[精读]一篇单细胞转录组测序分析的文章：Single-cellTranscriptomicLandscapeofNucleatedCellsinUmbilicalCordBlood[泛读]一篇生统分析脐带血的血常规数据的文章

在这里，我们使用空间转录组技术获得了疾病过程中小鼠脊髓的基因表达测量，以及ALS患者的死后组织，以表征ALS的潜在分子机制。我们识别通路动力学，区分小胶质细胞和星形胶质细胞群体在早期时间

本文是参考学习单细胞转录组基础分析六：伪时间分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

在scRNA-seq中一个主要的挑战即为“dropout”事件，它扭曲了基因表达，显著影响了单细胞转录组的下游分析。

最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包，写包简化了芯片数据下游分析之后，我正想着写转录组下游分析的简化版，就看到了它。用起来~0.R包和数据准备if(!

染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序，使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。

因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，通过三代转录本比对到基因组，

目前，国内对于单细胞测序分析的教程五花八门，百花齐放，一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。

由于单细胞测序技术的限制，我们在样本中获得RNA的时候，经过了分子捕获，逆转录还有测序。

前言提到，在过去两天的教程中，我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的质控以及归一化的一些思想。

原标题：一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段，自从转录组测序问世以来，已经开发了数百种分析工具。

关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实

有时候你不得不感叹，销售们真的是个单细胞动物。分不清公司产品，经常错把你的产品商机录入到了别的产品经理那边去了；搞

Python转录组学分析框架：Omicverse的安装教程OmicVerse是用Python进行多组学（包括Bulk和单细胞分析）的基础框架。

我们首先再认识一下PCA数据做PCA分析的前提是1、主成分分析认为主元之间彼此正交，样本呈高斯分布；2、主成分分析假设源信号间彼此非相关；那么这里我们需要讨论一下，我们的单细胞或者空间转录组数据是呈现高斯分布的么

这一篇我们回顾一下10X空间转录组的分析软件----Giotto，文章在Giotto,atoolboxforintegrativeanalysisandvisualizationofspatialexpressiondata

这一篇我们来汇总单细胞数据的通讯分析，参考文章在Identify,quantifyandcharacterizecellularcommunicationfromsingle-cellRNAsequencingdatawithscSeqComm

作者：童蒙编辑：amethyst引言随着技术的进步，测序成本的降低，单细胞转录组的数据呈指数级的爆发。

image.pngSLICER是一种构建轨迹的算法，该轨迹描述了某些生物学过程中基因表达的变化。SLICER可以捕获高度非线性的基因表达变化，自动选择与该过程相关的基因，并检测轨迹中的多个分支和loopfeatures。SLICER（SelectiveLocallyLinearInferenceofCellularExpressionRelationships），是一种使用局部线性嵌入（LLE）重

单细胞-注释-2022-01-17多个样本单细胞分析流程-(jianshu.com)一、人工注释人工注释需要借助文献检索marker或者结合常用的注释数据库，例如两个常用的数据库：CellMarker（

CyTOF技术作为最前沿的单细胞蛋白检测技术在CAR-T细胞治疗中具有不可替代的关键性作用，接下来分享三篇近期CAR-T细

内源性逆转录病毒概念：逆转录病毒属于逆转录病毒科(Retroviridae)，是一类仅感染脊椎动物的单链正义不分节RNA病毒。

一、导读细胞壁多糖在重金属结合方面起着至关重要的作用，这有助于植物体内重金属的解毒。然而，目前有关于钒（V）与植物根系细胞壁结合的分子机制的研究目前还没有，尤其是有关于对水稻（OryzasativaL.）的研究。本研究以两个不同V耐受程度的水稻品种为研究对象，探究了不同V浓度对V的亚细胞分布的影响，揭示了细胞壁多糖对V暴露的调控机制。结果表明，水稻根系抑制了V的向上迁移，V在根系细胞壁中的积累量达

目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文：Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构，生理过程的进行也很少在二维

“空间转录组测序主要包括5个步骤，我们着重下游分析部分：空转数据分析和可视化。

它可以看作路径分析(PathAnalysis)和验证性因子分析(ConfrrmatoryFactorAnalysis)的组合。1、路径分析image.png血压到底是自变量还是因变量？

