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单细胞
人的动物性,社会性,人性
在人类进化长河中,人的动物性是不能避免的,这也是万物有灵的表现,从
单细胞
生物到今天的我们
Luibe阁主
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2023-10-25 15:14
免疫组库数据分析||immunarch教程:Clonotypes annotation
immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR前情提要:10×Genomics
单细胞
免疫组库
周运来就是我
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2023-10-25 09:24
单细胞
中的标准化和PCA:哈佛生信课程学习(一)
搬运自哈佛生物信息课程:《IntroductiontoSingle-cellRNA-seq》链接:https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/lessons/05_normalization_and_PCA.html本节主要内容:CountNormalizationandPrincipalComponentAnalysisAfterattainingourhig
BINBINCC
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2023-10-25 05:00
单细胞
RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群
2021年5月27日,美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章,该研究采用
单细胞
RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌
晶典教你玩转科研
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2023-10-25 03:56
10X
单细胞
空间联合分析之十一(CellTrek)
hello,大家好,又是周一,新一周的开始,第一天分享一个简单的内容,就是一个新的
单细胞
空间分析的软件,CellTrek,这个软件最新的地方在于添加了细胞之间的共定位分析,文章在Spatialchartingofsinglecelltranscriptomesintissues
单细胞空间交响乐
·
2023-10-24 21:01
单细胞
预测doublets软件
在做
单细胞
测序时,常常出现一定比例的doublets,可以通过DoubletFinder去除。
生信编程日常
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2023-10-24 07:51
技术方法-谱系追踪_Cell Stem Cell
历史推荐汇总:2019年共推荐81篇
单细胞
领域高分文章(
单细胞
文献速递81篇·再见2019)。
安哥生个信
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2023-10-23 13:31
单细胞
矩阵iNMF分解
scINSIGHTforinterpretingsingle-cellgeneexpressionfrombiologicallyheterogeneousdata》的文章,利用IntegrateNMF的方法解决
单细胞
批次整合的问题越来越多的
小潤澤
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2023-10-23 12:58
时间序列的
单细胞
转录组数据分析
——恩格斯
单细胞
转录组数据分析在阐述多细胞生物发育与疾病进程方面已经开发了多种新的方法,如比较有名的轨迹推断(TI,trajectoryinference)。
周运来就是我
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2023-10-23 08:12
单细胞
36计之31---RPKM、FPKM、TPM
基础不牢,地动山摇,
单细胞
有时候也要计算这些值。
Seurat_Satija
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2023-10-23 07:33
单细胞
测序文章图表复现05—免疫细胞亚群再分类
本文是参考学习CNS图表复现04—
单细胞
聚类分群的resolution参数问题的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_
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2023-10-23 00:30
2022-04-02
CancerCell|高通量
单细胞
分析胶质母细胞瘤异质性原创骄阳似我图灵基因2022-04-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:骄阳似我IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:作者及其研究团队使用高通量
单细胞
基因组分析方法来描述原发性胶质母细胞瘤以及匹配的患者来源的外植体和胶质球细胞系的遗传和转录组异质性
图灵基因
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2023-10-21 16:12
分享一篇 Science 里不同批次的
单细胞
数据整合及批次校正方法
science.jpg分享一篇Science里不同批次的
单细胞
数据整合及批次校正方法[1]ZhengL,QinS,SiW,WangA,XingB,GaoR,RenX,WangL,WuX,ZhangJ,WuN
木舟笔记
·
2023-10-21 14:02
PhenoGraph聚类算法
单细胞
域(domai
_linun_
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2023-10-21 11:56
5.
