单细胞转录因子分析第4页

Seurat - 聚类教程 (1)

在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了测序。可以在此处[2]找到原始数据。我们首先读取数据。

冷冻工厂·2024-02-09 09:38

蛀牙

下面我就给大家介绍一下细菌:细菌是一种单细胞的生物。他们通过你吃的食物和你所吸入的空气，进入你的身体。很多种细菌，当它们抵达你的嘴巴时，就被杀死了。

平凡一生123·2024-02-09 09:24

中介分析——R包

lavaan包包名：潜变量分析用途：拟合多种潜变量模型，包括验证性因子分析、结构方程建模和潜变量增长曲线模型。

weixin_52505631·2024-02-09 05:18

Week9 — 遗传DNA甲基化在早期胚胎发育中对染色质开放性的调控机制研究

InheritedDNAmethylationprimestheestablishmentofaccessiblechromatinduringgenomeactivationdoi:10.1101/gr.228833.1172018年5月发表于GenomeRes.概括提出问题：动物受精后表观修饰会从配子全部或部分遗传给后代，这个过程需要正确的转录调控

六六_ryx·2024-02-09 05:46

单细胞：CEL-Seq2 数据分析（劝退篇）

参考文献：CEL-Seq2:sensitivehighly-multiplexedsingle-cellRNA-Seqgithub：GitHub-yanailab/CEL-Seq-pipeline下载：wgethttps://github.com/yanailab/CEL-Seq-pipeline/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz解压后只有这些文件CEL-Seq-pipe

11的雾·2024-02-09 04:42

单细胞: 将meta.data plot 到UMAP图上的几种方法

这里准备了一个文件，是要将这个文件中的信息plot到umap图上，文件有3列image-20230222064141508.png今天的目标就是:将第一列barcodeplot到umap上将第二列clonotypeidplot到UMAP上将第三列countsplot到umap上用count的大小表示clonotype的大小，且每个clonotype分别用不同的颜色。首先要有一个seuratobj,

11的雾·2024-02-09 03:20

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-02-09 01:56

单细胞转录组之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化

1.Seurat包的安装及数据的准备1.1加载需要的包和数据if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Seurat")library(Seurat)#devtools::install_github('satijalab/seurat-d

青青青山·2024-02-08 23:32

「转录组」从环境配置之conda

image.png什么是condaconda：开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。系统：适用Linux，OSX和Windows。For：为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。【生物信息学频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量

旮旯蜗牛_c299·2024-02-08 21:35

mRNA新冠疫苗会制造“转基因人”？没那么容易被“转”

这两天，一段聊天记录在网上热传，聊天记录中，名为“姜凯NY”者称，mRNA新冠疫苗可以通过逆转录，将病毒的基因插入人体染色体，接种者将因此变成转基因人。一时间，引发很多人的担忧。

BBCearth·2024-02-08 14:56

中国电子学会2020年06月真题C语言软件编程等级考试一级（含解析答案）

中国电子学会考评中心历届真题（含解析答案）C语言软件编程等级考试一级2020年06月编程题五道总分:100分一、鸡尾酒疗法（20分）鸡尾酒疗法，指“高效抗逆转录病毒治疗”。

CC编创·2024-02-08 12:33

每天一个数据分析题（一百五十六）

C.因子分析通常不适用于预测类模型，因为它更侧重于变量的可解释性而非预测准确性。D.奇异值分解专门用于方阵数据的维度归约，不适用于非方阵情况。题目来源于CDA模拟题库点击此处获取答案

紫色沙·2024-02-08 09:51

CRNN介绍：用于识别图中文本的深度学习模型

用于识别图中文本的深度学习模型CRNN介绍：用于识别图中文本的深度学习模型CRNN的结构组成部分工作原理CRNN结构分析卷积层（ConvolutionalLayers）递归层（RecurrentLayers）转录层

kadog·2024-02-08 07:50

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通

ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

R统计绘图 - 柱状图

39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)中提到了较多堆积柱状图的

生信宝典·2024-02-08 01:35

DNA replication stress --DNA 复制压力

有许多原因会导致复制压力，其中有:1.核糖核苷酸的错误掺入2.不寻常的DNA结构3.复制和转录同时进行的问题4.基本复制因子不足5.染色质处于压缩状态(Chromatininaccessibility)

寒山梦绮·2024-02-07 18:58

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq数据的准确比对是一个具有挑战性但尚未解决的问题，因为转录结构不连续

sunlight_yy·2024-02-07 14:29

Q30与Phred值

转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确率为99.99%。

新欣enjoy·2024-02-07 10:57

学习：StatQuest-RNA-seq技术重复

概念首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复，我们的RNA-seq的data产生差异是正常的，关于差异来自于几个方面：生物学多样性，个体间差异，即便是同一物种（基因组相同），其转录本也未必都相同image.png

小潤澤·2024-02-07 09:11

2021-12-10

2021-12-1007:02收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=53.242推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：这篇文章介绍了诱导多能干细胞(iPSC)存在线粒体单核苷酸变异(mtSNV)，近年来的单细胞分析表明

图灵基因·2024-02-07 08:30

前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展

空间转录组学是一个迅速发展的领域，有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。

尐尐呅·2024-02-07 08:31

因子分析1——python因子的异常值处理、标准化、市值/行业中性化

文章目录基本数据清洗流程1.异常值处理（绝对中位差）2.数据标准化3.市值中性化4.行业中性化完整示例程序基本数据清洗流程下面都是对截面数据的一些基本处理流程，方便后续的分析与建模。基于截面数据的建模并不是说：当前截面的情况对应了未来就会如何如何，而是后验的去描述，未来表现如何如何时，历史上的截面数据大概有什么样子的表现1.异常值处理（绝对中位差）原始数据的分布在使用一些拟合的方法时，异常值（超大

