差异基因

【转载整合】RNAseq data的network analysis的不同做法，原理和方案

得到差异基因，需要注释一下，但只能两两比较（如：实验与对照），然后得到的结果也只是知道哪些上调哪些下调，是一个宏观的结论生物网络分析:蛋白互作（PPI）:表示蛋白之间物理联系，它们几乎占据了细胞生物过程的中心位置
Geekero·2020-05-06 09:24

TCGA_12

样本ID长，病人ID短前12位为病人ID根据表达矩阵，差异基因能做的：PCA/热图/韦恩图1.数据下载：TCGAbiolinks。非官方，较便捷。
沈住氣·2020-04-26 22:23

R包biomaRt: 转换ID、注释基因、GO通路

从我写的RNA-seq摸索：4.edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释中提取出来这部分，方便以后修改补充参考这篇1我们利用useMart(
没有猫但是有猫饼·2020-04-21 10:14

TCGA_09

GEO0.背景火山图就是ggplot2点图KEGG富集分析BgRatio（background）：该通路总基因/收录KEGG的总基因GeneRatio：输入的差异基因数中属于该通路的/输入的所有差异基因人与动物
沈住氣·2020-04-18 10:47

通过整理TCGA数据，探索某癌症的癌组织和正常组织的差异基因。

实验设计实验目的决定试验方法和途径。试验目的:获取三阴性乳腺癌的正常组织和癌症组织的基因表达差异情况，比较三阴性乳腺癌中的基因表达变化情况。试验设计:通过TCGA获取乳腺癌的RNA-seq表达数据，筛选出三阴性乳腺癌的样本，通过比较癌症和正常组织的表达差异。TCGA数据库简介一句话介绍:TCGA数据库是一个由国家癌症研究所(NationalCancerInstitute)和美国人类基因组研究所(N
superqun·2020-04-13 11:24

绘制差异基因kegg注释图

“差异基因kegg注释图”是转录组分析结果的重要组成部分，能够帮助大家了解差异基因分属于哪些代谢通路，文章中如果能够插入下面这类图来说明样品间的差异，一定会为你的文章增色不少。
组学大讲堂·2020-04-09 16:02

Metascape

打开主页，清新扑面而来：Metascape主页我愉快的提交了差异基因列表：提交基因列表
Stone_Stan4d·2020-04-08 13:27

一文掌握GO和pathway分析

原文链接：原文链接在做转录组分析的时候，如何从众多差异基因中筛选出目标基因呢?下面就以一篇文章为例，来看看用什么方法可以缩小差异基因范围，使目标基因挑选更有针对性。
caokai001·2020-04-07 01:05

你最关心的差异基因是怎么挑出来的？！

差异基因分析做基因表达分析时必然要做差异基因分析，做差异基因分析最常用的软件就是DESeq2，使用DESeq2对两组进行比较，得到显著性P-value，P-adjust值和基因间的差异倍数（FoldChange
华联科生物·2020-04-03 21:01

2020-04-02

Threehypomethylatedgeneswereassociatedwithpooroverallsurvivalinpancreaticcancerpatients5.5151.PC中DNA甲基化状态改变的DEGS的鉴定GSE62452dataset（LIMMAanalysis）与ICGCdatasets进行比较，进一步确定差异基因
吖吖雪羽·2020-04-02 17:42

GSEA分析结果详细解读

在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？
生信修炼手册·2020-03-29 09:31

GO富集分析&pathway分析

富集的原理：enrich_factor-----(某个term中出现的差异基因的个数/所有的差异基因的个数)/（term中包含的所有基因/数据库中总的基因数目）理解：（作者：高泮优）基于我们的先验知识（
风中的鱼儿·2020-03-29 08:29

一文掌握GO和pathway分析

#34904124一.GO富集GO是Geneontology的缩写，GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述，即对基因产物进行简单注释，通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能
wangprince2017·2020-03-28 10:39

2020-03-25 Excel常见格式相互转换与合并操作

我这里的文字多来自实际的科研生活需求，这里比如我们研究泛癌中的差异基因，以转录组为例，想探究一下不同癌种共有的
青蒿素2·2020-03-25 18:31

【原创】R语言实战：edgeR-RNASeq差异基因鉴定

输入数据为readcounts数据，而不是normalize之后的FPKM/TPM输入文件：第一列为基因名，2-4列为control组3个重复，5-7列为infected组3个重复#载入数据mycounts1.5,logFC即为log2foldchangge）diffSig=diff[(diff$FDR0.585|diff$logFC<(-0.585))),]write.table(diffSig
酷睿_1991·2020-03-21 18:01

R 学习 - 散点图

R学习-散点图生信宝典公众号：http://mp.weixin.qq.com/s/c2nwATMwyU_9FgLprqmQ5A散点图散点图在生物信息分析中是应用比较广的一个图，常见的差异基因火山图、功能富集分析泡泡图
檸檬糖·2020-03-20 04:12

