测序质控第13页

第十六章隐马尔科夫模型

文章目录简介概念随机变量与随机过程马尔可夫链隐含马尔可夫模型两个基本假设三个基本问题算法观测序列生成算法概率计算算法前向概率与后向概率前向算法后向算法小结概率与期望学习问题监督学习方法Baum-Welch

小酒馆燃着灯·2023-11-03 05:19

生信搬运工-03-测序文件格式介绍

生信搬运工-03文章目录一、Peak文件介绍1.NarrowPeaksFormat2.BroadPeaksFormat3.GappedPeaksFormat二、Macs2peakcalling实战三、测序常见文件格式

奈良家の小鹿·2023-11-03 04:20

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-03 04:45

NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[4] - bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式

4]-bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式4.bed格式5.Wiggle/Bigwig/bedgraph格式5.1Wiggle/Bigwig5.2BedGraph格式系列文章：二代测序方法

hucy_Bioinfo·2023-11-03 04:45

Seurat对象数据结构整理-1

@data:原表达矩阵通过NormalizeData()归一化消除测序文库差异（对于每个细胞，将每个基因的表达量除以该细胞的所有基因表达量之和，然后乘以一个scale.factor,之后以自然对数进行转换

Nh_code·2023-11-03 01:06

转录组分析（五）--王通老师讲解

19tophat(二)具体演示（重中之重来了）A为对照组，B为处理组，A和B都采用illumina测序，reads读长分别为70bp，插入片段大小为200bp，reads之间的距离为200-70-70=

不如好好学生信吧·2023-11-02 20:40

生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用

High-throughputchromosomeconformationcapture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段相互作用的实验技术1.2Hi-C目的了解核内染色质的三维构象、获得细胞核内空间位置非常接近或存在相互作用的染色质测序片段更好

生信卷王·2023-11-02 20:06

无题

2018.5.23星期三晴亲子日记（45）今天下午全院三级护理质控，分管院长同行，要求按三甲标准严格把控，直至六点半才全部检查完。拖着疲惫的双腿，回家时已经七点多了。

昊霖妈妈·2023-11-02 19:43

相逢一笑：人生的三个能量层级

第二个层级，叫做「内修」：开始了舍外求内，逐步脱离部分物质控制，有意识地选择放下一些，开始回归到身体本质层面，明白身体是修行的根基，开始爱自己，花精力去修复还原自我的身体和心灵！这些人已经懂得了

相逢一笑307·2023-11-02 17:52

2020.8.26丨代谢组测序产品概述

背景介绍4个层次的组学技术代谢物可以反馈调节上游文章发表现状代谢物定义：分子量小于1000的小分子代谢组学：检测生物体内的小于1000分子量的代谢物进行定性定量分析检测方式色谱技术-物质分离GC：气相色谱LC：液相色谱质谱技术-物质鉴定当遇到分子量相同的物质会打碎分子，进行二级质谱色质联用仪器平台公司选择平台比较代谢组研究流程研究流程图应用方向农学生长发育、胁迫响应、免疫互作、突变表型营养成分、活

穆易青·2023-11-02 17:50

代谢组测序产品概述

背景介绍4个层次的组学技术代谢物可以反馈调节上游文章发表现状代谢物定义：分子量小于1000的小分子代谢组学：检测生物体内的小于1000分子量的代谢物进行定性定量分析检测方式色谱技术-物质分离GC：气相色谱LC：液相色谱质谱技术-物质鉴定当遇到分子量相同的物质会打碎分子，进行二级质谱色质联用仪器平台公司选择平台比较代谢组研究流程研究流程图应用方向农学生长发育、胁迫响应、免疫互作、突变表型营养成分、活

wangchuang2017·2023-11-02 16:14

质量管理三个概念：QC、QA和QM，你能分得清吗？

1、产品早期的质量管理（工业化雏形期）侧重于对终产品的检测、测试，即QC（品质控制）时代。

几口肉·2023-11-02 14:57

关于Fastq格式的一些想法

FASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。

Better_man1·2023-11-02 13:20

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞RNA测序数据集

QomolangmaH·2023-11-02 05:04

## 单细胞文献14-单细胞测序揭示人肝驻留免疫细胞的异质性

Single-cellRNAsequencingrevealstheheterogeneityofliver-residentimmunecellsinhuman，2020年6月发表在CellDiscov，去年影响因子：6.255，现在是：10.849，这个杂志这两年接收了大量单细胞测序的文章

