单细胞转录因子分析

一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程

转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。
纪伟讲测序·2024-01-26 12:20

单细胞＋空间转录组，这套思路够你用到2022！

单细胞技术在2013年和2019年被NatureMethods评选为年度技术，2018年被Science评选为10大科学突破。
裁尘的人儿·2024-01-26 10:24

2020-12-13Recall me,please!

只有一次在去凤合营的940路公交车上碰到了一个以前教过的学生，这个学生我曾经给他转录了英语录音带，他后来还送给我一块小手表，十几块钱的样子吧，我问过他“你送给我一块手表，你什么意思啊！”
自知1111·2024-01-26 00:23

RNA-Seq：差异表达分析案例

白利合子酵母菌在乙酸或铜胁迫下早期反应的转录谱分析摘要：醋酸在食品工业和生物技术中是非常重要的微生物抑制化合物，而非传统酵母种白利合子酵母菌对醋酸有显著的耐受性。
DumplingLucky·2024-01-25 22:35

【学习】移空技术资料

在网上找到一些资料，转录在此。东西方的治疗技术有异曲同工之妙，如果说移空技术是“移”问题，那么安全岛技术就是“移”人，山不过来，我就过去。
快乐神仙鼠·2024-01-25 22:16

2022-06-23

单细胞RNA测序的研究表明，总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而，目前为止，还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期，美国安德森癌症中心
图灵基因·2024-01-25 21:45

【Single Cell Genomics】Part1 单细胞基因组学

文章目录1SingleCellGenomics1.1Whysinglecells1.2传统singlecell分析1.3scRNA-seq2ScalingupscRNA-seqtechnology2.1分析单细胞技术进化
丸丸丸子w·2024-01-25 20:24

利用 “diart“ 和 OpenAI 的 Whisper 简化实时转录

利用"diart"和OpenAI的Whisper简化实时转录工作原理Diart是一个基于人工智能的Python库，用于实时记录说话者语言（即"谁在什么时候说话"），它建立在pyannote.audio模型之上
vitaminYZZ·2024-01-25 18:39

单细胞测序笔记1：数据读取

（一）准备工作我们先向R中安装如下包以确保准备工作的完成install.packages("BiocManager")BiocManager::install("mulltest")#似乎只有Bioc里面才能安装mulltestif(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install.packages("dpl
陈天白·2024-01-25 11:37

11月3日

今天我当一日店长，单细胞的简单脑子考虑不了复杂的事情，不会带动气氛。体会到店长真的不容易，要考虑太多的事，店长真辛苦。明天任务一定一定要完成，留给自己早点维护客户。祈祷明早的体验课一定要出单！
梧桐16·2024-01-25 04:50

空间转录组细胞类型的spot distance-based analyses，距离分析

最近发表的一篇关于空间转录组的文章《Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentats
单细胞空间交响乐·2024-01-25 00:08

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--02

案例4研究背景猕猴桃因维生素C含量非常高而被称为“水果之王”。猕猴桃的起源中心在中国西南部的山脉和山脉中。猕猴桃的驯化历史很短，始于20世纪初期，种子被引入新西兰。经过数十年的驯化，猕猴桃已幵发了许多品种。本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”（A.chinensis）的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物·2024-01-24 23:12

SPSS中如何通过现有数据文件中的已有变量计算生成新变量

有时在分析完之后要对数据进行深加工，比如完成因子分析之后，将观测值的各个因子得分乘以其方差贡献率得到因子总得分，进而开展后续研
数据科学作家·2024-01-24 19:06

10X空间转录组Visium:基本概念

2019年12月3日10X空间转录组Visium流程发布了，不再是Comingsoon...。流程打包SpaceRanger软件里面，感兴趣的小伙伴可以安装下来学习了，自带了数据集，还奉送了代码。
周运来就是我·2024-01-24 15:48

【R>>Mfuzz】时间序列分析

时间序列分析：对不同时间点（状态）转录组或蛋白表达谱数据，进行模糊c均值聚类（fuzzyc-meansclustering,FCM），找出具有相似表达模式的基因或蛋白并聚类。
高大石头·2024-01-24 14:30

基因组评估软件gaep

基因组组装评估指标基因组评估软件geap，overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代测序以及转录组测序数据
花生学生信·2024-01-24 08:17

