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测序
生信技能树《GEO数据框挖掘》笔记
1.通读文献阅读及规律这一块儿主要就是在你感兴趣的文章里,找到其
测序
信息的GSE号,在GEO数据库中直接检索该文件号。2.了解GEO数据库比如我们对GSE42872这个
测序
结果比较感兴趣,我们现在GE
鹿枫堂
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2024-01-30 04:14
StatQuest学习笔记16——t-SNE
46节,它的主要内容是t-SNE,t-SNE是一种对复杂数据的降维分类方法,我最初知道这种方法是在接触质谱流式细胞仪CytoTOF的时候,当时的很多文献对细胞的分类方法都是采用t-SNE,现在很多单细胞
测序
类文章也会使用
backup备份
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2024-01-29 19:33
[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释
后来高通量
测序
时代,又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。
巩翔宇Ibrahimovic
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2024-01-29 14:11
RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2
区别主要在于一个是计算芯片探针给出来的结果,而DESeq2是基于NGS
测序
结果中Readcounts来计算差异表达,根据输入数据的不同,我们对比一下做法。
90066456ace6
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2024-01-29 12:48
无标题文章
二代
测序
数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明标签:_生信工具,_
测序
数据质控及评估二代
测序
数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明当我们拿到二代
测序
数据后,第一件事肯定就是要查看一下
测序
质量的好坏了
星空_2739
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2024-01-29 08:36
反思录2021-08-01
今天事情安排得有点太多,临时又收到
测序
数据,有点焦头烂额,根本忙不过来。专注最重要的事情,少就是多。今日反思:给自己安排的事情偏多了,慢下来,专注。
考拉王的桉树
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2024-01-28 20:49
NGS 数据mapping 算法简介
简介取得
测序
序列信息后,在有参考基因的情况下我们通过Mapping到参考基因组进行后续分析;没有则重头拼接序列。一般而言,基因组的组装将比readalignment消耗更多的计算资源。
茄子_0937
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2024-01-27 20:06
学习小组DAY7笔记--路超杰
思维导图高通量
测序
二代
测序
的专业名词flowcell:
测序
反应的载体/容器,1个flowcell有8个lanelane:
测序
反应的平行泳道,试剂添加、洗脱等过程的发生位置tile:每次荧光扫描的位置,肉眼是看不到的双端
测序
Imimp
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2024-01-27 01:24
一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程
转录组
测序
的最直接目的,就是设法寻找组间显著表达变化的基因,解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。
纪伟讲测序
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2024-01-26 12:20
2020-05-04 eigenMT
这种校正方法虽然准确,但对于大规模队列
测序
/大样本
测序
,需要数天到数周的高计算成本。与其相比,我们的方法减少了数量级的计算负担,同时保持了较高的精度。为了做到这一点,我们
程凉皮儿
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2024-01-26 04:16
2022-06-23
单细胞RNA
测序
的研究表明,总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而,目前为止,还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期,美国安德森癌症中心
图灵基因
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2024-01-25 21:45
WGVD:小麦基因组变异与选择信号数据库 | CNGBdb收录数据库推荐
随着完整的小麦参考基因组的发布以及下一代
测序
技术的发展,来自面包小麦及其祖先的大量基因组数据已经产生,并为小麦遗传学研究提供了基因组资源。
尐尐呅
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2024-01-25 21:50
单细胞
测序
笔记1:数据读取
(一)准备工作我们先向R中安装如下包以确保准备工作的完成install.packages("BiocManager")BiocManager::install("mulltest")#似乎只有Bioc里面才能安装mulltestif(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install.packages("dpl
陈天白
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2024-01-25 11:37
r语言
程序人生
高分文章热门
测序
结果验证方法,解决你的选择困扰
随着
测序
技术的发展和应用的普及,研究者们在拿到大量的
测序
结果后,面临的困扰是怎样选择合适的结果验证策略。在这里,我们一起来了解一下高分文章中有哪些热门的验证方法吧,总有一种适合你。
ee00dc6faab7
·
2024-01-25 09:26
240124学习记录:查看/提取bam文件的reads
BAM文件(BinaryAlignment/Mapfile)是一种常用于存储
测序
数据的二进制格式。它主要用于存储DNA
测序
数据的比对(alignment)信息。
丁优雅ya
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2024-01-25 05:22
dyouya的生信相关
小D的Linux日记
linux
基因组与转录组,深入挖掘基因表达信息--02
本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”(A.chinensis)的基因组进行
测序
分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物
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2024-01-24 23:12
