单细胞转录因子分析第8页

评估LLM在细胞数据上的实用性(2)-细胞层面的评估

在细胞数据上的实用性(1)-基本概述目录定义参数和任务批次整合多模态整合细胞类型注释细胞层面的评估批次整合多模态整合细胞类型注释定义我们考虑一个预训练LLM表示为M(x,θ)M(x,\theta)M(x,θ)，其基于单细胞数据集

tzc_fly·2024-01-12 17:27

转录本的统计指标N50 vs ExN50

刘小泽写于19.2.19之前得到转录本的时候，我们使用TrinityStats.plTrinity.fasta这个命令对转录本进行了统计，结果包含了ContigNx长度的统计，例如：$TRINITY_HOME

刘小泽·2024-01-12 17:07

对人的全面了解(五)

达尔文的《物种起源》推翻了欧洲文明中的物种神创论和物种不变论，提出了物种变异伦和生物进化论，说明所有生物伴随着地球的演化进程而形成，所有的生物之间有着密切联系，地球上的无机物合成有机物，有机物组成单细胞生物

张老大186·2024-01-12 13:40

空间转录组文章精析-第一期黑色素瘤遗传异质性

本期，我们一起来分析一下2018年发表在CancerResearch（2019年该杂志最新影响因子为8.378）上的一篇由瑞典皇家理工学院发表的关于皮肤恶性黑色素瘤的文章。文章题目：SpatiallyResolvedTranscriptomicsEnablesDissectionofGeneticHeterogeneityinStageIIICutaneousMalignantMelanoma空间

我爱工作_工作使我快乐·2024-01-12 10:02

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM

sckit包括单细胞分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek

恩喜玛生物·2024-01-12 08:25

使用推测解码 (Speculative Decoding) 使 Whisper 实现 2 倍的推理加速

OpenAI推出的Whisper是一个通用语音转录模型，在各种基准和音频条件下都取得了非常棒的结果。最新的large-v3模型登顶了OpenASR排行榜，被评为最佳的开源英语语音转录模型。

Hugging Face·2024-01-12 07:59

单细胞测序初学者指南

自我们在科学的早期阶段就被告知，我们身体中的每个细胞都有完全相同的基因信息(除一两个细胞之外)。因此，如此多样化的细胞来自基因表达--每个细胞必须表达一组基因，并抑制另一组基因才能正常工作。即使我们有了这些知识，我们仍然很难确定哪个基因(或一组基因)对该细胞才是至关重要的。这不仅是因为技术上的困难，还因为细胞在不断变化，不断适应。因此，基因表达几乎就像薛定谔的猫。一个混乱的概念，很难理解，但非常有

11的雾·2024-01-12 00:48

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

我们前面已经说过了单细胞marker/或者其他任意基因的热图的简单修饰（单细胞基因可视化之热图改造修饰1），仅仅是基于颜色和DoHeatmap函数的参数修饰。

KS科研分享与服务·2024-01-11 22:36

1025晨读笔记书名《阿米巴经营》

阿米巴，它最初是指一种单细胞虫子，也叫变形虫。稻盛和夫用阿米巴来指代一个核算单位，也就是指在企业里拥有明确的志向和目标、持续自主成长的独立组织。

苏小文S·2024-01-11 20:42

全长转录组-结构分析

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后（全长转录本鉴定，全长转录本比对），便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。

生信阿拉丁·2024-01-11 17:46

10X空间转录组空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceX

而不是标准的差异单基因分析，参考文章在SpaceX:GeneCo-expressionNetworkEstimationforSpatialTranscriptomics，非常棒的文章，很适合用于分析空间转录

单细胞空间交响乐·2024-01-11 15:06

这个工具让你５分钟搞定GSEA分析！还不来看看？

在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？

科研小行星·2024-01-11 15:56

单细胞基础教程：跨条件整合分析

导读撰写本文的主要目的是：整合处理与对照后的PBMC（Humanperipheralbloodmononuclearcell，人外周血单个核细胞）数据集以了解细胞类型特异性反应和整合的作用。本教程介绍了来自Kang等人，2017年的两组PBMC的比对情况。在这个实验中，PBMCs被分成处理组（刺激组）和对照组，处理组使用干扰素β处理。对干扰素的应激导致细胞类型特异性基因表达发生变化，这使得对所有数

