单细胞转录因子分析第16页

羊驼免疫流程及技巧

单域抗体普遍通过免疫羊驼获得，羊驼体内免疫系统自身的抗体成熟后，分离B淋巴细胞，提取RNA，反转录获取cDNA，以cDNA为底物PCR扩增获取多样化纳米抗体基因片段，然后将多样化纳

卡梅德生物·2023-11-07 20:28

5+单细胞+铜死亡+实验，干湿结合生信思路，有条件做实验的可模仿

今天给同学们分享一篇生信文章“Single-celltranscriptomicsrevealsimmuneinfiltrateinsepsis”，这篇文章发表在FrontPharmacol期刊上，影响因子为5.6。结果解读作者研究的流程图作者首先制定了这项研究的总体技术路线，如图1所示。数据标准化和免疫相关基因筛选根据GEO数据平台对DEG的数据进行总结和整理，并将分析的脓毒症样本和正常样本的数

生信风暴·2023-11-06 19:51

2019-10 文献阅读报告

这篇文献详细介绍了一个典型的单细胞RNA-seq分析

xianmao123·2023-11-06 16:19

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十四章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2023-11-06 12:05

10X单细胞空间联合分析之CARD（即使单细胞数据不匹配）

作者，追风少年i周四了，很不错，温度26℃，天气多云，非常适合躺平的一天，难得的休息时光，你们好好努力，我负责躺平，大家各得其所，单细胞空间的分析技术无疑是目前科服最火热的研究手段，时至今日已经形成了“

单细胞空间交响乐·2023-11-06 01:57

上游分析学习笔记

第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到转录组。第二阶段量化与每个基因或转录本来源的reads数量，构建表达矩阵。

jiarf·2023-11-05 16:56

GTEx:基因型和基因表达量关联数据库

GTEx全称如下Genotype-TissueExpression该项目对来自人体多个组合和器官的样本，同时进行了转录组测序和基因分型分析，构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库。

生信修炼手册·2023-11-05 12:54

持续进化，快速转录，Faster-Whisper对视频进行双语字幕转录实践(Python3.10)

本次我们利用Faster-Whisper对日语视频进行双语(日语/国语)转录实

刘悦的技术分享·2023-11-05 10:56

4+m6A+机器学习+分型，要素过多，没有思路的同学可借鉴

结果解读：脓毒症中m6A调节因子的转录改变为了鉴定脓毒症患者中编码m6A调节因子的差异表达基因，使用“limma”软件包进行差异表达

生信风暴·2023-11-05 04:54

3+单细胞+代谢+WGCNA+机器学习

今天给同学们分享一篇生信文章“Identificationofnewco-diagnosticgenesforsepsisandmetabolicsyndromeusingsingle-celldataanalysisandmachinelearningalgorithms”，这篇文章发表FrontGenet.期刊上，影响因子为3.7。结果解读：常见差异基因的筛选如图1所示，研究流程图解释了它是如

生信风暴·2023-11-05 04:51

单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

SCENIC简介组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络（GRNs）决定并维持稳定的。

Seurat_Satija·2023-11-05 04:44

转录组笔记（5）序列比对

HISAT2：比对到基因组TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/i

韦巍_e3f3·2023-11-05 01:56

单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：空间转录组数据分析

正如我们之前介绍过的：10X空间转录组Visium:基本概念10X空间转录组Visium||空间位置校准Seura

周运来就是我·2023-11-05 00:22

2021-10-28

丨实体瘤细胞状态和生态系统图谱原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：EcoTyper是一种机器学习框架，它可对细胞状态和多细胞生态系统进行大规模分析，且适用于批量、单细胞和空间解决的基因表达数据

图灵基因·2023-11-04 23:59

冻存样品对单细胞测序影响大吗？

在我们做单细胞分离过程中，导师千叮咛万嘱咐说样品不能冻存，而我在一次会议论坛上有一位学者直接说冻存基本没有影响，于是，我。。。。。。母鸡。

生信宝典·2023-11-04 22:15

3月份计划--转录组及单细胞转录组分析方法建立

学习资料：陈巍学基因：https://www.bilibili.com/video/av79295678?from=search&seid=11730831477922519685https://www.bilibili.com/video/av79301729?from=search&seid=11347525676144926676https://www.jianshu.com/p/eeb61

一只烟酒僧·2023-11-04 21:03

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。

飞桨PaddlePaddle·2023-11-04 12:46

第三代测序技术在微生物研究中的应用

第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术，它的出现为基因组学、转录组学及DNA甲基化等研究

wangchuang2017·2023-11-04 09:02

2020年转录组文章到底有多难发？一文说明白！

转录组是一类让人既爱又恨的项目，实验门槛低，却是文章泛滥的重灾区，总有人问小编，现在转录组还能发文章吗？

组学大讲堂·2023-11-04 05:46

本周最新文献速递20220423

精细解读文献一文献题目：Nonlinearcontroloftranscriptionthroughenhancer–promoterinteractions不想看英文题目：增强子-启动子相互作用的非线性转录调控杂志和影响因子