深度学习-循环神经网络-RNN实现股价预测-LSTM自动生成文本
序列模型(SequenceModel)基于文本内容及其前后信息进行预测基于目标不同时刻状态进行预测基于数据历史信息进行预
测序
列模型:输入或者输出中包含有序列数据的模型突出数据的前后序列关系两大特点:输入
小旺不正经
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2024-01-24 16:55
人工智能
深度学习
rnn
人工智能
基因组评估软件gaep
基因组组装评估指标基因组评估软件geap,overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代
测序
以及转录组
测序
数据
花生学生信
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2024-01-24 08:17
Day17
今天有一件高兴的事:拿去
测序
的样本全部质检合格,明天交完上机检测表就可以
测序
了,两周左右就能拿到结果。加油!不负韶
Lucky_笑
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2024-01-24 06:11
学习小组Day7笔记--WX
测序
知识特别鸣谢:@公众号:生信星球豆豆&花花老习惯,先来张思维导图~Day7-
测序
知识再补充些Illumina二代
测序
技术中涉及到的名词~flowcell:
测序
反应的载体/容器,1个flowcell有
xiaoxiaomiya
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2024-01-24 04:29
2021-11-26
丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:珍奇IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析,从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态;通过
测序
将免疫细胞的单细胞
图灵基因
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2024-01-23 22:41
数模---灰色预测模型python代码模板
data,num_prediction):"""GM(1,1)灰色预测模型:paramdata:原始数据序列(一维NumPy数组):paramnum_prediction:需要预测的步数:return:预
测序
列
Faelan.
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2024-01-23 21:31
python
numpy
开发语言
难过的2021年尾
这几天感觉心情就像过山车一样,突然一下西安的疫情紧张起来了,通过官方报道是巴基斯坦境外输入,东莞的确诊和西安确诊者基因链
测序
一样。
转角遇到你
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2024-01-23 19:40
南京疫情之感
南京市疾控中心副主任丁洁27日通报,本轮南京发生的疫情中,一直在对病例进行基因
测序
,从完成的病例看,结果显示为德尔塔毒株。
ddc9033275cf
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2024-01-23 16:40
Linux系统下TASSEL5.0的安装及使用
之前做SSR标记和简化
测序
都是用的桌面化的TASSEL进行运算,对于做关联分析的初学者非常简单,十分好入门。
种地的pele
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2024-01-23 16:57
TensorFlow框架(6)之RNN循环神经网络详解
RNN的主要用途是处理和预
测序
列数据。全连接的前馈神经网络和卷积神经网络模型中,网络结构都是从输入层到隐藏层再到输出层,层与层之间是全连接或部分连接的,但每层之间的节点是无连接的。
AI小白龙*
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2024-01-23 15:06
tensorflow
rnn
人工智能
深度学习
神经网络
python
cnn
如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化
我们知道一般做表达谱数据分析之前,第一步就是对我们的表达矩阵进行标准化(归一化),去除由于
测序
深度,或者荧光强度不均一等原因造成的表达差异。
生信交流平台
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2024-01-23 15:26
一文解决单细胞亚群注释的所有问题
单细胞
测序
技术是近十年最火爆的生物学技术之一,它赋予
生信宝库
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2024-01-23 09:42
3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study
该技术利用高通量
测序
技术,对大量样本进行转录组
测序
,并通过对
测序
数据进行分析,识别与特定表型或疾病状态相关的基因和转录本。3'aT
m1chiru
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2024-01-23 09:23
人工智能
标准化方法
转录组
测序
采取的打断基因序列获得基因
测序
的片段,再将reads比对到参考基因组上,并对读序定量,因而最初的表达矩阵是读序数。那么,当需要对样本进行差异分析时,就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy
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2024-01-23 02:43
生物信息学导论-北大-新一代
测序
NGS:转录组分析RNA-Seq 1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤:Real-TimeQuantita
陆沙
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2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
【科研集市】一文带你读懂Hi-C(附高分文献汇总)
High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获(Chromosomeconformationcapture,3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高通量
测序
技术
d5c9c866171f
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2024-01-22 22:29
7-1 堆栈操作合法性 (10分)
输入格式:输入第一行给出两个正整数N和M,其中N是待
测序
列的个数,M(≤50)是堆栈的最大容量。随后N行,每行中给出一个仅由S和X构成的序列
超好的小白
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2024-01-22 21:01
津恩一家亲,携手抗疫情
当晚,天津疾控对其中两名确诊病例新冠病毒全基因组
测序
