测序质控第10页

2021-05-25 picard和beagle软件使用过程中遇到的各种问题

主要引用为：【原创文章】辣椒BSA分析对数据进行质控、去重、索引等预处理的几个姿势（https://www.baishujun.com/archives/7191.html）！

AsuraPrince·2023-12-03 14:54

转录组测序3-序列基因组比对

纪伟讲测序·2023-12-03 11:32

Sanger测序峰图矢量图的导出

Fig1.pngA3纵向：~126nt碱基横向：~180nt碱基A4纵向：~87nt碱基横向：~126nt碱基A5纵向：~59nt碱基横向：~87nt碱基B4纵向：~108nt碱基横向：~156nt碱基B5纵向：~74nt碱基横向：~108nt碱基Executive纵向：~76nt碱基横向：~112nt碱基Statement纵向：~56nt碱基横向：~91nt碱基信纸纵向：~90nt碱基横向：~1

佳名·2023-12-03 08:48

deepTools 的使用（二）

质控ToolsforQCplotCorrelation此工具基于multiBamSummary或multiBigwigSummary的输出文件。

上校的猫·2023-12-03 08:34

GEO数据库下载

GEO（GENEEXPRESSIONOMNIBUS），https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建维护的，是个公开的基因数据库，包含了测序和芯片数据

翾格格·2023-12-03 00:12

2019-07-09

宏基因组：宏基因组研究以环境中所有微生物基因组为研究对象，通过对环境样品中的全基因组DNA进行高通量测序，获得单个样品的饱和数据量，基于denovo组装进行微生物群落结构多样性，微生物群体基因组成及功能

YX_Andrew·2023-12-02 22:47

病原微生物高通量测序数据分析笔记

https://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html

生物信息与育种·2023-12-02 12:37

计算机网络——数据链路层

目录一、数据链路层的基本概念（一）数据链路层的概念（二）帧（三）数据链路层分为哪两个部分（1）LLC（逻辑控制访问）（2）MAC（介质控制访问）（四）数据链路层的两种传输方式二、数据链路层的通信协议（一

蒋劲豪·2023-12-02 11:45

全外显子组数据分析笔记（二）：数据质控

先来熟悉一下数据人的全外显子组数据，为了增加深度测了两个lane。drwxr-xr-x4huangsiyuangrp3220Oct1709:18CL100072545_L01_44/drwxr-xr-x4huangsiyuangrp3220Oct1114:56CL100072545_L02_44/huangsiyuan21:21:01~/learn_wes/data_ren$lsxCL100072

TOP生物信息·2023-12-02 06:36

MAGIC||利用流形学习还原单细胞的基因表达

单细胞转录组测序数据由于测序技术的问题，常常难以捕获到低表达的基因，从而出现大量的零值，这些零值通常被称为“dropout”。

生信编程日常·2023-12-01 21:15

2020-07-31

这些缺口通常包含重复的DNA片段，非常难以测序，但是这些重复片段却是控制人类遗传信息变异最丰富的区域之一，可能隐藏着理解人类生物学

TOM_5462·2023-12-01 14:25

如何绘制带置信区间的物种积累曲线

背景稀释曲线（Rarefactioncurves）是从样品中随机抽取一定测序量的数据（序列条数），统计它们所对应的OTUs种类（代表物种），并以抽取的测序数据量与对应的代表OTUs来构建曲线。

不想当厨子的裁缝不是好司机·2023-12-01 13:36

SaaS模式C/S检验科LIS系统源码

从检验申请、标本编号、联机采集、中文报告单的生成与打印、质控图的绘制和数据的检索与备份。通过将所有仪器自身提供的端口与科室LIS系统中的工作站点连接,实现与医院HIS系统的对接。

星辰大海里编程·2023-12-01 13:50

Seurat24节气之10夏至---整合方法merge()与IntegrateData()

随着单细胞测序技术的成熟，越来越多的研究者选择应用该技术来阐释手上的生物学问题。同时单细胞也不再是单样本单物种单器官的技术，往往会用到多样本整合分析的技术，这方面Seurat团队是最值得关注的。

Seurat_·2023-12-01 12:48

2022-04-28

day7测序技术知识——罗wb测序技术原理及平台.png测序技术原理及常用数据格式简介（*****）https://mp.weixin.qq.com/s/zPa2G5gzl-sTFAi-qAzbvA各测序技术的参数及特点微信图片

婉_870f·2023-12-01 12:03

基因组浏览器使用 (EPGG)