单细胞
RNA-seq:质控后相关流程
单细胞
RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞,我们可以继续后续流程。最终,我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型,但是还有几个步骤需要完成。
denghb001
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2023-10-21 10:09
2019文献汇总 |
单细胞
与病毒感染
我的
单细胞
测序project主要是做炎症相关的
单细胞
转录分析,在检索paper的过程中,发现有关
单细胞
测序和病毒相关的文献是很少的,大致统计一下也不过十几篇,追根究底可能有两个方面的原因:(1)我们做感染的还是很穷哒
生信宝典
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2023-10-21 09:32
BBKNN:python
单细胞
样本整合和批次效应处理算法
2020.09.09本教程介绍了Scanpy包自带的用于整合样本,并处理批次效应的BBKNN算法和用于对比的ingest基础算法。本文主要从函数的理解、软件包的使用和结果的解释入手,在PBMC和Pancreas两个数据集上实现,偏重于应用,基本不涉及批次效应的理论。批次效应的理论原理将在未来通过2篇论文来解释。1.依赖:(1)数据集(全部需要挂VPN):PBMC:pbmc3k_processed(
切瓜少年
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2023-10-21 01:02
CCPlotR | 轻松拿捏
单细胞
分析之细胞交互!~
1写在前面周末了各位,昨天去看了奥本海默,不得不说,大神就是大神。比起我们的电影,似乎诺兰更好地还原了奥本海默的真实。言归正传,今天分享的是CCPlotR包,用于基于scRNAseq数据推断细胞间相互作用的可视化。2用到的包rm(list=ls())#devtools::install_github("Sarah145/CCPlotR")library(tidyverse)library(CCPl
生信漫卷
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2023-10-20 23:31
后端
单细胞
必学R包!~(一)(预处理与降维聚类)
1写在前面忙碌的一周结束了,终于迎来周末了。这周的手术真的是做到崩溃,2天的手术都过点了。真的希望有时间静下来思考一下。最近的教程可能会陆续写一下Monocle3,炙手可热啊,欢迎大家分享经验。2用到的包rm(list=ls())library(tidyverse)library(monocle3)3示例数据这里我们用一下准备好的示例数据,出自这篇paper:https://www.science
生信漫卷
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2023-10-20 23:55
后端
《共情的力量》第三章
前者的第一个标题是
单细胞
生物竟然也会社交。
画堂春sd
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2023-10-19 18:10
凌恩快讯 | 凌恩生物联手墨卓生物,为中国科研注入国人力量!
凌恩生物又添新设备,成功引进墨卓生物科技高稳定、高性价比的MobiNova®
单细胞
解决方案,构建凌恩
单细胞
组学产线,这一产品线的构建,将极大拓展凌恩生物在农学、医学相关科研领域的服务范围,为中国的
单细胞
科研注入国人力量
SHANGHAILINGEN
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2023-10-19 18:53
测序
组学
单细胞
学习3
cluster不同聚类方法比较normmlization,去除一些批次效应等外部因素。通过对表达矩阵的矩阵的聚类,对细胞群体进行分类。无监督聚类:hierarchicalclustering,k-meansclustering,graph-basedclustering。library(SingleCellExperiment)deng<-readRDS("D:/paopaoR/mass/deng
soleil要好好学习呀
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2023-10-19 16:02
2022-08-18
-1809:40发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:存在一棵树IF=69.504推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:开发了可扩展的阵列多价细胞外相互作用筛选(SAVEXIS)方法,并建立一个交互式多组织
单细胞
图谱
图灵基因
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2023-10-19 15:36
8+基于氨基酸代谢在肿瘤中的分型,结合分型+免疫+
单细胞
+实验验证,想发低分都难
另外还有基于
单细胞
的分型分析如果想做类似的分析,可以联系小编咨询。生信分析咨询请关注公众号生信小课堂研究概述:谷氨酰胺(Gln)代谢在癌症中起重要作用。然而在肺腺癌
生信小课堂
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2023-10-19 02:07
【论文复现】基于多模态深度学习方法的
单细胞
多组学数据聚类(【生物信息学】实验二:多组学数据融合:scMDC)
目录一、实验介绍1.论文:基于多模态深度学习方法的
单细胞
多组学数据聚类Abstract2.Github链接二、实验环境0.作者要求1.环境复现实验一实验二(本实验)2.库版本介绍实验一实验二3.IDE三
QomolangmaH
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2023-10-19 00:46
#
生物信息学
聚类
数据挖掘
机器学习
人工智能
“非因线上讲堂”DSP空间多组学系列第一讲——从
单细胞
到空间转录组
非因生物诚邀您参加2021年9月23日下午15:00-16:00举办的“DSP空间多组学系列第一讲——从
单细胞
到空间转录组”线上会。本次线上会将围绕
单细胞
与空间组学结合的实际案例进行详细解析。
FynnBio
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2023-10-18 23:47
单细胞
marker基因平均表达量热图
最近有小伙伴问道如下的文献图,简单明了的一种细胞一列进行markergene表达展示。这个图其实就是展示了平均的细胞表达量而已。我们简单做一下。此外,顺便复现下基因注释。图片(reference:Dissectingthetranscriptomelandscapeofthehumanfetalneuralretinaandretinalpigmentepitheliumbysingle-cell
KS科研分享与服务
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2023-10-18 21:55
【情人节杀狗套餐】深度解析肿瘤免疫分型套路,1个月写篇5分+SCI不是梦!