我是要成为海贼王的男人《海贼王》

作为新时代少年漫画的无冕之王，又怎么能少了路飞这个一再刷新近年来销量记录的单细胞。
思草·2024-01-24 03:11

单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章：Single-CellTranscriptomicAnalysisofPrimaryandMetastaticTumorEcosystemsinHeadandNeckCancer
TOP生物信息·2024-01-24 02:52

10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较

hello，大家好，这一次给大家分享一下有关各个通讯软件之间的结果是否具有一致性，当然，做细胞通讯的软件非常多了，我也分享了很多，但是分享不是目的，用起来才是我们的终极目的，哪个软件该用，软件哪个好，优劣势都是什么，今天我们就来看一下。ComparisonofResourcesandMethodstoinferCell-CellCommunicationfromSingle-cellRNAData
单细胞空间交响乐·2024-01-24 00:08

入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）

提起LTR，相信很多人和我之前一样都是熟悉又陌生的感觉，听过或者接触过却未深入了解过。若您对LTR分析有兴趣，却苦于无从下手时，愿本文作为一个叩门砖，为您敲开LTR分析的大门。本篇从LTR的定义、分类、生物学意义、结构特征、鉴定方法等方面层层递进，带您走进神奇的LTR世界。1.LTR与重复序列、转座子的关系LTR-RTs是Longterminalrepeat-retrotransposons的缩写
ee00dc6faab7·2024-01-23 23:47

2021-11-26

CancerCell丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析
图灵基因·2024-01-23 22:41

11.2因子分析实践

数据来源商户o2o数据示例11.2.1因子分析操作打开数据文件--分析--降维--因子--因子分析--因子分析对话框将网点刘浏览量，论坛浏览，线上广告费用，地面推广引入量，线下广告费用，实体店铺货量，实体店访客数
Joypang·2024-01-23 18:57

ChIP-seq数据质控

日常瞎掰  ChIP-seq可以用来研究某种转录因子或者组蛋白(后面统称为蛋白因子吧)在基因组上的结合位置，从而来确定蛋白因子可能调控的靶基因，继而推测出在生物过程中的相关调控功能。
生信云笔记·2024-01-23 17:36

2021-12-02

Nature|人原肠胚的单细胞转录组学特征原创huacishu图灵基因2021-12-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=49.960推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者分析了一个在自愿终止妊娠后被捐赠用于研究的人类胚胎
图灵基因·2024-01-23 15:02

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie
xuzhougeng·2024-01-23 14:16

一文解决单细胞亚群注释的所有问题

ImmugentImmugent最近一直在做单细胞的课题，期间收集了各种细胞注释的marker基因，本次分享主要就针对这个主题展开。单细胞测序技术是近十年最火爆的生物学技术之一，它赋予
生信宝库·2024-01-23 09:42

3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study

它是一种针对全转录组关联分析的方法，旨在通过比较转录本3'端适配器的使用情况，来研究基因表达水平与特定表型或疾病状态之间的关系。
m1chiru·2024-01-23 09:23

标准化方法

转录组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段，再将reads比对到参考基因组上，并对读序定量，因而最初的表达矩阵是读序数。那么，当需要对样本进行差异分析时，就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy·2024-01-23 02:43

【项目文章】Cell Research | 瞿介明/诸江/卢洪洲合作阐释区分新冠病毒持续无症状和潜伏期无症状感染者免疫学特征

该研究通过整合质谱流式技术（CyTOF）、转录
普罗亭·2024-01-23 01:50

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识
陆沙·2024-01-23 00:50

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析之绘图

下面这张图，大家不陌生吧，一般是用Velocyto做出来的。图片.png今天我们借助别人的数据，用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图，从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。首先是Seurat的二维降维结果（这次我们作为范例啊，这个聚类结果，真的让我一口老血吐出来了，大家分析的时候可要认真分析啊）。MK_cell_clusters_UMAP.png包括二位聚类的坐标文件图片
单细胞空间交响乐·2024-01-22 23:47

linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件

#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中，你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA·2024-01-22 15:47

Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(举例：sqlen＞1000)

#在宏基因组/宏转录组数据进行组装后，常需要去除短片段，筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中，您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。
WDPLA·2024-01-22 15:17

宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读

#rnaSPAdes作为宏转录组数据组装软件，数据结果表现优秀。mataSPAdes更适用于宏基因组组装，宏转录组组转推荐rnaSPAdes。
WDPLA·2024-01-22 15:16