基因组浏览器是高通量测序分析的一个重要的可视化工具。

生信宝典·2023-12-01 11:53

植物发育过程中，如何驱动共生微生物组的动态变化？

期刊《Microbiome》影响因子14.65近期，派森诺与中国科学院生态环境研究中心、中国科学院大学合作，又双叒在《Microbiome》发表论文，通过扩增子测序和宏基因组测序等方法，研究了植物发育过程中微生物群落与气候

felix108·2023-12-01 07:01

Tools:aspera上传数据到SRA数据库

注意：第6步，文件名，测序是R1和R2这种，把R1和R2放在同一行，最后面一栏filename，filename2分别填写R1和R2的完整文件名。上传数据到数据库。选择

wo_monic·2023-11-30 22:17

学习小组Day7笔记—白兔儿溜溜

测序知识基因测序技术的发展历史一、二、三代测序基因测序技术.png二代测序大体流程现在的测序平台基本都是illumina公司出品的。

白兔儿溜溜·2023-11-30 15:24

如果我是高责

高责（5年以上）重点描述你是高责的话，你会从哪些方面加强质控如果我是高责的话加强质控如下几点：1、根据管床护士能力分管病人；除了负责自己分管病人外，对于初级护士管的工作质量监控；2、要对整个病区病人的病情要了解

a497ca9b6778·2023-11-30 15:53

【现学现卖】宏基因组数据与深度学习

现在测序技术发展快速，序列数据越来越多，NCBI中SequenceReadArchive(SRA)数据库中的reads成倍地增长。

乔伊nikkie·2023-11-30 13:34

甲基化-全基因组甲基化测序WGBS & RRBS

回顾表观基因组中5mC(DNA甲基化)概述：在甲基转移酶的作用下，DNA序列中的胞嘧啶(C)5`碳位结合一个甲基基团形成5`-甲基胞嘧啶的现象。DNA甲基化检测技术包括：基于Bisulfite转化的检测技术、基于限制性内切酶的检测技术、基于免疫共沉淀的检测技术。基于Bisulfite转化的检测技术通过亚硫酸氢盐将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T，而有甲基化修饰的C碱基则

b2ad98a9e7bd·2023-11-30 08:43

隐马尔可夫模型笔记

1.定义隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状态序列，再由各个状态随机生成一个观测而产生观测序列的过程。

MusicDancing·2023-11-30 03:50

跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应

KS科研分享与服务·2023-11-30 02:34

单细胞测序文献解读-拟南芥根系单细胞测序揭示根系细胞发育轨迹

单细胞转录组测序作为区别于传统Bulk-RNA测序的新兴技术，更好的解决了传统研究中存在的细胞异质性问题，为细胞类型鉴定及新细胞类型发现、细胞发育轨迹和功能分析等提供了良好的解决方案，已广泛应用于人类和动物研究

felix108·2023-11-29 23:18

学习小组Day7笔记--阿星

学习小组Day7测序和组学思维导图.png测序和组学1.测序重点关注三代测序的原理和优缺点2.组学初步了解基因组学和转录组学的意义和应用场景3.七天总结这七天用最快的方法入门和学习了生信的核心内容。

阿星爱小羊·2023-11-29 23:51

转录组学习第四弹-数据质控

数据质控将SRR转为fastq之后，我们需要对fastq进行质量检查，排除质量不好的数据1.质量检查，生成报告文件ls*fastq.gz|whilereadid;dofastqc$id;done并行处理

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 19:20

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）

XXX.sam文件4.构建bam文件的索引（可选）5.进阶（我这里使用的虚拟机是vmwarewokstation，版本16.0.0，linux系统是ubantu64位，版本20.04.3）上一章我们做了质控分析

呆猪儿·2023-11-29 18:50

转录组测序学习第二弹

安装软件前面已经安装好了conda，那么我们现在需要安装我们后续需要用到的软件1.先进入我们前面建立的虚拟环境中condaactivatemy_env2.安装软件condainstall-ysra-toolscondainstall-ytrimmomaticcondainstall-ycutadaptmultiqccondainstall-ytrim-galorecondainstall-ysta

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:50

2020转录组RNA-SEQ上游分析

conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在

super_qun·2023-11-29 18:20

不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组测序分析流程

下边上干货.1.分析流程：2.分析步骤2.1数据预处理，质控过程，与有参考的转录组分析一致2.2UniGene拼接目的：将预处理后reads进行拼接，得到拼接结果。

师敬超·2023-11-29 18:49

转录组学习第5弹-比对参考基因组

比对参考基因组在构建文库的过程中需要将DNA片段化，因此测序得到的序列只是基因组的部分序列。

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:12

室内质控室间化系统使用说明

一、使用须知1、本系统为参加室内质控室间化比对的用户提供，只对会员开放，不对外注册。2、质控品统一配置发放；统一批号。

Julianne_zhang·2023-11-29 16:01

计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSS

DSS(DispersionShrinkageforSequencingdata)，为基于高通量测序数据的差异分析而设计的Bioconductor包。

黄晶_id·2023-11-28 16:39

基因组组装练习

20211108211549.pngimage.png从SRA数据库上用prefetch下载该文件image.pngimage.pngFastq-dump解压；image.pngimage.pngFastqc质控

