单细胞转录组

SeuratData||你需要的单细胞数据分析实例数据合集

SeuratData是一种使用R的内部包和数据管理系统以Seurat对象的形式分发数据集的机制。它代表了一种方便用户访问Seurat中使用的数据集的方法。我们创建了seuratdata，以便以尽可能方便和可重复的方式分发seuratvignette的数据集。我们还希望为用户提供灵活性，以便有选择地安装和加载感兴趣的数据集，从而最大限度地减少磁盘存储和内存使用。为了实现这一点，我们选择通过单个R包分
周运来就是我·2023-10-06 17:20

10x单细胞数据分析之表达定量

1.单细胞测序数据格式通常使用illumina的NovaSeq/Xten对10x单细胞平台构建的文库进行测序。
felix108·2023-10-06 10:46

转录组分析笔记（4）质量控制

fastq-dump将sra数据转换成fastq格式for((i=59;i<=62;i++));dofastq-dump--gzip--split-3-Arawdata/SRR35899$i.sra-O/01fastqdata;done结果没有文件输出111.jpg删了输出文件夹，就可以了（时间约2个小时）for((i=59;i<=62;i++));dofastq-dump--gzip--spli
韦巍_e3f3·2023-10-06 10:44

2021-10-19

NatBiotech|整合空间转录组进行单细胞分割原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：huacishuIF=54.901推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、研究人员描述了一种分割方法
图灵基因·2023-10-06 06:22

化繁为简

简单却又强大复杂是由简单构成的很难想象现在的万事万物，都是由单细胞发展而来的。
率性修道我心光明·2023-10-05 17:58

SCENIC||单细胞基因调控网络推断与聚类

SCENIC主要用于基因调控网络的重建和细胞状态的鉴定。（a）使用GENIE3或GRNBoost推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。RcisTarget可识别那些调节子的结合基序在目标基因中显着富集的模块。并创建仅具有直接target的调节单元。AUCell对每个细胞中每个调节单元的活性进行评分，从而产生活性矩阵。细胞状态基于调节子网络的共有的活性。（b）SCENIC在小鼠大脑数据上的结果;
生信编程日常·2023-10-05 17:17

史前人类留下的“高科技”，说明人类真的灭绝了几次了吗？

地球存在的时间有45.4亿年，地球生命的出现在35亿年前，最开始的生命是一种单细胞，这种单细胞是一种细菌，它们存在于海洋中。在经过几亿年的变化后，细菌开始登上陆地，又过了几亿年单细胞分裂成多细胞。
史来快克·2023-10-05 14:53

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（三）：多样本数据整合

Seurat使用单细胞数据综合集成中介绍的数据整合方法，而Scran和Scanpy使用相互最近邻方法（MNN）。以下是用于多样本数据集整合的常用方法：MarkdownLanguageLibraryR
Davey1220·2023-10-05 07:51

热点综述 | 跨模态单细胞分析的最佳实践

跨模态的单细胞数据的可用性越来越高，推动了新的计算方法的发展，以帮助科研人员获得生物学见解。
wen05054105·2023-10-05 01:17

Nature Methods | 空间组学数据库推荐：SODB

主流空间组学技术包含空间转录组、空间蛋白质、空间代谢组等。随着技术的发展，大量的空间组学数据快速产生，并存储在各种异构数据平台中。
wen05054105·2023-10-05 01:17

前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展

空间转录组学是一个迅速发展的领域，有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。
wen05054105·2023-10-05 01:17

Tangram Tutorial 2：配合 squidy 使用 Tangram

推荐先按顺序阅读往期内容：文献篇：1.文献阅读：使用Tangram进行空间解析单细胞转录组的深度学习和比对教程篇：1.TangramTutorial1：映射小鼠皮层MOp的snRNAseq数据到Slide-seq2
Tiger Z·2023-10-05 01:46

空间转录组学数据分析软件包和算法的比较分析

关注我们时空组/空间组学专辑的同学一定知道此前小编已经分享过很多空间转录组的分析工具，不过这么多工具，我们在做实际分析的时候要怎么选呢？
wen05054105·2023-10-05 01:46

单细胞跨模态分析综述

单细胞技术的最新进展使跨模态和组织位置的细胞高通量分子分析成为可能。单细胞转录组数据现在可以通过染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体库分析和空间信息进行补充。
tzc_fly·2023-10-05 01:16

空间转录组实战01: SpaceRanger定量

安装SpaceRangerhttps://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/downloads/latestcd ~/APPwget -O spaceranger-2.0.1.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/spatial-exp/spaceranger-2.0.
生信探索·2023-10-05 01:16

【无标题】

空间转录组自用笔记前言一、空间转录组分类二、实验内容1.选择二者之一2.结合scRNA及核染色3.空间转录组数据分析流程3.1预处理3.2用于下游分析的通用工具包3.3空间特征识别3.4去卷积3.5插补和映射到单个细胞
老铁加油666·2023-10-05 01:44

从进化的角度解释“先有鸡还是先有蛋”