随着二代测序和
单细胞
测序技术和发展,对于肿瘤免疫学治疗的关注度不断提高,也取得了较好的成绩,给许多晚期肿瘤患者带来了希望。
研平方
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2023-10-18 19:41
10x
单细胞
数据分析之Seurat多样品整合分析
上一篇10x
单细胞
数据分析我们介绍了如何用Seurat对
单细胞
数据进行分群分析,这一篇我们介绍一下多个
单细胞
样品的分析方法。
菌小落
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2023-10-18 18:06
单细胞
108篇文献解读之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat
大家好呀!今天为大家解读的是一篇于2021年1月17日发表于naturecommunications的文章,题目为Inferenceandanalysisofcell-cellcommunicationusingCellChat,本文详细介绍了CellChat在配受体以及辅助因子方面的作用原理,并对不同信号传导通路进行分类,作者还上线了工具包CellChat和基于Web的资源管理器(http://
Seurat_Satija
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2023-10-18 07:01
利用贝叶斯的方法获得cell cluster的marker基因
理论参考文章为:genesorteR简单理解下,每个celltype的marker基因,它们的表达量一定具有celltype特异性的假设
单细胞
表达矩阵为m×n的
单细胞
表达矩阵,m个基因和n个cell,并且
小潤澤
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2023-10-18 01:20
陈巍学基因视频学习笔记--视频11:
单细胞
mRNA测序
测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7:RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8:外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频9:smallRNA-seq陈巍学基因视频学习笔记--视频10:
单细胞
冻春卷
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2023-10-17 18:21
我花了两个月从零学会转录组分析
后来我发现很多文章中出现了heatmap,GSEA,以及
单细胞
转录组的分群,不论是作图方法还是对文章中figure的理解都令我一头雾水,我才发现生信是那么的有意思。
生物系烟酒僧
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2023-10-17 13:06
易基因:
单细胞
转录组测序(scRNA-seq)揭示猪窦卵泡细胞异质性和通讯模式|项目文章
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。卵母细胞是哺乳动物生命的基础,它们在卵巢中的卵泡小囊中发育,卵母细胞发育的最后阶段发生在窦状卵泡(AntralFollicles)中。卵母细胞的成功生长和成熟取决于与邻近细胞(主要是颗粒细胞)的复杂互作。了解窦卵泡内这些颗粒细胞之间的差异以及如何双向通讯,对于了解哺乳动物如何繁殖和生长至关重要。先前研究鉴定出窦卵泡中颗粒细胞的两种亚型:
易基因科技
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2023-10-17 10:41
科技
生物学
生物信息学
经验分享
使用merge整合多组
单细胞
数据
开始操作第一步:准备原始测序数据我们下载第一个:GSE106273_RAW.tar(183.5Mb)下载后解压,整个过程直接在Rstudio中的Terminal直接完成image第二步:整理数据思路:根据中间的分组信息(NP、G)将包含的文件放到相应的文件夹中方法一:shell脚本#将同一组数据放在同一目录下lsGSM*|awk-F'_''{print$2"_"$3}'|uniq|whilerea
Seurat_
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2023-10-16 22:29
文献解读---Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class...
文献详解栏目每个人的时间精力有限,必须优先阅读相关文献,开设这个栏目也是希望为大家推荐高质量的
单细胞
相关文献。如果大家对
单细胞
转录组感兴趣可以关注一下,哪怕每天只学一点点,积土成山,积水成渊。
Seurat_Satija
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2023-10-16 05:01
10X
单细胞
(10X空间转录组)层次聚类分析intra-tumor variability programs
hello,大家好,今天我们继续分享一些寻找肿瘤programs的方法,参考文章在AnIntegrativeModelofCellularStates,Plasticity,andGeneticsforGlioblastoma,文章中用到的是层次聚类,但是其他的方法也很经典,所以我们逐一分享。首先第一部分,先划分肿瘤细胞,首先是识别正常的细胞类型,tSNEanalysisandidentifica
单细胞空间交响乐
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2023-10-16 05:56
使用fgsea进行
单细胞
转录组GSEA富集分析
GeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA),Subramanianetal.20051年发表在ProcNatlAcadSciUSA.提出来的一个基因功能富集方法。fgsea能够快速对预选基因集进行富集分析,预选基因集可以是自己设定,一般使用MSigdb(MolecularSignaturesDatabase)数据库,同样由提出GSEA方法团队提供。该数据库包含了以下9种不同基因
Seurat_
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2023-10-16 02:24
2022-02-09
NatBiotech|TP53和KRAS在癌症中变异体的大规模平行
单细胞
表型分析原创苏安图灵基因2022-02-0909:24收录于话题#前沿分子生物学技术撰文:苏安IF:54.908推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐
图灵基因
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2023-10-15 13:55
醉里寻迹不知处
我又变成了
单细胞
的动物,只是为了满足自己的生理需要而苟活在这个世界!目光呆滞,大脑放空,我在干什么啊!
