单细胞转录因子分析

Cell | 单细胞测序描绘骨髓间质完整的细胞类群(转载)

Cell|单细胞测序描绘骨髓间质完整的细胞类群原创：章台柳BioArt今天撰文|章台柳责编|兮间质存在于每个器官，对器官的发育、稳态维持及修复都非常重要，但对其定义一直都不清晰。
天涯清水·2023-12-16 15:45

2020-12-24 文献阅读

Phenotypicvariationoftranscriptomiccelltypesinmousemotorcortex科学问题：目前对于大脑皮层神经元的研究并没有同时检测神经元转录组和电生理的特征
Zane_bio·2023-12-16 12:47

Seurat Weekly NO.17 || 一个R包的CNS之路

seurat发展历史，cns之路在单细胞数据分析中，特别是对初学者来说，Seurat是一个教科书级别的工具。
周运来就是我·2023-12-16 10:16

10个野兽级Chrome插件AI

10个Chrome扩展程序，将把你变成一个生产力野兽：1、fireflies.ai在浏览器中使用人工智能：-记录和转录会议-总结电子邮件和文档-总结YouTube视频、新闻文章等。
极道Jdon·2023-12-16 10:40

2022-05-14 multiqc时 解决ImportError: cannot import name 'OrderedDict' from 'typing_extensions'报错

image.png今天在做转录组测序数据multiqc时，出现这个错误，反复用condainstallmultiqc问题还是得不到解决。
小孟在充电·2023-12-16 05:44

诺禾单细胞测序助力杨树茎干组织的单细胞转录组图谱绘制

2021年11月22日，诺禾致源单细胞客户在GenomeBiology（IF=13.583）上发表了题为“Transcriptionallandscapeofhighlylignifiedpoplarstemsatsingle-cellresolution
诺禾致源·2023-12-16 05:53

【数学建模】《实战数学建模：例题与讲解》第十三讲-相关分析（含Matlab代码）

【数学建模】《实战数学建模：例题与讲解》第十三讲-相关分析（含Matlab代码）基本概念典型相关分析综合评价模型对应分析因子分析聚类分析习题10.41.题目要求2.解题过程3.程序习题10.51.题目要求
zhushatong·2023-12-16 05:53

绘制scenic的转录因子调控网络图

其实我想画这张图，是scenic分析后转录因子的调控图。image.png出自健明大佬分享的教程SCENIC转录因子分析结果的解读我记得小洁老师讲过ceRNA调控网络有类似的图。
Seurat_Satija·2023-12-16 01:29

宏基因组学及宏转录组学分析工具MOCAT2（Meta‘omic Analysis Toolkit 2）安装配置及常用使用方法

MOCAT2（Meta'omicAnalysisToolkit2）是一个用于宏基因组和宏转录组数据分析的工具集，旨在处理和分析来自各种环境样品（如土壤、水体、肠道等）的宏基因组学和宏转录组学数据。
小果运维·2023-12-15 20:36

几个跟数字人项目相关的开源大模型

它使用WhisperLargev3来转录，使用openchat3.5AWQ作为语言助手，XTTSv2用来文本转语音。它的
希尔贝壳AISHELL·2023-12-15 18:08

Premiere Pro 2024 新功能有哪些？视频剪辑软件PR2024更新内容及问题修复

PR软件“基于文本的编辑”中的填充词检测与批量删除功能“基于文本的编辑”可让您检测“呃”和“嗯”填充词并批量删除它们，从而使您的转录文本更加准确。
动设·2023-12-15 15:41

时空CNV分析导论

最近有人问我为什么开始收费了，我真的是被别人抄袭害怕了，没办法，被老六给吓得~~~~好了，今天我们来分享关于空间CNV的分析内容，其实一开始对于空间转录组能否做CNV是存疑的，空间转录组的每个spot包含不止一个细胞
单细胞空间交响乐·2023-12-15 14:26

重新认识我们的大脑

但在数十亿年前，远古的海洋中出现了一些“复制子”，在进化的力量下，它们逐渐成为单细胞生物，接着又演化为动物、植物和微生物等，之后动物这条分支进化成各种原始鱼类，遍布大海。
东山东复东·2023-12-15 13:30

