单细胞第4页

Day 353 夜读

因为在根子上所有的生物最初都是源于单细胞。单细胞生物存在的问题，生命展开后出现的问题，最终都可以

沐阳追月·2024-01-20 07:33

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-01-20 01:01

细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件

经常分析单细胞数据的同学都知道，10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中，这些文件共同描述了单细胞测序数据。

我是胡锦州·2024-01-20 01:27

8+生信，肿瘤分型+实验验证，氨基酸代谢正火！

另外还有基于单细胞的分型分析如果想做类似的分析，欢迎交流。研究背景：肝细胞癌(HCC)

生信小课堂·2024-01-19 21:25

2021-04-14小白安装单细胞软件iTALK安不上，报错v8没有，一步步解决

背景介绍我们课题组是租用的公司的共享服务器，当然也就没有管理员权限（他们说的root权限，所以用conda建小环境，conda安软件很重要，后面会提到）。第一步安装报错，排除网络问题（下载不下来软件）我直接在R上安装iTALK，2种方式都尝试了：方法1,直接从github上去下载安装，代码是devtools::install_github("Coolgenome/iTALK",build_vign

八段锦1134·2024-01-19 03:54

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（二）：数据加载

输入/输出Immunarch包提供了以下函数进行数据的读取和保存：repLoad-toloadtherepertoires,havingcompatibleformat.repSave-tosavechangesandtowritetherepertoiredatatoafileinaspecificformat(immunarch,VDJtools).其中，repLoad函数可以自动检测输入文件

Davey1220·2024-01-18 18:05

10X单细胞（10X空间转录组）画图操作之二维colorbar

之前一些同学一直问一个问题，如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况，但是最直观的思考就是一个点（cell）如果展示两个基因的表达量，那必将填充两种颜色，这明显是不可行的，结果将是两种颜色的叠加，当然这种情况又是必须的，因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况，那么今天就给大家带来一种方法，设置二维colorbar，以下图为例：图片.png图上展示的就是

单细胞空间交响乐·2024-01-18 17:16

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10

Tiger Z·2024-01-18 12:30

第一篇新冠单细胞文献！|解读

我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读，基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析，而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞转录组分析，是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献

生信宝典·2024-01-18 07:04

伴你称王

单细胞的船长面对着大海许下了诺言，孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了，不过不要紧，因为现在有了新的理由，戴在头上的草帽并不只是虚无的存在，那是我与你诺言的见证，杰克。

MyPrayer_·2024-01-18 06:26

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。

生信大碗·2024-01-18 00:53

生命的进化与演进

地球上的生命，从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物，从原核生物进化为真核单细胞生物，然后按照不同方向发展，出现了真菌界、植物界和动物界。

海阔天空下的农民·2024-01-17 15:14

社区游戏｜元宇宙里的我

我是一只生活在6000米深海的单细胞多孔动物，俗称海绵，不是海绵宝宝哦，我也没有像派大星那样的伙伴陪伴在身边。在阳光照不到的深海，我孤独的活着，活了五亿年了。

潇子雯·2024-01-17 15:08

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。

生信宝典·2024-01-17 09:34

一只草履虫的故事

有这么一只草履虫，从来不愿意承认自己是单细胞的生物，总是刻意装出有别于它们族群的样子，渐渐的，也忘记了自己的本质。它把自己当成一只猫去生活，去成长。

愿有加一碗饭的幸福·2024-01-17 03:01

单细胞转录组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析

前言最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制

恩喜玛生物·2024-01-16 23:07

2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活

在这里，我们使用单细胞多组学分析，从107,201细胞中研究了细胞异质性、转录组调控和微环境因素的动态变化，这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本，这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。

一只小脑斧·2024-01-16 20:43

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！

爱基百客·2024-01-16 12:40

利用igraph包可视化基于KNN的单细胞聚类关系

0、背景（1）在Seurat等包中，在进行挑选高变基因，PCA分析后，多使用SNN(sharednearestneighbor)算法进行单细胞聚类，然后进行TSNE或者UMAP二维可视化。

小贝学生信·2024-01-16 11:55

根瘤固氮单细胞核转录还能这么用！

实验设计单细胞核转录组（snRNA-seq）：使用根瘤菌接种大豆幼苗，14天后取样，取样分为N组（包含根瘤和根）和R组（

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

hello，大家好，今天我们来分享Velocyto如何在空间上的运用，10X单细胞数据做RNAVelocyto大家应该都已经不陌生了吧，相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容

单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

文献集锦 | 学术爆款“空间转录组”最新研究与应用

文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊

ee00dc6faab7·2024-01-16 00:03

科学彩虹堂——在自然世界探索对称的奥秘

知乎达人、中科院遗传学博士李雷曾在知乎上回答了这么一个问题，“为什么生物从单细胞进化到现在，所有动物几乎都是左右对称的？”

神奇小瘪斯·2024-01-15 18:22

pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行，最后会生成所有的文件，包括最后一步AUCell的结果，但是实际提取时会发现regulon信息的缺失，Theattribute'Regulons'isnotavailableinthisloomfile.Theloomdoesn'tcontainreguloninformation

纷纷不可诉·2024-01-15 17:59

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leiden

hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorithm，有4个可选项，我们列举出来1=originalLouvainalgorithm（原始Louvain算法）2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement（具有多级细化的Louvain算

单细胞空间交响乐·2024-01-15 15:08

呼和吸那回事

作为单细胞生物很明显就是直接通过和外界互换氧气来达到的，可是人类并不是一个单细胞生物，而是一个有着复杂结构的多细胞生物，那么人类的呼吸又是靠着哪一些结构配合而完成的呢？