R中使用topGO进行富集分析

已知文件如下原始文件DEG.list#差异基因listrice.map#物种注释到GO数据库的信息一般只用到上面两个文件就可以rice.map#1.blast2go软件做注释，再使用mapping2maplist.pl
奔跑的Forrest·2020-03-18 10:18

转录组分析---step1 counts分布检查

整理分享最近转录组下游分析用到的代码，包括差异基因、GO/KEGG富集、GSEA、GSVA和常用的作图，主要是在生信技能树Jimmy老师代码的基础上根据自己的习惯修改了一些，感谢Jimmy老师的海量资源和无私奉献
莎莉噢·2020-03-08 20:24

6、无重复差异基因分析（edgeR包的使用）

1）简介edgeR作用对象是count文件，rows代表基因，行代表文库，count代表的是比对到每个基因的reads数目。它主要关注的是差异表达分析，而不是定量基因表达水平。edgeRworksonatableofintegerreadcounts,withrowscorrespondingtogenesandcolumnstoindependentlibraries.Thecountsrepr
莫讠·2020-03-04 20:53

用R分析芯片实战（上）

刘小泽写于18.9.10实战上从数据下载到差异基因的获得、初步作图实战下进行富集分析，使用数据库进行注释在此感谢jimmy的limma包等教程1下载芯片数据使用FabbriniE于2015年发表在JClinInvest
刘小泽·2020-03-04 12:17

R语言练习：基于两组基因差异，循环绘制箱线图组合

进行转录组分析之类的之后，结果得到10个目标差异基因。目的：用箱线图表达每个基因在两组对象的差异水平。
小贝学生信·2020-03-02 23:07

利用GEO2R筛选差异基因及维恩图快速入门

此教程无需R语言Step1确定需要检索的芯片例如GSE33006Step2利用GEO2R分析差异基因GEO2Rhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/QuickstartSpecifyaGEOSeriesaccessionandaPlatformifprompted.Click'Definegroups'andenternamesforthegroupsofS
Fobbite0579·2020-03-01 19:19

RNAseq分析（5）：差异分析工具 GDCRNATools 安装及测试

主要功能包括：差异基因分析、生存分析、功能富集分析、内源竞争性RNA分析、lncRNA分析以及pseudogene分析等。
魚晨光·2020-02-23 21:01

single cell marker 基因数据库

根据前人研究的结果，我们已经知道许多细胞类型的marker基因，如果这些marker基因在某一个cluster中高表达或者又是它的one-to-others的差异基因，那么是不是就可以定义这个
周运来就是我·2020-02-22 05:51

转录组学数据挖掘基本方法

先跑出差异基因，然后有几个方向可以走：常规功能富集、GSEA/GSVA、PPI分析（找Hub基因）。2-WGCNA路线。通过最后那个两个维度的相关性筛选关键基因。本路线可以移植到差异分析路线之中。
Bio_Learner·2020-02-20 18:17

RNA sequencing: the teenage years名词解释

NatureReviewsGenetics.摘要：在过去的十年中，RNA测序(RNA-seq)已经成为在全转录组范围内分析差异基因表达和mRNAs差异剪接的重要工具。然而，随着
backup备份·2020-02-19 19:50

RNA_seq（1）植物转录组差异基因分析简单练习

RNA_seq植物实战Author:yujia目录：概述salmon工具完成索引建立和生物学定量subread工具完成序列比对和定量DESeq2差异基因分析总结一、概述练习数据：数据来源于拟南芥，共16
CS_yujia·2020-02-18 10:45

WGCNA分析--提升转录组测序文章档次的利器

现在做转录组测序，看看差异基因，做做富集分析，再讨论下差异基因功能与自己研究性状或处理之间的关系，最后加简单的qPCR验证，这样的数据发SCI影响因子越来越低了。必须增加新的分析内容才能有所突破。
组学大讲堂·2020-02-16 04:17

1、单基因差异分析

发现自己总是很难有个时间写些东西，最近看了许多的关于差异基因分析的文献，最给我启发的是《基因表达谱富集分析方法研究进展》这篇文章，他详述的说了对于转录组的差异基因分析的进展情况。
小白日常笔记·2020-02-16 03:19

理解差异表达与GO分析

记录跟差异基因分析相关的几个概念，主要摘自《R与Bioconductor》一书。
王诗翔·2020-02-13 23:31

STAMP

在微生态研究中，当我们做完多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组间差异分析metastats（只能用于两组之间的差异比较）、LEfSe以及STAMP等。需要两个文件。
thinkando·2020-02-11 20:24

limma的坑

按照字母排序，谁排在后面谁是分子，排在前面为分母GEO芯片分析中的大坑，差异基因完全相反！GEO的芯片分析，可以看一下这一篇。
一路向前_莫问前程_前程似锦·2020-02-09 06:36

