单细胞转录因子分析第18页

免疫组库数据分析||immunarch教程：Clonotypes annotation

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR前情提要：10×Genomics单细胞免疫组库

周运来就是我·2023-10-25 09:24

单细胞中的标准化和PCA：哈佛生信课程学习（一）

搬运自哈佛生物信息课程：《IntroductiontoSingle-cellRNA-seq》链接：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/lessons/05_normalization_and_PCA.html本节主要内容：CountNormalizationandPrincipalComponentAnalysisAfterattainingourhig

BINBINCC·2023-10-25 05:00

电泳迁移率变动（EMSA）实验原理

基于DNA-蛋白质或RNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中有不同迁移率的原理，当转录因子与特异的DNA或RNA结合后，其在PAGE中的迁移率将小于未结合核蛋白转录因子的DNA

今日之森·2023-10-25 05:19

单细胞 RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群

2021年5月27日，美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章，该研究采用单细胞RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌

晶典教你玩转科研·2023-10-25 03:56

10X单细胞空间联合分析之十一（CellTrek）

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，第一天分享一个简单的内容，就是一个新的单细胞空间分析的软件，CellTrek，这个软件最新的地方在于添加了细胞之间的共定位分析，文章在Spatialchartingofsinglecelltranscriptomesintissues

单细胞空间交响乐·2023-10-24 21:01

单细胞预测doublets软件

在做单细胞测序时，常常出现一定比例的doublets,可以通过DoubletFinder去除。

生信编程日常·2023-10-24 07:51

跟着NatureMetabolism学作图：R语言ggplot2转录组差异表达火山图

论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论

凉亭下·2023-10-24 06:42

云原生架构及演进

本文是由AIOps社区举办的《云原生架构演进》meetup转录而来，嘉宾张晋涛，ApacheAPISIXPMCKubernetesingress-nginxreviewer，containerd/Docker

云智慧AIOps社区·2023-10-24 06:42

景联文科技：针对敏感数据的安全转录服务，护航信息安全

针对数据的安全转录服务，主要是为了确保数据在转录过程中的安全性和隐私保护。这些服务通常会采用一系列严格的安全措施，如数据加密、访问控制、数据脱敏等，以确保敏感数据不会被泄露或滥用。

景联文科技·2023-10-24 06:10

RT-PCR，QRT-PCR，real-timePCR之间的区别

RT-PCR：反转录baiPCR(reversetranscription-PCR)，是聚合酶链式反应(PCR)的一种广泛应用的变形。

斗战胜佛oh·2023-10-24 05:04

pyscenic的结果不可重复

一、pyscenic的结果不可重复最近在运行pyscenic的结果的时候发现了两次相同参数相同数据的结果存在不一致，回溯发现scenic的第一步GRN的结果已经出现了差异，转录因子和目标基因之间的importance

纷纷不可诉·2023-10-23 15:50

无央，原来是古汉语！

下面转录几处古文中的出处：《吕氏春秋·知化》:“今释越而伐齐，譬之犹惧虎而刺猏，虽胜之，其后患无央。”汉霍去病《琴歌》:“国家安寧，乐无央兮。”

魚十三·2023-10-23 14:23

技术方法-谱系追踪_Cell Stem Cell

安哥生个信·2023-10-23 13:31

单细胞矩阵iNMF分解

scINSIGHTforinterpretingsingle-cellgeneexpressionfrombiologicallyheterogeneousdata》的文章，利用IntegrateNMF的方法解决单细胞批次整合的问题越来越多的

小潤澤·2023-10-23 12:58

发文很难吗？你只需要一个逆向思维：肿瘤TF预后

今天小编给大家带来不一样的TF肿瘤预后分析，文章发表于今年2月份FrontiersinOncology（IF：4.1）杂志，这是一篇干湿结合的关于胃癌转录因子调控影响预后的文章，实验做法简单明了，感兴趣的小伙伴可以扫码哦

概普生信·2023-10-23 10:17

使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引

凉亭下·2023-10-23 08:34

时间序列的单细胞转录组数据分析

——恩格斯单细胞转录组数据分析在阐述多细胞生物发育与疾病进程方面已经开发了多种新的方法，如比较有名的轨迹推断(TI，trajectoryinference)。

周运来就是我·2023-10-23 08:12

单细胞36计之31---RPKM、FPKM、TPM

基础不牢，地动山摇，单细胞有时候也要计算这些值。

Seurat_Satija·2023-10-23 07:33

组合因子分析 —— F-Score因子

1、因子概述Piotroski（2000）使用三大类9个指标来衡量一家公司的好坏，分数高说明这家公司盈利能力强、财务状况好、经营效率高，整体比较健康，反之，分数低表明公司盈利能力弱、财务状态差、经营效率低下。他虽然用的是美国市场的数据，但是在中国市场，这套打分体系也有一定的区分度。fscore2、因子选择与处理1、以每年的5月1日、9月1日、11月1日为调仓日，对所有股票进行F-Score打分。所

domodo2020·2023-10-23 06:02

「文献06」植入前胚胎的染色质可及性和转录组图谱

日期：2019年2月9日——2019-Week6分类：「思路,方法」题目：Anintegratedchromatinaccessibilityandtranscriptomelandscapeofhumanpre-implantationembryosDOI:https://www.nature.com/articles/s41467-018-08244-0.pdf杂志：NatureCommuni

