单细胞第8页

自然综述：单细胞和空间组的数据整合方法

然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关系，而空间转录组并不能区分出特定的细胞。

概普生信·2023-11-24 18:29

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（五）：Repertoire overlap and public clonotypes

免疫组库重叠分析免疫组库重叠（Repertoireoverlap）是度量不同样本之间TCR或BCR库相似性的最常用方法。它是通过计算在给定的Repertoire之间共享的克隆型（也称为“公共”克隆型）的特定统计数据来实现的。immunarch提供了几个指标：-公共克隆型的数量(.method="public")-一个重叠相似性的经典度量指标。overlapcoefficient，重叠系数(.met

Davey1220·2023-11-24 18:28

公司如何像城市一样更好地生存？

从能量守恒，到星系星罗棋布，我们的宇宙是如此复杂；从单细胞的细菌，到高智商的人类，我们的生命是如此多样。世间万事万物几乎任何可量化的特点都与“规模”存

熊熊Eva·2023-11-24 13:12

单细胞多样本整合之harmony

GSE1175701.下载和读取数据rm(list=ls())library(stringr)library(Seurat)library(dplyr)f=dir("GSE117570_RAW/");f##[1]"GSM3304007_P1_Tumor_processed_data.txt.gz"##[2]"GSM3304011_P3_Tumor_processed_data.txt.gz"##[

小洁忘了怎么分身·2023-11-24 09:46

高中生物知识31个顺口溜+35个重要概念！速记，学霸必备

2.细胞的结构中有关细胞膜的记忆线叶双(线粒体、叶绿体有双层膜)无心糖(没有膜结构的是中心体和核糖体)3.原核生物、真核生物中易混的单细胞生物区分记忆a.原核生物：一(衣原体)支(支原体)细(细菌)蓝(

豪爵吸金ing·2023-11-24 09:06

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（二）：数据降维可视化

第二节：数据降维可视化加载所需的R包和质控过滤后的数据首先，我们加载分析所需的R包和上一节中质控过滤后的数据集。#加载所需的R包suppressPackageStartupMessages({library(Seurat)library(cowplot)library(ggplot2)library(scran)})#加载质控过滤后的数据alldata<-readRDS("data/results

Davey1220·2023-11-24 01:30

神奇的小球藻（功效篇）

来源：《绿藻食疗网》之前跟大家介绍了有“营养之王”和“排毒圣品”的单细胞植物—小球藻，或许有人会问小球藻真的有这么神奇吗？

jocelyn_wing·2023-11-23 14:57

胶质母细胞瘤免疫亚型分析+免疫组化发8+分SCI

本研究作者对单细胞转录组和bulk转录组数据集进行分析，鉴定到了一个新的GBM细胞亚型，随后构建的11-基因分类器有助于将GBM划分为对预后和抗PD-1治疗效果不同的亚组。

JUpter_·2023-11-23 13:59

非因解读 | Multiplex immunofluorescnece-多重免疫荧光结合单细胞蛋白组技术探索肿瘤微环境

Multipleximmunofluorescence-多重免疫荧光结合单细胞蛋白组技术探索肿瘤微环境技术背景：解析组织原位蛋白表达谱信息，并在单细胞层面进行深入的全方位数据解读已经成为了肿瘤微环境研究的下一个热门领域

FynnBio·2023-11-23 09:22

为什么受伤的总是你？因为你“单蠢”了啊！

单，就是简单，就像单细胞动物，伤到头了抱头，伤到脚了抱脚，只有动物的本能反应。

何初见·2023-11-23 07:24

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。

Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

KS科研分享与服务·2023-11-22 15:15

膜翅目—递弱代偿

膜翅目：蜂、蚂蚁（就差看电视了）粒子-原子-分子-大分子-亚细胞（单细胞）-多细胞-人类晚级生物存态弱演变量（道）-感知失真（假象）-伪在危在代偿位相分化藕合中级生物社会：亲缘社会（性）-体质残化社会（

上下_求索·2023-11-22 09:02

单细胞测序分析肺部分实性结节的细胞生态系统

2022年2月，北京大学人民医院王俊院士团队在ClinicalandTranslationalMedicine发表了题为“Single-cellRNAsequencingrevealsthemulti-cellularecosystemindifferentradiologicalcomponentsofpulmonarypart-solidnodules”的研究成果。通过比较肺腺癌早期患者部分实

