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测序
嗜酸乳杆菌NCFM
20世纪70年代,北卡罗来纳州立大学从人体粪便中最先分离出LactobacillusacidophilusNCFM,它是唯一一株进行了基因
测序
和注释的嗜酸乳杆菌。
营养科普
·
2024-02-07 21:10
STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq数据的准确比对是一个具有挑战性但尚未解决的问题,因为转录结构不连续,读取长度相对较短且
测序
技术的通量不断提高
sunlight_yy
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2024-02-07 14:29
Q30与Phred值
转录组
测序
数据中,经常会出现Q30或Phred值,它们究竟是什么含义?Q30表示一个碱基的质量值,也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30,错误率为0.1%,正确率为99.99%。
新欣enjoy
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2024-02-07 10:57
Seurat 单细胞转录组
测序
数据分析教程(三)——python(scanpy)
Seurat单细胞转录组
测序
数据分析教程(二)——python(scanpy)文章参考至scanpy官网,做了一个更详细的解读。
coffeeii
·
2024-02-07 03:31
python
数据分析
bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate
第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来,结束我们的
测序
原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。
RachaelRiggs
·
2024-02-07 00:53
谷歌终究还是没忍住,把特朗普扯得淡给辟谣了。
拒绝使用世卫组织的
测序
试剂盒,坚持自主创新;迟迟不下放检测权利,所有检测都需要FDA批准通过。
d724eb5603f7
·
2024-02-06 22:04
2021-11-02
CancerCell|单细胞
测序
检测揭示CAR-T脱靶效应(2)原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:风不止步IF=31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:研究利用单细胞分析报告了CAR
图灵基因
·
2024-02-06 20:51
给我们点赞
恭喜上海基因检测中心成立,主要针对人体基因
测序
,染色体遗传筛查,生命密码解析,我们的理念是揭开神秘生命密码,通过科学健康的方式让你健康活到140岁,需要了解定制的朋友可以详细了解我们!图片发自App
茗莘
·
2024-02-06 13:12
六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章:氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制
近些年,转录组
测序
凭借其周期短,价格低,普适性高等优势,备受科研人员的青睐。
ee00dc6faab7
·
2024-02-06 02:30
14岁的男孩说想学生信,应该给予哪些指导?
前言随着高通量
测序
技术的发展,越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。
生信宝典
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2024-02-05 06:57
2023-04-07
重
测序
分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是Broad开发的用于二代
测序
数据变异检测的软件,后续推广到动植物研究中,是目前最广泛使用的变异检测软件。
小谷头
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2024-02-05 00:49
2022-08-25
NatMethods|细胞级表达图谱匹配
测序
和病理图像,发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文:骄阳似我IF:47.99推荐度:⭐
图灵基因
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2024-02-04 23:21
小麦基因组
测序
研究进展
3/15本期作者:大胖丫最近几年,麦类作物基因组学发展迅速,物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究,同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。今天跟大家分享的这篇文章来自于TheCropJournal杂志,题目是“Currentadvancesingenomesequencingofcommonwheatanditsancestralspecies(10.
Neal_Bio
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2024-02-04 20:11
Jellyfish进行Kmer评估基因组大小
我们对一个新物种进行基因组denovo
测序
时,一般需要先对该物种进行基因组survey,估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息,这些结果会直接影响我们后续
测序
的数据量及估计组装难度。
吕强强学生信
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2024-02-04 18:45
GWAS:网页版的基因型填充(genotype imputation)
当然,如果你拿到的是全
测序
的数据,请忽略这一步。下面直奔主题,怎么在网页版进行基因型填充。
橙子牛奶糖
·
2024-02-04 10:33
一个中国并发癌症家系的全外显子组
测序
研究
PMID:31452746PMCID:PMC6676670DOI:10.3892/ol.2019.10573摘要癌症是中国的主要死亡原因之一,并且由于其发病率和死亡率不断上升,对公众健康构成威胁。并发癌症定义为同一个体的一个或多个器官同时或连续发生≥2个原发性恶性肿瘤;然而,并发病例很少见,而且研究很少。本研究招募了一个呈现多例并发癌症病例的中国家庭,并对一个未受影响的个体和两个受影响的个体进行了
亦是旅人呐
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2024-02-04 03:25
高通量
测序
介绍
高通量
测序
技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”
测序
技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志
基因组分析
·
2024-02-03 23:19
scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装
2020/5/25,下定决心用R语言了,Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞
测序
领域主要还是R的天下。(发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow!