Backtrader 文档学习-Quickstart

优点是运行速度快，支持pandas的矢量运算；支持参数自动寻优运算，内置了talib股票分析技术指标库；支持多品种、多策略、多周期的回测和交易；支持pyflio、empyrica分析模块库、alphalens多因子分析模块库等
六月闻君·2023-12-15 11:34

朝向阳光的“孩子”——藻类

而有机物质又在小到基本没有的概率之中，成为了真正的生命，也就是最开始的单细胞古菌，古菌后来又
兰海粟·2023-12-15 11:30

生信小白Linux入门——安装Linux子系统

之前一直听闻Linux，但不是特别了解，直到前段时间学习转录组数据分析才真正接触到。Linux是什么？嗯….它一个操作系统，同windows，Mac都是好兄弟。
张小张__·2023-12-15 10:21

肿瘤单细胞的背景介绍

传统的分析方法难以全面系统的分析肿瘤的生态体系，而单细胞测序技术作为一种强而有力的手段，能为我们精确到各种亚类细胞层面剖析肿瘤。
黄佳佳_·2023-12-15 09:03

使用OpenAI Whipser开源模型实现长音频转录并结合GPT模型做文本翻译

一、前言在前面一篇文章《Whisper与ChatGPT联手，轻松实现音频转录文本总结》给大家介绍过如何使用OpenAI的在线API接口和开源的离线Whisper模型做语音转录文本，以及对于转录后的文本内容基于
技术狂潮AI·2023-12-15 05:50

【数学建模】《实战数学建模：例题与讲解》第十二讲-因子分析、判别分析（含Matlab代码）

【数学建模】《实战数学建模：例题与讲解》第十二讲-因子分析、判别分析（含Matlab代码）基本概念时间判别费歇判别贝叶斯判别习题10.31.题目要求2.解题过程3.程序4.结果习题10.6（1）1.题目要求
zhushatong·2023-12-15 03:00

【数学建模】《实战数学建模：例题与讲解》第十一讲-因子分析、聚类与主成分（含Matlab代码）

【数学建模】《实战数学建模：例题与讲解》第十一讲-因子分析、聚类与主成分（含Matlab代码）基本概念聚类分析Q型聚类分析R型聚类分析主成分分析因子分析习题10.11.题目要求2.解题过程3.程序4.结果习题
zhushatong·2023-12-15 03:59

利用ggplot绘制密度散点图（同时附带spearman的R和P值）

写在前面今天在看一篇单细胞文章的时候，看到一个挺精致的图形，如下图所示：密度散点图，我称之为“密度散点图”，因为它像我们平时看到的散点图类似，就是又加上了密度属性。
Kevin_Hhui·2023-12-14 15:49

Geneformer：计算生物学的大模型革新

近日，《Nature》杂志发表了关于Geneformer的研究，这是转录组计算生物学领域的第一个大模型。
努力犯错·2023-12-14 13:11

Hepatology（IF 17.425）| 明尼苏达大学Revelo教授团队通过单细胞转录组揭示肠道菌群加重脂肪肝的潜在机制

非酒精性脂肪肝（NASH）正迅速成为肝移植和肝衰竭的首要原因。肝炎是NASH的关键特征，但参与这一过程的免疫通路尚未充分阐明。B细胞是适应性免疫系统的细胞，是免疫反应的关键调节剂。然而，B细胞在NASH发病机制中的作用以及导致它们在肝脏中激活的潜在机制尚不清楚。美国明尼苏达大学XavierRevelo教授等研究团队在Hepatology（IF17.425）上发表了一项题为“Microbiota‐d
中科新生命·2023-12-06 21:09

分析空间转录组数据学习笔记

教程：https://www.jianshu.com/p/f6da86489784https://www.jianshu.com/p/07593e4d99a9新版10XVisium分析所要用到的两个软件：SpaceRanger-1.0.0(November25,2019)和LoupeBrowser4.0.0(December2,2019)SpaceRangerspacerangerangermkf
jiarf·2023-12-06 21:46