晶典教你玩转科研·2023-11-22 08:15

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

LuY,WangY,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞

掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

单细胞EB病毒基因检测技术助力鼻咽癌感染机制研究

鼻咽癌（Nasopharyngealcarcinoma,NPC）是一种发生于鼻咽黏膜柱状上皮的恶性肿瘤，绝大多数为鳞状细胞癌。常见临床症状为鼻塞、涕中带血、耳闷堵感、听力下降、复视及头痛等。全球80%鼻咽癌发生在中国，60%发生在南方特别是广东，故称作“中国癌“又叫“广东癌“。鼻咽解剖结构罹患鼻咽癌的名人罹患鼻咽癌的名人香港著名导演陈木胜，以执导警匪片著称，知名的作品包括《双雄》《新警察故

生物医学小站·2023-11-21 22:29

单细胞测序+免疫，还可以这样做！

近些年，免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点，单细胞测序也是越来越受欢迎，这篇文章就很好的将二者进行了结合，从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。

概普生信·2023-11-21 21:50

空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20

黄甫一·2023-11-21 19:47

平庸者伟岸-《知鱼之乐》随笔

首先，变异者一旦得逞，总是翻脸不认祖宗，甚至摇身化作让老前辈全然无法应对的天敌，这种情形最早见于作为后续一切生物之鼻祖的原始蓝绿藻，它们的进化变种，就是专为收割蓝绿藻为食的真核单细胞浮游生物，结果把老佛爷弄得

静无波·2023-11-20 09:56

硅藻科普 | 可养殖的是硅藻，不是硅藻泥

它是一类单细胞植物，大小在0.

virusko·2023-11-20 04:12

单细胞分析最佳实践

单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（上）单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（中）单细胞RNA-s

FionaMoon·2023-11-20 03:02

利用codon神器10倍提升我的python代码效率

下面是我的过滤单细胞reads数据的python脚本#coding=utf-8importsys,osimportgzipimportrandomfq1_file=sys.argv[1]fq2_file

awk_bioinfo·2023-11-19 23:18

单细胞分析文献分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》

《Orchestratingsingle-cellanalysiswithBioconductor》这篇文章时2019年发表在naturemethod上的一篇单细胞分析流程方法类文章，主要介绍的利用Bioconductor

小潤澤·2023-11-19 20:14

一文看懂植物单细胞测序怎么做？

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst随着单细胞测序技术的突破，单细胞测序的时代已然到来。

生信阿拉丁·2023-11-19 02:36

给男友发：“我来大姨妈了，难受想哭！”男友的回复哭笑不得！

但很多直男完全是不解风情的单细胞动物，当女友跟他倾诉来大姨妈的无助时，他们的反应常常让女生失望。给男友发：“我来大姨妈了，难受想哭！”男友的回复哭笑不得！女生给男友发：“我来大姨妈了，难受想哭！”

莫名其妙的大风·2023-11-19 01:59

SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案

pbmc3k是单细胞经典数据集，SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因，在R里直接下载很容易失败。

慎终君·2023-11-15 05:58

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-14 22:57

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面（看到曾老师收费不能白嫖我就写个脚本）首先我下载了一个10x的文件集合哈我的理想是整成这个样打开后是这个样式如何实现呢我提供了py的脚本

sayhello1025·2023-11-13 16:06

研究前沿 | Science：单细胞测序助力绘制迄今最完善的灵长类动物前大脑发育图谱

引言大脑发育的关键分子机制在啮齿动物中已有所了解，但在灵长类动物中仍然不清楚，这限制了研究者对高级认知能力起源和功能障碍的理解。此外，在包括人类在内的灵长类动物中，关于轴突投射路径上的丘脑区域和皮层区域多样化的早期分子事件的信息匮乏，尤其是在神经干细胞生成神经元和胶质细胞的过程中。2023年10月12日Science在线发表了题为Molecularprogramsofregionalspecifi

bioyigene·2023-11-13 16:59

非肿瘤+WGCNA+单细胞，快来抄作业

今天给同学们分享一篇生信文章“m6ARegulatorsIsDifferentlyExpressedandCorrelatedWithImmuneResponseofEsophagealCancer”，这篇文章发表在DisMarkers期刊上，影响因子为3.464。结果解读：食道癌中差异表达基因（DEGs）的鉴定和功能注释作者进行了整体分析，并绘制了箱线图、数据密度图和主成分分析（PCA）图（图1

生信风暴·2023-11-10 19:47

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2023-11-08 08:55

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供）2023年8月，瑞士分子健康科学研究所的研究团队在CellReports期刊(IF=8.8)上发表了题为“FoxM1coordinatescelldivision,proteinsynthes

