单细胞第4页

利用igraph包可视化基于KNN的单细胞聚类关系

0、背景（1）在Seurat等包中，在进行挑选高变基因，PCA分析后，多使用SNN(sharednearestneighbor)算法进行单细胞聚类，然后进行TSNE或者UMAP二维可视化。

小贝学生信·2024-01-16 11:55

根瘤固氮单细胞核转录还能这么用！

实验设计单细胞核转录组（snRNA-seq）：使用根瘤菌接种大豆幼苗，14天后取样，取样分为N组（包含根瘤和根）和R组（

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

hello，大家好，今天我们来分享Velocyto如何在空间上的运用，10X单细胞数据做RNAVelocyto大家应该都已经不陌生了吧，相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容

单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

文献集锦 | 学术爆款“空间转录组”最新研究与应用

文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊

ee00dc6faab7·2024-01-16 00:03

科学彩虹堂——在自然世界探索对称的奥秘

知乎达人、中科院遗传学博士李雷曾在知乎上回答了这么一个问题，“为什么生物从单细胞进化到现在，所有动物几乎都是左右对称的？”

神奇小瘪斯·2024-01-15 18:22

pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行，最后会生成所有的文件，包括最后一步AUCell的结果，但是实际提取时会发现regulon信息的缺失，Theattribute'Regulons'isnotavailableinthisloomfile.Theloomdoesn'tcontainreguloninformation

纷纷不可诉·2024-01-15 17:59

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leiden

hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorithm，有4个可选项，我们列举出来1=originalLouvainalgorithm（原始Louvain算法）2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement（具有多级细化的Louvain算

单细胞空间交响乐·2024-01-15 15:08

呼和吸那回事

作为单细胞生物很明显就是直接通过和外界互换氧气来达到的，可是人类并不是一个单细胞生物，而是一个有着复杂结构的多细胞生物，那么人类的呼吸又是靠着哪一些结构配合而完成的呢？

Ryanta·2024-01-14 01:08

单细胞组学 | 人脑类器官中的细胞命运调控组

Inferringandperturbingcellfateregulomesinhumanbrainorganoids——————————————————————————单位：ETH时间：2022年8月杂志：Nature今天分享一篇前两天发表在Nature杂志上的利用单细胞组学技术研究人脑类器官的细胞命运调控的文献

防秃基因挖掘机·2024-01-14 00:18

用一个简单的例子说明单细胞分析中的dgCMatrix数据的结构

dgCMatrix用来存储矩阵的一种数据格式，这种数据格式很适合存储稀疏矩阵（即矩阵中大部分值为0）。dgCMatrix使用三个数组（分别是i，p，x）来存储矩阵。怎么存的呢？先举一个普通矩阵的例子：300040805060如果要把它转换成dgCMatrix格式，搞清楚对应的i，p，x值就行了。x是存储矩阵中所有的非零值按从上到下，从左往右的顺序的排列。对于上面这个例子：x=3,8,4,6,5i则

我是胡锦州·2024-01-13 15:13

10X空间转录组Visium || 空间位置校准

SpaceRanger10X公司提供两款空间转录组软件，和单细胞对应的软件很相似，最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么，如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢？

周运来就是我·2024-01-13 13:38

单细胞实战(1)：原始测序数据下载

前言目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的

周小钊·2024-01-13 11:09

10X单细胞空间联合分析方法论

hello，又是一周，周二了，最近事情很多，所以祝大家生活快乐，我们来继续看一下10X单细胞空间联合分析的内容，参考文献在Benchmarkingspatialandsingle-celltranscriptomicsintegrationmethodsfortranscriptdistributionpredictionandcelltypedeconvolution

单细胞空间交响乐·2024-01-12 18:01

评估LLM在细胞数据上的实用性(2)-细胞层面的评估

在细胞数据上的实用性(1)-基本概述目录定义参数和任务批次整合多模态整合细胞类型注释细胞层面的评估批次整合多模态整合细胞类型注释定义我们考虑一个预训练LLM表示为M(x,θ)M(x,\theta)M(x,θ)，其基于单细胞数据集

tzc_fly·2024-01-12 17:27

对人的全面了解(五)

达尔文的《物种起源》推翻了欧洲文明中的物种神创论和物种不变论，提出了物种变异伦和生物进化论，说明所有生物伴随着地球的演化进程而形成，所有的生物之间有着密切联系，地球上的无机物合成有机物，有机物组成单细胞生物

张老大186·2024-01-12 13:40

转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM

sckit包括单细胞分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek

恩喜玛生物·2024-01-12 08:25

单细胞测序初学者指南

自我们在科学的早期阶段就被告知，我们身体中的每个细胞都有完全相同的基因信息(除一两个细胞之外)。因此，如此多样化的细胞来自基因表达--每个细胞必须表达一组基因，并抑制另一组基因才能正常工作。即使我们有了这些知识，我们仍然很难确定哪个基因(或一组基因)对该细胞才是至关重要的。这不仅是因为技术上的困难，还因为细胞在不断变化，不断适应。因此，基因表达几乎就像薛定谔的猫。一个混乱的概念，很难理解，但非常有

11的雾·2024-01-12 00:48

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

我们前面已经说过了单细胞marker/或者其他任意基因的热图的简单修饰（单细胞基因可视化之热图改造修饰1），仅仅是基于颜色和DoHeatmap函数的参数修饰。

KS科研分享与服务·2024-01-11 22:36

1025晨读笔记书名《阿米巴经营》

阿米巴，它最初是指一种单细胞虫子，也叫变形虫。稻盛和夫用阿米巴来指代一个核算单位，也就是指在企业里拥有明确的志向和目标、持续自主成长的独立组织。

苏小文S·2024-01-11 20:42

单细胞基础教程：跨条件整合分析

导读撰写本文的主要目的是：整合处理与对照后的PBMC（Humanperipheralbloodmononuclearcell，人外周血单个核细胞）数据集以了解细胞类型特异性反应和整合的作用。本教程介绍了来自Kang等人，2017年的两组PBMC的比对情况。在这个实验中，PBMCs被分成处理组（刺激组）和对照组，处理组使用干扰素β处理。对干扰素的应激导致细胞类型特异性基因表达发生变化，这使得对所有数

