单细胞转录因子分析

2021-12-25

Nature|单细胞分辨率下恶性克隆适应性的非遗传决定因素原创骄阳似我图灵基因2021-12-2521:26收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1．本文使用单细胞谱和谱系追踪
图灵基因·2024-01-22 02:10

单细胞小提琴图

4BPY(OOQ%IXO29{`L}7K2%5.png#############差异小提琴图tumor%as.data.frame()head(rownames(df.data))Cs%as.data.frame()%>%t()%>%as.data.frame()Cs$id=0.05){pval.label="non.sig"}#自定义颜色blue<-"#619CD6"green<-"#89C32
一只小脑斧·2024-01-21 17:37

单细胞实战(2)：cellranger使用

将SRA转为fastq数据下载好之后，我们得到的是SRR文件，需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586-4.txt|whilereadidofastq-dump--gzip--split-files${i}.sradone结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件为什么会有三个文件，这个需要去查一
周小钊·2024-01-21 15:18

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

案例二研究背景香蕉广泛分布于热带和亚热带地区，是数百万人的主食和水果，是一种重要的食物资源，具有重要的社会经济和生态作用。香蕉栽培种(Musassp.)是二倍体、三倍体和四倍体的杂交种，源自于Musaacuminata(A基因组)和Musabalbisiana（B基因组)。虽然A基因组是香蕉遗传改良的关键一步，但缺乏高质量的B基因组序列极大地阻碍了香蕉种质的鉴定和分子育种。本研究测序组装了香蕉B基
百迈客生物·2024-01-21 08:08

周报第十八周

周报第十八周学习时间入门第十八周：2023.9.4-2023.9.10本周进度1.阅读了一篇关于单细胞解卷积的论文《scMD-celltypedeconvolutionusingsingle-cellDNAmethylationreferences
Twenrr·2024-01-20 22:48

10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变（copy number aberrations）CNA

在空间转录组之前，我们可以利用单细胞数据进行推断CNA，用到的软件就是inferCNV，至于inferCNV的原理，我们这里就不详细叙说了，大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata
单细胞空间交响乐·2024-01-20 18:15

全球单细胞测序平台介绍

2009年，单细胞测序技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来，10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。
生物医学小站·2024-01-20 07:54

Day 353 夜读

因为在根子上所有的生物最初都是源于单细胞。单细胞生物存在的问题，生命展开后出现的问题，最终都可以
沐阳追月·2024-01-20 07:33

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。
木舟笔记·2024-01-20 01:01

scRNA-seq Course 学习

scRNA-seq和bulkRNA-seq相似，区别只在于研究的细胞数量，后者是对同一组织的大量细胞进行转录组分析，而前者是对单个细胞进行转录组分析。
劳工小朋友·2024-01-20 01:29

细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件

经常分析单细胞数据的同学都知道，10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中，这些文件共同描述了单细胞测序数据。
我是胡锦州·2024-01-20 01:27

10X空间转录组-----空间高变基因检测之SpatialDE

今天我们来学习一下简单的基础知识，空间高变基因，之前呢，已经分享过Seurat内置的方法计算高变基因，文章在10X空间转录组之基因的空间表达模式，其实有关10X空间转录组计算空间层面的高变基因，还有有很多值得挖掘的分析内容
单细胞空间交响乐·2024-01-20 00:17

8+生信，肿瘤分型+实验验证，氨基酸代谢正火！

另外还有基于单细胞的分型分析如果想做类似的分析，欢迎交流。研究背景：肝细胞癌(HCC)
生信小课堂·2024-01-19 21:25

GenTree：基因进化和功能分析

转录组数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx。蛋白质组调用了HPM。群体数据调用了GWASdb2,PopHuman。详细信息见下图。Mo21ot.md.jpg这个网站的使用方式很简单。
橙子牛奶糖·2024-01-19 16:36

ceRNA：一种全新的基因表达调控模式

它代表了一种全新的基因表达调控模式，相比miRNA调控网络，ceRNA调控网络更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子，包括mRNA、编码基因的假基因、长链非编码RNA和miRNA等，它为科研工作者提供一个全新的视角进行转录组研究
Seurat_Satija·2024-01-19 08:51