2一开始地球上只有一些单细胞的生物，经过数十亿年的演变，才有了这么多物种，才有了人类这些灵长类动物。那么在进化的过程中，必定有一个阶段，会突然有一种生物因为基本突变，开始用蛋这样的
一个大于号·2023-10-04 20:06

文献阅读Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor

然而，单细胞数据存在独特的挑战，需要开发专门的方法和软件，以成功获得生物学发现。Bioconductor项目迅速发展满足这些需求，使用开源软件，并
生信start_site·2023-10-04 15:15

单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）

在上一篇中，我已经讲解了展示marker基因的前两种图形，分别是tsne/umap图、热图，感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。3.堆叠小提琴图展示marker基因相比于其他可视化形式，小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况。我的marker基因一共选了12个，下面来画图：Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画，library(xlsx)
TOP生物信息·2023-10-04 02:08

真实的世界——修罗地狱场

一个人从幼儿园，小学，中学，最后读到大学，考研读硕博，他的知识一直在累积，思维逻辑却是从来没有进步，反而大多都是最后步入错误的深渊，在错误的路途上渐行渐远，以至无药可救，最终蜕变到单细胞生物！
独行绝客·2023-10-03 22:37

2021-11-22

NatComm|单细胞克隆跟踪解码癌症异质性原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制单个癌症患者体内的单个肿瘤细胞表现出与生长、转移和化疗反应相关的不同行为。
图灵基因·2023-10-03 21:29

R——处理批次效应

（1）多个数据集合并在生信分析过程中，尤其是转录组分析中，经常会遇到测得数据不足，需要利用公共数据库中已有的数据，那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗？如果贸然混合，就会存在批次效应。
找兔子的小萝卜·2023-10-03 14:50

批量差异分析 批量findmarkers

各个单细胞亚群独立在两个分组做差异分析-腾讯云开发者社区-腾讯云(tencent.com)Idents(sce)=paste0('c',sce$group)table(Idents(sce))degs=
Young.Dr·2023-10-03 06:56

Seurat24节气之1立春---merge合并多组单细胞数据

道理你都懂，还是做不好单细胞。沉下心来，再看一遍道理。
Seurat_·2023-10-03 03:19

定量分析htseq

HTSeq使用注意事项简述：HTSeq是转录组定量分析的软件，其输入文件必须有bam（sorted）和GTF文件。
小鹏_哒哒哒·2023-10-03 02:27

单细胞转录组学生物标志物和靶点挖掘的新方法

单细胞转录组学（sc-RNAseq）研究，可以更加有效的解释组织的异质性，从单个细胞分辨率来解释更多bulk水平上难以解释的生物学问题。已经广泛用于肿瘤异质性、细胞发育、免疫微环境等课题研究。
felix108·2023-10-03 00:46

2022-05-04

2.消炎杀菌功效:多酚类化合物具有消炎的效果,再经由实验发现,儿茶素类能与单细胞的细菌结合,使蛋白质凝固沉淀,藉此抑制和消灭病原菌。
聂帅_cc72·2023-10-02 22:53

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

刘小泽整理于2019.4.19+4.26有幸参加了4.19的上海交大单细胞论坛，下面简单记录了一下会议内容单细胞测序技术探索人类胚胎发育-汤富酬教授简介：汤老师课题组主要围绕人类早期胚胎发育、多能干细胞的自我更新能力和多能性调控的分子机理
刘小泽·2023-10-02 19:08

外泌体多组学13-EVs转录组综述：cargo内含物以及占比情况讨论

外泌体和微囊泡是几乎所有类型的细胞都能释放的细胞外囊泡(ev)的两大类，在生物液体中非常丰富，ev的分子组成和释放都被认为是受到外界刺激的严格调控的。多项研究一致表明，ev可以在不同的细胞类型之间转移蛋白质、脂质和RNA，从而介导细胞间的通信和信号转导。重要的是，ev中的小非编码rna被认为是在受体细胞中发生的分子事件的主要贡献者。此外，外泌体和微囊泡中的RNA可以作为多种疾病的非侵入性的生物标志
_十三·2023-10-02 17:20

第一次用scanpy分析单细胞数据

InMay2017,thisstartedoutasademonstrationthatScanpywouldallowtoreproducemostofSeurat’sguidedclusteringtutorial(Satijaetal.,2015).WegratefullyacknowledgeSeurat’sauthorsforthetutorial!Inthemeanwhile,weha
Seurat_Satija·2023-10-02 16:17

单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control of scRNA-seq data

本文介绍了单细胞转录组数据分析非常重要的一步：数据质控。数据质控应当引起我们的注意，数据的清洁程度决定了数据挖掘的上限。数据质控的几个方向：低质量细胞、多细胞捕获、有效基因识别，细胞碎片，批次效应等。
周运来就是我·2023-10-02 09:23

转录组工具文献介绍

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wo_monic·2023-10-02 07:06

综述盘点|Nature：利用空间转录组技术探索组织结构

近日，美国纽约大学科研团队在Nature发表综述文章，回顾了常见的空间转录组技术，讨论了这些方法产生的数据的探索原则，检验了空间转录组技术在不同实验设计中的效用，并强调了该技术通过与其他数据模式的整合在生物学上的应用前景
百奥益康·2023-10-01 23:00

