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单细胞
精选知识点精华版“高中生物”核心资料——高考生物核心必背知识
★原核生物、真核生物中已混的
单细胞
生物区分记忆:a、原核生物:一(衣原体)支(支原体)细(细菌)蓝(蓝藻)子b、真核生物:一(衣藻)团(藻)酵母(菌)发霉(菌)了c、原核生物中有唯一的细胞器:原(原核生物
橙老师学堂
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2023-11-29 01:22
10X
单细胞
空间研究揭示单核细胞 - 巨噬细胞空间动力学促进早期肥胖的前冠状生态位
开心的话,点个赞呗~~~今天我们继续
单细胞
空间的分析内容,参考文章在Monocyte-macrophagespatialdynamicspromotepre-crown-likenichesinearlyobesity
单细胞空间交响乐
·
2023-11-28 07:22
使用ArchR分析
单细胞
ATAC-seq数据(第五章)
本文首发于我的个人博客,http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析
单细胞
ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析
单细胞
ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析
单细胞
xuzhougeng
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2023-11-28 03:00
单细胞
数据分析||Statistical analysis for scRNAseq data
参考CathyMAUGIS-RABUSSEAUAndrews,T.S.andHemberg,M.(2018).Identifyingcellpopulationswithscrnaseq.Molecularaspectsofmedicine,59:114–122.Brennecke,P.,Anders,S.,Kim,J.K.,Kołodziejczyk,A.A.,Zhang,X.,Proserpi
周运来就是我
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2023-11-28 00:02
单细胞
表达矩阵文件转换
先附上学习连接https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg这个问题之前也遇到过,在此搬个小板凳来学习学习数据下载由于工作站暂时连接不上,所以打算利用Windows来下载,但是传统方法下载的gz结尾的csv文件貌似有损坏我是利用powershell来下载的首先在cmd输入startpowershell然后回车,进入powershell的界面在这个
小潤澤
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2023-11-27 08:07
单细胞
转录组中 UMAP的安装
InstallingUMAPdependsuponscikit-learn,andthusscikit-learn'sdependenciessuchasnumpyandscipy.UMAPaddsarequirementfornumbaforperformancereasons.TheoriginalversionusedCython,buttheimprovedcodeclarity,simp
常在心Vane
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2023-11-27 06:33
单细胞
seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵
根据所使用的建库方法,
单细胞
的RNA序列(也称为读取(reads)或标签(tags))将从转录本的3'端(或5'端)(10XGenomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops)或全长转录本
生信小博士
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2023-11-27 02:06
矩阵
线性代数
2022-11-10
NatMeth|AI通过
单细胞
数据发现组织显微解剖结构原创存在一棵树图灵基因2022-11-1010:53发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文:存在一棵树IF=47.990推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点
图灵基因
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2023-11-26 08:22
这篇11分文章还留了个宝藏给你
:11.878)的一篇文章,“Anatlasoftheaginglungmappedbysinglecelltranscriptomicsanddeeptissueproteomics”,本文通过联合
单细胞
转录组测序技术和蛋白质谱去分析了衰老对小鼠肺组织细胞活性的影响
科研菌
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2023-11-26 06:41
10X
单细胞
(10X空间转录组)通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析
作者,追风少年i系统总结nichenet多条件通讯差异分析通讯软件nichenet的原理大家可以参考文章10X
单细胞
(10X空间转录组)通讯分析之NicheNet,10X
单细胞
(10X空间转录组)空间相关性分析和
单细胞空间交响乐
·
2023-11-25 11:56
NC:樊嘉/杨欣荣合作团队等报道
单细胞
测序解析肝癌循环肿瘤细胞的时空异质性和免疫逃逸新机制
论文通过
单细胞
尐尐呅
·
2023-11-25 07:54
单细胞
转录组数据分析课件||6. Dimensionality reduction of scRNA-seq data
本课件介绍了
单细胞
数据分析过程中的降维分析。为什么要降维?在
单细胞
分析中两种降维方式的区别?
