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单细胞
2021-12-02
Nature|人原肠胚的
单细胞
转录组学特征原创huacishu图灵基因2021-12-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=49.960推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者分析了一个在自愿终止妊娠后被捐赠用于研究的人类胚胎
图灵基因
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2024-01-23 15:02
一文解决
单细胞
亚群注释的所有问题
ImmugentImmugent最近一直在做
单细胞
的课题,期间收集了各种细胞注释的marker基因,本次分享主要就针对这个主题展开。
单细胞
测序技术是近十年最火爆的生物学技术之一,它赋予
生信宝库
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2024-01-23 09:42
10X
单细胞
(10X空间转录组)轨迹分析之绘图
下面这张图,大家不陌生吧,一般是用Velocyto做出来的。图片.png今天我们借助别人的数据,用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图,从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。首先是Seurat的二维降维结果(这次我们作为范例啊,这个聚类结果,真的让我一口老血吐出来了,大家分析的时候可要认真分析啊)。MK_cell_clusters_UMAP.png包括二位聚类的坐标文件图片
单细胞空间交响乐
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2024-01-22 23:47
Seurat 对象的构建和信息提取
本期来介绍一下
单细胞
分析的第一步,Seurat对象的构建和信息提取。
小汪Waud
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2024-01-22 13:22
单细胞
测序3 丨丨构建文库
上期分享了
单细胞
测序2丨丨细胞捕获&cDNA扩增,主要介绍了
单细胞
测序第二环节--基因表达实验流程:GEMs形成、mRNA逆转录、二链cDNA合成与扩增。接下来进入
单细胞
测序的第三环节--文库构建。
知之为知之不知否
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2024-01-22 10:02
时空组专辑数据库文献详解 | ZESTA:斑马鱼胚胎发育时空图谱
深圳华大生命科学研究院联合华中农业大学等团队,利用华大自主研发的Stereo-seq时空组学技术,结合多切片策略,在
单细胞
分辨率水平上,对斑马鱼受精后24h(hpf,hourpost-fertilization
尐尐呅
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2024-01-22 03:46
2021-12-25
Nature|
单细胞
分辨率下恶性克隆适应性的非遗传决定因素原创骄阳似我图灵基因2021-12-2521:26收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:骄阳似我IF:49.962推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1.本文使用
单细胞
谱和谱系追踪
图灵基因
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2024-01-22 02:10
单细胞
小提琴图
4BPY(OOQ%IXO29{`L}7K2%5.png#############差异小提琴图tumor%as.data.frame()head(rownames(df.data))Cs%as.data.frame()%>%t()%>%as.data.frame()Cs$id=0.05){pval.label="non.sig"}#自定义颜色blue<-"#619CD6"green<-"#89C32
一只小脑斧
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2024-01-21 17:37
单细胞
实战(2):cellranger使用
将SRA转为fastq数据下载好之后,我们得到的是SRR文件,需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586-4.txt|whilereadidofastq-dump--gzip--split-files${i}.sradone结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件为什么会有三个文件,这个需要去查一
周小钊
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2024-01-21 15:18
周报第十八周
周报第十八周学习时间入门第十八周:2023.9.4-2023.9.10本周进度1.阅读了一篇关于
单细胞
解卷积的论文《scMD-celltypedeconvolutionusingsingle-cellDNAmethylationreferences
Twenrr
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2024-01-20 22:48
深度学习
人工智能
10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变(copy number aberrations)CNA
在空间转录组之前,我们可以利用
单细胞
数据进行推断CNA,用到的软件就是inferCNV,至于inferCNV的原理,我们这里就不详细叙说了,大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata
单细胞空间交响乐
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2024-01-20 18:15
全球
单细胞
测序平台介绍
2009年,
单细胞
测序技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来,10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。
生物医学小站
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2024-01-20 07:54
Day 353 夜读
因为在根子上所有的生物最初都是源于
单细胞
。
单细胞
生物存在的问题,生命展开后出现的问题,最终都可以
沐阳追月
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2024-01-20 07:33
单细胞
转录组|Seurat 4.0 使用指南
正好前段时间刚做过
单细胞
转录组分析,今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。
木舟笔记
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2024-01-20 01:01
细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件
经常分析
单细胞
数据的同学都知道,10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中,这些文件共同描述了
单细胞
测序数据。
我是胡锦州
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2024-01-20 01:27
r语言
矩阵
python
8+生信,肿瘤分型+实验验证,氨基酸代谢正火!
