单细胞第9页

单细胞基础分析之多样本整合篇

作者，追风少年i时下的单细胞分析，都以大样本量著称，摆在面前的第一道难题，便是多样本的整合分析，随之带来的就是通常讲到的批次问题。

单细胞空间交响乐·2023-11-03 02:07

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片

单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色自定义更改显示的颜色 seurat得到的单细胞数据

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色ggplot自定义更改显示的颜色library(Hmisc)library(patchwork)library(ggplot2)library(ggalluvial)library(svglite)library(Seurat)library(openxlsx)library(harmony)library(dplyr)path="

生信小博士·2023-11-03 01:15

Seurat对象处理

Seurat是单细胞分析经常使用的分析包。

Myshu2017·2023-11-03 00:36

单细胞分析+干湿结合

今天给同学们分享一篇单细胞分析+干湿结合的生信文章“Tumor-associatedendothelialcellprognosticriskmodelandtumorimmuneenvironmentmodulationinlivercancerbasedonsingle-cellandbulkRNAsequencing

生信风暴·2023-11-02 14:12

7+单细胞分析+预后模型构建+验证实验思路，干湿结合也能拿高分

今天给同学们分享一篇单细胞分析+肿瘤预后模型构建+验证实验思路的生信文章“Identificationofanovelimmune-relatedgenesignatureforprognosisandthetumormicroenvironmentinpatientswithuvealmelanomacombiningsingle-cellandbulksequencingdata

生信风暴·2023-11-02 14:09

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

读取数据集2.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞

QomolangmaH·2023-11-02 05:04

## 单细胞文献14-单细胞测序揭示人肝驻留免疫细胞的异质性

Single-cellRNAsequencingrevealstheheterogeneityofliver-residentimmunecellsinhuman，2020年6月发表在CellDiscov，去年影响因子：6.255，现在是：10.849，这个杂志这两年接收了大量单细胞测序的文章

土豆学生信·2023-11-02 02:42

谈思生物医疗直播 | 霍德生物研发中心负责人王安欣博士“iPSC衍生神经细胞产品全悬浮自动化工艺及特殊质控方法开发”

iPSC可以做到单细胞克隆来源的稳定的细胞库，通过从WCB进行定向分化实现大规模批次生产和质控，批次之间差异可以非常小。iPSC向人体终

TaasLabs·2023-11-01 11:56

单细胞108篇文献解读之2---Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibrob...

2、天罡星玉麒麟卢俊义2018年12月的NC文章：Spatiallyandfunctionallydistinctsubclassesofbreastcancer-associatedfibroblastsrevealedbysinglecellRNAsequencingimage.png附件在：https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.10

Seurat_Satija·2023-11-01 02:14

发布不到一月的4+经典单细胞+预后模型生信思路，可复现可升级

今天给同学们分享一篇单细胞+预后模型的生信文章“Integratingsingle-cellandbulkRNAsequencingtopredictprognosisandimmunotherapyresponseinprostatecancer

生信风暴·2023-11-01 02:02

泛癌+单细胞+免疫+实验，一套组合拳教你拿下11+

今天给同学们分享一篇生信文章“Apan-canceranalysisshowsimmunoevasivecharacteristicsinNRF2hyperactivesquamousmalignancies”，这篇文章于2023年2月27日发表在RedoxBiol期刊上，影响因子为11.4。NRF2通路在各种癌症类型中经常被激活，然而目前缺乏对其在不同恶性肿瘤中的综合分析。作者开发了一个NRF2

生信风暴·2023-11-01 02:32

2022-05-13

具体来说，科学家们以单细胞分辨率监

图灵基因·2023-11-01 01:55

2022-01-02

Science|肿瘤浸润性T细胞的泛癌单细胞图谱原创榴莲不酥图灵基因2022-01-0217:18收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：榴莲不酥IF=47.728推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文描述了TME中

图灵基因·2023-10-31 17:09

10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理

又是周五，马上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天还是工作日，我们还是要学习学习，不负韶华。这一篇还是想详细梳理一下cell2location，包括算法以及代码的写法，有很多学习的地方。这里演示了如何使用cell2location模型将单个细胞参考细胞类型映射到空间转录组数据集。在这里，使用10X单核RNA测序(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据（单