单细胞个性化细胞注释

关于单细胞中级的课程内容，前面已经有了三次直播。
生信小博士·2023-12-06 19:20

学习：StatQuest-总体参数

前言：一开始我们先举个例子，image.pnggenex可以编码不同转录本，有时候编码0个，多的时候编码将近40个，究竟编码多少转录本出现的情况多，我们可以做个直方图直方图，所谓参数，即它们的均值方差，
小潤澤·2023-12-06 14:03

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、real-time RT-PCR你真的区分的开吗？

RT-PCR就是逆转录PCR（reversetranscriptionPCR）或者称反转录PCR(reversetranscription-PCR,RT-PCR)，是聚合酶链式反应(PCR)的一种广泛应用的变形
喵喵456·2023-12-06 12:27

2018.8 深夜胡思乱想

每个假期把一定数额的日记转录成电子版将一篇篇一本本按照时间以文件形式收录翻阅并且听着歌打字大多无删减为更好还原在寂静的夜宁静的午后我好像把几段过往从头至尾又走了一遍历历在目感受至深不存在后悔之说走过的路遇见的人留下的走了的忘却的惦记的都是最好的安排欣然接受便是我不知道我究竟还要跌多少次跤才可以被生活打磨得无坚不摧无人可伤但或许一直像如今这般情感丰富偶尔横冲直撞总是好了伤疤忘了痛偶尔感伤多数时候潜意
金骏眉·2023-12-06 08:10

Nature子刊综述帮你总结知识点：癌症中的RNA，每个都是研究热点

事实上，转录因子活动的改变已被证明是一些癌症最常见亚型的驱动因素。
尐尐呅·2023-12-06 07:10

数据降维方法介绍（十）

第六种方法：因子分析（FactorAnalysis）姓名：何源学号：21011210073学院：通信工程学院转载：因子分析（FA）算法简述【嵌牛导读】因子分析法简介【嵌牛鼻子】因子分析法（FA）【嵌牛提问
科技小白不能再白了·2023-12-06 06:33

神奇的小球藻（功效篇）

来源：《绿藻食疗网》之前跟大家介绍了有“营养之王”和“排毒圣品”的单细胞植物—小球藻，或许有人会问小球藻真的有这么神奇吗？
jocelyn_wing·2023-12-06 02:56

慢病毒载体

慢病毒属于反转录病毒科，与该科其他病毒一样，病毒粒子携带ssRNA,必须反转录并整合至宿主细胞基因组（原病毒）产生有效感染。慢病毒的显著特点是其基因组复杂、圆柱形或圆锥形的核衣壳携带病毒基因组。
实验小助手·2023-12-05 22:26

一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie

本期的教程代码（部分）#!/bin/bash##使用fastq-dump解压sra数据#本数据集为双端数据#解压格式为fq.gzforiinSRR6929571SRR6929572SRR6929573SRR6929574SRR6929577SRR6929578;dopfastq-dump--split-files--threads20--gzip-s00_RawData/${i}.sra--out
小杜的生信筆記·2023-12-05 21:44

一个完整的转录组分析流程

本期的教程代码（部分）#!/bin/bash##使用fastq-dump解压sra数据#本数据集为双端数据#解压格式为fq.gzforiinSRR6929571SRR6929572SRR6929573SRR6929574SRR6929577SRR6929578;dopfastq-dump--split-files--threads20--gzip-s00_RawData/${i}.sra--out
小杜的生信筆記·2023-12-05 21:09

清空不同Resolution分群走向的历史信息

单细胞系列教程目录索引,持续更新...在对大类注释好的数据集进行亚群提取后，往往需要重新对子集进行聚类分群，但在使用下述代码对新子集进行不同粒度分群走向时绘图会混入meta.data中原始大类数据集的粒度分群走向信息
科研小徐·2023-12-05 17:38

文献速递||空间转录组-时空组学联盟4篇Stereo-seq模式物种文章

欢迎关注同名公主号：BBio2020年《NatureMethods》杂志将空间转录组学评选为Methodoftheyear，时至今日，空间转录组的应用已然如浪潮一般，滚滚而来。
BBio·2023-12-05 09:25