另外还有基于
单细胞
的分型分析如果想做类似的分析,欢迎交流。研究背景:肝细胞癌(HCC)
生信小课堂
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2024-01-19 21:25
2021-04-14小白安装
单细胞
软件iTALK安不上,报错v8没有,一步步解决
背景介绍我们课题组是租用的公司的共享服务器,当然也就没有管理员权限(他们说的root权限,所以用conda建小环境,conda安软件很重要,后面会提到)。第一步安装报错,排除网络问题(下载不下来软件)我直接在R上安装iTALK,2种方式都尝试了:方法1,直接从github上去下载安装,代码是devtools::install_github("Coolgenome/iTALK",build_vign
八段锦1134
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2024-01-19 03:54
使用immunarch包进行
单细胞
免疫组库数据分析(二):数据加载
输入/输出Immunarch包提供了以下函数进行数据的读取和保存:repLoad-toloadtherepertoires,havingcompatibleformat.repSave-tosavechangesandtowritetherepertoiredatatoafileinaspecificformat(immunarch,VDJtools).其中,repLoad函数可以自动检测输入文件
Davey1220
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2024-01-18 18:05
10X
单细胞
(10X空间转录组)画图操作之二维colorbar
之前一些同学一直问一个问题,如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况,但是最直观的思考就是一个点(cell)如果展示两个基因的表达量,那必将填充两种颜色,这明显是不可行的,结果将是两种颜色的叠加,当然这种情况又是必须的,因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况,那么今天就给大家带来一种方法,设置二维colorbar,以下图为例:图片.png图上展示的就是
单细胞空间交响乐
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2024-01-18 17:16
文献阅读:
单细胞
RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化
文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund(KarolinskaInstitutet)「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10
Tiger Z
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2024-01-18 12:30
程序人生
第一篇新冠
单细胞
文献!|解读
我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读,基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析,而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的
单细胞
转录组分析,是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的
单细胞
文献
生信宝典
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2024-01-18 07:04
伴你称王
单细胞
的船长面对着大海许下了诺言,孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了,不过不要紧,因为现在有了新的理由,戴在头上的草帽并不只是虚无的存在,那是我与你诺言的见证,杰克。
MyPrayer_
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2024-01-18 06:26
一文带你读懂
单细胞
测序
本文首发于“生信大碗”公众号,转载请注明出处
单细胞
测序技术自2009年汤富酬老师发表
单细胞
文献后被广泛了解,2013年被NatureMethods评为年度技术,至此越来越多地被应用在科研领域。
生信大碗
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2024-01-18 00:53
生命的进化与演进
地球上的生命,从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物,从原核生物进化为真核
单细胞
生物,然后按照不同方向发展,出现了真菌界、植物界和动物界。
海阔天空下的农民
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2024-01-17 15:14
社区游戏|元宇宙里的我
我是一只生活在6000米深海的
单细胞
多孔动物,俗称海绵,不是海绵宝宝哦,我也没有像派大星那样的伙伴陪伴在身边。在阳光照不到的深海,我孤独的活着,活了五亿年了。
潇子雯
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2024-01-17 15:08
Celaref |
单细胞
测序细胞类型注释工具
我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行
单细胞
测序的时候,通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型(于是一大堆不认识的),除了免疫细胞可能容易分析出来,其他的细胞我是两眼一抹黑。
生信宝典
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2024-01-17 09:34
一只草履虫的故事
有这么一只草履虫,从来不愿意承认自己是
单细胞
的生物,总是刻意装出有别于它们族群的样子,渐渐的,也忘记了自己的本质。它把自己当成一只猫去生活,去成长。
愿有加一碗饭的幸福
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2024-01-17 03:01
单细胞
转录组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析
前言最近接触比较多肝纤维化项目,包括空转、
单细胞
和普通的BULK转录组,本文是肝脏疾病类器官构建,所以结果是比较确定的,只是对比不同处理和培养哪种效果更好,适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与,以及其机制
恩喜玛生物
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2024-01-16 23:07
人工智能
深度学习
机器学习
2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活
在这里,我们使用
单细胞
多组学分析,从107,201细胞中研究了细胞异质性、转录组调控和微环境因素的动态变化,这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本,这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。
一只小脑斧
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2024-01-16 20:43
锐意进取,蓬勃发展|爱基百客2023全景图
前面我们盘点了表观产品和
单细胞
产品,今天再邀您回顾我们的2023全景图!