切瓜少年
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2024-02-03 20:37
2014突破性科学技术:超隐私智能手机
杂志每年5月份必出的精品专栏,每年杂志的编辑和作者都会为全球的读者提供当年最火热、最具突破和创新精神的科学技术,比如智能手表、记忆植入体、层叠制造工艺(3D打印)、超级电网、临时社交媒体、胎儿产前基因
测序
雅然风懿
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2024-02-03 16:52
收藏
智能手机
安全
200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引
hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2建索引和比对史上最快的转录组流程-subread生信软件|bowtie2(
测序
序列与参考序列比对
dicklim
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2024-02-03 15:13
NLP_统计语言模型的发展历程
其中,词向量表示的学习为语言模型提供了更高质量的输入信息(词向量表示)1948年,著名的N-Gram模型诞生,思路是基于前N-1个项目来预
测序
列中的第N个项目,所谓的“项目”,就是词或者短语。
you_are_my_sunshine*
·
2024-02-03 10:58
NLP
自然语言处理
语言模型
人工智能
第31周-乳腺癌病人的转移瘤多点采样
测序
看异质性
乳腺癌病人的转移瘤多点采样
测序
看异质性于2017年发表在NatureCommunications杂志,标题是:Phylogeneticanalysisofmetastaticprogressioninbreastcancerusingsomaticmutationsandcopynumberaberrations
小梦游仙境
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2024-02-03 06:29
单细胞scRNA-seq
测序
基础知识笔记
单细胞scRNA-seq
测序
基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于
是土豆大叔啊!
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2024-02-03 05:38
AI4Science
笔记
数据分析
单细胞scATAC-seq
测序
基础知识笔记
单细胞scATAC-seq
测序
基础知识笔记单细胞ATAC
测序
前言scATAC-seq数据怎么得出的?
是土豆大叔啊!
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2024-02-03 05:36
AI4Science
笔记
生物信息
数据分析
scATAC文献:人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法
Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”(10x基因组学,v.1.2.0)将原始
测序
数据转换为
科研菜鸟
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2024-02-03 05:20
学习小组Day7——宣Xuanan
因为课题就是做转录组
测序
的,所以基础知识有一些了解,接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析:使用fastqc进行质量分析,这是一款Java软件,支持多线程。
宣Xuanan
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2024-02-03 05:04
一、二、三、四代
测序
技术原理详解
测序
技术是基因组学的核心技术,上期的推送【LAI:基因组组装质量评估新标准】简单介绍了
测序
技术的发展进程。其实,
测序
技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念:“生命是序列的”和“生命是数据的”。
生信空间
·
2024-02-02 22:24
测序
数据文件中MD5是个啥 ?不要无视我的存在!
测序
公司在释放原始数据的目录下都会有一个MD5文件,对于不太了解MD5的老师,可能会直接忽略这个文件。实际上这个文件还是很有必要的。那MD5到底是干嘛的呢?
组学大讲堂
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2024-02-02 17:03
生信学习笔记:使用SNP data做基因渗入分析 (1)
该教程的总结随机
测序
生信技术的进步,研究者已经开发了许多基于SNP数据的基因渗入分析方法和流程。其中包括最出名的ABBA-BABAtest,该方法使用所谓的D统计量来评估物种的基因渗入程度。
lakeseafly
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2024-02-02 16:51
FFPE 损伤简述
主要是,经过福尔马林处理之后,细胞中的DNA会发生破裂,损伤,交联,造成
测序
结果的假阳性较多。具体结论FFPE样本,随着保存时间的增加和缓冲溶液的PH降低,DNA的破碎情况会加剧;破
茄子_0937
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2024-02-02 16:06
序列拼接和做完点突变后的序列比对
反向互补(ReverseComplement)-免费在线工具http://www.detaibio.com/sms2/rev_comp.html由于
测序
一次只测n个bp,不完整,所以需要把几次结果拼接起来才能看到完整的序列
很多个故事
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2024-02-02 15:27
ATAC-seq发篇
测序
文章就结束了吗?看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据
转座酶可及染色质
测序
分析(ATAC-seq)是常见的研究染色质可及性的方法,ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路,为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。
爱基百客
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2024-02-02 15:16
学习
ATAC
转录调控
病原菌共感染研究思路
随着
测序
的发展,应用高通量转录组
测序
对于感染多种病原菌的研究也不断深入,今天跟大家分享两篇病原菌共培养研究共感染过程的相互作用,希望能给研究共感染的老师一些样本准备设计的思路的参考
爱基百客
·
2024-02-02 15:43
学习
细菌
共感染
伟大的中国共产党
一个民族最深沉的追求,一定要在其薪火相传的民族精神中来进行基因
测序
。中华民族是热爱和平的民族,血液里没有侵略他人、称霸世界的基因。
白鸽123456
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2024-02-01 19:15
NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记
SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代
测序
的原始数据,包括454,Illumina,SOLiD,lonTorrent,Helicos和CompleteGenomics。
盲人骑瞎马5555
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2024-02-01 12:22
生物信息学
《生物信息学:导论与方法》--新一代
测序
NGS:转录组分析RNA-Seq--听课笔记(十四)
第八章新一代
测序
NGS:转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组
盲人骑瞎马5555
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2024-02-01 12:52
生物信息学
RNA-Seq
Cufflinks
TopHat
OTU的定义与解读----了解笔记
在16S
测序
中,OTU通常使用97%的identitythreshold。
盲人骑瞎马5555
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2024-02-01 12:52
生物信息学
一文搞懂RNA-seq的链特异性
测序
和非链特异性
测序
1.