单细胞分析（三）——细胞分群单独展示

使用降维分析图展示marker基因大部分单细胞分析，以及seuratpackage这个包给出的示例，也都是某一marker基因在降维分析之后得到位置的表现。
生信小鹏·2023-12-05 05:57

互联网技术 淘汰着传统行业 也淘汰着人民的幸福

就像海洋，鲸鱼能活，小鱼小虾甚至海藻单细胞生物也能活，这才叫良好生态，不能只让鲸鱼活下去，而把小生物都淘汰掉。一个社会，大资本大企业应该干什么？难道是要倾尽它们的力量与小民争利吗？
小绿逗·2023-12-05 03:03

Nat Med：全转录组+蛋白质组联合揭示痴呆症病因

生命发展机理包含了多层次、多水平和多功能的复杂结构体系，单一组学研究已无法解释复杂的生物学动态过程，借助高通量技术发展积累的大量组学信息和数据，整合多组学数据可以对生物系统进行更全面的了解。如何利用多组学联合进行实验设计呢？下面请跟随小编的脚步，一起看看生物学大神们通过多组学联合分析能够得到什么有意思的发现呢？研究背景额颞叶痴呆(FTD)是一种高度遗传且常见的老年性痴呆病，病因可能为神经元胞体特发
中科新生命·2023-12-04 22:35

转录组重建系统发育（三）使用minimap2过滤掉序列中的叶绿体和线粒体基因

minimap2的使用非常简单，直接用叶绿体基因组与目标转录组数据比对minimap2-a../..
惊鸿影·2023-12-04 21:57

预测胶质瘤预后的铜结合蛋白的转录组学特征

结果解读： 铜结合蛋白的转录组表达共有85种蛋白质被确认具有结合铜的能力。这些蛋白质主要包括依赖铜的酶，包括细胞色素c氧化酶（CCO
生信风暴·2023-12-04 21:34

【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq

题记：因为我们在准备烟草某些部位单细胞样品的时候，质量和活性总是比较低，所以对于比较难制备的样品，有的人推荐我们尝试一下snRNA-seq。就去了解了一下snRNA-seq。
jjjscuedu·2023-12-04 19:44

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(六)

这一节，我们介绍一下单细胞生物学分析的内容PCA#加载包library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment
小潤澤·2023-12-04 18:04

单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图

单细胞系列已经说了很多关于基因可视化的方法了。
KS科研分享与服务·2023-12-04 15:59

酵母双杂交服务专题（二）

蛋白质之间的相互作用通过促进或抑制下游基因的转录，从而影响细胞的一系列生命过程。
卡梅德生物·2023-12-04 13:07

质谱流式细胞技术简介

中文名：质谱流式细胞技术外文名：MassCytometry技术：流式技术区别：标签系统的不同技术优势：通道数量增加到上百个基本概念：质谱流式细胞技术（MassCytometry）是利用质谱原理对单细胞进行多参数检测的流式技术
Seurat_Satija·2023-12-04 01:27

深度学习 -- 卷积神经网络

1、卷积神经网络的结构大卫·休伯尔(DavidHunterHubel)等人研究发现，猫的视皮层上存在简单细胞(simplecell)和复杂细胞(complexcell)，简单细胞会对感受野中特定朝向的线段做出反应
想做后端的前端·2023-12-03 17:14

神经影像和人类基因组关联分析的实践过程

神经影像和人类基因组关联分析的实践过程摘要引言实施步骤1.阶段1:处理转录图谱数据1.1步骤1:验证探针到基因的注释1.2步骤2:过滤探针1.3步骤3:选择代表性探针1.4步骤4:将组织样本分配到分块状的大脑区域
sta@ma@brain·2023-12-03 17:26

技术角 | 《架构即未来》之可扩展性组织的人员配置（中一）

文章既有摘转录，又有自我理解批注。本文是该书的第一部分的中间部分，是书中的第三章，主
zning1994·2023-12-03 16:55

植物王国的“觉醒”者——蕨

在植物进化的过程中，先后有了菌类藻类，有了苔藓，从单细胞到单细胞群到多细胞，都是一个个进化的过程，而在这一个个过程当中，还没有一个植物是可以站立起来的，蕨类是第1个。
R琳茜·2023-12-03 15:41
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