单细胞转录因子分析第3页

IOBR:一个R包带你走进数据挖掘的殿堂

鉴于前一段时间有小伙伴私聊Immugent说生信宝库是不是专门只写单细胞相关的推文呀，其实，这只是凑巧最近发的都是单细胞相关的。

生信宝库·2024-02-10 08:36

单细胞数据挖掘(10a)-基于FPKM标准化的单细胞差异分析

本笔记来源于B站@生信技能树-jimmy；学习视频链接:「生信技能树」单细胞数据挖掘以下内容是我拷贝自学习资料里的markdown文件，作者信息如文件所示。本人在学习的过程中做了一些注释、删减和改动。

北欧森林·2024-02-10 06:08

单细胞转录组测序---多样本整合分析完整代码

最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析，我在GEO数据库中下载了10个样本（GSE182135），完整的的代码如下，做一个记录，还在摸索阶段，如果有不对的地方也请大佬们指正。

生信小白花·2024-02-10 03:19

scanpy官方教程2022||05-空间转录组数据分析

scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html【注意教程有两个版本，这里是latest版本的学习笔记】这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行空间转录组数据分析

信你个鬼·2024-02-10 02:55

岐黄趣谈

歧伯答曰：生不是为了活着等死，生命应该有它的方向，从单细胞走向更加高等的生命形态。而不仅仅为了生存而生存。皇帝问曰：！！！！

三夫之·2024-02-10 01:34

TCGA新版数据库表达矩阵提取

现在使用TCGAbiolinks下载转录组数据后，直接是一个SummarizedExperiment对象，这个对象非常重要且好用。

医学和生信笔记·2024-02-10 00:22

三代转录组系列：使用Cogent重建基因组编码区

尽管目前已测序的物种已经很多了，但是对于一些动辄几个G的复杂基因组，还没有某个课题组有那么大的经费去测序，所以仍旧缺少高质量的完整基因组，那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。

xuzhougeng·2024-02-09 23:06

三维基因组｜分子生物学简介 (1)

分子生物学也是对复制、转录、翻译和细胞功能过程的分子基础的研究，这是理解该领域的一个很好的起点。为了更好地理解三维基因组的内容并为广大读者服务，我们首先回顾一下一些重要的概念。

冷冻工厂·2024-02-09 09:10

Seurat - 聚类教程 (1)

在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了测序。可以在此处[2]找到原始数据。我们首先读取数据。

冷冻工厂·2024-02-09 09:38

蛀牙

下面我就给大家介绍一下细菌:细菌是一种单细胞的生物。他们通过你吃的食物和你所吸入的空气，进入你的身体。很多种细菌，当它们抵达你的嘴巴时，就被杀死了。

平凡一生123·2024-02-09 09:24

中介分析——R包

lavaan包包名：潜变量分析用途：拟合多种潜变量模型，包括验证性因子分析、结构方程建模和潜变量增长曲线模型。

weixin_52505631·2024-02-09 05:18

Week9 — 遗传DNA甲基化在早期胚胎发育中对染色质开放性的调控机制研究

InheritedDNAmethylationprimestheestablishmentofaccessiblechromatinduringgenomeactivationdoi:10.1101/gr.228833.1172018年5月发表于GenomeRes.概括提出问题：动物受精后表观修饰会从配子全部或部分遗传给后代，这个过程需要正确的转录调控

六六_ryx·2024-02-09 05:46

单细胞：CEL-Seq2 数据分析（劝退篇）

参考文献：CEL-Seq2:sensitivehighly-multiplexedsingle-cellRNA-Seqgithub：GitHub-yanailab/CEL-Seq-pipeline下载：wgethttps://github.com/yanailab/CEL-Seq-pipeline/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz解压后只有这些文件CEL-Seq-pipe

11的雾·2024-02-09 04:42

单细胞: 将meta.data plot 到UMAP图上的几种方法

这里准备了一个文件，是要将这个文件中的信息plot到umap图上，文件有3列image-20230222064141508.png今天的目标就是:将第一列barcodeplot到umap上将第二列clonotypeidplot到UMAP上将第三列countsplot到umap上用count的大小表示clonotype的大小，且每个clonotype分别用不同的颜色。首先要有一个seuratobj,