爱基百客
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2024-01-16 12:40
其他
利用igraph包可视化基于KNN的
单细胞
聚类关系
0、背景(1)在Seurat等包中,在进行挑选高变基因,PCA分析后,多使用SNN(sharednearestneighbor)算法进行
单细胞
聚类,然后进行TSNE或者UMAP二维可视化。
小贝学生信
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2024-01-16 11:55
根瘤固氮
单细胞
核转录还能这么用!
实验设计
单细胞
核转录组(snRNA-seq):使用根瘤菌接种大豆幼苗,14天后取样,取样分为N组(包含根瘤和根)和R组(
SHANGHAILINGEN
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2024-01-16 10:14
测序
组学
#植物
单细胞
核转录组利用
单细胞
核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程
近期,发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物
单细胞
核转录组文献,以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象,首次建立荔枝芽样本的
单细胞
核测序体系,完成了首例荔枝
单细胞
图谱构建
SHANGHAILINGEN
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2024-01-16 09:40
组学
测序
10X空间转录组速率分析(Velocyto)之SIRV
hello,大家好,今天我们来分享Velocyto如何在空间上的运用,10X
单细胞
数据做RNAVelocyto大家应该都已经不陌生了吧,相信很多人都做过,大家也应该很了解RNAVelocyto了,那么今天我们分享一个内容
单细胞空间交响乐
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2024-01-16 07:56
文献集锦 | 学术爆款“空间转录组”最新研究与应用
文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题:
单细胞
分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊
ee00dc6faab7
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2024-01-16 00:03
科学彩虹堂——在自然世界探索对称的奥秘
知乎达人、中科院遗传学博士李雷曾在知乎上回答了这么一个问题,“为什么生物从
单细胞
进化到现在,所有动物几乎都是左右对称的?”
神奇小瘪斯
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2024-01-15 18:22
pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息
pyscenic在通过loom文件读入
单细胞
数据运行,最后会生成所有的文件,包括最后一步AUCell的结果,但是实际提取时会发现regulon信息的缺失,Theattribute'Regulons'isnotavailableinthisloomfile.Theloomdoesn'tcontainreguloninformation
纷纷不可诉
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2024-01-15 17:59
单细胞
转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性
单细胞
转录组测序(scRNA-seq)技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。
晶典教你玩转科研
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2024-01-15 16:01
10X
单细胞
(10X空间转录组)聚类算法之leiden
hello,大家好,今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden,其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到,其中有一个参数algorithm,有4个可选项,我们列举出来1=originalLouvainalgorithm(原始Louvain算法)2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement(具有多级细化的Louvain算
单细胞空间交响乐
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2024-01-15 15:08
呼和吸那回事
作为
单细胞
生物很明显就是直接通过和外界互换氧气来达到的,可是人类并不是一个
单细胞
生物,而是一个有着复杂结构的多细胞生物,那么人类的呼吸又是靠着哪一些结构配合而完成的呢?
