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质控
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习使用STAR比对read现在我们已经对测序原始数据进行了
质控
生信宝典
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2021-05-06 19:55
一.电动车,电动车大全,你所不知道的电动车品牌
现已成为中国自行车业界使用设备先进、品
质控
制严格的自行车、电动车生产基地之一。在公司发展过程中,捷马勇于创新,于2005年从美国引进“Jeep”品牌自行车,并成为全球Jeep文化的传播者之一。
威尼特电动车
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2021-05-01 19:57
上臣地板实力鉴证“中国地板十大品牌”!
对地板生产的整个流程进行品
质控
制,
太平洋家居
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2021-04-30 22:07
跨越千年的心肺复苏
我是从事妇产科的,很少参加内科方面的会议,而今天参加恩施州急诊医学
质控
会议听了北京的两位专家讲心肺复苏的课以后,真的被震撼了!让我们对心肺复苏有深刻印象的是源于一张照片。
精进的医生
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2021-04-28 15:36
随笔:为什么管理人员离职率低?
对于
质控
部的管理人员,我从不认为是比其他单位轻松的:1.有多少单位像
质控
部内部这么严厉的考核;2.有多少单位像
质控
部对管理人员要求只要有生产,就必须值班,任何时间因异常,都有可能被领导电话叫回公司加班;
huihui_lco
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2021-04-26 00:28
「你的生命在哪一层」
开始了舍外求内,逐步脱离部分物
质控
制,有意识地选择放下一些,开始回归到身体本质层面,明白身体是修行的根基,开始爱自己,花精力去修复还原自我的身体和心灵!这些人已经懂得了回归生命,进入到本源!
唐润珠宝
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2021-04-21 14:30
miRNA-seq分析流程
/msj/clean/查找所有的
质控
过的数据,移动到clean文件夹。我的是水稻的miRNA数据。所以先下载水稻的各种文件。下载地址包括基因组序列、基因组注释、基因组蛋白质注释、基因组cds序列。
wo_monic
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2021-04-19 15:01
Spring 学习笔记
springframework/spring/1.1、Spring的优点一个轻量级、非入侵式的开源免费框架(容器)控制反转(IoC)、面向切面编程(AOP)支持事务处理,可对框架整合1.2、Spring的本
质控
制反转
woitumi
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2021-04-17 20:28
KneadData
质控
、SortMeRNA去rRNA
一、KneadData下载、安装、
质控
链接:https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/Home#markdown-header-installationwget-chttps
胡童远
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2021-04-16 14:37
识坑
在交接时间上,希望在新的
质控
人
打错字
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2021-04-12 19:35
OSCA单细胞数据分析笔记-5、Quality control
对应原版教程第6章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html在单细胞数据分析中的第一步
质控
往往是剔除不合格的细胞。
小贝学生信
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2021-04-11 20:03
FastQC
质控
报告解读
直接点击.html文件,即可在浏览器中查看
质控
结果报告。总览Summary首先是Summary,这一部分是整个报告的目录,整个报告分成若干个部分。合格会有绿色的对勾,警告是黄色感叹号,不合格是红叉。
林枫bioinfo
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2021-03-31 03:31
如何计算宏基因组测序数据中来自于人基因组的污染?
KneadData是一款宏基因组测序数据
质控
的软件,其主要功能包括使用Trimmomatic对序列过滤和bowtie2比对至宿主基因组去除宿主序列。
斗战胜佛oh
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2021-03-29 17:23
单细胞36计之28---单细胞转录组数据
质控
要则
在我们拿到单细胞数据之后,第一步往往是对数据的
质控
(QualityControl),或曰数据清洗(DataClean)。虽然在
Seurat_Satija
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2021-03-24 10:10
SGS与李佳琦所属美腕公司达成战略合作,为直播电商提供品控服务
3月11日,“新条例下直播电商的化妆品
质控
合规研讨会”在上海举办。会上,SGS中国区总裁杜佳斌与美腕公司签署合作协议,由SGS为直播产品提供品控服务。
美通社
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2021-03-13 08:00
电子商务
微软
亚马逊
iot
jqgrid
《楚城》第十八章、围魏救赵
三个月来他了解了生产等各个部门的运作,也逐渐适应了公司的流程制度,这个获得过香港质量管理金奖的企业在品
质控
制等各方面都非常完备。陈捷所在的研发
七月楚城
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2021-03-10 11:36
DamID-seq分析(三)
质控
分析:https://www.jianshu.com/p/e0bfa7b75ccbmapping:https://www.jianshu.com/writer#/notebooks/30869589
liu_ll
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2021-03-06 17:02
DamID-seq分析笔记(二)
第一步:https://www.jianshu.com/p/e0bfa7b75ccbQ:进行去接头及
质控
之后,接下来把readsmapping回基因组,这里我用的是Bowtie2,为什么选择用bowtie2
liu_ll
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2021-03-06 17:50
NGS reads去重知多少
在生信分析学习的初期,我们只需要跑通数据分析的整个流程即可,对于数据的
质控
和相应的参数没有深入探讨,但随着深入的学习,一些细节问题必须要注意(可能对结果造成非常大影响)。
Peter_iris
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2021-03-02 10:08
《自控力》总结
我要做,是前额灰
质控
制的,晚睡,分心,都会让你选择做更容易的事冥想5分钟,专注呼吸,可以增强早上列一个清单ch25分钟走走有助于恢复早睡,我不要:那些阻止你睡觉的事情
尼大玛
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2021-02-14 13:25
DNA甲基化数据分析全流程
2021-01-01更新简单记录一下平时的分析过程和RNA-seq前期流程类似--
质控
、去接头、比对参考基因组、排序后期就是要提取甲基化位点,包括CpG、CHG、CHH三种context,H代表非G位点
生信摆渡
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2021-02-05 19:58
[实战1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...