Seurat 对象的构建和信息提取

本期来介绍一下单细胞分析的第一步，Seurat对象的构建和信息提取。
小汪Waud·2024-01-22 13:22

如何从PPI网络进一步挖掘信息

随着各个数据库中信息通量的不断提高，基于网络的分析方法越来越受欢迎，比如我们常见的蛋白质相互网络，基因共表达网络，转录因子调控网络，pathway网络等等，为了更好
生信修炼手册·2024-01-22 13:14

研究基因组组织结构有啥意义？

启动子通常位于基因的转录起始位点（TSS）附近。增强子和边界元件可能位于基因之内，但更常见的是分布在非编码DNA两侧的各种距离（1-1,000kb）处。
Ss_y·2024-01-22 12:03

单细胞测序3 丨丨构建文库

上期分享了单细胞测序2丨丨细胞捕获&cDNA扩增，主要介绍了单细胞测序第二环节--基因表达实验流程：GEMs形成、mRNA逆转录、二链cDNA合成与扩增。接下来进入单细胞测序的第三环节--文库构建。
知之为知之不知否·2024-01-22 10:02

转录组测序1-测序原始数据说明

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。
纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

零代码进行转录组数据分析实战（一）：质量控制

一个完整的转录组测序项目大概分为以下三个阶段：体内：mRNA生成阶段。转录生成mRNA前体，再经过转录后加工形成成熟的mRNA。体外：建库测序阶段。RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究？

肿瘤基因组和转录组的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具，但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去，临床诊断依赖于基于抗体的检测策略，但这些方法有一定的局限性。
尐尐呅·2024-01-22 04:38

时空组专辑数据库文献详解 | ZESTA：斑马鱼胚胎发育时空图谱

深圳华大生命科学研究院联合华中农业大学等团队，利用华大自主研发的Stereo-seq时空组学技术，结合多切片策略，在单细胞分辨率水平上，对斑马鱼受精后24h（hpf,hourpost-fertilization
尐尐呅·2024-01-22 03:46

2021-12-25

Nature|单细胞分辨率下恶性克隆适应性的非遗传决定因素原创骄阳似我图灵基因2021-12-2521:26收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1．本文使用单细胞谱和谱系追踪
图灵基因·2024-01-22 02:10

单细胞小提琴图

4BPY(OOQ%IXO29{`L}7K2%5.png#############差异小提琴图tumor%as.data.frame()head(rownames(df.data))Cs%as.data.frame()%>%t()%>%as.data.frame()Cs$id=0.05){pval.label="non.sig"}#自定义颜色blue<-"#619CD6"green<-"#89C32
一只小脑斧·2024-01-21 17:37

单细胞实战(2)：cellranger使用

将SRA转为fastq数据下载好之后，我们得到的是SRR文件，需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586-4.txt|whilereadidofastq-dump--gzip--split-files${i}.sradone结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件为什么会有三个文件，这个需要去查一
周小钊·2024-01-21 15:18

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

案例二研究背景香蕉广泛分布于热带和亚热带地区，是数百万人的主食和水果，是一种重要的食物资源，具有重要的社会经济和生态作用。香蕉栽培种(Musassp.)是二倍体、三倍体和四倍体的杂交种，源自于Musaacuminata(A基因组)和Musabalbisiana（B基因组)。虽然A基因组是香蕉遗传改良的关键一步，但缺乏高质量的B基因组序列极大地阻碍了香蕉种质的鉴定和分子育种。本研究测序组装了香蕉B基
百迈客生物·2024-01-21 08:08

周报第十八周

周报第十八周学习时间入门第十八周：2023.9.4-2023.9.10本周进度1.阅读了一篇关于单细胞解卷积的论文《scMD-celltypedeconvolutionusingsingle-cellDNAmethylationreferences
Twenrr·2024-01-20 22:48

10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变（copy number aberrations）CNA

在空间转录组之前，我们可以利用单细胞数据进行推断CNA，用到的软件就是inferCNV，至于inferCNV的原理，我们这里就不详细叙说了，大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata
单细胞空间交响乐·2024-01-20 18:15

全球单细胞测序平台介绍

2009年，单细胞测序技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来，10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。
生物医学小站·2024-01-20 07:54

Day 353 夜读

因为在根子上所有的生物最初都是源于单细胞。单细胞生物存在的问题，生命展开后出现的问题，最终都可以
沐阳追月·2024-01-20 07:33
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