橙子牛奶糖·2023-11-04 01:22

用python做股票因子分析_Python量化交易教程（3）因子选股与回测

量化QQ群：371474481因子选股模型是应用最为广泛的一种选股模型，基本原理是采用某个或某些因子作为选股的标准，满足这些因子的股票则被买入，不满足的则卖出。因子选股模型为什么适用？举一个简单的例子：如果有一批人参加马拉松，想知道哪些人能获得不错的成绩，只需在跑前做一个身体测试即可。测试可以用一个或多个指标。对测试的结果进行排名，排名靠前的运动员获得好成绩的可能性就比较大。因子选股模型的原理与此

weixin_39530839·2023-11-03 23:39

病毒载体的基本元件

反转录病毒载体最常用的反转录病毒载体基于Mo-MLV。第一代载体所携带的转基因的两侧是2个完整的LTR,由增强子(U3)、R区（即转录起始区，在病毒颗粒中的载体基因组两端均存在）及U5区构成。

实验小助手·2023-11-03 15:25

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之基因开关（GeneSwitches）

hello，大家好，今天给大家分享的是，拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析，挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析，这个方面大家应该都不陌生，文章在GeneSwitches:orderinggeneexpressionandfunctionaleventsinsingle-cellexperiments，我们首先来分享一下文献，最后看一看参考代码。首先认识一下什么是开关基因，开关基因指细胞

单细胞空间交响乐·2023-11-03 11:18

基因的正负链问题

花了一天的时间，证明这句话是对的：ucsc，ensembl等定义基因在正链上是指转录本序列与正链上该基因的序列一致。

weixin_30312563·2023-11-03 04:48

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

bam格式转换为Fastq/Fasta格式

bam格式转换为Fastq/Fasta格式SamtoolsFastqGATKSamToFastqBedtoolsbamtofastq举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam

lazymark2·2023-11-03 04:43

seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析

前几天，将服务器的seurat包升级到4.1.0版本，在跑单细胞转录组流程的时候发现在FindAllMarkers步骤报错，想细究下原因。

whitebird·2023-11-03 03:32

单细胞基础分析之多样本整合篇

作者，追风少年i时下的单细胞分析，都以大样本量著称，摆在面前的第一道难题，便是多样本的整合分析，随之带来的就是通常讲到的批次问题。

单细胞空间交响乐·2023-11-03 02:07

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片

单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色自定义更改显示的颜色 seurat得到的单细胞数据

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色ggplot自定义更改显示的颜色library(Hmisc)library(patchwork)library(ggplot2)library(ggalluvial)library(svglite)library(Seurat)library(openxlsx)library(harmony)library(dplyr)path="

生信小博士·2023-11-03 01:15

Seurat对象处理

Seurat是单细胞分析经常使用的分析包。

Myshu2017·2023-11-03 00:36

转录组分析（五）--王通老师讲解

19tophat(二)具体演示（重中之重来了）A为对照组，B为处理组，A和B都采用illumina测序，reads读长分别为70bp，插入片段大小为200bp，reads之间的距离为200-70-70=60bp，将这个两个样品分别与人全基因组参考序列进行比对，也就是前面下载好的参考序列文件和GTF文件。（因为数据量比较大，所以两个样本作者只截取500M数据进行展示）后面会描述如何评估测序数据是否达

不如好好学生信吧·2023-11-02 20:40

ChIP-seq文章 | 刺参MITF转录因子调控体色形成和分化的分子机制

今天给大家带了一篇刺参的ChIP-seq项目文章解读，刺参是一种具有生态意义的棘皮动物，具有重要的营养和治疗价值。刺身的颜色变化是其最重要的栽培性状之一，因为颜色影响其生物活性成分、味觉和市场价格。该研究就是利用ChIP-seq技术探讨了刺参体色形成和分化的分子机制。MITF通过表达差异和下游基因调控促进刺参体色分化发表期刊：Biology影响因子：5.168发表时间：2022年12月20日发表单

爱基百客·2023-11-02 16:34

单细胞分析+干湿结合

今天给同学们分享一篇单细胞分析+干湿结合的生信文章“Tumor-associatedendothelialcellprognosticriskmodelandtumorimmuneenvironmentmodulationinlivercancerbasedonsingle-cellandbulkRNAsequencing