2021-04-14小白安装单细胞软件iTALK安不上，报错v8没有，一步步解决

背景介绍我们课题组是租用的公司的共享服务器，当然也就没有管理员权限（他们说的root权限，所以用conda建小环境，conda安软件很重要，后面会提到）。第一步安装报错，排除网络问题（下载不下来软件）我直接在R上安装iTALK，2种方式都尝试了：方法1,直接从github上去下载安装，代码是devtools::install_github("Coolgenome/iTALK",build_vign
八段锦1134·2024-01-19 03:54

不做WB或免疫组化，也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐

其利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达
尐尐呅·2024-01-19 00:30

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（二）：数据加载

输入/输出Immunarch包提供了以下函数进行数据的读取和保存：repLoad-toloadtherepertoires,havingcompatibleformat.repSave-tosavechangesandtowritetherepertoiredatatoafileinaspecificformat(immunarch,VDJtools).其中，repLoad函数可以自动检测输入文件
Davey1220·2024-01-18 18:05

10X单细胞（10X空间转录组）画图操作之二维colorbar

之前一些同学一直问一个问题，如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况，但是最直观的思考就是一个点（cell）如果展示两个基因的表达量，那必将填充两种颜色，这明显是不可行的，结果将是两种颜色的叠加，当然这种情况又是必须的，因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况，那么今天就给大家带来一种方法，设置二维colorbar，以下图为例：图片.png图上展示的就是
单细胞空间交响乐·2024-01-18 17:16

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10
Tiger Z·2024-01-18 12:30

谷子功能基因组学数据库

随着近年来的发表的两篇基因组文章，加快对其转录因子、代谢途径的研究，但是，这些分析通常发表于不同杂志期刊，缺少一个整合性，研究
天明豆豆·2024-01-18 12:02

2020-12-03 慢病毒

慢病毒背景慢病毒载体慢病毒载体（lentivirusvector,LV）是一类来源于逆转录病毒的载体，慢病毒之所以是称为慢病毒，是因为感染的主要临床特点是在出现典型的临床症状以前，经历较长的潜伏期，之后缓慢发病
谢某丶·2024-01-18 11:54

第一篇新冠单细胞文献！|解读

我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读，基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析，而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞转录组分析，是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献
生信宝典·2024-01-18 07:04

无参转录组起步

刘小泽写于19.2.1发觉好久没写了，果然临近过年事情比较多，最近重新开始无参转录组。
刘小泽·2024-01-18 06:46

伴你称王

单细胞的船长面对着大海许下了诺言，孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了，不过不要紧，因为现在有了新的理由，戴在头上的草帽并不只是虚无的存在，那是我与你诺言的见证，杰克。
MyPrayer_·2024-01-18 06:26

如何用转录组数据定量肿瘤浸润免疫细胞

有哪些方法可以用于评判肿瘤免疫浸润ToolTypeMethodCelltypesCodeavailabilityCellMixReferencesTIminerMPrerankedGSEADifferentgenesetswith31[10],28[11],and64celltypes[12]http://icbi.i-med.ac.at/software/timiner/timiner.shtm
王子狐·2024-01-18 01:06

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。
生信大碗·2024-01-18 00:53

生物信息百Jia软件（21）：hisat2

基因学苑Q群：32798724编者按现在的软件更新实在太快了，光是转录组用来比对的软件就有很多，bowtie，tophat，star，现在又有hisat以及hisat2，这款软件居然不叫tophat3。
基因学苑·2024-01-17 21:53

生命的进化与演进

地球上的生命，从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物，从原核生物进化为真核单细胞生物，然后按照不同方向发展，出现了真菌界、植物界和动物界。
海阔天空下的农民·2024-01-17 15:14

社区游戏｜元宇宙里的我

我是一只生活在6000米深海的单细胞多孔动物，俗称海绵，不是海绵宝宝哦，我也没有像派大星那样的伙伴陪伴在身边。在阳光照不到的深海，我孤独的活着，活了五亿年了。
潇子雯·2024-01-17 15:08

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。
生信宝典·2024-01-17 09:34

诱导多能干细胞将被用于人体心脏修复

无人机帮助鲸鱼免受海洋垃圾的侵袭▼细胞大小的机器人瞄准细菌对抗疾病诱导多能干细胞将被用于人体心脏修复诱导性多能干细胞（Inducedpluripotentstemcell），又称人工诱导多能干细胞，是一种由哺乳动物成体细胞经转录因子等手段脱分形成的多能干细胞
活字印刷·2024-01-17 06:52