冷冻工厂·2024-01-11 14:26

因子分析——主成份算法实现

主因子分析，在炼数成金课程中提到：降维的一种方法，是主成分分析的推广和发展是用于分析隐藏在表面现象背后的因子作用的统计模型。

weixin_30685047·2024-01-11 11:06

4.AI实时语音转录——Flask从制作到起飞，零件级颗粒度制造

1.包管理重新生成项目依赖文件$pipinstallpipreqs$pipreqs--force更新virtualenv的packages$virtualenv--clearvenv$pipinstall-rrequirements.txt目前还没有特别好的自动包管理工具，pipreqs会遗漏一些package，pipfreeze不能很好的区分package和packagedependency，比

Sisyphus235·2024-01-11 09:37

GS-7340 hemifumarate

15232BAnti-infection-GS-7340(Tenofoviralafenamide)hemifumarate是Tenofovir(TFV)的前体，Tenofovir(TFV)是一种HIV-1核苷酸逆转录酶抑制剂

莫小枫·2024-01-11 09:25

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞

瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

2021-08-04 mRNA display

在体外利用T7RNA聚合酶将DNA转录成RNA，把RNA的3′端和带有嘌昤霉素的RNA

NAome·2024-01-11 05:18

评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述

tzc_fly·2024-01-11 03:01

两药治疗方案首次被批准用于HIV-1治疗

2019年4月9日，美国食品和药物管理局宣布批准Dovato，这是首个被批准的两种药物、固定剂量、完整的治疗方案，用于没有接受过抗逆转录病毒药物治疗的HIV-1成人。

重燃爱不断小心爱悦奔一生·2024-01-11 02:49

生命的演化5——真核生物的繁荣

除了病毒，单细胞便可以构成最简单的生命体。生命可以分为由细胞构成和非细胞构成两大类。非细胞构成的生命即病毒，它只有一条DNA（或RNA）长链，外面包裹着一层蛋白质。

数元·2024-01-11 01:34

英伟达推新AI语音识别模型Parakeet 号称优于Whisper

领先的开源对话AI工具包NVIDIANeMo宣布推出ParakeetASR模型系列，这是一系列最先进的自动语音识别（ASR）模型，能够以出色的准确性转录英语口语。

智云研·2024-01-10 23:14

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

许多生信分析，两个阵营都发展出了自己的方法，比如单细胞数据分析，R有Seurat，Python就有Scanpy。这些层出不穷的方法不断地吸引着吃瓜群众的眼球，同时也让人患上了选择困难症。到底谁优谁劣？

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

Alphalens 因子分析 - 以低换手率因子为例(1)

因子分析是量化研究的基本技能之一。通过因子分析，找出有效的因子，通过相关性去重后，就可以通过机器学习、线性回归等方法把因子组合起来，构成交易策略。

量化风云·2024-01-10 11:46

Alphalens因子分析(2) - 低换手率因子秒杀98%的基金经理？

上一篇笔记，我们已经为因子分析准备好了数据。这一篇笔记，我们就进行因子分析。分析过程在Alphalens中非常简单，核心是读懂它的报告。

量化风云·2024-01-10 11:43

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

10X空间转录组数据分析之功能信号网络（Ligand---receptor----downstream genes network）

今天我们要继续空间转录组的分析内容，还是主要研究细胞在空间位置上的相互作用，参考文章在Decodingfunctionalcel

单细胞空间交响乐·2024-01-10 01:29

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

单细胞转录组数据分析||界面版数据分析工具简介

随着单细胞转录技术以及分析方法的成熟，人们基于已经成熟的命令行或编程工具陆陆续续来发出了在线分析平台和Windows（界面）工具。今天，卑微小王为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。