土豆学生信·2023-11-02 02:42

【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第10讲分子生物学操作技术

核酸的凝胶电泳7.1.2细菌转化(transformation)7.1.3聚合酶链式反应(PCR)技术7.1.4实时定量PCR(realtimequantitativePCR，Q-PCR)7.1.5重亚硫酸盐测序技术

taotaotao7777777·2023-11-01 21:05

谈思生物医疗直播 | 霍德生物研发中心负责人王安欣博士“iPSC衍生神经细胞产品全悬浮自动化工艺及特殊质控方法开发”

iPSC通过人体来源的终端体细胞重编程而来，其衍生细胞产品的生产与质控面临着诸多挑战，但也解决了许多自体细胞治疗的不稳定性和高成本等产业化难点。

TaasLabs·2023-11-01 11:56

R包pheatmap绘制热图

前言:欢迎关注微信公众号：生信天团本文微信连接：R包pheatmap绘制热图此文参考自B站孟浩巍的系列视频[1]代码，利用个人测序数据绘图，现学现卖，不足之处，请多指教；1.pheatmap热图解读：文件输入为矩阵

谢俊飞·2023-11-01 10:19

R语言实现Alpha多样性指数的计算

不过你可能会说，这个不是测序公司都计算好了吗，而且还可以用qiime软件，为啥还要使用R，因为有些测序公司并没有帮你抽平，再一个我使用R语言比较多，如果你会使用其他软件当然更好。欢迎你与我分享一下。

fafu生信小蘑菇·2023-11-01 06:12

WGBS vs RRBS

为什么使用亚硫酸氢盐测序法?基于NGS的DNA甲基化分析的目的是研究基因组DNA，发现基因组中单个胞嘧啶或整个区

生信start_site·2023-11-01 03:21

关于call SNP无变异位点的解决方法

zaohongsource/gss1/env/bwa_v0.7.17.envbwaindexref.fastasamtoolsfaidxref.fastasource/gss1/env/picard.env#数据质控

17号小行星·2023-11-01 01:22

Jellyfish-2的安装与使用

计算输入的基因组数据（fasta）、测序数据（fastq）等，长度为k的DNA序列的频数分布。相当于把input当作一个很大的集合，kmer就相当于一个子集，去遍历整个集合。

陈有朴·2023-10-31 23:46

随机森林与人工神经网络联合诊断心衰模型的构建与分析

近年来，随着基因测序技术的进步和进步，人们发现了更多与心力衰竭相关的基因。利用基因表达综合(GEO)数据库中现有的基因表达数据

科研侠·2023-10-31 14:38

第六期Day7笔记--徐沫沫

徐沫沫·2023-10-31 08:35

10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理

在这里，使用10X单核RNA测序(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据（单

单细胞空间交响乐·2023-10-30 23:09

跟着Nature学作图 | 质控箱线图

跟着Nature学作图|质控箱线图不知道为啥，的图怎么老挂。原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/4Js4BczzLTCesb45fndePA[图片上传失败...

木舟笔记·2023-10-30 22:30

生命的层次

标签：恐惧焦虑贪婪自私愤怒冷漠羞愧内疚自责悲伤轻狂傲慢自以为是第二层开始了舍外求内，逐步脱离部分物质控制，有意识的选择放下一些，开始回归到身体本质层面

惠质风清·2023-10-30 11:27

基因组denovo测序与meta联合分析

在生物进化的过程中，动植物和微生物存在互利共生的关系，如人肠道菌群的微生物。物种的不断进化，菌群的变化对物种的免疫功能、生长状态也有着巨大的影响。已有研究表明，利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究，发现了50多种新的细菌，这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。此外，在土壤、海洋和一些极端环境中也发现了许多新的微生物种群和新的基因或基因簇，通过克隆和筛选，获得了新的生理活性物质，包括抗生素、酶以

花生学生信·2023-10-30 11:19

DNA甲基化数据分析(二)

DSS是一个R包，对基于计数的测序数据进行差异分析。它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DML/DMR）。

杨博士聊生信·2023-10-30 10:21

三维基因组 | 棉花《Nature Plants》 2018

目前基因组测序获取了大量物种的染色体的一级结构（通俗讲DNA序列），对于基因功能研究起到了重要的作用，但染色体的高级结构（3D结构）对于基因功能研究也是不可或缺的。下面小编介绍一讲3D结构

生信师姐·2023-10-30 07:53

了解大数据时代的生物信息

早上赵老师介绍了测序技术的发展历程，我们了解到一代的基因测序设备并不完善，因此二代在此基础上研发出较多设备帮助人们去进行研究，现在的三代已有了较多的仪器，能够测得更多的基因序列，具有很高的准确度。