测序
方法两种建库方法对应两种
测序
方法:非链特异性
测序
方法(non-strandedRNA-seqprotocol):得到的reads没有方向性,无法判断reads是属于GeneA还是属于Gen
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-02-01 09:27
单细胞转录组
测序
技术及各类数据分析方法总结
自从2009年**单细胞转录组
测序
(single-cellRNA-seq,scRNA-seq)**技术首次问世,至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。
AIPuFu
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2024-02-01 09:22
单细胞测序
生物学
医学
生物信息学
单细胞测序
生物学
医学
iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库
从近100名志愿者中提取3种类型的细胞,并分别进行WGS,WGBS,RNA_seq
测序
分析,将最终
生信修炼手册
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2024-02-01 07:13
RPKM,FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客
RPKM,FPKM和TPM明确解释|RNA-Seq博客来自StatQuest过去,当您进行RNA
测序
时,您以RPKM(ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion
Seurat_Satija
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2024-02-01 03:24
2021-12-27
NatRev丨癌症基因组
测序
数据的计算分析原创珍奇图灵基因2021-12-2707:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:珍奇IF:60.716推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文描述了癌症基因组生物信息学分析中涉及的主要步骤
图灵基因
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2024-01-31 23:49
【Time Series】LSTM代码实战
二、算法原理长短期记忆网络(LSTM)是一种特殊的循环神经网络(RNN),用于处理和预
测序
列数据的时间依赖性。
BoostingIsm
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2024-01-31 19:14
TimeSeries
DL
人工智能
Seurat24式太极拳之9单鞭---用于sctransform的标准化值存储在哪里?
给定细胞中给定基因的正残基表明,与基因在种群和细胞
测序
深度中的平均表达相比,我们观察到的UMI比预期多,而负残基则相反。sctransfrom的结果存储在“SCT”分析中。您可以在我们的插图,命令备忘
Seurat_
·
2024-01-31 13:24
学习小组Day7
测序
知识--yu
测序
基本知识基本知识链接https://blog.csdn.net/leroylee7/article/details/112414577各代
测序
技术及原理
测序
原理NGS组学内容基础介绍链接https:
Iris09
·
2024-01-31 11:30
【细胞通讯】CellTalk
单细胞RNA
测序
(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成,促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。
jjjscuedu
·
2024-01-31 10:13
运行picard遇到一个错误: "java.io.IOException: No space left on device"
这几天在跑重
测序
的流程,自己去年的这个时候整理过,之后在几个服务器上都跑过,没出现什么问题,然而又换了一个服务器之后在picard排序和标记(PCR)重复这两步频繁报错。
TOP生物信息
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2024-01-31 10:55
精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用
--CJ-陈程杰前言随着
测序
技术的进步和普及,现如今已经步入到“功能基因组学”(functionalgenomics)的时代。
生信石头
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2024-01-31 04:39
【文献简报】-空间转录组学和原位
测序
研究联合研究阿尔兹海默症
空间转录组文章逐步进入爆发期,单细胞方向的未来是单细胞空间组学,这篇文章利用空间转录组(ST)和原位杂交
测序
(ISS)研究阿尔茨海默症。
六博说
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2024-01-30 22:07
Fastp使用方法
fastp是一个速度非常快的
测序
数据质控软件,以下为软件参数的说明,根据github内容整理。
WuYankang
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2024-01-30 07:11
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