单细胞转录组

RNA-seq 详细教程：分析准备（3）

学习目标了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中，RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。
冷冻工厂·2023-10-28 11:56

【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有

1.起因之前的代码(单细胞分析实录(17):非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法，只有4个python命令行，就跟Linux下面的lsgrep一样的。
TOP生物信息·2023-10-27 16:28

免疫组库数据分析||immunarch教程：Kmer 与 Motif 分析

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics单细胞免疫组库
周运来就是我·2023-10-27 12:55

单细胞scRNA-seq学习笔记6-单细胞批次效应

课程学习生信技能树单细胞转录组（基础）现在福利来了，单细胞课程免费开放了：#完整版视频上线！全！面！免！费！
天涯清水·2023-10-27 04:18

单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析

本文是参考学习单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija·2023-10-26 16:07

单细胞小谈：Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor Heterogeneity

前言前期单细胞文献阅读：单细胞好文1--Tracingtumorigenesisinasolidtumormodelatsingle-cellresolution单细胞好文2--Single-cellRNA-seqhighlightsintra-tumoralheterogeneityandmalignantprogressioninPDAC
冻春卷·2023-10-26 15:51

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

它的全部特性需要用单细胞空间分辨率在器官范围内对基因表达进行深入探索。
六博说·2023-10-26 13:45

2022-04-08

CliCanRes|黑色素瘤单细胞分析发现免疫治疗新靶点原创图灵基因图灵基因2022-04-0807:03收录于话题#前沿分子生物学机制肢端雀斑样痣黑色素瘤是一种罕见的皮肤癌。
图灵基因·2023-10-26 11:10

《终身学习》学习记录一

举例，单细胞细胞膜表面布满受体，用以收集环境的信息。现代人的学习焦虑。这个焦虑本质上是“谋
桃为果·2023-10-26 06:06

【单细胞转录组】KEGG通路反推基因列表

#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2NAME)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTID)PATH2ID<-mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAM
Geekero·2023-10-26 06:04

10X单细胞（10X空间转录组）之单细胞精度分析细胞通讯

开工了，到了我们上班的时间了，刚开始，我们来分享一些新出现的方法，看看方法上有哪些更新，我们虽然做不了潮流的引领者，但是要跟随潮流，保证自己不被时代抛弃，今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结，我们借鉴一下，并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细
单细胞空间交响乐·2023-10-26 03:34

2022-05-15

NatBiothech|通过空间转录组学与细胞类型对应关系原创存在一棵树图灵基因2022-05-1519:19收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=54.902推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了一种基于条件自回归的反卷积的方法
图灵基因·2023-10-25 20:29

人体微生物研究能改善临床肿瘤治疗吗?

利用突破性的DNA测序技术，科学家们确定了数以百万计的基因和成千上万种不同的物种，在我们体内的各种各样的细菌、病毒、真菌和单细胞微生物构成了人体的微生物世界。“微生物群落是一种复杂的代谢器
亨利福特健康·2023-10-25 17:16

代码解读- scanpy.pp.normalize_total

作者：童蒙编辑：angelicascanpy代码解读来啦~单细胞分析第一步是对数据进行标准化，标准化的方法有很多，下面给大家解读一下scanpy的一个：函数为：scanpy.pp.normalize_total
生信阿拉丁·2023-10-25 17:00

人的动物性，社会性，人性

在人类进化长河中，人的动物性是不能避免的，这也是万物有灵的表现，从单细胞生物到今天的我们
Luibe阁主·2023-10-25 15:14

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:37

转录组之质量控制（FastQC）[学习笔记通俗易懂版]

转录组之质量控制（FastQC）本文简介：这篇文章是经过了自己学习实践出来的，参考了很多资料，如若有大佬能指出错误，我将感激不敬，有错误，请在评论区留言，谢谢。
CYH-BI·2023-10-25 12:07

转录组之序列剪切（Trimmomatic）[学习笔记通俗易懂版]

转录组之序列剪切（Trimmomatic）本文简介：这篇文章是经过了自己学习实践出来的，参考了很多资料，如若有大佬能指出错误，我将感激不敬，有错误，请在评论区留言，谢谢。
CYH-BI·2023-10-25 12:07

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意（声明）：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:07

2021-09-30-day6-重点是

主要参考百迈客医学公众号的文章“SRA数据下载的几种常见方法”和生信星球公众号的文章“生信小白第19天--转录组实战(一)”。
重点是·2023-10-25 11:44