月时有青天·2023-11-28 05:54

RNA-seq分析流程

/-t1/public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz/public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz合并质控结果multiqc

chaos_z·2023-11-28 04:17

bioinfo100-第13题-从双序列比对开始学起

经过我们之前的12个问题，我们对Illumina测序的原理，测序的储存模式，测序数据的质控已经有了一个比较清楚的认识。那么我们今天就开始用接下来的若干次提问来学习与比对有关的知识。

RachaelRiggs·2023-11-28 04:12

HMM基础

三、HMM的3个问题（一）概率计算／评估------likelihood给定模型参数以及观测序列，求当前模型参数下生成给定观测序列的概率。图3.1likelihood问题1、穷举法图3.2穷举法2

cherryleechen·2023-11-27 16:06

R语言实现OTU表的抽平分析

相信大家平常在16sRNA测序后，一般都会对测序数据划分后生成的OTU表进行抽平，保证保证样本测序序列的均一性。那么今天就来讲一下如何使用R语言来实现对OTU表的抽平分析。1抽平是什么？

fafu生信小蘑菇·2023-11-27 13:03

408计算机网络学习笔记——3.5随机访问介质控制（2）

随机访问介质控制ALOHA协议纯ALOHA协议思想：不监听信道，不按时间槽发送，随机重发。（想发就发）纯ALOHA协议的每个节点在任何时间都可以发送数据。此处的T0既包括传输时间，也包括传播时间。

青韶意·2023-11-27 08:38

混合（Pooling）样本测序研究

1.混合测序基础测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用研究来说还是很高，动不动就上百群体，小小植物个体价值又低，测完了很可能后面就用不到了。这时，混合样本测序是一种省钱的好办法。

生物信息与育种·2023-11-26 19:46

python检测序列中的元素是否满足严格升序关系

方法1deflessThan1(seq):forindex,valueinenumerate(seq[:-1]):ifvalue>=seq[index+1]:returnFalsereturnTrue方法2deflessThan2(seq):func=lambdax,y:x

el psy congroo·2023-11-26 07:02

这篇11分文章还留了个宝藏给你

11.878)的一篇文章，“Anatlasoftheaginglungmappedbysinglecelltranscriptomicsanddeeptissueproteomics”，本文通过联合单细胞转录组测序技术和蛋白质谱去分析了衰老对小鼠肺组织细胞活性的影响

科研菌·2023-11-26 06:41

基因组在动物的实际应用综述

•也可能会出现从基因型微阵列到测序的转变。摘要许多牲畜物种的高维基因组信息的获取正在加速。这不仅得益于基因分型成本的持续降低，而且还得益于利用基

Hello育种·2023-11-26 05:17

qRT-PCR相对定量计算详解qPCR相对定量计算方式——2^-(∆∆Ct) deta t

做完转录组分析之后，一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。

生信小博士·2023-11-25 15:01

LoRDEC 利用二代数据纠错PacBio 数据

LoRDEC是一个利用二代测序短序列reads矫正三代测序长reads的工具，利用准确度高的NGS数据构建deBruijnGraph（DBG）对三代长Reads进行纠错，适用于PacBio和Oxford

迎着阳光走·2023-11-25 11:18

生信课程笔记12-负二项分布与测序

随机变量随机试验的样本空间为Ω，如果对于每一个样本点ω∈Ω，有一个实数X(ω)与之对应，这样得到一个定义在Ω上的单值函数X=X(ω)，则称X(ω)为随机变量，简记为X。也就是说，随机变量X是一个从Ω到实数域R的函数，它的定义域为Ω，它的值域X(Ω)为R或R的一个子集。通常用X,Y,Z表示随机变量，用x,y,z表示随机变量的取值。引入随机变量是为了将随机试验数量化，便于对其规律性进行研究。例如，随机

果蝇饲养员的生信笔记·2023-11-25 10:06

NC：樊嘉/杨欣荣合作团队等报道单细胞测序解析肝癌循环肿瘤细胞的时空异质性和免疫逃逸新机制

2021年07月02日，Naturecommunications在线发表了复旦大学（中山医院）肝癌研究所樊嘉院士、杨欣荣教授团队与深圳华大生命科学研究院合作的最新成果DissectingspatialheterogeneityandtheimmuneevasionmechanismofCTCsbysingle-cellRNA-seqinhepatocellularcarcinoma。论文通过单细胞

尐尐呅·2023-11-25 07:54

群体结构分析 | Pophelper 的“平替版”

基于重测序数据的群体结构分析，很多时候，我们会用一款软件，即Admixture（替代传统的Structure，后者太慢了）。输出的结果可视化，才能方便下游分析。

生信石头·2023-11-25 07:46

GoF 创建型单例模式

单例模式的本质控制实例的数量单例模式的范围一个ClassLoader加载的是一个实例，多个ClassLoader就算装载的类是单例也会产生多个实例。单例模式的应用全局唯一实例。缓存（空间换时间。

歌哥居士·2023-11-25 06:05

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