sratoolkit--prefetch][得到fastq格式的测序数据----sratoolkitfastq-dump]fastq数据的质量控制----fastqc;trim_galore多参数比对以及
质控
shine_9457
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2021-02-05 15:13
基因组重测序分析干货
###一般从测序公司拿到的下级数据有rawdata,或者经过
质控
之后的cleandata,格式为fq。参考基因组及注释文件gff从网上下载。分析流程如尾图所示。
纤蹄马
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2021-01-25 11:12
转录组测序2-测序数据
质控
RNAseq涉及到原始数据,数据
质控
,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题
纪伟讲测序
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2021-01-02 12:03
RNASeq
参考:https://tiramisutes.github.io/2018/12/04/ref-RNA-seq.html一、
质控
1.fastqcfastqcrawdata/*.fq.gz-ofastqc-t32.1trim_galoretrim_galore-q25
wanghaihua888
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2020-12-28 17:20
【转录组03】报错分析&数据
质控
和过滤
exit1是退出的意思忽视输入的报错,重定向在日志文件,不是报错【error】image.pngimage.png转录组分析总流程image.png数据
质控
背景知识数据量的统计方式image.pngsra
呆呱呱
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2020-12-15 17:40
微生物组数据学习笔记
人宿主约25000基因,人肠道菌约2-3million基因,species通常大于160种[1]流程:样本--数据--
质控
--分析扩增子(Markergene
曲凉不见
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2020-12-10 14:38
Docker封装生物信息学lncRNA流程
一.流程介绍后续会开发lncRNA、smallRNA、circRNA流程首先是lncRNA流程,主要分析模块为:测序数据
质控
;序列比对分析;转录本组装;lncRNA分析;表达量分析;表达量差异分析;lncRNA
儒雅随和王小板
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2020-12-08 15:30
分级诊疗、病历
质控
、医保控费,隐私计算与医疗结合可以这么玩?
此前在新基建数据要素国家政策的指引下,大数据的应用范围和程度都在快速上升。顺应趋势,11月16日,第十四届创业周暨全球创业周中国站“数据价值如何流通?”隐私计算专题大会圆满落幕。大会以隐私安全计算下数据和计算的互联互通为切入点,探寻数据价值如何流通、如何保证数据流通中各方数据的安全等一系列问题。翼方健数联合行业内经验丰富的前辈们,对这一领域下的隐私计算问题进行了探讨。2020年风口犹在,数据价值流
算力智库
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2020-11-19 20:33
隐私计算
算力
RNA-Seq数据分析流程
文章目录RNA-seq数据分析流程相关软件安装下载数据sra转fastq格式数据
质控
数据
质控
,过滤低质量reads,去接头比对首先下载参考基因组及注释文件,建立索引比对sam文件转bam为bam文件建立索引
高美玲
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2020-11-03 13:43
生信学习
linux
生物信息学
RNAseq转录组分析流程:fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2
使用工具fastp(
质控
),hisat2(比对),samtools(sam文件转bam文件),featureCounts(count计数),DESeq2(差异分析)环境配置使用conda配置环境,安装fastp
WuYankang
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2020-10-29 19:00
WGS分析笔记(1)—— 原始数据以及
质控
更新于2020.10.27二代测序方式分为三种:singleread单端测序paired-endread双端测序mate-pairread配对测序虽然有三种方式,但是大多数数据(包括本课题)为双端测序,至于三者之间的差别、优缺点以及适用场合可以自行搜索。接下来讲的内容都是基于双端测序的。测序仪原始下机的数据我们称为rawdata,二代测序是将DNA片段打断了再测的,每个测序片段我们称为read,质
十三而舍
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2020-10-27 19:12
二代测序组装
Step1:
质控
ReadQualityControl#了解数据,包括reads类型、reads数量、read质量、GC含量、可能的污染和其他问题#然后决定是否对数据进行去接头、去标签、过滤低质量序列操作
纵春水东流
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2020-10-21 12:48
单细胞RNA系列专题之一:单细胞RNA测序中
质控
之重要细节 (下篇)
那么在做这些工作之前的
质控
,关乎到整个分析的成败。这篇文章我就继续给大家讲讲单细胞
质控
的那些事儿。单细胞分析整体流程我们先来简单了解一下整个单细
生信阿拉丁
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2020-10-10 21:30
QA与QC的区别
QC:QualityControl,品
质控
制,产品的质量检验,发现质量问题后的分析、改善和不合格品控制相关人员的总称。
oo水桶oo
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2020-10-10 16:21
生命的三个层次
标签:恐惧、焦虑、贪婪、自私、愤怒、冷漠、羞愧、内疚、自责、悲伤、轻狂、傲慢、自以为是第二层开始了舍外求内,逐步脱离部分物
质控
制,有意识的选择放下一些,开始回归到身体本质层面,明白身体是修行的根
相逢一笑307
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2020-10-10 06:10