11的雾·2024-02-09 03:20

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-02-09 01:56

单细胞转录组之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化

1.Seurat包的安装及数据的准备1.1加载需要的包和数据if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Seurat")library(Seurat)#devtools::install_github('satijalab/seurat-d

青青青山·2024-02-08 23:32

「转录组」从环境配置之conda

image.png什么是condaconda：开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。系统：适用Linux，OSX和Windows。For：为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。【生物信息学频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量

旮旯蜗牛_c299·2024-02-08 21:35

mRNA新冠疫苗会制造“转基因人”？没那么容易被“转”

这两天，一段聊天记录在网上热传，聊天记录中，名为“姜凯NY”者称，mRNA新冠疫苗可以通过逆转录，将病毒的基因插入人体染色体，接种者将因此变成转基因人。一时间，引发很多人的担忧。

BBCearth·2024-02-08 14:56

中国电子学会2020年06月真题C语言软件编程等级考试一级（含解析答案）

中国电子学会考评中心历届真题（含解析答案）C语言软件编程等级考试一级2020年06月编程题五道总分:100分一、鸡尾酒疗法（20分）鸡尾酒疗法，指“高效抗逆转录病毒治疗”。

CC编创·2024-02-08 12:33

每天一个数据分析题（一百五十六）

C.因子分析通常不适用于预测类模型，因为它更侧重于变量的可解释性而非预测准确性。D.奇异值分解专门用于方阵数据的维度归约，不适用于非方阵情况。题目来源于CDA模拟题库点击此处获取答案

紫色沙·2024-02-08 09:51

CRNN介绍：用于识别图中文本的深度学习模型

用于识别图中文本的深度学习模型CRNN介绍：用于识别图中文本的深度学习模型CRNN的结构组成部分工作原理CRNN结构分析卷积层（ConvolutionalLayers）递归层（RecurrentLayers）转录层

kadog·2024-02-08 07:50

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通

ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

R统计绘图 - 柱状图

39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)中提到了较多堆积柱状图的

生信宝典·2024-02-08 01:35

DNA replication stress --DNA 复制压力

有许多原因会导致复制压力，其中有:1.核糖核苷酸的错误掺入2.不寻常的DNA结构3.复制和转录同时进行的问题4.基本复制因子不足5.染色质处于压缩状态(Chromatininaccessibility)

寒山梦绮·2024-02-07 18:58

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq数据的准确比对是一个具有挑战性但尚未解决的问题，因为转录结构不连续

sunlight_yy·2024-02-07 14:29

Q30与Phred值

转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确率为99.99%。

新欣enjoy·2024-02-07 10:57

学习：StatQuest-RNA-seq技术重复

概念首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复，我们的RNA-seq的data产生差异是正常的，关于差异来自于几个方面：生物学多样性，个体间差异，即便是同一物种（基因组相同），其转录本也未必都相同image.png

小潤澤·2024-02-07 09:11

2021-12-10

2021-12-1007:02收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=53.242推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：这篇文章介绍了诱导多能干细胞(iPSC)存在线粒体单核苷酸变异(mtSNV)，近年来的单细胞分析表明

图灵基因·2024-02-07 08:30

前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展

空间转录组学是一个迅速发展的领域，有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。

尐尐呅·2024-02-07 08:31

因子分析1——python因子的异常值处理、标准化、市值/行业中性化

文章目录基本数据清洗流程1.异常值处理（绝对中位差）2.数据标准化3.市值中性化4.行业中性化完整示例程序基本数据清洗流程下面都是对截面数据的一些基本处理流程，方便后续的分析与建模。基于截面数据的建模并不是说：当前截面的情况对应了未来就会如何如何，而是后验的去描述，未来表现如何如何时，历史上的截面数据大概有什么样子的表现1.异常值处理（绝对中位差）原始数据的分布在使用一些拟合的方法时，异常值（超大

呆萌的代Ma·2024-02-07 08:33

单细胞分析——深入理解 AnnData 数据结构

新手，纯搬运工【内容出自https://cloud.tencent.com/developer/article/1817039】一、环境准备：搭建Python高效开发环境：Pycharm+Anaconda二、安装scanpypipinstallscanpy三、AnnData1、AnnData介绍与结构AnnData是用于存储数据的对象，一般作为scanpy的数据存储格式。image.png下面我们

