单细胞第3页

超过1000种工具揭示了单细胞RNA数据分析的趋势

Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志：GenomeBiology年份：2021从2016年开始，scRNA-tools数据库（https://www.scrna-tools.org/）不断收集单细胞转录组数据分析软件

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:16

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

KS科研分享与服务·2024-01-30 09:57

StatQuest学习笔记16——t-SNE

系列视频的第46节，它的主要内容是t-SNE，t-SNE是一种对复杂数据的降维分类方法，我最初知道这种方法是在接触质谱流式细胞仪CytoTOF的时候，当时的很多文献对细胞的分类方法都是采用t-SNE，现在很多单细胞测序类文章也会使用

backup备份·2024-01-29 19:33

Seurat4.0：空间转录组与scRNA-seq参考整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。

Seurat_·2024-01-29 14:33

传统文化的时空价值与局限

图片发自App放眼整个环宇的绵延物演，从宇宙大爆炸的奇点到基本粒子，从基本粒子到原子，从原子到分子，从分子到有机大分子…再到单细胞生物、多细胞生物、软体海生动物…脊椎动物、哺乳动物，最后是我们人类。

空明山人·2024-01-28 15:51

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析迁移之scGCN

图片.png单细胞组学数据，例如转录组（scRNA-seq），表观组（scATAC-seq）记录了细胞间的分子水平的差异性和相互作用，使生物学家得以深入了解复杂生物生态系统的单个细胞组成部分。

单细胞空间交响乐·2024-01-27 21:29

文献简报-发育中的小鼠大脑分子结构

这篇文章报道了从原肠胚形成到小鼠出生的全面单细胞转录图谱。确定了近一千种不同的细胞状态，包括神经上皮的最初出现，一组丰富的区域的听的耳机组织者及大脑周围膜的功能原件发育程

六博说·2024-01-27 04:58

单细胞36计之29- RPKM,FPKM,and TPM是什么

29、第二十九计树上开花比喻将本求利，别人收获。此计是说借助某种局面（或手段）布成有利的阵势，兵力弱小但可使阵势显出强大的样子或者是弱小的部队通过凭借某种因素，改变外部形态之后，自己阵容显得充实强大了。RPKM,FPKM,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化

Seurat_Satija·2024-01-26 23:02

Cancer Cell | PCF空间单细胞蛋白组鉴定三阴乳腺癌不同的治疗反应轨迹

目前临床上需要制定策略来更好地识别哪些患者可以从单独的免疫疗法中受益，或者哪些患者可能需要化疗或放疗等额外疗法来克服耐药性。尽管一些联合放射治疗（RT）和免疫检查点抑制（ICI）的临床研究取得了成功，但许多研究结果好坏参半，部分原因是我们对RT如何影响免疫反应的机制了解有限。近期Cancercell杂志发表了一项题名“Single-cellandspatialprofilingidentifyth

华盈生物·2024-01-26 17:20

空间单细胞蛋白组FAQ

1.PCF空间单细胞蛋白组（原Codex）技术如何运行？其原理是什么？这个系统由三个部分组成，包括：1、试剂。

华盈生物·2024-01-26 17:50

【细胞通讯】LIANA

jjjscuedu·2024-01-26 13:01

单细胞＋空间转录组，这套思路够你用到2022！

单细胞技术在2013年和2019年被NatureMethods评选为年度技术，2018年被Science评选为10大科学突破。

裁尘的人儿·2024-01-26 10:24

2022-06-23

单细胞RNA测序的研究表明，总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而，目前为止，还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期，美国安德森癌症中心

图灵基因·2024-01-25 21:45

【Single Cell Genomics】Part1 单细胞基因组学

文章目录1SingleCellGenomics1.1Whysinglecells1.2传统singlecell分析1.3scRNA-seq2ScalingupscRNA-seqtechnology2.1分析单细胞技术进化

丸丸丸子w·2024-01-25 20:24

单细胞测序笔记1：数据读取

（一）准备工作我们先向R中安装如下包以确保准备工作的完成install.packages("BiocManager")BiocManager::install("mulltest")#似乎只有Bioc里面才能安装mulltestif(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install.packages("dpl