2021-08-05 Omics Playground在线转录组和蛋白质组数据分析工具

网站链接OmicsPlayground是一个免费的生信分析平台，可以用于组学数据的可视化、分析和挖掘。适用于没有任何计算基础的生物小白，界面友好、图形可视化，没有任何编程经验的人都能用。参考文献：MurodzhonAkhmedov,AxelMartinelli,RogerGeiger,IvoKwee.OmicsPlayground:acomprehensiveself-serviceplatfor
iColors·2023-10-25 11:00

上海见 | 易基因科技与您相约2023年中国微生物学会学术年会

图片来源：中国微生物学会公众号易基因科技受邀参加会议，将携原核三代甲基化、原核转录组、宏病毒组、细菌ChIP-s
易基因科技·2023-10-25 10:03

免疫组库数据分析||immunarch教程：Clonotypes annotation

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR前情提要：10×Genomics单细胞免疫组库
周运来就是我·2023-10-25 09:24

单细胞中的标准化和PCA：哈佛生信课程学习（一）

搬运自哈佛生物信息课程：《IntroductiontoSingle-cellRNA-seq》链接：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/lessons/05_normalization_and_PCA.html本节主要内容：CountNormalizationandPrincipalComponentAnalysisAfterattainingourhig
BINBINCC·2023-10-25 05:00

单细胞 RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群

2021年5月27日，美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章，该研究采用单细胞RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌
晶典教你玩转科研·2023-10-25 03:56

10X单细胞空间联合分析之十一（CellTrek）

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，第一天分享一个简单的内容，就是一个新的单细胞空间分析的软件，CellTrek，这个软件最新的地方在于添加了细胞之间的共定位分析，文章在Spatialchartingofsinglecelltranscriptomesintissues
单细胞空间交响乐·2023-10-24 21:01

单细胞预测doublets软件

在做单细胞测序时，常常出现一定比例的doublets,可以通过DoubletFinder去除。
生信编程日常·2023-10-24 07:51

跟着NatureMetabolism学作图：R语言ggplot2转录组差异表达火山图

论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论
凉亭下·2023-10-24 06:42

技术方法-谱系追踪_Cell Stem Cell

历史推荐汇总：2019年共推荐81篇单细胞领域高分文章（单细胞文献速递81篇·再见2019)。
安哥生个信·2023-10-23 13:31

单细胞矩阵iNMF分解

scINSIGHTforinterpretingsingle-cellgeneexpressionfrombiologicallyheterogeneousdata》的文章，利用IntegrateNMF的方法解决单细胞批次整合的问题越来越多的
小潤澤·2023-10-23 12:58

使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引
凉亭下·2023-10-23 08:34

时间序列的单细胞转录组数据分析

——恩格斯单细胞转录组数据分析在阐述多细胞生物发育与疾病进程方面已经开发了多种新的方法，如比较有名的轨迹推断(TI，trajectoryinference)。
周运来就是我·2023-10-23 08:12

单细胞36计之31---RPKM、FPKM、TPM

基础不牢，地动山摇，单细胞有时候也要计算这些值。
Seurat_Satija·2023-10-23 07:33

「文献06」植入前胚胎的染色质可及性和转录组图谱

日期：2019年2月9日——2019-Week6分类：「思路,方法」题目：Anintegratedchromatinaccessibilityandtranscriptomelandscapeofhumanpre-implantationembryosDOI:https://www.nature.com/articles/s41467-018-08244-0.pdf杂志：NatureCommuni
六六_ryx·2023-10-23 05:28

学习小组Day7——林瑶

一代测序（Sanger测序）：利用双脱氧核苷酸ddNTP去摸索DNA分子二代测序构建DNA文库上样桥式PCR测序名词结构化基因组学（核酸序列分析）转录组学（基因表达分析）蛋白质组学代谢组学Day7.png
瑶_4ff9·2023-10-23 05:18

单细胞测序文章图表复现05—免疫细胞亚群再分类

本文是参考学习CNS图表复现04—单细胞聚类分群的resolution参数问题的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_·2023-10-23 00:30

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲RNAseq的应用第二课RNAseq技术转录组概念中心法则
Drone_xjw·2023-10-21 20:42

