

互联网摸鱼日报(2023-10-16)

互联网摸鱼日报(2023-10-16)36氪新闻医疗健康行业周报|「扬奇医芯」获数千万元战略投资；「固源医疗」获数千万元Pre-A轮融资医疗健康行业周报|半导体测序仪公司「万众一芯」获近亿元加轮融资；「

每日摸鱼大王·2023-10-19 12:03

2020-10-23 检材DNA的提取＆测序知识

检材DNA的提取基本步骤在弱碱和有螯合剂存在的条件下，进行组织匀浆、溶解细胞膜和核膜。在去垢剂十二烷基磺酸钠（SDS）和蛋白酶K的作用下消化蛋白质，游离出DNA。（去垢剂和蛋白酶作用使DNA和组蛋白分离，DNA分子逐步伸展、缓慢溶解，溶液变得粘稠）有机溶剂（常用酚和氯仿混合物）萃取DNA，除去残余蛋白、脂质、糖及细胞杂质等成分。经离心后，有机溶剂留在下层，含DNA的水相在上层，变性蛋白则在两者之间

草莓桃桃茶·2023-10-19 07:06

8+基于氨基酸代谢在肿瘤中的分型，结合分型+免疫+单细胞+实验验证，想发低分都难

另外还有基于单细胞的分型分析如果想做类似的分析，可以联系小编咨询。生信分析咨询请关注公众号生信小课堂研究概述：谷氨酰胺(Gln)代谢在癌症中起重要作用。然而在肺腺癌

生信小课堂·2023-10-19 02:07

【论文复现】基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类（【生物信息学】实验二：多组学数据融合：scMDC）

目录一、实验介绍1.论文：基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类Abstract2.Github链接二、实验环境0.作者要求1.环境复现实验一实验二（本实验）2.库版本介绍实验一实验二3.IDE三

QomolangmaH·2023-10-19 00:46

“非因线上讲堂”DSP空间多组学系列第一讲——从单细胞到空间转录组

非因生物诚邀您参加2021年9月23日下午15:00-16:00举办的“DSP空间多组学系列第一讲——从单细胞到空间转录组”线上会。本次线上会将围绕单细胞与空间组学结合的实际案例进行详细解析。

FynnBio·2023-10-18 23:47

单细胞marker基因平均表达量热图

最近有小伙伴问道如下的文献图，简单明了的一种细胞一列进行markergene表达展示。这个图其实就是展示了平均的细胞表达量而已。我们简单做一下。此外，顺便复现下基因注释。图片（reference：Dissectingthetranscriptomelandscapeofthehumanfetalneuralretinaandretinalpigmentepitheliumbysingle-cell

KS科研分享与服务·2023-10-18 21:55

【情人节杀狗套餐】深度解析肿瘤免疫分型套路，1个月写篇5分+SCI不是梦！

随着二代测序和单细胞测序技术和发展，对于肿瘤免疫学治疗的关注度不断提高，也取得了较好的成绩，给许多晚期肿瘤患者带来了希望。

研平方·2023-10-18 19:41

生物信息学——文件格式 pileup详解

一、pileup文件格式概述：pileup格式是一种常见的文本文件格式，用于描述基因组测序数据中每个碱基的信息。它通常

福旺旺·2023-10-18 18:09

10x单细胞数据分析之Seurat多样品整合分析

上一篇10x单细胞数据分析我们介绍了如何用Seurat对单细胞数据进行分群分析，这一篇我们介绍一下多个单细胞样品的分析方法。

菌小落·2023-10-18 18:06

海拔vs季节，谁决定外生菌根真菌群落的时空分布格局？

最近，派森诺与中国科学院昆明植物研究所合作，在《MicrobiologySpectrum》发表论文，通过微生物组测序和微生态群落分析，对外生菌根真菌群落时空分布特征进行了解析。

菌小落·2023-10-18 18:06

BSA研究方案——如何从容不迫的进行性状定位

具体是利用差异目标性状的两个亲本构建家系，在子代分离群体中选取目标性状个体构建DNA混合池，采用高通量测序技术对混池DNA进行建库测序，开发全基因组范围内的SNP、InDel分子标记，以通过计算SNP、

菌小落·2023-10-18 17:29

单细胞108篇文献解读之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat

大家好呀！今天为大家解读的是一篇于2021年1月17日发表于naturecommunications的文章，题目为Inferenceandanalysisofcell-cellcommunicationusingCellChat，本文详细介绍了CellChat在配受体以及辅助因子方面的作用原理，并对不同信号传导通路进行分类，作者还上线了工具包CellChat和基于Web的资源管理器（http://

Seurat_Satija·2023-10-18 07:01

利用贝叶斯的方法获得cell cluster的marker基因

理论参考文章为：genesorteR简单理解下，每个celltype的marker基因，它们的表达量一定具有celltype特异性的假设单细胞表达矩阵为m×n的单细胞表达矩阵，m个基因和n个cell，并且

小潤澤·2023-10-18 01:20

用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理

1.基因组调查(genomesurvey)1.1.基因组调查基因组调查(genomesurvey)指基因组特征评估，一般指通过k-mer分析二代测序数据，获得基因组大小(genomesiz

生信技工·2023-10-17 23:55

陈巍学基因视频学习笔记--视频11：单细胞mRNA测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频

冻春卷·2023-10-17 18:21

2021-09-24 qiime2 DADA2 去噪、序列质控和生成特征表

正如在q2-dada2插件中实现的，这个质量控制过程将过滤掉在测序数据中鉴定的任何phiX序列（通常存在于标记基因Illumina测序数据中，用于提高扩增子测序质量），并同时过滤嵌合序列。

白告2333·2023-10-17 17:46

我花了两个月从零学会转录组分析

后来我发现很多文章中出现了heatmap，GSEA，以及单细胞转录组的分群，不论是作图方法还是对文章中figure的理解都令我一头雾水，我才发现生信是那么的有意思。

生物系烟酒僧·2023-10-17 13:06

易基因：单细胞转录组测序（scRNA-seq）揭示猪窦卵泡细胞异质性和通讯模式｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。卵母细胞是哺乳动物生命的基础，它们在卵巢中的卵泡小囊中发育，卵母细胞发育的最后阶段发生在窦状卵泡（AntralFollicles）中。卵母细胞的成功生长和成熟取决于与邻近细胞（主要是颗粒细胞）的复杂互作。了解窦卵泡内这些颗粒细胞之间的差异以及如何双向通讯，对于了解哺乳动物如何繁殖和生长至关重要。先前研究鉴定出窦卵泡中颗粒细胞的两种亚型：

易基因科技·2023-10-17 10:41

易基因-原核转录组“rRNA捕获探针及其应用“方法获发明专利授权

由于核糖体RNA的占比含量极高，在总RNA测序研究其它功能性RNA的表达丰度、修饰状态等，核糖体RNA将侵占大量的可用数据，如何在检测前针对不同物种有效的去除核糖体RNA，或精准

易基因科技·2023-10-17 10:10

推荐频道

单细胞测序