生信风暴·2023-11-02 14:12

7+单细胞分析+预后模型构建+验证实验思路，干湿结合也能拿高分

今天给同学们分享一篇单细胞分析+肿瘤预后模型构建+验证实验思路的生信文章“Identificationofanovelimmune-relatedgenesignatureforprognosisandthetumormicroenvironmentinpatientswithuvealmelanomacombiningsingle-cellandbulksequencingdata

生信风暴·2023-11-02 14:09

2021-03-03

通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，

85164760f6ac·2023-11-02 14:56

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

读取数据集2.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞

QomolangmaH·2023-11-02 05:04

## 单细胞文献14-单细胞测序揭示人肝驻留免疫细胞的异质性

Single-cellRNAsequencingrevealstheheterogeneityofliver-residentimmunecellsinhuman，2020年6月发表在CellDiscov，去年影响因子：6.255，现在是：10.849，这个杂志这两年接收了大量单细胞测序的文章

土豆学生信·2023-11-02 02:42

转录因子的研究思路

转录因子（Transcriptionfactor，TF)是一种能与特异DNA序列结合的蛋白，可以单独或与其他蛋白形成复合体，提高或阻断特定基因对RNA聚合酶的招募，调控基因的表达。

博士苑·2023-11-01 16:52

谈思生物医疗直播 | 霍德生物研发中心负责人王安欣博士“iPSC衍生神经细胞产品全悬浮自动化工艺及特殊质控方法开发”

iPSC可以做到单细胞克隆来源的稳定的细胞库，通过从WCB进行定向分化实现大规模批次生产和质控，批次之间差异可以非常小。iPSC向人体终

TaasLabs·2023-11-01 11:56

数据分析、大数据分析和人工智能之间的区别

数据分析可以针对不同的数据来源和类型，包括但不限于数据库、Excel、SPSS等，分析方法包括描述性统计、因子分析、聚类分析等。

白牛DATA·2023-11-01 05:01

Meta发布多模态模型SeamlessM4T——可无缝翻译和转录语音和文本

机器翻译一直是人工智能研究的焦点，毕竟这个世界上的语言种类太多，文字更是数不胜数。如何打通人类的文字与语言，一直是研究人员研究的重点。在以往的机器翻译上，人类一直是使用类似查表的方式，很多年前的机器翻译直接是另外一个语言对应另外一个语言的单词进行生生的对应，使用机器翻译的文字，大家一看便是机器翻译的。更多transformer，VIT，swintranformer参考头条号：人工智能研究所动画详解

人工智能研究所·2023-11-01 05:54

WGBS vs RRBS

这是研究细胞发育、转录沉默和发现新的生物标志物的一个有趣的方面。为什么使用亚硫酸氢盐测序法?基于NGS的DNA甲基化分析的目的是研究基因组DNA，发现基因组中单个胞嘧啶或整个区

生信start_site·2023-11-01 03:21

单细胞108篇文献解读之2---Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibrob...

2、天罡星玉麒麟卢俊义2018年12月的NC文章：Spatiallyandfunctionallydistinctsubclassesofbreastcancer-associatedfibroblastsrevealedbysinglecellRNAsequencingimage.png附件在：https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.10

Seurat_Satija·2023-11-01 02:14

发布不到一月的4+经典单细胞+预后模型生信思路，可复现可升级

今天给同学们分享一篇单细胞+预后模型的生信文章“Integratingsingle-cellandbulkRNAsequencingtopredictprognosisandimmunotherapyresponseinprostatecancer

生信风暴·2023-11-01 02:02

泛癌+单细胞+免疫+实验，一套组合拳教你拿下11+

今天给同学们分享一篇生信文章“Apan-canceranalysisshowsimmunoevasivecharacteristicsinNRF2hyperactivesquamousmalignancies”，这篇文章于2023年2月27日发表在RedoxBiol期刊上，影响因子为11.4。NRF2通路在各种癌症类型中经常被激活，然而目前缺乏对其在不同恶性肿瘤中的综合分析。作者开发了一个NRF2

生信风暴·2023-11-01 02:32

2022-05-13

具体来说，科学家们以单细胞分辨率监

图灵基因·2023-11-01 01:55

BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量PCR试剂盒

使用BIOGHSCSuperMultiProbeOneStepKit，逆转录和定量PCR在一个反应管内一步完成，中间无开管和移液动作，操作非常简便，也大大提高了实验的效率，并降低了反应的污

砚无声88·2023-10-31 22:01

【必备技能】基因注释方法合集

前几天拿到了一个数据，需要做基因注释，是从转录本ID（ENSTxxxxxxxxxx）转为基因ID。

研平方·2023-10-31 19:36

本周最新文献速递20220313

Predictionofhistonepost-translationalmodificationpatternsbasedonnascenttranscriptiondata不想看英文题目：基于新生转录数据的组蛋白翻译后修饰模式预测杂志和影响因子

橙子牛奶糖·2023-10-31 18:02

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