单细胞转录因子分析第14页

因子分析例题（多元统计分析期末复习）

例一设某客观现象可用X{X}X=(X1{X_1}X1，X2{X_2}X2，X3{X_3}X3)’来描述，在因子分析时，从约相关阵出发计算特征值为λ1{λ_1}λ1=1.754，λ2{λ_2}λ2=1，λ3

倒杯Whisky·2023-11-28 07:39

10X单细胞空间研究揭示单核细胞 - 巨噬细胞空间动力学促进早期肥胖的前冠状生态位

开心的话，点个赞呗~~~今天我们继续单细胞空间的分析内容，参考文章在Monocyte-macrophagespatialdynamicspromotepre-crown-likenichesinearlyobesity

单细胞空间交响乐·2023-11-28 07:22

SeamlessM4T 本地部署 + 语音翻译APP 【干货】

SeamlessM4TSeamlessM4T是Meta发布的一款能够转录和翻译近100种语言的一体化AI大模型。可以到官方演示地址进行体验。可以直接使用我改好的项目。

isSamle·2023-11-28 06:53

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2023-11-28 03:00

单细胞数据分析||Statistical analysis for scRNAseq data

参考CathyMAUGIS-RABUSSEAUAndrews,T.S.andHemberg,M.(2018).Identifyingcellpopulationswithscrnaseq.Molecularaspectsofmedicine,59:114–122.Brennecke,P.,Anders,S.,Kim,J.K.,Kołodziejczyk,A.A.,Zhang,X.,Proserpi

周运来就是我·2023-11-28 00:02

RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)

前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。

李诚0921·2023-11-27 23:29

正态分布的检验使用场景，以及因子分析

变量的筛选和描述统计因子分析因子分析法，其实质不是对数据进行数学变换，而是对于具有复杂相关关系的原始指标x1x2···(P个)，通过寻找原始变量的共同方面来简化存在于原始变量之间的复杂关系，把各个测量本质相同的变量归入一个因子

汀沿河·2023-11-27 12:08

单细胞表达矩阵文件转换

先附上学习连接https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg这个问题之前也遇到过，在此搬个小板凳来学习学习数据下载由于工作站暂时连接不上，所以打算利用Windows来下载，但是传统方法下载的gz结尾的csv文件貌似有损坏我是利用powershell来下载的首先在cmd输入startpowershell然后回车，进入powershell的界面在这个

小潤澤·2023-11-27 08:07

超全总结 | 用于空间分辨转录组数据分析的统计和机器学习方法

今天小编分享的这篇paper是来自《Genomebiology》的综述，其回顾了空间转录组学中统计和机器学习方法的最新发展，总结了有用的资源。

尐尐呅·2023-11-27 08:24

单细胞转录组中 UMAP的安装

InstallingUMAPdependsuponscikit-learn,andthusscikit-learn'sdependenciessuchasnumpyandscipy.UMAPaddsarequirementfornumbaforperformancereasons.TheoriginalversionusedCython,buttheimprovedcodeclarity,simp

常在心Vane·2023-11-27 06:33

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--03

案例6研究背景性二态(Sexualdimorphism)一直是进化生物学家关注的热点问题。两栖动物具有丰富的性二态特征，繁殖期的雄性雷山髭蟾在上颌的皮肤形成角质刺，而雌性则没有这种特征。除性染色体上的基因外，大多数的基因组在雄性和雌性之间是共享的，所以性二态往往是由基因在性别间差异性表达引起的。由于缺乏参考基因组，很少有研究能够将性别差异表达模式与特定的性二态特征联系起来，与性二态性状相关的重要生

百迈客生物·2023-11-27 03:40

单细胞seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵

根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10XGenomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本

生信小博士·2023-11-27 02:06

机器学习——主成分分析法(PCA)

目录简介代码实现主成分分析法、层次分析法、因子分析法的选取和使用简介优点：1、降维2、过滤因素之间的相关性由特征向量构成，而且每个特征向量无关性决定了主成分的分量线性无关。

bw876720687·2023-11-26 18:33

茶学文献2020-12-09

MetabolitesandTranscriptionalProfilingAnalysisRevealtheMolecularMechanismsoftheAnthocyaninMetabolisminthe“Zijuan”TeaPlant(Camelliasinensisvar.assamica)通过代谢物和转录组揭示

茶与生信2021·2023-11-26 10:12

2022-11-10

NatMeth|AI通过单细胞数据发现组织显微解剖结构原创存在一棵树图灵基因2022-11-1010:53发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=47.990推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点

图灵基因·2023-11-26 08:22

这篇11分文章还留了个宝藏给你

：11.878)的一篇文章，“Anatlasoftheaginglungmappedbysinglecelltranscriptomicsanddeeptissueproteomics”，本文通过联合单细胞转录组测序技术和蛋白质谱去分析了衰老对小鼠肺组织细胞活性的影响