一只草履虫的故事

有这么一只草履虫，从来不愿意承认自己是单细胞的生物，总是刻意装出有别于它们族群的样子，渐渐的，也忘记了自己的本质。它把自己当成一只猫去生活，去成长。
愿有加一碗饭的幸福·2024-01-17 03:01

单细胞转录组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析

前言最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制
恩喜玛生物·2024-01-16 23:07

Alphalens因子分析(4) - Information Coefficient方法

在前面的笔记中，无论是回报分析，还是因子Alpha，它们都受到交易成本的影响。信息分析(InformationAnalysis)则是一种不受这种影响的评估方法，主要研究方法就是信息系数(InformationCoefficient)。信息系数的范围为-1到1，绝对值越大，表明因子与收益之间的相关性越强；绝对值越小，表明因子对收益的贡献越小；因此，0表示因子对收益完全不产生贡献，1表示完美的线性关系
量化风云·2024-01-16 22:20

2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活

在这里，我们使用单细胞多组学分析，从107,201细胞中研究了细胞异质性、转录组调控和微环境因素的动态变化，这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本，这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。
一只小脑斧·2024-01-16 20:43

易基因：表观遗传学和表观转录组修饰在植物金属和准金属暴露中的作用 | 抗逆综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。非必需金属（non-essentialmetal）和准金属（metalloid，也称类金属）对土壤的污染是全球许多地区面临的严重问题。这些非必需金属和准金属对影响作物产量和人类健康的所有生物体均有毒性。作物暴露于高浓度的这些金属中会导致矿物质稳态失调、光合作用效率降低、细胞分裂抑制、氧化应激、基因毒性影响，以及随后的生长阻碍。植物可以激
易基因科技·2024-01-16 13:53

易基因： RNA m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用｜综述

m7G修饰是RNA转录后修饰之一，存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定，揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。
易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱
易基因科技·2024-01-16 13:21

易基因：ChIP-seq等揭示Runx2通过转录调控Itgav表达激活肝星状细胞以促进肝纤维化｜科研进展

先前的研究表明，runt相关转录因子
易基因科技·2024-01-16 13:20

如何找到靶基因上游的转录因子

众所周知，转录因子结合在基因启动子区域调控基因的表达，是基因表达量改变最重要的调控方式。那转录因子与靶基因之间的对应关系便成为研究的重点。
爱基百客·2024-01-16 12:42

国自然热点|超级增强子“super”在哪？cell重磅发现：新型DNA调控元件——促进子

增强子（enhancer），又可称为强化子，是DNA上一段可与蛋白质（反式作用因子，trans-actingfactor）结合的区域，可以被转录因子等蛋白结合从而激活基因转录。
爱基百客·2024-01-16 12:42

24分+的医药顶刊带你学习表观组学解析超级热点“肿瘤耐药”的机制

这些癌症中出现组蛋白去甲基化酶的持续表达，给转录适应和耐药性提供可能。因此，靶向表观遗传调控因子是逆转肿瘤耐药的有效策略。在黑素瘤小鼠模型中对于
爱基百客·2024-01-16 12:11

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！
爱基百客·2024-01-16 12:40

利用igraph包可视化基于KNN的单细胞聚类关系

0、背景（1）在Seurat等包中，在进行挑选高变基因，PCA分析后，多使用SNN(sharednearestneighbor)算法进行单细胞聚类，然后进行TSNE或者UMAP二维可视化。
小贝学生信·2024-01-16 11:55

根瘤固氮单细胞核转录还能这么用！

实验设计单细胞核转录组（snRNA-seq）：使用根瘤菌接种大豆幼苗，14天后取样，取样分为N组（包含根瘤和根）和R组（
SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建
SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

hello，大家好，今天我们来分享Velocyto如何在空间上的运用，10X单细胞数据做RNAVelocyto大家应该都已经不陌生了吧，相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容
单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

文献集锦 | 学术爆款“空间转录组”最新研究与应用

文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊
ee00dc6faab7·2024-01-16 00:03

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。
学术程稻属·2024-01-15 20:34
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