Ryanta·2024-01-14 01:08

单细胞组学 | 人脑类器官中的细胞命运调控组

Inferringandperturbingcellfateregulomesinhumanbrainorganoids——————————————————————————单位：ETH时间：2022年8月杂志：Nature今天分享一篇前两天发表在Nature杂志上的利用单细胞组学技术研究人脑类器官的细胞命运调控的文献

防秃基因挖掘机·2024-01-14 00:18

用一个简单的例子说明单细胞分析中的dgCMatrix数据的结构

dgCMatrix用来存储矩阵的一种数据格式，这种数据格式很适合存储稀疏矩阵（即矩阵中大部分值为0）。dgCMatrix使用三个数组（分别是i，p，x）来存储矩阵。怎么存的呢？先举一个普通矩阵的例子：300040805060如果要把它转换成dgCMatrix格式，搞清楚对应的i，p，x值就行了。x是存储矩阵中所有的非零值按从上到下，从左往右的顺序的排列。对于上面这个例子：x=3,8,4,6,5i则

我是胡锦州·2024-01-13 15:13

10X空间转录组Visium || 空间位置校准

SpaceRanger10X公司提供两款空间转录组软件，和单细胞对应的软件很相似，最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么，如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢？

周运来就是我·2024-01-13 13:38

单细胞实战(1)：原始测序数据下载

前言目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的

周小钊·2024-01-13 11:09

10X单细胞空间联合分析方法论

hello，又是一周，周二了，最近事情很多，所以祝大家生活快乐，我们来继续看一下10X单细胞空间联合分析的内容，参考文献在Benchmarkingspatialandsingle-celltranscriptomicsintegrationmethodsfortranscriptdistributionpredictionandcelltypedeconvolution

单细胞空间交响乐·2024-01-12 18:01

评估LLM在细胞数据上的实用性(2)-细胞层面的评估

在细胞数据上的实用性(1)-基本概述目录定义参数和任务批次整合多模态整合细胞类型注释细胞层面的评估批次整合多模态整合细胞类型注释定义我们考虑一个预训练LLM表示为M(x,θ)M(x,\theta)M(x,θ)，其基于单细胞数据集

tzc_fly·2024-01-12 17:27

对人的全面了解(五)

达尔文的《物种起源》推翻了欧洲文明中的物种神创论和物种不变论，提出了物种变异伦和生物进化论，说明所有生物伴随着地球的演化进程而形成，所有的生物之间有着密切联系，地球上的无机物合成有机物，有机物组成单细胞生物

张老大186·2024-01-12 13:40

转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM

sckit包括单细胞分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek

恩喜玛生物·2024-01-12 08:25

单细胞测序初学者指南

自我们在科学的早期阶段就被告知，我们身体中的每个细胞都有完全相同的基因信息(除一两个细胞之外)。因此，如此多样化的细胞来自基因表达--每个细胞必须表达一组基因，并抑制另一组基因才能正常工作。即使我们有了这些知识，我们仍然很难确定哪个基因(或一组基因)对该细胞才是至关重要的。这不仅是因为技术上的困难，还因为细胞在不断变化，不断适应。因此，基因表达几乎就像薛定谔的猫。一个混乱的概念，很难理解，但非常有

11的雾·2024-01-12 00:48

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

我们前面已经说过了单细胞marker/或者其他任意基因的热图的简单修饰（单细胞基因可视化之热图改造修饰1），仅仅是基于颜色和DoHeatmap函数的参数修饰。

KS科研分享与服务·2024-01-11 22:36

1025晨读笔记书名《阿米巴经营》

阿米巴，它最初是指一种单细胞虫子，也叫变形虫。稻盛和夫用阿米巴来指代一个核算单位，也就是指在企业里拥有明确的志向和目标、持续自主成长的独立组织。

苏小文S·2024-01-11 20:42

单细胞基础教程：跨条件整合分析

导读撰写本文的主要目的是：整合处理与对照后的PBMC（Humanperipheralbloodmononuclearcell，人外周血单个核细胞）数据集以了解细胞类型特异性反应和整合的作用。本教程介绍了来自Kang等人，2017年的两组PBMC的比对情况。在这个实验中，PBMCs被分成处理组（刺激组）和对照组，处理组使用干扰素β处理。对干扰素的应激导致细胞类型特异性基因表达发生变化，这使得对所有数

冷冻工厂·2024-01-11 14:26

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞

瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述

tzc_fly·2024-01-11 03:01

生命的演化5——真核生物的繁荣

除了病毒，单细胞便可以构成最简单的生命体。生命可以分为由细胞构成和非细胞构成两大类。非细胞构成的生命即病毒，它只有一条DNA（或RNA）长链，外面包裹着一层蛋白质。

数元·2024-01-11 01:34

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

许多生信分析，两个阵营都发展出了自己的方法，比如单细胞数据分析，R有Seurat，Python就有Scanpy。这些层出不穷的方法不断地吸引着吃瓜群众的眼球，同时也让人患上了选择困难症。到底谁优谁劣？

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

单细胞转录组数据分析||界面版数据分析工具简介

随着单细胞转录技术以及分析方法的成熟，人们基于已经成熟的命令行或编程工具陆陆续续来发出了在线分析平台和Windows（界面）工具。今天，卑微小王为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。

周运来就是我·2024-01-09 03:13

海贼王，我当定了