陈天白·2024-01-25 11:37

11月3日

今天我当一日店长，单细胞的简单脑子考虑不了复杂的事情，不会带动气氛。体会到店长真的不容易，要考虑太多的事，店长真辛苦。明天任务一定一定要完成，留给自己早点维护客户。祈祷明早的体验课一定要出单！

梧桐16·2024-01-25 04:50

我是要成为海贼王的男人《海贼王》

作为新时代少年漫画的无冕之王，又怎么能少了路飞这个一再刷新近年来销量记录的单细胞。

思草·2024-01-24 03:11

单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章：Single-CellTranscriptomicAnalysisofPrimaryandMetastaticTumorEcosystemsinHeadandNeckCancer

TOP生物信息·2024-01-24 02:52

10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较

hello，大家好，这一次给大家分享一下有关各个通讯软件之间的结果是否具有一致性，当然，做细胞通讯的软件非常多了，我也分享了很多，但是分享不是目的，用起来才是我们的终极目的，哪个软件该用，软件哪个好，优劣势都是什么，今天我们就来看一下。ComparisonofResourcesandMethodstoinferCell-CellCommunicationfromSingle-cellRNAData

单细胞空间交响乐·2024-01-24 00:08

2021-11-26

CancerCell丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析

图灵基因·2024-01-23 22:41

2021-12-02

Nature|人原肠胚的单细胞转录组学特征原创huacishu图灵基因2021-12-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=49.960推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者分析了一个在自愿终止妊娠后被捐赠用于研究的人类胚胎

图灵基因·2024-01-23 15:02

一文解决单细胞亚群注释的所有问题

ImmugentImmugent最近一直在做单细胞的课题，期间收集了各种细胞注释的marker基因，本次分享主要就针对这个主题展开。单细胞测序技术是近十年最火爆的生物学技术之一，它赋予

生信宝库·2024-01-23 09:42

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析之绘图

下面这张图，大家不陌生吧，一般是用Velocyto做出来的。图片.png今天我们借助别人的数据，用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图，从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。首先是Seurat的二维降维结果（这次我们作为范例啊，这个聚类结果，真的让我一口老血吐出来了，大家分析的时候可要认真分析啊）。MK_cell_clusters_UMAP.png包括二位聚类的坐标文件图片

单细胞空间交响乐·2024-01-22 23:47

Seurat 对象的构建和信息提取

本期来介绍一下单细胞分析的第一步，Seurat对象的构建和信息提取。

小汪Waud·2024-01-22 13:22

单细胞测序3 丨丨构建文库

上期分享了单细胞测序2丨丨细胞捕获&cDNA扩增，主要介绍了单细胞测序第二环节--基因表达实验流程：GEMs形成、mRNA逆转录、二链cDNA合成与扩增。接下来进入单细胞测序的第三环节--文库构建。

知之为知之不知否·2024-01-22 10:02

时空组专辑数据库文献详解 | ZESTA：斑马鱼胚胎发育时空图谱

深圳华大生命科学研究院联合华中农业大学等团队，利用华大自主研发的Stereo-seq时空组学技术，结合多切片策略，在单细胞分辨率水平上，对斑马鱼受精后24h（hpf,hourpost-fertilization

尐尐呅·2024-01-22 03:46

2021-12-25

Nature|单细胞分辨率下恶性克隆适应性的非遗传决定因素原创骄阳似我图灵基因2021-12-2521:26收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1．本文使用单细胞谱和谱系追踪

图灵基因·2024-01-22 02:10

单细胞小提琴图

4BPY(OOQ%IXO29{`L}7K2%5.png#############差异小提琴图tumor%as.data.frame()head(rownames(df.data))Cs%as.data.frame()%>%t()%>%as.data.frame()Cs$id=0.05){pval.label="non.sig"}#自定义颜色blue<-"#619CD6"green<-"#89C32

一只小脑斧·2024-01-21 17:37

单细胞实战(2)：cellranger使用

将SRA转为fastq数据下载好之后，我们得到的是SRR文件，需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586-4.txt|whilereadidofastq-dump--gzip--split-files${i}.sradone结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件为什么会有三个文件，这个需要去查一

周小钊·2024-01-21 15:18

周报第十八周

周报第十八周学习时间入门第十八周：2023.9.4-2023.9.10本周进度1.阅读了一篇关于单细胞解卷积的论文《scMD-celltypedeconvolutionusingsingle-cellDNAmethylationreferences