科研菌·2023-11-26 06:41

CDS和ncRNA的分物种数据库

收集了大多数物种的DNA,protein,CDS,ncRNA信息1.DNA不用说，就是基因组信息2.protein，就是编码的蛋白质信息3.CDS(CodingDNASequence)即编码序列DNA转录成

bioinfo2011·2023-11-26 02:09

10X空间转录组学定义肝脏分区和结构成分的转录模式

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，今天我们要继续分析我们的空间转录组的个性化分析，文章在SpatialTranscriptomicstodefinetranscriptionalpatternsofzonationandstructuralcomponentsintheliver

单细胞空间交响乐·2023-11-25 22:07

通过Whisper模型将YouTube播放列表中的视频转换成高质量文字稿的项目

这个基于Python的工具旨在将YouTube视频和播放列表转录为文本。

希尔贝壳AISHELL·2023-11-25 22:09

长文讲清荧光定量PCR（最新版）q-pcr rt-pcr

答：RT-PCR就是逆转录PCR（reversetranscriptionPCR，RT-PCR），是聚合酶链式反应(PCR)的一种广泛应用的变形。在RT-PCR中，一条

生信小博士·2023-11-25 15:03

Smart-seq total 2021

Single-cellquantificationofabroadRNAspectrumrevealsuniquenoncodingpatternsassociatedwithcelltypesandstates期刊：PNAS通讯作者：StephenR.Quake1.背景每个细胞转录了近

韧_7e6f·2023-11-25 15:36

qRT-PCR相对定量计算详解qPCR相对定量计算方式——2^-(∆∆Ct) deta t

做完转录组分析之后，一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。

生信小博士·2023-11-25 15:01

scDrug：从scRNA-seq到药物反应预测

scRNA-seq技术允许在转录组水平上对数千个细胞进行测量。scRNA-seq正在成为研究肿瘤微环境中细胞成分及其相互作用的重要工具。

tzc_fly·2023-11-25 14:38

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析

作者，追风少年i系统总结nichenet多条件通讯差异分析通讯软件nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet，10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和

单细胞空间交响乐·2023-11-25 11:56

科研“出圈”必备——空间组学技术

通过量化数十到数百个基因、转录物或蛋白质，空间组学能够在自然组织或细胞结构的背景下收集有价值的分子、细胞和微环境信息。

尐尐呅·2023-11-25 09:50

NC：樊嘉/杨欣荣合作团队等报道单细胞测序解析肝癌循环肿瘤细胞的时空异质性和免疫逃逸新机制

论文通过单细胞

尐尐呅·2023-11-25 07:54

单细胞转录组数据分析课件||6. Dimensionality reduction of scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞数据分析过程中的降维分析。为什么要降维？在单细胞分析中两种降维方式的区别？

周运来就是我·2023-11-25 07:27

SPSSAU教程03：信效度分析指标解读

效度分析用于测量题项设计是否合理，通过因子分析方法进行验证。2信度与效度的关系信度是效度的基础，必须要有信度才有效度。信度低，效度不可能高，但

spssau·2023-11-25 06:18

文献解读 | 单细胞转录组图谱揭示了茶叶中儿茶素酯的发育轨迹和新的代谢途径

题目：Single-celltranscriptomeatlasrevealsdevelopmentaltrajectoriesandanovelmetabolicpathwayofcatechinestersintealeaves发表日期：2022年7月发表期刊：PlantBiotechnologyJournal影响因子：13.263实验方法：10xGenomics、LC-MS、BulkRNA-

爱基百客·2023-11-24 23:58

文献解读 | 单细胞转录组助力解析水稻早期花序的发育轨迹机制

作者利用单细胞转录组对水稻花序进行分

爱基百客·2023-11-24 23:27

单细胞专题 | 带你“走近”单细胞转录组测序

◆单细胞测序的概念◆上节我们讲到转录组测序相关内容，这期将继续学习单细胞转录组测序。

爱基百客·2023-11-24 23:27

关于植物单细胞转录组提核还是制备原生质体的思考

目前植物单细胞转录组测序主流平台的输入都是原生质体悬液或者细胞核悬液。那么到底采用哪种更好呢？啥？成年人少做选择？看看账上，摸摸兜里，得有财力支持啊！本期，聊聊这个主题，有错的话请读者留言批评。

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:56

转录调控 | 基因集富集分析（GSEA）介绍

很多人会好奇为什么当KEGG、GO等常规差异富集结果中没有富集到我关注的通路时，大家会推荐进行GSEA分析呢？GSEA分析到底是什么？为什么KEGG、GO都可以进行该分析?那么就让我们在本篇文章中一起来揭开GSEA的神秘面纱，希望下面的分享对大家后续的学术研究有所帮助。基本概念GSEA(GeneSetEnrichmentAnalysis)：基因集富集分析,其基本思想是使用预定义的基因集，把基因按照

诺禾致源·2023-11-24 23:01

和自己内卷

我曾不止一次的幻想过祖宗保佑，让我中个彩票，然后凭借存款利息过上单细胞生物的生活。也曾不止一次幻想过老天可怜，以我父母不幸的婚姻作为交换，赐我一个“瞎了眼”的富婆。