爱基百客·2023-11-07 22:54

5+单细胞+铜死亡+实验，干湿结合生信思路，有条件做实验的可模仿

今天给同学们分享一篇生信文章“Single-celltranscriptomicsrevealsimmuneinfiltrateinsepsis”，这篇文章发表在FrontPharmacol期刊上，影响因子为5.6。结果解读作者研究的流程图作者首先制定了这项研究的总体技术路线，如图1所示。数据标准化和免疫相关基因筛选根据GEO数据平台对DEG的数据进行总结和整理，并将分析的脓毒症样本和正常样本的数

生信风暴·2023-11-06 19:51

2019-10 文献阅读报告

这篇文献详细介绍了一个典型的单细胞RNA-seq分析

xianmao123·2023-11-06 16:19

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十四章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2023-11-06 12:05

10X单细胞空间联合分析之CARD（即使单细胞数据不匹配）

作者，追风少年i周四了，很不错，温度26℃，天气多云，非常适合躺平的一天，难得的休息时光，你们好好努力，我负责躺平，大家各得其所，单细胞空间的分析技术无疑是目前科服最火热的研究手段，时至今日已经形成了“

单细胞空间交响乐·2023-11-06 01:57

3+单细胞+代谢+WGCNA+机器学习

今天给同学们分享一篇生信文章“Identificationofnewco-diagnosticgenesforsepsisandmetabolicsyndromeusingsingle-celldataanalysisandmachinelearningalgorithms”，这篇文章发表FrontGenet.期刊上，影响因子为3.7。结果解读：常见差异基因的筛选如图1所示，研究流程图解释了它是如

生信风暴·2023-11-05 04:51

单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

因此分析单细胞的GRNs有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义，并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。

Seurat_Satija·2023-11-05 04:44

单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：空间转录组数据分析

我们知道没有一个细胞是孤立的，而细胞之间的交流又不能打电话，所以相对位置对细胞的分化发育起着极其重要的作用。在生命的早期，单个细胞的命运是由其位置决定的。长期以来，由于技术的限制我们很难高通量地同时获得组织中的位置信息极其状态。2019年以来，这种情况借助高通量技术得到了商业化地解决。正如我们之前介绍过的：10X空间转录组Visium:基本概念10X空间转录组Visium||空间位置校准Seura

周运来就是我·2023-11-05 00:22

2021-10-28

丨实体瘤细胞状态和生态系统图谱原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：EcoTyper是一种机器学习框架，它可对细胞状态和多细胞生态系统进行大规模分析，且适用于批量、单细胞和空间解决的基因表达数据

图灵基因·2023-11-04 23:59

冻存样品对单细胞测序影响大吗？

在我们做单细胞分离过程中，导师千叮咛万嘱咐说样品不能冻存，而我在一次会议论坛上有一位学者直接说冻存基本没有影响，于是，我。。。。。。母鸡。

生信宝典·2023-11-04 22:15

3月份计划--转录组及单细胞转录组分析方法建立

学习资料：陈巍学基因：https://www.bilibili.com/video/av79295678?from=search&seid=11730831477922519685https://www.bilibili.com/video/av79301729?from=search&seid=11347525676144926676https://www.jianshu.com/p/eeb61

一只烟酒僧·2023-11-04 21:03

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之基因开关（GeneSwitches）

hello，大家好，今天给大家分享的是，拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析，挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析，这个方面大家应该都不陌生，文章在GeneSwitches:orderinggeneexpressionandfunctionaleventsinsingle-cellexperiments，我们首先来分享一下文献，最后看一看参考代码。首先认识一下什么是开关基因，开关基因指细胞

单细胞空间交响乐·2023-11-03 11:18

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析

前几天，将服务器的seurat包升级到4.1.0版本，在跑单细胞转录组流程的时候发现在FindAllMarkers步骤报错，想细究下原因。

whitebird·2023-11-03 03:32

单细胞基础分析之多样本整合篇

作者，追风少年i时下的单细胞分析，都以大样本量著称，摆在面前的第一道难题，便是多样本的整合分析，随之带来的就是通常讲到的批次问题。

单细胞空间交响乐·2023-11-03 02:07

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片

单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色自定义更改显示的颜色 seurat得到的单细胞数据

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色ggplot自定义更改显示的颜色library(Hmisc)library(patchwork)library(ggplot2)library(ggalluvial)library(svglite)library(Seurat)library(openxlsx)library(harmony)library(dplyr)path="

生信小博士·2023-11-03 01:15

Seurat对象处理

Seurat是单细胞分析经常使用的分析包。

Myshu2017·2023-11-03 00:36

单细胞分析+干湿结合

今天给同学们分享一篇单细胞分析+干湿结合的生信文章“Tumor-associatedendothelialcellprognosticriskmodelandtumorimmuneenvironmentmodulationinlivercancerbasedonsingle-cellandbulkRNAsequencing

生信风暴·2023-11-02 14:12

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