GEO数据挖掘小尝试：（二）蛋白质互作网络分析

在上一篇文章《GEO数据挖掘：（一）寻找共同差异基因》中我们通过两个实验的数据寻找到了一些差异基因，本篇文章将对这些差异基因的互作关系进行简单的分析，用到的工具主要有String和Cytoscape.1
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-09 03:05

DESeq找差异基因+火山图

一DESeqDESeq的原理是什么以后会慢慢补坑，这次先上代码.DESeq必须用count数据！！！整理出表达矩阵，第一列为基因名，后面为count值。library(DESeq2)##要求对象必须是矩阵liver_gly2%dplyr::filter((log2FoldChange>1|log2FoldChange1|res$log2FoldChange<(-1)&res$pvalue<0.05
PriscillaBai·2020-02-09 00:49

GEO数据挖掘小尝试：（一）寻找共同差异基因

在使用Bioconductor分析芯片数据（一）中我们使用的是芯片的原始数据（即*.cel文件）进行分析，但在大部分情况下我们是可以利用GEO数据库中已有的表达矩阵来进行数据分析的。本次我们选用GSE17975数据，这是一个双通道芯片数据，研究Kawasakidisease的致病源头。但是奇怪的是作者没有上传芯片源文件（*.cel文件），因此我们直接使用表达矩阵数据进行分析。除了芯片外，我们还选择
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-08 03:40

再也不用担心Excel基因名变成日期了

前一段时间处理数据发现Excel里面的差异基因有一部分变成日期了，直接想到了之前在生信技能树看到博文。现在转发出来。听说Excel表格动了你的基因名？原创生信技能树生信技能树很简单啊，修改回来啊！！！
天涯清水·2020-02-05 11:13

R语言之生信②差异基因分析2

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2020-01-08 10:37

R语言之生信④TCGA生存分析1

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2020-01-05 07:29

R数据可视化1: 火山图

什么是火山图火山图，是形如火山喷发的一种图形展示方法，常被用于展示差异，比如差异基因、差异微生物等等。上图就是一张典型的火山图，
jlyq617·2020-01-04 22:08

Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-3-标记基因可视化

对应视频第三单元7-8讲前言将对应文章这张图（不过H这张图使用的是差异基因，是下一篇的内容；这里先用marker基因尝试一下）：
刘小泽·2020-01-04 03:10

GO富集分析（转载）

比如做两个样本对照组和处理组的转录组测序，前景基因就是对照组vs处理组的差异基因，背景基因就是这两组样本的所有表达基因。
湖红点鲑·2020-01-03 08:18

ClueGO：用Cytoscape做富集分析的插件

常见的有基于差异基因的Over-representation分析，也就是常说的GO、KEGG富集分析和Functionalclassscoring分析，如GSEA。
生信义博·2020-01-02 07:37

转录组学习三（数据质控）

软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化）转录组学习七（差异基因分析
Dawn_WangTP·2019-12-30 12:26

转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）

软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化）转录组学习七（差异基因分析
Dawn_WangTP·2019-12-28 22:05

一文解决GSEA富集分析（jave软件版本、R语言代码版本）

本文目标GSEA原理等介绍java版本的GSEA运行示例纯R版本的GSEA运行示例第一部分GSEA原理等介绍GSEA分析介绍富集分析一般到最常见的是GO/KEGG富集，其思路是先筛选差异基因，然后对差异基因进行
柳叶刀与小鼠标·2019-12-28 08:29

这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

本文整体思路简单锊了锊，大概如下：1、下载ICGC数据库的甲基化数据和TCGA数据库的RNAseq数据2、分别筛选差异甲基化位点和差异基因3、紧接着使
vegene·2019-12-27 12:22

GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读（宫颈癌） TCGA GEO

1.芯片数据差异基因及注释分析结果作者在GEO数据库中找到宫颈癌相关的基因芯片数据：GSE63514，其中，包含28个宫颈癌样品和24个正常样本的基因芯片表达数据，通过
组学大讲堂·2019-12-27 10:01

R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-23 04:45

R语言之生信⑥TCGA生存分析3

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-23 04:30

哈佛DEG课程--1.差异分析的设置和概述

DGE_setup_and_overview.html（今天状态不佳，加上统计学基础不怎么样，如有错误请指出，我将在中更新）学习目标解释实验及其目标描述如何在R中设置RNA-seq项目描述RNA-seq和差异基因表达分析工作流程解释为什么负二项分布用于模拟
小洁忘了怎么分身·2019-12-22 10:00
上一页 1 2 3 4 5 6 7 8 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他