单细胞转录因子分析

2022-01-02

Science|肿瘤浸润性T细胞的泛癌单细胞图谱原创榴莲不酥图灵基因2022-01-0217:18收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：榴莲不酥IF=47.728推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文描述了TME中
图灵基因·2023-10-31 17:09

Abbkine GAPDH小鼠单克隆抗体解决方案

除了这一早已确立的代谢功能外，GAPDH最近还参与了一些非代谢过程，包括转录激活、细胞凋亡的启动、内质网到高尔基体小泡的穿梭以及快速轴突或轴浆运输。
Sylvia_sc·2023-10-31 14:15

IF: 4+ 通过共表达网络鉴定急性心肌梗死患者血小板转录组关键基因模块和通路

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你81篇原创内容-->公众号这期分享一篇贼简单的4+文章，2021年4月发表在AmJTranslRes.通过共表达网络（WGCNA）分别鉴定了ST段抬高型心肌梗死（STEMI）和非ST段抬高型心肌梗死（NSTEMI）中血小板相关的中枢基因。摘要急性心
90066456ace6·2023-10-31 09:55

cDNA_Cupcake处理Iso-Seq

该工具用于处理三代转录组（CCS）结果具体请关注：https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wikihttps://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake
斩毛毛·2023-10-31 01:42

10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理

这里演示了如何使用cell2location模型将单个细胞参考细胞类型映射到空间转录组数据集。
单细胞空间交响乐·2023-10-30 23:09

完整的单细胞分析流程——特征（基因）选择

背景我们经常在探索性分析中使用scRNA-seq数据来表征细胞间的异质性。诸如聚类和降维之类的过程会根据细胞的基因表达谱对细胞进行比较，这涉及将每个基因的差异汇总为一对细胞之间的单个（不相似）或相似的度量。用于此计算的基因的选择对度量的行为和下游分析方法的性能有重大影响。我们希望选择包含与系统生物学相关且有用信息的基因，同时删除包含随机噪声的基因。这旨在保留有趣的生物学过程的结构而不会使该结构模糊
麒麟991·2023-10-30 23:51

Plant Cell | DAP-seq和ATAC-seq助力构建玉米胚乳发育调控网络

三个关键转录因子，即NAKEDENDOSPERM1(NKD1)、NKD2和OPAQUE2(O2)，在玉米
爱基百客·2023-10-30 11:22

10X空间转录组 & 10X单核转录组联合分析解析肥厚性心肌病的调控机制

hello，大家好，又到了周五了，一周的收官之战，今天分享的内容有点多，涉及到很多单细胞和空间的分析方法，我们要精读并且进行深入的解析，我认为方法都很经典，而且运用的也比较好，我们慢慢逐一解析，文章在Lineage-specificregulatorychangesinthepathologicalcardiacremodelingofhypertrophycardiomyopathyunrave
单细胞空间交响乐·2023-10-30 05:48

多组学数据整合更精确，川大团队借助迁移学习揭示细胞异质性可用于改善数据整合...

©作者|李云帆单位|四川大学单细胞多组学数据整合旨在减少组学差异，同时保持细胞类型差异。然而，由于细胞异质性，建模和区分这两种差异是一项艰巨的任务。
PaperWeekly·2023-10-30 02:31

免疫学—树突细胞_Immunity

历史推荐汇总：2019年共推荐81篇单细胞领域高分文章（单细胞文献速递81篇·再见2019)。
安哥生个信·2023-10-29 23:55

2021-10-22

NatBiotech|单细胞Hi-C数据分析识别多尺度3D基因组特征原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞Hi-C可以识别3D染色质组织的细胞间变异性，这是有关细胞中基因组折叠和基因表达作用的关键信息
图灵基因·2023-10-29 22:11

转录组从下机数据到GO、kegg、GSEA

具体软件参数，见转录组全新学习之总篇clusterProfiler小试牛刀#!/bin/bash#复制下机数据到新的文件夹data,尽量避免操作原始文件~/disk/lyb/find.
wo_monic·2023-10-29 13:55

2021-12-10

CancerCell|单细胞分析肺癌细化肿瘤分类和患者分层原创骄阳似我图灵基因2021-12-0919:05收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：免疫治疗是非小细胞肺癌
图灵基因·2023-10-29 09:18

时空通讯分析导论

作者，追风少年i~时间已经来到了2022年的下半页，单细胞空间的研究仍然在如火如荼地进行中，从上游的仪器制造，试剂研发，再到下游的数据分析，国内外都展开了激烈的竞争，足以说明了单细胞空间目前研究的巨大潜力和商业价值
单细胞空间交响乐·2023-10-29 09:54