呆萌的代Ma·2024-02-07 08:33

单细胞分析——深入理解 AnnData 数据结构

新手，纯搬运工【内容出自https://cloud.tencent.com/developer/article/1817039】一、环境准备：搭建Python高效开发环境：Pycharm+Anaconda二、安装scanpypipinstallscanpy三、AnnData1、AnnData介绍与结构AnnData是用于存储数据的对象，一般作为scanpy的数据存储格式。image.png下面我们

春娃赛如花·2024-02-07 05:15

scanpy 教程 1：预处理和聚类 3k PBMCs

Tiger Z·2024-02-07 03:02

【单细胞】Python单细胞分析数据结构AnnData

1AnnData数据结构参考文献[1][2]Python单细胞分析数据结构——AnnData[3]scanpy单细胞分析包图文详解01|深入理解AnnData数据结构[4]Scanpy(一)AnnData

一穷二白到年薪百万·2024-02-07 03:32

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2024-02-07 03:31

python小白入门单细胞分析scanpy

Scanpy和Seurat基本上完全一样，Scanpy构建的对象叫做AnnData对象，他的数据存储是以4个模块存储（如下图）如果你不理解scanpy这种数据结构的话，可以对比学习一下seurat中数据结构单细胞直播三

生信小博士·2024-02-07 03:01

最全的Scanpy教程笔记 Preprocessing and clustering 3k PBMCs

最全的Scanpy教程笔记代码来源scanpy的官方教程代码的解释来源web本人也在学习scanpy分析单细胞数据，但是网络上对于scanpy的流程并没有太多详细的解释。

Pandora qiu·2024-02-07 03:01

10X单细胞（10X空间转录组）多种通讯软件联合分析之liana

hello，今天我们分享一个简单的，将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起，分析我们的单细胞数据，直接看看代码部分注意一个名词，cell-cellcommunication(CCC)，细胞通讯的软件方法很多了

单细胞空间交响乐·2024-02-06 21:15

2021-11-02

CancerCell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应（2）原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用单细胞分析报告了CAR

图灵基因·2024-02-06 20:51

PCA图

首先，要准备好要分析的转录组数据。

呼啦啦可爱的Sherry雪莉·2024-02-06 17:39

2022-08-14

我想完善一下，会使用Linux，会使用R语言，学了转录组分析的流程和

佳奥·2024-02-06 09:00

谈谈数次生信线下活动的收获和体会

http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份，共进行了5次培训研讨活动，内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列

生信宝典·2024-02-06 08:48

六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章：氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制

近些年，转录组测序凭借其周期短，价格低，普适性高等优势，备受科研人员的青睐。

ee00dc6faab7·2024-02-06 02:30

文献分享-Cas9系统中引导RNA的研究进展

本文是一篇中文综述，于2018年12月发表于《生物技术通报》，文章对CRISPR/Cas9系统中的引导RNA研究进展进行了综述，围绕引导RNA的序列组成、结构特征以及转录产生方式这3方面内容，展望引导RNA

去学习一下啊·2024-02-05 23:40

Paper_7: Natural killer/T cell淋巴瘤的基因组、转录组特征

HighlightsIntegratedanalysisprovidesinsightintothemolecularclassificationinNKTCLEBVlyticgenesplayanimportantroleonNKTCLpathogenesisGenomicalteration-basedmolecularsubtypesassociatewithclinicaloutcomes

TOP生物信息·2024-02-05 23:47

单细胞 CUT&Tag 分析复杂组织中的组蛋白修饰和转录因子

单细胞CUT&Tag分析随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。

felix108·2024-02-05 19:17

RNA-seq转录组数据分析

B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access

医学小白学生信·2024-02-05 15:35

单细胞分析常用包

安装基础包install.packages("devtools",dependencies=T)install.packages("BiocManager",dependencies=T)install.packages("tidyverse",dependencies=T)install.packages('Seurat',dependencies=T)设置国内镜像options(BioC_mi

Drgexy·2024-02-05 10:18

20200814（287）生存空间

从单细胞生物到多细胞生物，从无脊椎动物到脊椎动物，从鱼类到爬行动物到我们的祖先猿人，所能存活的生存空间越来越小。

Larus_317b·2024-02-05 01:55

2021-10-14

NatGenet|单细胞表观遗传组学研究肿瘤细胞异质性和可塑性原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文分析了近期两项表征了神经胶质瘤的单细胞

图灵基因·2024-02-05 01:12

2022-08-25

细胞级表达图谱匹配测序和病理图像，发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：①空间分辨转录组学

图灵基因·2024-02-04 23:21

每日paper - 20211111 - 哺乳动物基因表达调控的全局定量分析

基因表达是一个多步骤的过程，包括转录、翻译和信使RNA与蛋白质的周转（turnover，应该是类似于代谢、降解的意思？）。

阿芃·2024-02-04 21:49

基因重排

基因重排基因重排是指将一个基因从远离启动子的地方移到距启动子很近的地方从而启动转录的方式。目录1简介▪基因内重排▪基因间重排2应用介绍3其他简介基因重排分基因内重排和基因间重排。

Seurat_Satija·2024-02-04 03:22

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。

单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！

切瓜少年·2024-02-03 20:37

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2建索引和比对史上最快的转录组流程

dicklim·2024-02-03 15:13

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:38

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记单细胞ATAC测序前言scATAC-seq数据怎么得出的？

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

推荐频道

单细胞转录因子分析