六六_ryx·2023-10-23 05:28

学习小组Day7——林瑶

一代测序（Sanger测序）：利用双脱氧核苷酸ddNTP去摸索DNA分子二代测序构建DNA文库上样桥式PCR测序名词结构化基因组学（核酸序列分析）转录组学（基因表达分析）蛋白质组学代谢组学Day7.png

瑶_4ff9·2023-10-23 05:18

单细胞测序文章图表复现05—免疫细胞亚群再分类

本文是参考学习CNS图表复现04—单细胞聚类分群的resolution参数问题的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-10-23 00:30

文献翻译--转录因子对可变剪接调控网络的多层控制

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276517300370摘要：协调的可变剪接事件网络在发育和疾病中起着至关重要的作用。然而，对调节这些网络的因素缺乏全面的了解。我们描述了一个高通量系统，用于系统地将反式作用因子与内源性RNA调节事件联系起来。利用这个系统，我们确定了数百个与不同调控层相关的因子，这些调控层积极或消极地控制

ECHO1216·2023-10-22 22:37

MIT 生物信息课程

DeepLearningforRegulatoryGenomics(Lecture08):在了解了基因调控的基本概念之后，这门课程进一步介绍了如何使用深度学习来预测和理解调控器结合和转录因子的绑定。

丸丸丸子w·2023-10-22 19:02

因子分析 factor analysis (二 ) ：因子分析模型

因子分析系列博文:因子分析factoranalysis(一)：模型的理论推导因子分析factoranalysis(二)：因子分析模型因子分析factoranalysis(三)：因子载荷矩阵的估计方法因子分析

wamg潇潇·2023-10-22 08:04

因子分析 factor analysis (六) ：用因子分析法进行综合评价

因子分析系列博文:因子分析factoranalysis(一)：模型的理论推导因子分析factoranalysis(二)：因子分析模型因子分析factoranalysis(三)：因子载荷矩阵的估计方法因子分析

wamg潇潇·2023-10-22 08:04

R语言：因子分析 factor analysis

文章目录因子分析数据集处理步骤主成分法做因子分析最大似然法做因子分析因子分析因子分析的用途与主成分分析类似，它也是一种降维方法。

Cachel wood·2023-10-22 08:03

临床咨询心理学家（三）

记录信息：以书面、电子形式输入、转录、记录、存储或维护信息。向他人解释信息含义：翻译或解释信息的含义，以及该如何使用它们。详细工作活动通过观察、访谈或调查，从人们那里收

大智的自我养成手册·2023-10-22 07:34

GFAP---Gene family模块

区别点在于，该模块所针对是非转录因子且在植物中较为常见的基因家族，比如LRR,ABC家族等，至于我为什么知道这些家族是常见的，我估计应该不会告诉你我是翻阅了近500篇家族分析文章总结来的吧~秀一下界面吧稍微补充一个功能

许东·2023-10-22 05:17

本周最新文献速递20210516

20210516一文献题目：Landscapeofallele-specifictranscriptionfactorbindinginthehumangenome不想看英文题目：人类基因组中等位基因特异性转录因子结合图谱杂志和影响因子

橙子牛奶糖·2023-10-22 04:20

【RNA structures】RNA转录的重构和前沿测序技术

文章目录RNA转录重建1先简单介绍一下测序相关技术2MaptoGenomeMethods2.1Step1Mappingreadstothegenome2.2Step2Dealwithsplicedreads2.3Step3Resolveindividualtranscriptsandtheirexpressionlevels3Align-de-novoapproaches3.1Step1

丸丸丸子w·2023-10-21 22:02

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

目录第一课课程介绍第二课RNAseq技术第三课RNAseq发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲

Drone_xjw·2023-10-21 20:42

2021-12-31

前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：人们对肿瘤克隆在组织内是如何组织的，以及癌症的发展在多大程度上是由克隆特异性遗传畸变或环境线索驱动的仍然知之甚少，依然需要有新的方法来整合基因组、转录组和空间的规模测量

图灵基因·2023-10-21 17:17

2022-04-02

CancerCell|高通量单细胞分析胶质母细胞瘤异质性原创骄阳似我图灵基因2022-04-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：作者及其研究团队使用高通量单细胞基因组分析方法来描述原发性胶质母细胞瘤以及匹配的患者来源的外植体和胶质球细胞系的遗传和转录组异质性

图灵基因·2023-10-21 16:12

分享一篇 Science 里不同批次的单细胞数据整合及批次校正方法

science.jpg分享一篇Science里不同批次的单细胞数据整合及批次校正方法[1]ZhengL,QinS,SiW,WangA,XingB,GaoR,RenX,WangL,WuX,ZhangJ,WuN