2021-01-08

1、《全球进化》咬狗（完本）寒武纪生物大爆发，现今科学界最大的生命谜题：五亿多年前，地球的单细胞生命突然发生了类似于异变的进化，各种绚烂的生物“凭空”诞生，所有现今物种的祖先都在那个短暂的时期出现，各个物种以比现在快上亿倍的光速进化着
吴无不行·2023-10-29 04:39

不拧巴：坦然被爱，能够爱人

三十多岁，觉得自己的生命轴已经过了一半，还像个单细胞生物一样活着，我羡慕别人能够热气腾腾的群居活着，又害怕被热气腾腾的群居生活烫伤。有的人，从
迟到的短发姑娘·2023-10-29 04:55

单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正

本文是参考学习单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。前言实际的科研项目中不可能只有一个样本，多样本的单细胞数据如何合并在一起，是否需要校正批次效应呢？
Seurat_·2023-10-29 02:39

单细胞测序--Seurat标准流程

单细胞测序--Seurat（上）--创建对象和数据预处理参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/134124866需要这三个文件：1）barcodes.tsv：样本中所有的细胞的条码
Seurat_Satija·2023-10-29 01:16

常见慢性病形成原因及调养 • 高血压

只好直接转录文字过来。希望这里的分享能在日常慢性病调养和健康风险监测时帮到大家。中医治疗重点在于调整身体阴阳的平衡，一向防大于治，是从根本上解除高血压病发生和发展原因。高血
瑟诺玉·2023-10-28 23:43

ChIP实验简介

ChIP实验简介一、ChIP实验的作用染色质免疫沉淀(ChIP)是研究体内蛋白质-DNA相互作用的一种有价值的方法，鉴定各种DNA相互作用蛋白(如转录因子和调节因子、修饰组蛋白和表观遗传修饰因子)的结合位点和模式是必不可少的
卡梅德生物·2023-10-28 16:15

221002李克富 | 心理咨询的任务

起床就看到了一个大约30秒的短视频，题目叫“心理治疗的任务是什么”，转录成文字如下：我经常说，心理治疗的任务，不是让来访者变得更好，说不定会让他们的症状加重，因为他们可能会感受到人性的黑暗，看到世事险恶和亲密关系中的无奈
千千若水·2023-10-28 12:17

2022-04-09

-04-0910:49收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者介绍了EasyFuse，一种机器学习计算工具，用于检测从人类癌症样本中获得的转录组数据中的癌症特异性基因融合
图灵基因·2023-10-28 12:39

RNA-seq 详细教程：分析准备（3）

学习目标了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中，RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。
冷冻工厂·2023-10-28 11:56

2018-04-13

上了一下ff14，打开了转录因子的文献也没干什么。躺床上把排
十元希·2023-10-27 23:30

java实现方差分析（ANOVA）

文章目录场景maven依赖用法实现代码场景用于单因子分析实验中，多个总体均值之间的比较。
miaoyibosysu·2023-10-27 18:14

【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有

1.起因之前的代码(单细胞分析实录(17):非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法，只有4个python命令行，就跟Linux下面的lsgrep一样的。
TOP生物信息·2023-10-27 16:28

免疫组库数据分析||immunarch教程：Kmer 与 Motif 分析

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics单细胞免疫组库
周运来就是我·2023-10-27 12:55

单细胞scRNA-seq学习笔记6-单细胞批次效应

课程学习生信技能树单细胞转录组（基础）现在福利来了，单细胞课程免费开放了：#完整版视频上线！全！面！免！费！
天涯清水·2023-10-27 04:18

大师兄的数据分析学习笔记(三十五）：总结

1.数据获取数据仓库监测与抓取用户填写日志埋点计算2.探索性数据分析与可视化2.1单因子探索分析异常值分析结构分析对比分析分布分析2.2多因子探索分析交叉分析分组分析钻取分析因子分析3.特征预处理特征使用特征获取特征处理异常值处
superkmi·2023-10-26 21:59

单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析

本文是参考学习单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija·2023-10-26 16:07

单细胞小谈：Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor Heterogeneity

前言前期单细胞文献阅读：单细胞好文1--Tracingtumorigenesisinasolidtumormodelatsingle-cellresolution单细胞好文2--Single-cellRNA-seqhighlightsintra-tumoralheterogeneityandmalignantprogressioninPDAC
冻春卷·2023-10-26 15:51

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

它的全部特性需要用单细胞空间分辨率在器官范围内对基因表达进行深入探索。
六博说·2023-10-26 13:45

2022-04-08

CliCanRes|黑色素瘤单细胞分析发现免疫治疗新靶点原创图灵基因图灵基因2022-04-0807:03收录于话题#前沿分子生物学机制肢端雀斑样痣黑色素瘤是一种罕见的皮肤癌。
图灵基因·2023-10-26 11:10