周运来就是我
·
2023-11-25 07:27
文献解读 |
单细胞
转录组图谱揭示了茶叶中儿茶素酯的发育轨迹和新的代谢途径
题目:Single-celltranscriptomeatlasrevealsdevelopmentaltrajectoriesandanovelmetabolicpathwayofcatechinestersintealeaves发表日期:2022年7月发表期刊:PlantBiotechnologyJournal影响因子:13.263实验方法:10xGenomics、LC-MS、BulkRNA-
爱基百客
·
2023-11-24 23:58
单细胞测序
其他
文献解读 |
单细胞
转录组助力解析水稻早期花序的发育轨迹机制
作者利用
单细胞
转录组对水稻花序进行分
爱基百客
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2023-11-24 23:27
单细胞测序
其他
单细胞
专题 | 带你“走近”
单细胞
转录组测序
◆
单细胞
测序的概念◆上节我们讲到转录组测序相关内容,这期将继续学习
单细胞
转录组测序。
爱基百客
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2023-11-24 23:27
单细胞测序
其他
关于植物
单细胞
转录组提核还是制备原生质体的思考
目前植物
单细胞
转录组测序主流平台的输入都是原生质体悬液或者细胞核悬液。那么到底采用哪种更好呢?啥?成年人少做选择?看看账上,摸摸兜里,得有财力支持啊!本期,聊聊这个主题,有错的话请读者留言批评。
SHANGHAILINGEN
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2023-11-24 23:56
测序
组学
和自己内卷
我曾不止一次的幻想过祖宗保佑,让我中个彩票,然后凭借存款利息过上
单细胞
生物的生活。也曾不止一次幻想过老天可怜,以我父母不幸的婚姻作为交换,赐我一个“瞎了眼”的富婆。
东北大呲花_52a6
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2023-11-24 22:05
自然综述:
单细胞
和空间组的数据整合方法
然而,
单细胞
测序破坏了细胞间的空间关系,而空间转录组并不能区分出特定的细胞。
概普生信
·
2023-11-24 18:29
使用immunarch包进行
单细胞
免疫组库数据分析(五):Repertoire overlap and public clonotypes
免疫组库重叠分析免疫组库重叠(Repertoireoverlap)是度量不同样本之间TCR或BCR库相似性的最常用方法。它是通过计算在给定的Repertoire之间共享的克隆型(也称为“公共”克隆型)的特定统计数据来实现的。immunarch提供了几个指标:-公共克隆型的数量(.method="public")-一个重叠相似性的经典度量指标。overlapcoefficient,重叠系数(.met
Davey1220
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2023-11-24 18:28
公司如何像城市一样更好地生存?
从能量守恒,到星系星罗棋布,我们的宇宙是如此复杂;从
单细胞
的细菌,到高智商的人类,我们的生命是如此多样。世间万事万物几乎任何可量化的特点都与“规模”存
熊熊Eva
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2023-11-24 13:12
单细胞
多样本整合之harmony
GSE1175701.下载和读取数据rm(list=ls())library(stringr)library(Seurat)library(dplyr)f=dir("GSE117570_RAW/");f##[1]"GSM3304007_P1_Tumor_processed_data.txt.gz"##[2]"GSM3304011_P3_Tumor_processed_data.txt.gz"##[
小洁忘了怎么分身
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2023-11-24 09:46
高中生物知识31个顺口溜+35个重要概念!速记,学霸必备
2.细胞的结构中有关细胞膜的记忆线叶双(线粒体、叶绿体有双层膜)无心糖(没有膜结构的是中心体和核糖体)3.原核生物、真核生物中易混的
单细胞
生物区分记忆a.原核生物:一(衣原体)支(支原体)细(细菌)蓝(
豪爵吸金ing
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2023-11-24 09:06
NBIS系列
单细胞
转录组数据分析实战(二):数据降维可视化
第二节:数据降维可视化加载所需的R包和质控过滤后的数据首先,我们加载分析所需的R包和上一节中质控过滤后的数据集。#加载所需的R包suppressPackageStartupMessages({library(Seurat)library(cowplot)library(ggplot2)library(scran)})#加载质控过滤后的数据alldata<-readRDS("data/results
Davey1220
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2023-11-24 01:30
神奇的小球藻(功效篇)
来源:《绿藻食疗网》之前跟大家介绍了有“营养之王”和“排毒圣品”的
单细胞
植物—小球藻,或许有人会问小球藻真的有这么神奇吗?
jocelyn_wing
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2023-11-23 14:57
胶质母细胞瘤免疫亚型分析+免疫组化发8+分SCI
本研究作者对
单细胞
转录组和bulk转录组数据集进行分析,鉴定到了一个新的GBM细胞亚型,随后构建的11-基因分类器有助于将GBM划分为对预后和抗PD-1治疗效果不同的亚组。
JUpter_
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2023-11-23 13:59
非因解读 | Multiplex immunofluorescnece-多重免疫荧光结合
单细胞
蛋白组技术探索肿瘤微环境
Multipleximmunofluorescence-多重免疫荧光结合
单细胞
蛋白组技术探索肿瘤微环境技术背景:解析组织原位蛋白表达谱信息,并在
单细胞
层面进行深入的全方位数据解读已经成为了肿瘤微环境研究的下一个热门领域
FynnBio
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2023-11-23 09:22
为什么受伤的总是你?因为你“单蠢”了啊!