木舟笔记·2023-10-21 14:02

PhenoGraph聚类算法

单细胞域（domai

_linun_·2023-10-21 11:56

5.单细胞 RNA-seq：质控后相关流程

单细胞RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞，我们可以继续后续流程。最终，我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型，但是还有几个步骤需要完成。

denghb001·2023-10-21 10:09

2019文献汇总 | 单细胞与病毒感染

我的单细胞测序project主要是做炎症相关的单细胞转录分析，在检索paper的过程中，发现有关单细胞测序和病毒相关的文献是很少的，大致统计一下也不过十几篇，追根究底可能有两个方面的原因：（1）我们做感染的还是很穷哒

生信宝典·2023-10-21 09:32

BBKNN：python单细胞样本整合和批次效应处理算法

2020.09.09本教程介绍了Scanpy包自带的用于整合样本，并处理批次效应的BBKNN算法和用于对比的ingest基础算法。本文主要从函数的理解、软件包的使用和结果的解释入手，在PBMC和Pancreas两个数据集上实现，偏重于应用，基本不涉及批次效应的理论。批次效应的理论原理将在未来通过2篇论文来解释。1.依赖：（1）数据集（全部需要挂VPN）：PBMC：pbmc3k_processed(

切瓜少年·2023-10-21 01:02

CCPlotR | 轻松拿捏单细胞分析之细胞交互！~

1写在前面周末了各位，昨天去看了奥本海默，不得不说，大神就是大神。比起我们的电影，似乎诺兰更好地还原了奥本海默的真实。言归正传，今天分享的是CCPlotR包，用于基于scRNAseq数据推断细胞间相互作用的可视化。2用到的包rm(list=ls())#devtools::install_github("Sarah145/CCPlotR")library(tidyverse)library(CCPl

生信漫卷·2023-10-20 23:31

单细胞必学R包！~（一）（预处理与降维聚类）

1写在前面忙碌的一周结束了，终于迎来周末了。这周的手术真的是做到崩溃，2天的手术都过点了。真的希望有时间静下来思考一下。最近的教程可能会陆续写一下Monocle3，炙手可热啊，欢迎大家分享经验。2用到的包rm(list=ls())library(tidyverse)library(monocle3)3示例数据这里我们用一下准备好的示例数据，出自这篇paper：https://www.science

生信漫卷·2023-10-20 23:55

模式植物GO背景基因集制作

本期教程点击访问原文：模式植物GO背景基因集制作前言我们在做转录组数据分析时，大多数都会进行功

小杜的生信筆記·2023-10-20 21:47

婚姻是什么

不便原文转录，我就总结一下里面的几个观点吧。观点一，婚姻是有所图的，双方都在寻求价值最大化，目标是1+1大于2。

周言麟·2023-10-20 15:15

【量化交易笔记】9.量化投资理论及一般流程

现在量化平台的因子分析，都是基于截面数据做分析和研究。从广义上讲，其实还有一种数据类型，面板数据，综合了截面数据和时间序列两个维度，不局限于股票，如CPI数据，各种工业指数等。在量

cndrip·2023-10-20 14:08

空间转录组介绍

而最受欢迎的，莫过于空间转录组的培训，动辄就上千人，而且大家的提问也很热烈，充分显示了科研工作者对这项刚推出不久的新技术的浓厚兴趣。今天，就带大家全面了解一下这项新技术——Visium空间转录组测序。

空谷百合花·2023-10-20 11:18

10.差异基因表达和分析的理论知识

一、基础知识基因表达(geneexpression)：是指细胞在生命过程中，把储存在DNA中遗传信息(碱基顺序)经过转录和翻译，转变成具有生物活性的蛋白质分子。

NiKasu·2023-10-19 18:28

《共情的力量》第三章

前者的第一个标题是单细胞生物竟然也会社交。

画堂春sd·2023-10-19 18:10

凌恩快讯 | 凌恩生物联手墨卓生物，为中国科研注入国人力量！

凌恩生物又添新设备，成功引进墨卓生物科技高稳定、高性价比的MobiNova®单细胞解决方案，构建凌恩单细胞组学产线，这一产品线的构建，将极大拓展凌恩生物在农学、医学相关科研领域的服务范围，为中国的单细胞科研注入国人力量

SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:53

单细胞学习3

cluster不同聚类方法比较normmlization，去除一些批次效应等外部因素。通过对表达矩阵的矩阵的聚类，对细胞群体进行分类。无监督聚类：hierarchicalclustering，k-meansclustering，graph-basedclustering。library(SingleCellExperiment)deng<-readRDS("D:/paopaoR/mass/deng

soleil要好好学习呀·2023-10-19 16:02

一文读懂 ChIPseq

ChIP指染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP），seq指的是二代测序方法作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况原理：染色质免疫共沉淀+二代测序应用：常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究二

白墨石·2023-10-19 15:32

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