单细胞空间交响乐·2023-10-30 23:09

完整的单细胞分析流程——特征（基因）选择

背景我们经常在探索性分析中使用scRNA-seq数据来表征细胞间的异质性。诸如聚类和降维之类的过程会根据细胞的基因表达谱对细胞进行比较，这涉及将每个基因的差异汇总为一对细胞之间的单个（不相似）或相似的度量。用于此计算的基因的选择对度量的行为和下游分析方法的性能有重大影响。我们希望选择包含与系统生物学相关且有用信息的基因，同时删除包含随机噪声的基因。这旨在保留有趣的生物学过程的结构而不会使该结构模糊

麒麟991·2023-10-30 23:51

10X空间转录组 & 10X单核转录组联合分析解析肥厚性心肌病的调控机制

hello，大家好，又到了周五了，一周的收官之战，今天分享的内容有点多，涉及到很多单细胞和空间的分析方法，我们要精读并且进行深入的解析，我认为方法都很经典，而且运用的也比较好，我们慢慢逐一解析，文章在Lineage-specificregulatorychangesinthepathologicalcardiacremodelingofhypertrophycardiomyopathyunrave

单细胞空间交响乐·2023-10-30 05:48

多组学数据整合更精确，川大团队借助迁移学习揭示细胞异质性可用于改善数据整合...

©作者|李云帆单位|四川大学单细胞多组学数据整合旨在减少组学差异，同时保持细胞类型差异。然而，由于细胞异质性，建模和区分这两种差异是一项艰巨的任务。

PaperWeekly·2023-10-30 02:31

免疫学—树突细胞_Immunity

安哥生个信·2023-10-29 23:55

2021-10-22

NatBiotech|单细胞Hi-C数据分析识别多尺度3D基因组特征原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞Hi-C可以识别3D染色质组织的细胞间变异性，这是有关细胞中基因组折叠和基因表达作用的关键信息

图灵基因·2023-10-29 22:11

2021-12-10

CancerCell|单细胞分析肺癌细化肿瘤分类和患者分层原创骄阳似我图灵基因2021-12-0919:05收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：免疫治疗是非小细胞肺癌

图灵基因·2023-10-29 09:18

时空通讯分析导论

作者，追风少年i~时间已经来到了2022年的下半页，单细胞空间的研究仍然在如火如荼地进行中，从上游的仪器制造，试剂研发，再到下游的数据分析，国内外都展开了激烈的竞争，足以说明了单细胞空间目前研究的巨大潜力和商业价值

单细胞空间交响乐·2023-10-29 09:54

2021-01-08

1、《全球进化》咬狗（完本）寒武纪生物大爆发，现今科学界最大的生命谜题：五亿多年前，地球的单细胞生命突然发生了类似于异变的进化，各种绚烂的生物“凭空”诞生，所有现今物种的祖先都在那个短暂的时期出现，各个物种以比现在快上亿倍的光速进化着

吴无不行·2023-10-29 04:39

不拧巴：坦然被爱，能够爱人

三十多岁，觉得自己的生命轴已经过了一半，还像个单细胞生物一样活着，我羡慕别人能够热气腾腾的群居活着，又害怕被热气腾腾的群居生活烫伤。有的人，从

迟到的短发姑娘·2023-10-29 04:55

单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正

本文是参考学习单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。前言实际的科研项目中不可能只有一个样本，多样本的单细胞数据如何合并在一起，是否需要校正批次效应呢？

Seurat_·2023-10-29 02:39

单细胞测序--Seurat标准流程

单细胞测序--Seurat（上）--创建对象和数据预处理参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/134124866需要这三个文件：1）barcodes.tsv：样本中所有的细胞的条码

Seurat_Satija·2023-10-29 01:16

【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有

1.起因之前的代码(单细胞分析实录(17):非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法，只有4个python命令行，就跟Linux下面的lsgrep一样的。

TOP生物信息·2023-10-27 16:28

免疫组库数据分析||immunarch教程：Kmer 与 Motif 分析

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics单细胞免疫组库

周运来就是我·2023-10-27 12:55

单细胞scRNA-seq学习笔记6-单细胞批次效应

课程学习生信技能树单细胞转录组（基础）现在福利来了，单细胞课程免费开放了：#完整版视频上线！全！面！免！费！

天涯清水·2023-10-27 04:18

单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析

本文是参考学习单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_Satija·2023-10-26 16:07

单细胞小谈：Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor Heterogeneity

前言前期单细胞文献阅读：单细胞好文1--Tracingtumorigenesisinasolidtumormodelatsingle-cellresolution单细胞好文2--Single-cellRNA-seqhighlightsintra-tumoralheterogeneityandmalignantprogressioninPDAC