2022-01-08

NatureCancer|时序单细胞追踪揭示抗PD-1免疫治疗在肺癌中的作用机制原创风不止步图灵基因2022-01-0813:52收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：以PD
图灵基因·2023-10-01 16:14

Nature重磅综述：单细胞测序技术在癌症免疫治疗领域的应用

本文阐述了使用以scRNA-seq为主的单细胞分析技术取得的进展，特别是在肿瘤临床治疗、免疫疗法方面，讨论了
概普生信·2023-10-01 14:54

02.认识Seurat对象

关于Seurat对象的构建请参考：01.单细胞入门-Seurat对象创建Seurat对象结构及信息存储我们使用seurat官方pbm3k数据集作为示例,强烈建议直接阅读官方文档说明，有构建-整合拆分-质控全套流程和代码
科研小徐·2023-10-01 10:13

“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

LandscapandDynamicsofSingleImmuneCellsinHepatocellularCarcinoma》，为了同时整合两类数据（包括SMART-seq2和10X）（Hemberg-lab单细胞转录组数据分析
生信宝典·2023-10-01 09:09

单细胞108篇文献解读之14---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer

|文章题目：ATargetableEGFR-DependentTumor-InitiatingPrograminBreastCancer中文题目：乳腺癌EGFR靶向依赖的肿瘤启动程序发表期刊：cellreports发表时间：2017.10影响因子：8.032[图片上传失败...(image-2455af-1621337002656)]前言基底细胞样型乳腺癌(basal-likesubtypebre
Seurat_Satija·2023-10-01 07:26

单细胞测序-scRNA的测序基础

单细胞测序(single-cellsequencing)，顾名思义就是能从单个细胞中获取遗传信息的测序技术。单细胞测序技术为什么近来大火，那么它能帮科研工作者能解决哪些问题？
作图丫·2023-10-01 06:00

公开数据库纯生信：铁死亡联合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq强势回归

之前铁死亡已经在科研界掀起过一波风浪，铁死亡常规分析的文章基本都已发表，但是铁死亡热度依然没有减退，小编也一直在寻找铁死亡新思路出，这不，FrontImmunol（Q2,IF=7.561）铁死亡bulkRNA+scRNA分析的新思路就见刊了，bulkRNA+scRNA的分析也是近来的趋势，单独分析bulkRNA毕竟太过片面。公开数据库纯生信铁死亡bulkRNA+scRNA方案铁死亡激活评分模型有助
概普生信·2023-10-01 03:30

ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦

2、让火山图躺下来：倾斜45°的火山图3、跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化4、ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因但是最近在做单细胞差异基因可视化火山图的时候
KS科研分享与服务·2023-10-01 02:16

2022-08-13

NatureCancer|肿瘤相关成纤维细胞的单细胞分析原创骄阳似我图灵基因2022-08-1310:09发表于浙江收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：23.177推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：
图灵基因·2023-09-30 14:01

2022-07-20

Nature|单细胞测序揭示核染色体的位置决定了分离错误的频率原创骄阳似我图灵基因2022-07-2007:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制语音朗读本文音频：00:0009:48撰文：骄阳似我
图灵基因·2023-09-30 13:03

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，参考的文献在Single-cellmulti-omicvelocityinfersdynamicanddecoupledgeneregulation，非常棒的文章，我们先来分享文章，最后看看示例代码
单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

GPU版scanpy (rapids)实践 | 大型单细胞数据分析利器

作者：ahworld链接：GPU版scanpy(rapids)实践|大型单细胞数据分析利器来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。
seqyuan·2023-09-30 10:49

风是海里的鱼

它们都是自由的，明明是个单细胞得动物，却活的那么开心，你想过没有，去过自己的生活。什么生活，什么社会。心理学说，人的心理分为三种，本我自我超我。
风是海里的鱼·2023-09-30 05:34

再来日更

我一直自认为是个单细胞动物，一个时期只能专注做一件事。比如我考国考期间，基本业余时间全部都用在备考上了。现在在考证这个事情上暂告一段落。现在，重新开始参加这个活动，希望能持之以恒耕耘心情。
爱读书的冰冰·2023-09-30 05:55

转录组测序中的文件格式

FastQfastq是scRNASeq中最常见的原始数据格式。所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。bam/sam文件中含有样品制备信息、测序、比对、tab分割的单个read比对信息。bam文件信息某些测序设备会自动将您的reads映射到标准基因组，并提供BAM或CRAM
实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

文献(2): 综述_癌症相关成纤维细胞(CAF)的异质性【建议收藏】

上一个单细胞课题做了一些关于CAF的工作，当时就参考了这一篇综述。细胞亚群的解读算是单细胞课题中耗时耗力的内容，非免疫细胞更是如此，因为非免疫细胞的文献比免疫细胞少多了。
TOP生物信息·2023-09-29 23:49

单细胞测序CITE-seq cell hashing

Cellhashing是一种在单细胞rna测序平台上实现样本多线程和超负载的方法，由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室合作开发。
KK_f2d5·2023-09-29 22:08
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