2021-12-31

前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：人们对肿瘤克隆在组织内是如何组织的，以及癌症的发展在多大程度上是由克隆特异性遗传畸变或环境线索驱动的仍然知之甚少，依然需要有新的方法来整合基因组、转录组和空间的规模测量
图灵基因·2023-10-21 17:17

2022-04-02

CancerCell|高通量单细胞分析胶质母细胞瘤异质性原创骄阳似我图灵基因2022-04-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：作者及其研究团队使用高通量单细胞基因组分析方法来描述原发性胶质母细胞瘤以及匹配的患者来源的外植体和胶质球细胞系的遗传和转录组异质性
图灵基因·2023-10-21 16:12

分享一篇 Science 里不同批次的单细胞数据整合及批次校正方法

science.jpg分享一篇Science里不同批次的单细胞数据整合及批次校正方法[1]ZhengL,QinS,SiW,WangA,XingB,GaoR,RenX,WangL,WuX,ZhangJ,WuN
木舟笔记·2023-10-21 14:02

PhenoGraph聚类算法

单细胞域（domai
_linun_·2023-10-21 11:56

5.单细胞 RNA-seq：质控后相关流程

单细胞RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞，我们可以继续后续流程。最终，我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型，但是还有几个步骤需要完成。
denghb001·2023-10-21 10:09

2019文献汇总 | 单细胞与病毒感染

我的单细胞测序project主要是做炎症相关的单细胞转录分析，在检索paper的过程中，发现有关单细胞测序和病毒相关的文献是很少的，大致统计一下也不过十几篇，追根究底可能有两个方面的原因：（1）我们做感染的还是很穷哒
生信宝典·2023-10-21 09:32

BBKNN：python单细胞样本整合和批次效应处理算法

2020.09.09本教程介绍了Scanpy包自带的用于整合样本，并处理批次效应的BBKNN算法和用于对比的ingest基础算法。本文主要从函数的理解、软件包的使用和结果的解释入手，在PBMC和Pancreas两个数据集上实现，偏重于应用，基本不涉及批次效应的理论。批次效应的理论原理将在未来通过2篇论文来解释。1.依赖：（1）数据集（全部需要挂VPN）：PBMC：pbmc3k_processed(
切瓜少年·2023-10-21 01:02

CCPlotR | 轻松拿捏单细胞分析之细胞交互！~

1写在前面周末了各位，昨天去看了奥本海默，不得不说，大神就是大神。比起我们的电影，似乎诺兰更好地还原了奥本海默的真实。言归正传，今天分享的是CCPlotR包，用于基于scRNAseq数据推断细胞间相互作用的可视化。2用到的包rm(list=ls())#devtools::install_github("Sarah145/CCPlotR")library(tidyverse)library(CCPl
生信漫卷·2023-10-20 23:31

单细胞必学R包！~（一）（预处理与降维聚类）

1写在前面忙碌的一周结束了，终于迎来周末了。这周的手术真的是做到崩溃，2天的手术都过点了。真的希望有时间静下来思考一下。最近的教程可能会陆续写一下Monocle3，炙手可热啊，欢迎大家分享经验。2用到的包rm(list=ls())library(tidyverse)library(monocle3)3示例数据这里我们用一下准备好的示例数据，出自这篇paper：https://www.science
生信漫卷·2023-10-20 23:55

模式植物GO背景基因集制作

本期教程点击访问原文：模式植物GO背景基因集制作前言我们在做转录组数据分析时，大多数都会进行功
小杜的生信筆記·2023-10-20 21:47

空间转录组介绍

而最受欢迎的，莫过于空间转录组的培训，动辄就上千人，而且大家的提问也很热烈，充分显示了科研工作者对这项刚推出不久的新技术的浓厚兴趣。今天，就带大家全面了解一下这项新技术——Visium空间转录组测序。
空谷百合花·2023-10-20 11:18

《共情的力量》第三章

前者的第一个标题是单细胞生物竟然也会社交。
画堂春sd·2023-10-19 18:10

凌恩快讯 | 凌恩生物联手墨卓生物，为中国科研注入国人力量！

凌恩生物又添新设备，成功引进墨卓生物科技高稳定、高性价比的MobiNova®单细胞解决方案，构建凌恩单细胞组学产线，这一产品线的构建，将极大拓展凌恩生物在农学、医学相关科研领域的服务范围，为中国的单细胞科研注入国人力量
SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:53
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