冻春卷·2023-10-26 15:51

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

它的全部特性需要用单细胞空间分辨率在器官范围内对基因表达进行深入探索。

六博说·2023-10-26 13:45

2022-04-08

CliCanRes|黑色素瘤单细胞分析发现免疫治疗新靶点原创图灵基因图灵基因2022-04-0807:03收录于话题#前沿分子生物学机制肢端雀斑样痣黑色素瘤是一种罕见的皮肤癌。

图灵基因·2023-10-26 11:10

《终身学习》学习记录一

举例，单细胞细胞膜表面布满受体，用以收集环境的信息。现代人的学习焦虑。这个焦虑本质上是“谋

桃为果·2023-10-26 06:06

【单细胞转录组】KEGG通路反推基因列表

#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2NAME)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTID)PATH2ID<-mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAM

Geekero·2023-10-26 06:04

10X单细胞（10X空间转录组）之单细胞精度分析细胞通讯

开工了，到了我们上班的时间了，刚开始，我们来分享一些新出现的方法，看看方法上有哪些更新，我们虽然做不了潮流的引领者，但是要跟随潮流，保证自己不被时代抛弃，今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结，我们借鉴一下，并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细

单细胞空间交响乐·2023-10-26 03:34

人体微生物研究能改善临床肿瘤治疗吗?

利用突破性的DNA测序技术，科学家们确定了数以百万计的基因和成千上万种不同的物种，在我们体内的各种各样的细菌、病毒、真菌和单细胞微生物构成了人体的微生物世界。“微生物群落是一种复杂的代谢器

亨利福特健康·2023-10-25 17:16

代码解读- scanpy.pp.normalize_total

作者：童蒙编辑：angelicascanpy代码解读来啦~单细胞分析第一步是对数据进行标准化，标准化的方法有很多，下面给大家解读一下scanpy的一个：函数为：scanpy.pp.normalize_total

生信阿拉丁·2023-10-25 17:00

人的动物性，社会性，人性

在人类进化长河中，人的动物性是不能避免的，这也是万物有灵的表现，从单细胞生物到今天的我们

Luibe阁主·2023-10-25 15:14

免疫组库数据分析||immunarch教程：Clonotypes annotation

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR前情提要：10×Genomics单细胞免疫组库

周运来就是我·2023-10-25 09:24

单细胞中的标准化和PCA：哈佛生信课程学习（一）

搬运自哈佛生物信息课程：《IntroductiontoSingle-cellRNA-seq》链接：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/lessons/05_normalization_and_PCA.html本节主要内容：CountNormalizationandPrincipalComponentAnalysisAfterattainingourhig

BINBINCC·2023-10-25 05:00

单细胞 RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群

2021年5月27日，美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章，该研究采用单细胞RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌

晶典教你玩转科研·2023-10-25 03:56

10X单细胞空间联合分析之十一（CellTrek）

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，第一天分享一个简单的内容，就是一个新的单细胞空间分析的软件，CellTrek，这个软件最新的地方在于添加了细胞之间的共定位分析，文章在Spatialchartingofsinglecelltranscriptomesintissues

单细胞空间交响乐·2023-10-24 21:01

单细胞预测doublets软件

在做单细胞测序时，常常出现一定比例的doublets,可以通过DoubletFinder去除。

生信编程日常·2023-10-24 07:51

技术方法-谱系追踪_Cell Stem Cell

安哥生个信·2023-10-23 13:31

单细胞矩阵iNMF分解

scINSIGHTforinterpretingsingle-cellgeneexpressionfrombiologicallyheterogeneousdata》的文章，利用IntegrateNMF的方法解决单细胞批次整合的问题越来越多的

小潤澤·2023-10-23 12:58

时间序列的单细胞转录组数据分析

——恩格斯单细胞转录组数据分析在阐述多细胞生物发育与疾病进程方面已经开发了多种新的方法，如比较有名的轨迹推断(TI，trajectoryinference)。

周运来就是我·2023-10-23 08:12

单细胞36计之31---RPKM、FPKM、TPM

基础不牢，地动山摇，单细胞有时候也要计算这些值。

Seurat_Satija·2023-10-23 07:33

单细胞测序文章图表复现05—免疫细胞亚群再分类

本文是参考学习CNS图表复现04—单细胞聚类分群的resolution参数问题的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-10-23 00:30

2022-04-02

CancerCell|高通量单细胞分析胶质母细胞瘤异质性原创骄阳似我图灵基因2022-04-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：作者及其研究团队使用高通量单细胞基因组分析方法来描述原发性胶质母细胞瘤以及匹配的患者来源的外植体和胶质球细胞系的遗传和转录组异质性

图灵基因·2023-10-21 16:12

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