机器学习sklearn-降维

降维就是降低特征矩阵中特征的数量sklearn.decomposition降维（矩阵分解）主成分分析PCA因子分析FactorAnalysis独立成分分析FastICA字典学习DictionaryLearning
yzy_1117·2023-10-26 10:09

《终身学习》学习记录一

举例，单细胞细胞膜表面布满受体，用以收集环境的信息。现代人的学习焦虑。这个焦虑本质上是“谋
桃为果·2023-10-26 06:06

【单细胞转录组】KEGG通路反推基因列表

#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2NAME)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTID)PATH2ID<-mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAM
Geekero·2023-10-26 06:04

如何利用因子分析考核员工绩效？

但大量的数据就容易产生重复的信息，为了减少研究的复杂程度，这时候就可以用到主成分分析或因子分析。
spssau·2023-10-26 04:06

10X单细胞（10X空间转录组）之单细胞精度分析细胞通讯

开工了，到了我们上班的时间了，刚开始，我们来分享一些新出现的方法，看看方法上有哪些更新，我们虽然做不了潮流的引领者，但是要跟随潮流，保证自己不被时代抛弃，今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结，我们借鉴一下，并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细
单细胞空间交响乐·2023-10-26 03:34

2022-05-15

NatBiothech|通过空间转录组学与细胞类型对应关系原创存在一棵树图灵基因2022-05-1519:19收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=54.902推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了一种基于条件自回归的反卷积的方法
图灵基因·2023-10-25 20:29

人体微生物研究能改善临床肿瘤治疗吗?

利用突破性的DNA测序技术，科学家们确定了数以百万计的基因和成千上万种不同的物种，在我们体内的各种各样的细菌、病毒、真菌和单细胞微生物构成了人体的微生物世界。“微生物群落是一种复杂的代谢器
亨利福特健康·2023-10-25 17:16

代码解读- scanpy.pp.normalize_total

作者：童蒙编辑：angelicascanpy代码解读来啦~单细胞分析第一步是对数据进行标准化，标准化的方法有很多，下面给大家解读一下scanpy的一个：函数为：scanpy.pp.normalize_total
生信阿拉丁·2023-10-25 17:00

人的动物性，社会性，人性

在人类进化长河中，人的动物性是不能避免的，这也是万物有灵的表现，从单细胞生物到今天的我们
Luibe阁主·2023-10-25 15:14

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:37

转录组之质量控制（FastQC）[学习笔记通俗易懂版]

转录组之质量控制（FastQC）本文简介：这篇文章是经过了自己学习实践出来的，参考了很多资料，如若有大佬能指出错误，我将感激不敬，有错误，请在评论区留言，谢谢。
CYH-BI·2023-10-25 12:07

转录组之序列剪切（Trimmomatic）[学习笔记通俗易懂版]

转录组之序列剪切（Trimmomatic）本文简介：这篇文章是经过了自己学习实践出来的，参考了很多资料，如若有大佬能指出错误，我将感激不敬，有错误，请在评论区留言，谢谢。
CYH-BI·2023-10-25 12:07

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意（声明）：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:07

2021-09-30-day6-重点是

主要参考百迈客医学公众号的文章“SRA数据下载的几种常见方法”和生信星球公众号的文章“生信小白第19天--转录组实战(一)”。
重点是·2023-10-25 11:44

2021-08-05 Omics Playground在线转录组和蛋白质组数据分析工具

网站链接OmicsPlayground是一个免费的生信分析平台，可以用于组学数据的可视化、分析和挖掘。适用于没有任何计算基础的生物小白，界面友好、图形可视化，没有任何编程经验的人都能用。参考文献：MurodzhonAkhmedov,AxelMartinelli,RogerGeiger,IvoKwee.OmicsPlayground:acomprehensiveself-serviceplatfor
iColors·2023-10-25 11:00

上海见 | 易基因科技与您相约2023年中国微生物学会学术年会

图片来源：中国微生物学会公众号易基因科技受邀参加会议，将携原核三代甲基化、原核转录组、宏病毒组、细菌ChIP-s
易基因科技·2023-10-25 10:03

易基因：WGBS等揭示植物基因体动态DNA甲基化与基因表达可塑性相关｜Genome Biol

尽管DNA甲基化在转座子和重复DNA沉默中的作用已得到很好的表征，但基因体甲基化与转录抑制无关，其生物学重要性尚不清楚。
易基因科技·2023-10-25 10:33
上一页 13 14 15 16 17 18 19 20 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他