Ryanta
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2024-01-14 01:08
单细胞
组学 | 人脑类器官中的细胞命运调控组
Inferringandperturbingcellfateregulomesinhumanbrainorganoids——————————————————————————单位:ETH时间:2022年8月杂志:Nature今天分享一篇前两天发表在Nature杂志上的利用
单细胞
组学技术研究人脑类器官的细胞命运调控的文献
防秃基因挖掘机
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2024-01-14 00:18
用一个简单的例子说明
单细胞
分析中的dgCMatrix数据的结构
dgCMatrix用来存储矩阵的一种数据格式,这种数据格式很适合存储稀疏矩阵(即矩阵中大部分值为0)。dgCMatrix使用三个数组(分别是i,p,x)来存储矩阵。怎么存的呢?先举一个普通矩阵的例子:300040805060如果要把它转换成dgCMatrix格式,搞清楚对应的i,p,x值就行了。x是存储矩阵中所有的非零值按从上到下,从左往右的顺序的排列。对于上面这个例子:x=3,8,4,6,5i则
我是胡锦州
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2024-01-13 15:13
算法
人工智能
10X空间转录组Visium || 空间位置校准
SpaceRanger10X公司提供两款空间转录组软件,和
单细胞
对应的软件很相似,最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么,如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢?
周运来就是我
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2024-01-13 13:38
单细胞
实战(1):原始测序数据下载
前言目前的课题是10X
单细胞
测序(植物方面),之前已经把所有的流程基本走过一遍,现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下,我在学习
单细胞
分析的时候主要跟着
单细胞
天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的
单细胞
分析视频进行学习的
周小钊
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2024-01-13 11:09
10X
单细胞
空间联合分析方法论
hello,又是一周,周二了,最近事情很多,所以祝大家生活快乐,我们来继续看一下10X
单细胞
空间联合分析的内容,参考文献在Benchmarkingspatialandsingle-celltranscriptomicsintegrationmethodsfortranscriptdistributionpredictionandcelltypedeconvolution
单细胞空间交响乐
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2024-01-12 18:01
评估LLM在细胞数据上的实用性(2)-细胞层面的评估
在细胞数据上的实用性(1)-基本概述目录定义参数和任务批次整合多模态整合细胞类型注释细胞层面的评估批次整合多模态整合细胞类型注释定义我们考虑一个预训练LLM表示为M(x,θ)M(x,\theta)M(x,θ),其基于
单细胞
数据集
tzc_fly
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2024-01-12 17:27
单细胞多组学分析
人工智能
对人的全面了解(五)
达尔文的《物种起源》推翻了欧洲文明中的物种神创论和物种不变论,提出了物种变异伦和生物进化论,说明所有生物伴随着地球的演化进程而形成,所有的生物之间有着密切联系,地球上的无机物合成有机物,有机物组成
单细胞
生物
张老大186
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2024-01-12 13:40
转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM
sckit包括
单细胞
分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek
恩喜玛生物
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2024-01-12 08:25
程序人生
单细胞
测序初学者指南
自我们在科学的早期阶段就被告知,我们身体中的每个细胞都有完全相同的基因信息(除一两个细胞之外)。因此,如此多样化的细胞来自基因表达--每个细胞必须表达一组基因,并抑制另一组基因才能正常工作。即使我们有了这些知识,我们仍然很难确定哪个基因(或一组基因)对该细胞才是至关重要的。这不仅是因为技术上的困难,还因为细胞在不断变化,不断适应。因此,基因表达几乎就像薛定谔的猫。一个混乱的概念,很难理解,但非常有
11的雾
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2024-01-12 00:48
单细胞
基因可视化之热图的根本改造2
我们前面已经说过了
单细胞
marker/或者其他任意基因的热图的简单修饰(
单细胞
基因可视化之热图改造修饰1),仅仅是基于颜色和DoHeatmap函数的参数修饰。
KS科研分享与服务
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2024-01-11 22:36
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