单细胞分析的经典包——Seurat包有自己的官方教程，跟着教程过一遍可以get大致过程（https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/pbmc3k_tutorial.html

学习目标：评估是否存在聚类过程产生的技术误差使用PCA和UMAP图确定聚类质量，并了解何时重新聚类评估已知的细胞类型标记与假设簇的细胞类型同一性单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经进行了整合，我们想知道我们的细胞群中存在哪些不同细胞类型

需要单细胞分辨率来增加我们对细胞间变异性的理解。我们的团队最近证明了Smart-seq

gzh：BBio，欢迎关注scanpy软件由TheisLab实验室开发，和Seurat相同都是常用的单细胞数据分析工具。

这是一篇今年4月25日发表在BMCPlantBiology（的NAC转录因子家族分析文章，文章内容很简单，一起来看一下具体内容：说起基因家族分析，不外乎以下分析内容：1、搜索基因家族成员蛋白保守结构域，

NatComm|肝母细胞瘤单细胞分析预测化疗敏感性原创图灵基因图灵基因2022-09-2010:39发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制肝母细胞瘤是儿童最常见的肝癌形式。

CancerDiscov|8万个单细胞测序揭示肿瘤浸润淋巴细胞分化动态原创huacishu图灵基因2022-07-2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=38.272

这一篇我们简单回顾10X空间转录组的分析思路和过程，上一篇说到，ST需要对基因表达、空间位置和组织学信息进行更全面和综合的考虑，所以难度上，比单细胞需要更高，对人的

在这个教程中，我们将展示如何应用组织结构的细胞分割算法Cellpose（包含在squidpy.im.segment)进行空间转录组数据图像的细胞核分割。

Single-CellRNA-SeqofMouseOlfactoryBulbRevealsCellularHeterogeneityandActivity-DependentMolecularCensusofAdult-BornNeurons题目：小鼠嗅球的单细胞

在此转录因是子静坐法，供大家参考共学。《因是子静坐养生法》中，运用通俗的语言和科学方法对静坐养生法进行了较系统的阐释，对养生文化的普及起了很大的推动作用。

影响因子：8.44本文的思路是通过单细胞数据分析识别了某种免疫细胞特有的marker基因，然后利用这些基因进行预后模型的构建。

我们之前简单做了一下cellranger的上游分析单细胞上游软件cellranger从头说，得到的结果文件如下：如果我们要做下游分析，那么三个文件matrix.mtx，barcodes.tsv和genes.tsv

随着单细胞技术应用的增长，对探索这些大型、复杂数据集工具的需求也越来越大。自2010年以来，单细胞转录组文章数量呈指数级增长。

这让我很惊讶，我原以为现在的一切起因都是因为细菌的诞生，它们不断的进化，从单细胞生物进化成复杂的生物，而植物只是一个意外。但当我看完后我才发现植物才是第一个登上陆地的王者。

今天继续搬砖主要学习了一下内容：单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵-https://www.jianshu.com/p/33a7eb26bd31单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性

通过链特异性测序，我们可以清楚的知道得到的reads跟转录本是同向的还是反向的。其中常见的链特异性测序的方法是dUTP方法。

涉及到的知识点包括且不限于：小提琴图，添加均值标记，拼图ggplot2绘制聚类热图，数据框长宽转换单细胞分析如何使用特定的基因聚类使用每个cluster的均值画热图，分组统计

长链非编码RNA(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在转录和转录后调控中发挥重要作用。但是，lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。

本文摘自公众号【生信诊断所】原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/eV0m1H6a9gyf4FMZjqQnzA摘要Garnett是一个单细胞自动注释软件包，输入数据包括一个单细胞数据集和细胞类型定义文件

01代谢组+转录组+单细胞转录组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应肠道微生物可以调控固有免疫和适应性免疫应答，参与免疫检查点阻断治疗，但其影响肿瘤生长的机制仍不清楚，胰腺导管腺癌(PDAC)临床特征发现其具有显著的免疫浸润

下面就我目前的情况，对六大能量晃荡因子分析愿力晃荡一:有多确定自己要有钱。

NatBiotech|北大高歌组利用GLUE算法实现单细胞多组学数据的集成整合原创苏安图灵基因2022-05-3107:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：苏安IF：54.908推荐度：⭐

该实验的数据来源于上一个因子分析实验的结果（三列FAC）。实验目的实验