春娃赛如花·2024-02-07 05:15

scanpy 教程 1：预处理和聚类 3k PBMCs

Tiger Z·2024-02-07 03:02

【单细胞】Python单细胞分析数据结构AnnData

1AnnData数据结构参考文献[1][2]Python单细胞分析数据结构——AnnData[3]scanpy单细胞分析包图文详解01|深入理解AnnData数据结构[4]Scanpy(一)AnnData

一穷二白到年薪百万·2024-02-07 03:32

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2024-02-07 03:31

python小白入门单细胞分析scanpy

Scanpy和Seurat基本上完全一样，Scanpy构建的对象叫做AnnData对象，他的数据存储是以4个模块存储（如下图）如果你不理解scanpy这种数据结构的话，可以对比学习一下seurat中数据结构单细胞直播三

生信小博士·2024-02-07 03:01

最全的Scanpy教程笔记 Preprocessing and clustering 3k PBMCs

最全的Scanpy教程笔记代码来源scanpy的官方教程代码的解释来源web本人也在学习scanpy分析单细胞数据，但是网络上对于scanpy的流程并没有太多详细的解释。

Pandora qiu·2024-02-07 03:01

10X单细胞（10X空间转录组）多种通讯软件联合分析之liana

hello，今天我们分享一个简单的，将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起，分析我们的单细胞数据，直接看看代码部分注意一个名词，cell-cellcommunication(CCC)，细胞通讯的软件方法很多了

单细胞空间交响乐·2024-02-06 21:15

2021-11-02

CancerCell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应（2）原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用单细胞分析报告了CAR

图灵基因·2024-02-06 20:51

PCA图

首先，要准备好要分析的转录组数据。

呼啦啦可爱的Sherry雪莉·2024-02-06 17:39

2022-08-14

我想完善一下，会使用Linux，会使用R语言，学了转录组分析的流程和

佳奥·2024-02-06 09:00

谈谈数次生信线下活动的收获和体会

http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份，共进行了5次培训研讨活动，内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列

生信宝典·2024-02-06 08:48

六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章：氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制

近些年，转录组测序凭借其周期短，价格低，普适性高等优势，备受科研人员的青睐。

ee00dc6faab7·2024-02-06 02:30

文献分享-Cas9系统中引导RNA的研究进展

本文是一篇中文综述，于2018年12月发表于《生物技术通报》，文章对CRISPR/Cas9系统中的引导RNA研究进展进行了综述，围绕引导RNA的序列组成、结构特征以及转录产生方式这3方面内容，展望引导RNA

去学习一下啊·2024-02-05 23:40

Paper_7: Natural killer/T cell淋巴瘤的基因组、转录组特征

HighlightsIntegratedanalysisprovidesinsightintothemolecularclassificationinNKTCLEBVlyticgenesplayanimportantroleonNKTCLpathogenesisGenomicalteration-basedmolecularsubtypesassociatewithclinicaloutcomes

TOP生物信息·2024-02-05 23:47

单细胞 CUT&Tag 分析复杂组织中的组蛋白修饰和转录因子

单细胞CUT&Tag分析随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。

felix108·2024-02-05 19:17

RNA-seq转录组数据分析

B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access

医学小白学生信·2024-02-05 15:35

单细胞分析常用包

安装基础包install.packages("devtools",dependencies=T)install.packages("BiocManager",dependencies=T)install.packages("tidyverse",dependencies=T)install.packages('Seurat',dependencies=T)设置国内镜像options(BioC_mi

Drgexy·2024-02-05 10:18

20200814（287）生存空间

从单细胞生物到多细胞生物，从无脊椎动物到脊椎动物，从鱼类到爬行动物到我们的祖先猿人，所能存活的生存空间越来越小。

Larus_317b·2024-02-05 01:55

2021-10-14

NatGenet|单细胞表观遗传组学研究肿瘤细胞异质性和可塑性原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文分析了近期两项表征了神经胶质瘤的单细胞

图灵基因·2024-02-05 01:12

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