单,就是简单,就像
单细胞
动物,伤到头了抱头,伤到脚了抱脚,只有动物的本能反应。
何初见
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2023-11-23 07:24
单细胞
36计之18擒贼擒王---
单细胞
与空间转录组整合
与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释,我们利用了由Saunders*,Macosko*等人制作的现有小鼠
单细胞
RNA-seq海马数据集。2018。
Seurat_Satija
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2023-11-23 05:41
跟着Cell学
单细胞
转录组分析(四):
单细胞
转录组测序UMAP降维聚类
更多内容请关注个人公众号---KS科研分享与服务---接上节(跟着Cell学
单细胞
转录组分析(三):
单细胞
转录组数据质控(QC)及合并去除批次效应)。
KS科研分享与服务
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2023-11-22 15:15
膜翅目—递弱代偿
膜翅目:蜂、蚂蚁(就差看电视了)粒子-原子-分子-大分子-亚细胞(
单细胞
)-多细胞-人类晚级生物存态弱演变量(道)-感知失真(假象)-伪在危在代偿位相分化藕合中级生物社会:亲缘社会(性)-体质残化社会(
上下_求索
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2023-11-22 09:02
单细胞
测序分析肺部分实性结节的细胞生态系统
2022年2月,北京大学人民医院王俊院士团队在ClinicalandTranslationalMedicine发表了题为“Single-cellRNAsequencingrevealsthemulti-cellularecosystemindifferentradiologicalcomponentsofpulmonarypart-solidnodules”的研究成果。通过比较肺腺癌早期患者部分实
晶典教你玩转科研
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2023-11-22 08:15
论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”
LuY,WangY,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读
单细胞
掉了西红柿皮_Kee
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2023-11-22 03:22
单细胞
EB病毒基因检测技术助力鼻咽癌感染机制研究
鼻咽癌(Nasopharyngealcarcinoma,NPC)是一种发生于鼻咽黏膜柱状上皮的恶性肿瘤,绝大多数为鳞状细胞癌。常见临床症状为鼻塞、涕中带血、耳闷堵感、听力下降、复视及头痛等。全球80%鼻咽癌发生在中国,60%发生在南方特别是广东,故称作“中国癌“又叫“广东癌“。鼻咽解剖结构罹患鼻咽癌的名人罹患鼻咽癌的名人 香港著名导演陈木胜,以执导警匪片著称,知名的作品包括《双雄》《新警察故
生物医学小站
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2023-11-21 22:29
单细胞
测序+免疫,还可以这样做!
近些年,免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点,
单细胞
测序也是越来越受欢迎,这篇文章就很好的将二者进行了结合,从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。
概普生信
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2023-11-21 21:50
空间组数据和
单细胞
数据的相关性分析(Seurat)2022-05-20
相似关键词
单细胞
数据集相关性分析空间组与
单细胞
数据集相关性分析空间组数据集相关性分析适用背景近年来,
单细胞
转录组测序异常火爆,而与其类似的空间转录组测序很有可能成为下一个风口。
黄甫一
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2023-11-21 19:47
平庸者伟岸-《知鱼之乐》随笔
首先,变异者一旦得逞,总是翻脸不认祖宗,甚至摇身化作让老前辈全然无法应对的天敌,这种情形最早见于作为后续一切生物之鼻祖的原始蓝绿藻,它们的进化变种,就是专为收割蓝绿藻为食的真核
单细胞
浮游生物,结果把老佛爷弄得
静无波
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2023-11-20 09:56
硅藻科普 | 可养殖的是硅藻,不是硅藻泥
它是一类
单细胞
植物,大小在0.
virusko
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2023-11-20 04:12
单细胞
分析最佳实践
单细胞
RNA-seq数据分析最佳实践(上)
单细胞
RNA-seq数据分析最佳实践(中)
单细胞
RNA-s
FionaMoon
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2023-11-20 03:02
利用codon神器10倍提升我的python代码效率
下面是我的过滤
单细胞
reads数据的python脚本#coding=utf-8importsys,osimportgzipimportrandomfq1_file=sys.argv[1]fq2_file
awk_bioinfo
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2023-11-19 23:18
python
生物信息
python
开发语言
单细胞
分析文献分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》
《Orchestratingsingle-cellanalysiswithBioconductor》这篇文章时2019年发表在naturemethod上的一篇
单细胞
分析流程方法类文章,主要介绍的利用Bioconductor
小潤澤
·
2023-11-19 20:14
一文看懂植物
单细胞
测序怎么做?