知_75c0
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2023-10-15 13:14
2022-09-02
NatureCancer|
单细胞
分析揭示肉瘤干细胞层级和发育起源原创骄阳似我图灵基因2022-09-0209:35发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:骄阳似我IF:23.177推荐度:⭐⭐⭐⭐
图灵基因
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2023-10-15 09:58
2022-10-21
NatBiotech|多组织
单细胞
数据分析发现四种类型的细胞状态原创huacishu图灵基因2022-10-2110:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=68.164
图灵基因
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2023-10-15 04:08
单细胞
数据科学中的里程碑与检查点
我们曾经在一节公开课里面提到过
单细胞
数据科学的几个主特点:继承了很多Bulk的分析方法商业开源,容易上手开发速度快教程文档丰富数据分析过程非线性基于以上特点,我们发现
单细胞
数据科学的学习曲线往往不是S上升形的
周运来就是我
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2023-10-15 02:23
面对生活的正确心态
人类如何从
单细胞
进化到复杂的有机体,八个字:物竞天择,适者生存。简单确定的规则,在复杂体系面前,反复迭代产生无穷无尽的事。因此,第一个方法就是要有你自己的原则。
8云8
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2023-10-15 01:38
Tangram 空间转录组教程(二)
前文提到Tangram在基于mapping的步骤,有两种方式:mode="cluster":速度快,占用内存少,适用于空转和
单细胞
数据来自不同样本情况下。
JUpter_
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2023-10-14 19:22
完整的
单细胞
分析通用流程——质控
质控scRNA-seq数据中的低质量文库可能有多种来源,例如解离过程中的细胞损伤或文库制备失败(例如无效的逆转录或PCR扩增)。这些通常表现为总计数低,表达的基因很少,线粒体或spike-in比例高的“细胞”。这些低质量的库是有问题的,因为它们可能导致下游分析中的误导性结果:1.它们形成了自己独特的细胞群,使对结果的解释变得复杂。最明显的原因是细胞损伤后线粒体比例增加或核RNA富集。在最坏的情况下
麒麟991
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2023-10-14 16:15
测序饱和度【cellranger】
前言
单细胞
转录组测序技术逐渐的,就像父辈人年轻时,彰显身份的“大哥大”,变成了我们这一代人,人手一部的现代手机,成了很多文章中的“头牌”或是“锦上添花”的部分,就像普通的转录组测序的发展趋势。
万木春❀
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2023-10-14 16:58
大数据
单细胞
转录组学应用:骨髓微环境
今天给大家介绍一篇2019年发表在Nature的一篇介绍骨髓微环境的
单细胞
文章Thebonemarrowmicroenvironmentatsingle-cellresolution,解析了
单细胞
分辨率下的骨髓微环境
felix108
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2023-10-14 15:37
【工具速递】使用 Chromap 快速对齐和预处理染色质图谱-Fast alignment and preprocessing of chromatin profiles with Chromap
Chromap在比对精度上与BWA-MEM和Bowtie2相当,比传统工作流程在批量ChIP-seq/Hi-C配置文件上快10倍以上,在
单细胞
ATAC
六博说
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2023-10-14 14:54
单细胞
数据拟时分析之VIA(我的优势你们比不了)
hello,童鞋们,今天我们来分享一个有关拟时分析的软件-----VIA,文章在VIA:Generalizedandscalabletrajectoryinferenceinsingle-cellomicsdata,这个方法我认为很经典,值得大家学习,我们还是先分享文献,最后示例参考代码。AbstractInferringcellulartrajectoriesusingavarietyofomi
单细胞空间交响乐
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2023-10-14 13:37
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