生活琐事
最近生活杂事比较多,贼多,心浮气躁的娃,上火了,深刻意识到我其实也是有脾气的,只不过脾气不受我
质控
,它太无理取闹了
念心吟
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2020-10-09 13:51
RNA-seq 数据上游分析
一、
质控
--FastQChttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/FastQC旨在提供一种简单的方法,对来自高通量测序的原始序列数据进行一些质量控制检查
生信摆渡
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2020-09-16 19:33
RNA-seq 上游实战&排坑记录
RNA-seq上游实战&排坑记录一.流程总览(每个流程几乎包括参数详解,代码,结果,报错,注意)01.安装conda02.安装软件03.数据下载04.sratofastq05.fastqc
质控
06.Trim
南柒北陆
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2020-09-16 17:30
生物学
全基因组重测序基础分析
本文仅为个人记录流程说明从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第3节数据
质控
2015a2016a全基因组测序数据获取后应该怎么分析samtoolssamtools常用命令详解samtoolsflag
dingsheng56656
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2020-09-16 14:44
spring boot 设计列表页详情页HTML
window.location.href就可以控制在当前页面打开了2.实现登录时获取本地数据库中标公告的List集合3.thymeleaf模板循环输出list列表页方法格式为:河北省环境监测中心农用地土壤污染状况详查(
质控
weixin_30871293
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2020-09-16 00:24
java
数据库
QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT)(2020.2)
文章目录前情提要QIIME2用户文档.5粪菌移植分析练习本节视频视频教程实验设计简介启动QIIME2运行环境实验数据下载序列
质控
评估生成特征表和代表性序列查看去噪过程统计合并不同批的代表序列和特征表表1
刘永鑫Adam
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2020-09-15 04:50
扩增子
扩增子分析
【信息系统项目管理师】2018下半年系统集成项目管理工程师案例分析
送分题试题二采购管理采购文件,采购招投标找错,合同类型12/17采购是本人的弱项,采购文件的类型定义是这里的重点试题三计算题成本的概念,挣值计算18/21对于PV稍稍有点疑问,其他几乎就是送分题试题四质量管理概念题,
质控
的输入输出
进击的横打
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2020-09-14 06:50
软考高项
理解白酒的三个层次
作者王菁,加州大学与西南政法大学硕士,曾供职于敦和资产管理、兴业全球基金等机构,现任华创证券研究所
质控
与培训总监,在大消费领域有十余年研究经验。
点拾
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2020-09-12 00:00
scRNA基础分析-6:富集分析
scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤
质控
-scRNA基础分析-2:降维与聚类-scRNA基础分析-3:鉴定细胞类型-scRNA基础分析-4:细胞亚类再聚类、注释-scRNA基础分析-5:伪时间分析
小贝学生信
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2020-09-10 16:52
scRNA基础分析-5:伪时间分析
scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤
质控
-scRNA基础分析-2:降维与聚类-scRNA基础分析-3:鉴定细胞类型-scRNA基础分析-4:细胞亚类再聚类、注释-scRNA基础分析-5:伪时间分析
小贝学生信
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2020-09-10 16:43
本人男医生,患者大叔却满脸娇羞地要我对他负责?
无论面对的是棘手的病例,难搞的病人,频繁的考试,还是来抽查的
质控
科,我都能始终保持微笑。直到,那一天。天气晴朗,阳光正好,满面春风的我走进医院,碰上了满面春风的他们。
丁香园
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2020-09-10 00:00
【Unity Shader入门精要】基学习于物理的渲染(四)
基于物理的渲染四(PBS)简略实现PBSShader"Unlit/SelfPBR"{Properties{//漫反射材
质控
制颜色_Albedo("Color",Color)=(1,1,1,1)//漫反射纹理
小王子称号发放NPC
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2020-09-09 15:45
(二)单细胞转录组数据分析之数据
质控
与归一化
如果大家没有自己的数据或者没有选到合适的数据集的话,可以直接拿示例数据(10X官网演示数据)就行了。10X官网里多个演示数据:https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets。这里拿10kPBMC数据来演示。这里注意一下,10X数据格式与用Cellranger生成的格式一致。具体步骤:(一)一些必要包的读取,当
Kevin_Hhui
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2020-08-27 01:32
3DMX电子沙盘和虚拟互动沙盘教程第32课 如何导入和呈现3DMAX模型
这次我们来实现模型的材
质控
制,首先我们找一个模型。在3dmax中如下:可以看到这个模型很复杂。分成了很多层。我们先不管它。导入SDK后如下图:有贴图还是比较漂亮了。。
mtouch333
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2020-08-26 13:22
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