作者:椰子糖审稿:童蒙编辑:amethyst随着
单细胞
测序技术的突破,
单细胞
测序的时代已然到来。
生信阿拉丁
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2023-11-19 02:36
给男友发:“我来大姨妈了,难受想哭!”男友的回复哭笑不得!
但很多直男完全是不解风情的
单细胞
动物,当女友跟他倾诉来大姨妈的无助时,他们的反应常常让女生失望。给男友发:“我来大姨妈了,难受想哭!”男友的回复哭笑不得!女生给男友发:“我来大姨妈了,难受想哭!”
莫名其妙的大风
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2023-11-19 01:59
SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案
pbmc3k是
单细胞
经典数据集,SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因,在R里直接下载很容易失败。
慎终君
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2023-11-15 05:58
单细胞
单细胞
Seurat
pbmc3k
ggThemeAssist|鼠标调整主题,并返回代码
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、
单细胞
测序分析
生信宝典
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2023-11-14 22:57
可视化
人工智能
数据可视化
html
python
多个10x
单细胞
转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面
多个10x
单细胞
转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面(看到曾老师收费不能白嫖我就写个脚本)首先我下载了一个10x的文件集合哈我的理想是整成这个样打开后是这个样式如何实现呢我提供了py的脚本
sayhello1025
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2023-11-13 16:06
单细胞
其他
研究前沿 | Science:
单细胞
测序助力绘制迄今最完善的灵长类动物前大脑发育图谱
引言大脑发育的关键分子机制在啮齿动物中已有所了解,但在灵长类动物中仍然不清楚,这限制了研究者对高级认知能力起源和功能障碍的理解。此外,在包括人类在内的灵长类动物中,关于轴突投射路径上的丘脑区域和皮层区域多样化的早期分子事件的信息匮乏,尤其是在神经干细胞生成神经元和胶质细胞的过程中。2023年10月12日Science在线发表了题为Molecularprogramsofregionalspecifi
bioyigene
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2023-11-13 16:59
经验分享
非肿瘤+WGCNA+
单细胞
,快来抄作业
今天给同学们分享一篇生信文章“m6ARegulatorsIsDifferentlyExpressedandCorrelatedWithImmuneResponseofEsophagealCancer”,这篇文章发表在DisMarkers期刊上,影响因子为3.464。结果解读:食道癌中差异表达基因(DEGs)的鉴定和功能注释作者进行了整体分析,并绘制了箱线图、数据密度图和主成分分析(PCA)图(图1
生信风暴
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2023-11-10 19:47
论文阅读
Seurat
单细胞
转录组测序数据分析教程(二)——python(scanpy)
Seurat
单细胞
转录组测序数据分析教程(二)——python(scanpy)文章参考至scanpy官网,做了一个更详细的解读。
coffeeii
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2023-11-08 08:55
python
数据分析
Cell Reports | 表观组学和
单细胞
测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性
发表单位:瑞士分子健康科学研究所期刊:CellReports(IF:8.8)发表日期:2023年8月29日研究技术:ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq(爱基百客均可以提供)2023年8月,瑞士分子健康科学研究所的研究团队在CellReports期刊(IF=8.8)上发表了题为“FoxM1coordinatescelldivision,proteinsynthes
爱基百客
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2023-11-07 22:54
单细胞测序
ATAC
其他
5+
单细胞
+铜死亡+实验,干湿结合生信思路,有条件做实验的可模仿
今天给同学们分享一篇生信文章“Single-celltranscriptomicsrevealsimmuneinfiltrateinsepsis”,这篇文章发表在FrontPharmacol期刊上,影响因子为5.6。结果解读作者研究的流程图作者首先制定了这项研究的总体技术路线,如图1所示。数据标准化和免疫相关基因筛选根据GEO数据平台对DEG的数据进行总结和整理,并将分析的脓毒症样本和正常样本的数
生信风暴
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2023-11-06 19:51
论文阅读
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