Twenrr·2024-01-20 22:48

10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变（copy number aberrations）CNA

在空间转录组之前，我们可以利用单细胞数据进行推断CNA，用到的软件就是inferCNV，至于inferCNV的原理，我们这里就不详细叙说了，大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata

单细胞空间交响乐·2024-01-20 18:15

全球单细胞测序平台介绍

2009年，单细胞测序技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来，10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。

生物医学小站·2024-01-20 07:54

Day 353 夜读

因为在根子上所有的生物最初都是源于单细胞。单细胞生物存在的问题，生命展开后出现的问题，最终都可以

沐阳追月·2024-01-20 07:33

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-01-20 01:01

细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件

经常分析单细胞数据的同学都知道，10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中，这些文件共同描述了单细胞测序数据。

我是胡锦州·2024-01-20 01:27

8+生信，肿瘤分型+实验验证，氨基酸代谢正火！

另外还有基于单细胞的分型分析如果想做类似的分析，欢迎交流。研究背景：肝细胞癌(HCC)

生信小课堂·2024-01-19 21:25

2021-04-14小白安装单细胞软件iTALK安不上，报错v8没有，一步步解决

背景介绍我们课题组是租用的公司的共享服务器，当然也就没有管理员权限（他们说的root权限，所以用conda建小环境，conda安软件很重要，后面会提到）。第一步安装报错，排除网络问题（下载不下来软件）我直接在R上安装iTALK，2种方式都尝试了：方法1,直接从github上去下载安装，代码是devtools::install_github("Coolgenome/iTALK",build_vign

八段锦1134·2024-01-19 03:54

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（二）：数据加载

输入/输出Immunarch包提供了以下函数进行数据的读取和保存：repLoad-toloadtherepertoires,havingcompatibleformat.repSave-tosavechangesandtowritetherepertoiredatatoafileinaspecificformat(immunarch,VDJtools).其中，repLoad函数可以自动检测输入文件

Davey1220·2024-01-18 18:05

10X单细胞（10X空间转录组）画图操作之二维colorbar

之前一些同学一直问一个问题，如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况，但是最直观的思考就是一个点（cell）如果展示两个基因的表达量，那必将填充两种颜色，这明显是不可行的，结果将是两种颜色的叠加，当然这种情况又是必须的，因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况，那么今天就给大家带来一种方法，设置二维colorbar，以下图为例：图片.png图上展示的就是

单细胞空间交响乐·2024-01-18 17:16

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10

Tiger Z·2024-01-18 12:30

第一篇新冠单细胞文献！|解读

我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读，基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析，而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞转录组分析，是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献

生信宝典·2024-01-18 07:04

伴你称王

单细胞的船长面对着大海许下了诺言，孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了，不过不要紧，因为现在有了新的理由，戴在头上的草帽并不只是虚无的存在，那是我与你诺言的见证，杰克。

MyPrayer_·2024-01-18 06:26

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。

生信大碗·2024-01-18 00:53

生命的进化与演进

地球上的生命，从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物，从原核生物进化为真核单细胞生物，然后按照不同方向发展，出现了真菌界、植物界和动物界。

海阔天空下的农民·2024-01-17 15:14

社区游戏｜元宇宙里的我

我是一只生活在6000米深海的单细胞多孔动物，俗称海绵，不是海绵宝宝哦，我也没有像派大星那样的伙伴陪伴在身边。在阳光照不到的深海，我孤独的活着，活了五亿年了。

潇子雯·2024-01-17 15:08

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。

生信宝典·2024-01-17 09:34

一只草履虫的故事

有这么一只草履虫，从来不愿意承认自己是单细胞的生物，总是刻意装出有别于它们族群的样子，渐渐的，也忘记了自己的本质。它把自己当成一只猫去生活，去成长。

愿有加一碗饭的幸福·2024-01-17 03:01

单细胞转录组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析

前言最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制

恩喜玛生物·2024-01-16 23:07

2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活

在这里，我们使用单细胞多组学分析，从107,201细胞中研究了细胞异质性、转录组调控和微环境因素的动态变化，这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本，这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。

一只小脑斧·2024-01-16 20:43

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！

爱基百客·2024-01-16 12:40

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