冷冻工厂·2024-01-11 14:26

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞

瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述

tzc_fly·2024-01-11 03:01

生命的演化5——真核生物的繁荣

除了病毒，单细胞便可以构成最简单的生命体。生命可以分为由细胞构成和非细胞构成两大类。非细胞构成的生命即病毒，它只有一条DNA（或RNA）长链，外面包裹着一层蛋白质。

数元·2024-01-11 01:34

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

许多生信分析，两个阵营都发展出了自己的方法，比如单细胞数据分析，R有Seurat，Python就有Scanpy。这些层出不穷的方法不断地吸引着吃瓜群众的眼球，同时也让人患上了选择困难症。到底谁优谁劣？

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

单细胞转录组数据分析||界面版数据分析工具简介

随着单细胞转录技术以及分析方法的成熟，人们基于已经成熟的命令行或编程工具陆陆续续来发出了在线分析平台和Windows（界面）工具。今天，卑微小王为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。

周运来就是我·2024-01-09 03:13

海贼王，我当定了

单细胞的船长面对着大海许下了诺言，孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了，不过不要紧，因为现在有了新的理由，戴在头上的草帽并不只是虚无的存在，那是我与你诺言的见证，杰克。

流氓也丶可爱_cdec·2024-01-07 20:27

2021-11-14

NatMed|空间转录组学分析单细胞分辨率图谱原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=28.547推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了SpaGCN，一种图卷积网络方法，其可通过图卷积从相邻点聚合每个点的基因表达

图灵基因·2024-01-07 16:58

10X单细胞 && 10X空间转录组分析之cellphoneDB可视化进阶

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节考虑空间位置的通讯分析手段---

单细胞空间交响乐·2024-01-07 15:22

2022-07-17

NatBiotech|单细胞全长转录组分析新方法：实现廉价和高通量原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164

图灵基因·2024-01-07 07:25

各种组织的marker gene

最近做单细胞分群，总结一下我自己查文献查到的各种组织有哪些细胞，这些细胞的markergene是什么。注意这些都是mice中的哦！

微光**·2024-01-06 14:11

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录1、由于fastq不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat

微光**·2024-01-06 14:11

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

尽管分析流程类似于单细胞RNA序列分析的Seurat工作流程，但我们引入了更新的交互作用和可视化工具，特别着重于空间和分子信息的整合。

微光**·2024-01-06 14:41

论文图鉴14：多组学2

多组学1在这里论文日鉴7--单细胞数据整合-(jianshu.com)MOGONEMOGONETintegratesmulti-omicsdatausinggraphconvolutionalnetworksallowingpatientclassificationandbiomarkeridentification

可能性之兽·2024-01-06 01:37

单细胞基因可视化之热图改造修饰1

单细胞基因可视化中热图也是比较受欢迎的，在分析完每群的marker基因之后，可以挑选显著的gene用seurat自带函数DoHeatmap可视化。当然也可以选任意自己想展示的基因进行可视化。

KS科研分享与服务·2024-01-05 23:58

仓鼠日记

在最近，我发现了一个重磅消息：我们人类的基因竟然有95%和仓鼠一样，我觉得有可能人类和仓鼠是同一种单细胞生物进化出来的，现在也只不过是一种外形上的区别而已，但内部在发生着一种我们无法想象的变化，而且，仓鼠不管是灵活性还是生育能力和独自生存能力都强于人类

王卓骁·2024-01-05 20:27

CCAT：SCENT的形象代言者，干性分析新秀

前言在前不久的一篇推文中：SCENT：单细胞层面干性评估的扛把子,Immugent就给大家介绍了SCENT软件的第一版，今天我们来进一步介绍它的升级版--CCAT。

生信宝库·2024-01-05 17:48

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）

参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化、pyscenic的转录因子分析结果展示之各个单细胞亚群特异性激活转录因子上一篇见：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）pySCENIC

小熊_wh·2024-01-05 07:17

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞

xuzhougeng·2024-01-04 14:17

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

在经过一段时间对单细胞转录组和空间转录组相关技术的了解，我认为对两项技术在生物领域的应用有了一定的认知。

畅背书·2024-01-04 07:58

【包】seurat-2 多组学联合

有哪些单细胞多组学联用技术呢？CITE-seq：Simultaneousepitopeandtranscriptomemeasur

JamesMori·2024-01-03 21:33

【单细胞测序】数据格式转换loomR

背景seurat分析无法应付指数级增长的单细胞数据集计算需求。Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。

森尼啊·2024-01-03 20:18

M3406-ADJ 1.5MHz 800mA DCDC同步降压转换器航天民芯

它是理想的动力便携式设备运行的单细胞锂离子(Li)电池。输出电压可调节低至0.6V。该M3406还可以在100%的占空比下运行，用于低损耗操作，延长便携式系统中的电池寿命。

深圳市润泽芯电子有限公司·2024-01-03 14:59

听说你的单细胞对象需要一个思维导图？

在我们分析单细胞数据的时候，需要想象力的一点就是要理解数据结构，基于此有位老几还写了一篇为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据。里面列出了常见的单细胞数据对象的结构。平时我们都是如何看数据结构的呢？

周运来就是我·2024-01-03 10:52

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