青山见我_11fa·2023-10-30 07:00

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html摘自原文：在这篇工作流程文章中，我们通过分析来自小鼠乳腺的RNA测序数据

程凉皮儿·2023-10-30 05:34

高通量测序技术与转基因分子特征

高通量测序技术与转基因分子特征以下文章来源于核酸检测科学前沿，作者hsjsqy20近年来，随着测序技术的发展，基于高通量DNA测序技术的转基因植物分子特征分析为精准解析转基因植物的分子特征提供了新的思路

天明豆豆·2023-10-29 16:24

转录组从下机数据到GO、kegg、GSEA

/data#以下内容运行目录~/disk/lyb/data/#1.质控fastqc*.fq.gz-t8

wo_monic·2023-10-29 13:55

202310-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream

MetaPhlAn4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具，它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。

小果运维·2023-10-29 11:03

2021-12-10

本文作者使用单细胞RNA测序的方法，分析了35个早期NSCLC病变中的36

图灵基因·2023-10-29 09:18

HIFISAM 组装

hifiasm是一个能有效利用PacBioHiFi测序技术，在分型组装图(pahsedassemblygprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。

笺牒九州的怪咖·2023-10-29 07:32

生信课程笔记8-序列特征和基因模型

基因模型被定义为基因产物的描述，包括来源于计算预测、mRNA测序或遗传特征的基因产物。该基因特征旨在近似覆盖该领域的工作者认为是基因的核酸区域。

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-29 07:34

工作流开源系统--DRAKE

包括下一代测序技术(NGS)打开了数据分析的空间，生物学成为数据密集领域，越来越多的生物数据需要通过复杂的计算工具（集群、云端和网格计算）进行NGS处理和分析。

袁一白·2023-10-29 05:03

20210520【生信星球】-测序知识

测序知识.png参考：illumina公司原理介绍密码：bxsry4文章《测序的世界》初涉测序名词结构化测序技术原理及常用数据格式简介第三代测序[图片上传中...

我就是那只猪脚·2023-10-29 04:14

斯坦福科学家在 GitHub 开源了莫德纳 mRNA 新冠疫苗的基因测序

转自：机器之心在世界范围内，RNA疫苗已经成为应对疫情的关键工具。辉瑞、莫德纳等生物科技公司也早早地推出了自己研发的新冠疫苗。随着疫苗接种范围的扩大，这些疫苗中的mRNA正在成为人类世界中的新物种。因此，我们有必要加深对它们的了解。近日，斯坦福大学的几位科学家在GitHub上公布了一份包含莫德纳新冠疫苗mRNA序列的新文件，或有助于增加我们对该疫苗的了解。GitHub链接：https://gith

开源前哨·2023-10-29 03:06

单细胞测序--Seurat标准流程

单细胞测序--Seurat（上）--创建对象和数据预处理参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/134124866需要这三个文件：1）barcodes.tsv：样本中所有的细胞的条码

Seurat_Satija·2023-10-29 01:16

简短介绍下如何用GCE确定GWAS阈值

GWAS大家都很熟悉了，随着目前越来越多的重测序文章的发表，可见如今SNP数据是非常的丰富，以及GWAS也发展了15年了，如今到了一个后GWAS时代。

只看不写_nathan·2023-10-28 23:57

在线作图|你不知道的绘制带聚类树的堆叠柱状图的方法

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。imageQue

维凡生物·2023-10-28 23:28

Chip-seq简介

与蛋白质的相互作用，首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体，然后用蛋白特异性的抗体，通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体，然后洗脱蛋白质，得到与目的蛋白结合的DNA片段，将富集到的DNA片段进行上机测序

生信修炼手册·2023-10-28 16:54

Chip-seq分析笔记

.创建环境chipseq2.chipseq环境下安装软件三、具体分析步骤1.数据来源2.下载数据并重命名3.fastq文件转换（--sra-id此步骤把SRR的名称改掉，加快运行速度，速度非常快）4.质控

xsq420281·2023-10-28 16:50

医院上线单病种上报接口及质控管理的必然性

为什么说单病种质控管理很重要？为什么说单病种上报及质控管理，必须使用接口系统？国家平台直报与接口系统对比单病种上报数据将如何应用于医疗大数据分析，是不少医院在单病种质控通知发布之初，一直担忧的问题。国

kamille123·2023-10-28 15:00

如何保障单病种上报的填报效率、质量监控及数据安全

随着医院对上报流程与内容的逐步熟练，质控管理的需求开始凸显并占据主要地位，同时为了能更好地适应国家平台的频繁变化，陆续有医院将目光投向了接口通过前置机上报。