确认为奥密克戎变异株。这也是中国本土新冠疫情(香港、台湾地区除外)中,首次与新冠奥密克戎变异株正面交锋。这20个阳
精进的医生
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2024-01-22 21:41
Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
当进行元基因组学研究时,研究者通常会涉及到以下三个数据类型,每个都有其独特的角色和应用:Reads(读数):定义:Reads是从原始
测序
数据(例如Illumina
测序
的FASTQ文件)中获得的短序列片段
WDPLA
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2024-01-22 15:18
生物信息学
组装
linux
linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
#高通量
测序
获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA
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2024-01-22 15:47
Linux
生物信息学
linux
运维
服务器
CUTANA™ CUT&RUN Assays ——实现超敏基因组定位
但是由于ChIP存在高细胞需求量、技术难度大、成本高、深度
测序
、数据质量差以及变量
Neobioscience
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2024-01-22 11:14
CUTANA
CUT
RUN
Assays
表观遗传学
单细胞
测序
3 丨丨构建文库
上期分享了单细胞
测序
2丨丨细胞捕获&cDNA扩增,主要介绍了单细胞
测序
第二环节--基因表达实验流程:GEMs形成、mRNA逆转录、二链cDNA合成与扩增。接下来进入单细胞
测序
的第三环节--文库构建。
知之为知之不知否
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2024-01-22 10:02
转录组
测序
1-
测序
原始数据说明
转录组
测序
是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。
纪伟讲测序
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2024-01-22 08:45
零代码进行转录组数据分析实战(一):质量控制
一个完整的转录组
测序
项目大概分为以下三个阶段:体内:mRNA生成阶段。转录生成mRNA前体,再经过转录后加工形成成熟的mRNA。体外:建库
测序
阶段。RNA提取、片段化、逆转录以及上机
测序
。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:49
数据分析
数据挖掘
生物信息基础:pysam读写基因组文件
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了高通量
测序
库htslib[2]的C-API,可用于读写基因组相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:37
python
开发语言
北大公开课-2 生物信息学历史
在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代
测序
1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成
番番番茄小姐
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2024-01-21 18:24
高通量
测序
数据质控神器Trimmomatic
简介高通量
测序
下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等,为消除其对后续分析准确性产生的影响,在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。
kongxx
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2024-01-21 15:56
04高通量
测序
-R实现主成分分析
R实现主成分分析如何使用prcomp()函数来做PCA如何使用基础图形和ggplot2绘制PCA图如何确定每个主成分占多少变动如何检查载荷得分(LoadingScores),以确定哪些变量对图表有最大的影响。构建数据集首先,让我们生成一个可以在演示中使用的假数据集。#我们将用10个样本制作一个数据矩阵,在每个样本中测量100个基因data.matrixstr(pca)Listof5$sdev:nu
不到7不改名
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2024-01-21 12:35
在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图
比如,在微生物组成谱和宏基因组
测序
中,堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2:如何不
维凡生物
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2024-01-21 10:05
基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02
本研究
测序
组装了香蕉B基
百迈客生物
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2024-01-21 08:08
WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT
背景低深度全基因组
测序
(sWGS),主要通过覆盖深度的方法(DOC)检测CNV。
茄子_0937
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2024-01-20 16:45
全球单细胞
测序
平台介绍
2009年,单细胞
测序
技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来,10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。
生物医学小站
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2024-01-20 07:54
【生信知识】---Nanopore
测序
分析软件nanopolish
前言:nanopolish是开源的综合性分析软件,集成了非常多的三代
测序
数据分析小工具。
卡布达b1
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2024-01-20 02:44
单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南
通过IlluminaNextSeq500
测序
的2700个单细胞。示例数据下载:https://cf.10xgenomics.com/s
木舟笔记
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2024-01-20 01:01
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