周运来就是我·2024-01-09 03:13

circRNA测序及机制全面讨论

纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。

纪伟讲测序·2024-01-08 16:46

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对

javen_spring·2024-01-08 15:16

海贼王，我当定了

单细胞的船长面对着大海许下了诺言，孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了，不过不要紧，因为现在有了新的理由，戴在头上的草帽并不只是虚无的存在，那是我与你诺言的见证，杰克。

流氓也丶可爱_cdec·2024-01-07 20:27

2021-11-14

NatMed|空间转录组学分析单细胞分辨率图谱原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=28.547推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了SpaGCN，一种图卷积网络方法，其可通过图卷积从相邻点聚合每个点的基因表达

图灵基因·2024-01-07 16:58

10X单细胞 && 10X空间转录组分析之cellphoneDB可视化进阶

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节考虑空间位置的通讯分析手段---

单细胞空间交响乐·2024-01-07 15:22

2022-07-17

NatBiotech|单细胞全长转录组分析新方法：实现廉价和高通量原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164

图灵基因·2024-01-07 07:25

真核原核生物常用的启动子分类

常见的真核和原核表达系统的启动子真核启动子编号启动子主要用途RNA转录本描述表达备注1CMV常规表达用m

巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-07 00:18

【Amazing brain】之人脑前额叶背外侧皮质空间基因表达谱

10XGenomicsVisium空间转录组的初探索编辑：陆瑶校对：ANIMUS编者按：脑科学是最迷人的学科之一，也是最可能取得重大突破的学科，一直是全世界科学研究热点。

ANIMUS爱丽慕斯·2024-01-06 19:23

各种组织的marker gene

最近做单细胞分群，总结一下我自己查文献查到的各种组织有哪些细胞，这些细胞的markergene是什么。注意这些都是mice中的哦！

微光**·2024-01-06 14:11

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录1、由于fastq不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat

微光**·2024-01-06 14:11

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）因为每次打开这个网页都非常慢，所以我讲这个网页进行一个翻译，方便学习。

微光**·2024-01-06 14:41

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

自2013年，CRISPR/Cas9系统的应用又得到了更广泛的扩展，我们可以将Cas9带到特定的基因组位点，通过起始或停止转录来调控靶基因，达到激活或抑制基因表达的目的从“CRIS

Seurat_Satija·2024-01-06 13:35

分类任务的性能度量

对于诸如分类和转录任务，我们通常度量模型的准确率。准确率是指该模型输出正确结果的样本比率。我们也可以通过错误率得到相同的信息。错误率是指该模型输出错误结果的样本比率。

心水·2024-01-06 13:32

MicroRNA目标识别和调控功能

19167326doi:10.1016/j.cell.2009.01.002文章比较久远，仅列出自己需要的内容摘要MicroRNA（miRNA）是内源性〜23-ntRNA，可通过与蛋白质编码基因的mRNA配对并对其转录后抑制

奶盐味·2024-01-06 03:51

论文图鉴14：多组学2

多组学1在这里论文日鉴7--单细胞数据整合-(jianshu.com)MOGONEMOGONETintegratesmulti-omicsdatausinggraphconvolutionalnetworksallowingpatientclassificationandbiomarkeridentification

可能性之兽·2024-01-06 01:37

单细胞基因可视化之热图改造修饰1

单细胞基因可视化中热图也是比较受欢迎的，在分析完每群的marker基因之后，可以挑选显著的gene用seurat自带函数DoHeatmap可视化。当然也可以选任意自己想展示的基因进行可视化。

KS科研分享与服务·2024-01-05 23:58

10X空间转录组----空间临近通讯的实现方法

EstimatingMicroenvironmentfromSpatialDataNICHESisatoolsetwhichtransformssingle-cellatlasesintosingle-cell-signalingatlases.Itisengineeredtobecomputationallyefficientandveryeasytorun.Itinterfacesdirect

单细胞空间交响乐·2024-01-05 23:03

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