东北大呲花_52a6·2023-11-24 22:05

自然综述：单细胞和空间组的数据整合方法

然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关系，而空间转录组并不能区分出特定的细胞。

概普生信·2023-11-24 18:29

文献分享 | 长链非编码RNAs(lncRNAs)分析流程 | 转录组分析流程

前言：这是一篇可以归纳与纯生信的文章，做转录组数据分析都适用学习，基础型文章。这篇文章发表期刊：MBCGenomics，属于二区期刊。

小杜的生信筆記·2023-11-24 18:26

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（五）：Repertoire overlap and public clonotypes

免疫组库重叠分析免疫组库重叠（Repertoireoverlap）是度量不同样本之间TCR或BCR库相似性的最常用方法。它是通过计算在给定的Repertoire之间共享的克隆型（也称为“公共”克隆型）的特定统计数据来实现的。immunarch提供了几个指标：-公共克隆型的数量(.method="public")-一个重叠相似性的经典度量指标。overlapcoefficient，重叠系数(.met

Davey1220·2023-11-24 18:28

公司如何像城市一样更好地生存？

从能量守恒，到星系星罗棋布，我们的宇宙是如此复杂；从单细胞的细菌，到高智商的人类，我们的生命是如此多样。世间万事万物几乎任何可量化的特点都与“规模”存

熊熊Eva·2023-11-24 13:12

单细胞多样本整合之harmony

GSE1175701.下载和读取数据rm(list=ls())library(stringr)library(Seurat)library(dplyr)f=dir("GSE117570_RAW/");f##[1]"GSM3304007_P1_Tumor_processed_data.txt.gz"##[2]"GSM3304011_P3_Tumor_processed_data.txt.gz"##[

小洁忘了怎么分身·2023-11-24 09:46

高中生物知识31个顺口溜+35个重要概念！速记，学霸必备

2.细胞的结构中有关细胞膜的记忆线叶双(线粒体、叶绿体有双层膜)无心糖(没有膜结构的是中心体和核糖体)3.原核生物、真核生物中易混的单细胞生物区分记忆a.原核生物：一(衣原体)支(支原体)细(细菌)蓝(

豪爵吸金ing·2023-11-24 09:06

空间转录组技术在肿瘤免疫治疗中的应用潜力

为了提高免疫疗法的疗效，研究人员已经使用空间转录组技术来识别并随后阻断肿瘤异质性的来源。原位杂交原位杂交(ISH)是一种使细胞或组织中特定DNA或RNA分子

尐尐呅·2023-11-24 07:08

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（二）：数据降维可视化

第二节：数据降维可视化加载所需的R包和质控过滤后的数据首先，我们加载分析所需的R包和上一节中质控过滤后的数据集。#加载所需的R包suppressPackageStartupMessages({library(Seurat)library(cowplot)library(ggplot2)library(scran)})#加载质控过滤后的数据alldata<-readRDS("data/results

Davey1220·2023-11-24 01:30

等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理

在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！

生物信息与育种·2023-11-23 22:43

神奇的小球藻（功效篇）

来源：《绿藻食疗网》之前跟大家介绍了有“营养之王”和“排毒圣品”的单细胞植物—小球藻，或许有人会问小球藻真的有这么神奇吗？

jocelyn_wing·2023-11-23 14:57

胶质母细胞瘤免疫亚型分析+免疫组化发8+分SCI

本研究作者对单细胞转录组和bulk转录组数据集进行分析，鉴定到了一个新的GBM细胞亚型，随后构建的11-基因分类器有助于将GBM划分为对预后和抗PD-1治疗效果不同的亚组。

JUpter_·2023-11-23 13:59

分享-Spss下载含spss25.spss26.spss27等版本

统计分析：SPSS27支持多种统计方法，包括描述性统计、方差分析、回归分析、聚类分析、因子分析等。数据可视化：SPSS27可以生成多种图表，如条形图、饼图、散点图、箱线图等，

榕先生·2023-11-23 10:46

非因解读 | Multiplex immunofluorescnece-多重免疫荧光结合单细胞蛋白组技术探索肿瘤微环境

Multipleximmunofluorescence-多重免疫荧光结合单细胞蛋白组技术探索肿瘤微环境技术背景：解析组织原位蛋白表达谱信息，并在单细胞层面进行深入的全方位数据解读已经成为了肿瘤微环境研究的下一个热门领域

FynnBio·2023-11-23 09:22

为什么受伤的总是你？因为你“单蠢”了啊！

单，就是简单，就像单细胞动物，伤到头了抱头，伤到脚了抱脚，只有动物的本能反应。

何初见·2023-11-23 07:24

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。

Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

关联突变与用药部分逻辑代码实现

项目地址https://github.com/user-tq/anvcivi直接用civic下载的文件进行简单的数据清洗，使用MANE下载的文件构造基因与转录本的字典(解决annovar的转录本问题)，

无话_·2023-11-22 22:35

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单细胞转录因子分析