质控

益凤：检查日

终于迎来质控检查，每一次来的都是新面孔，每一次都会有新的发现，形形色色，七七八八。
天天向上的树·2021-11-18 08:27

益凤：记录

忙完高校体检又是质控检查，与此同时好运来得太突然，在疫苗登记时遇到检查官相识的人，开玩笑之余也了解了一番，可爱的阿姨还亲自打电话过去，提醒检查时别吓到小姑凉了，哈哈。
天天向上的树·2021-11-10 06:46

4.单细胞 RNA-seq：质控分析

学习目标：构建QC指标和相关图便于直观地查看数据质量评估QC指标并设置过滤条件去掉低质量细胞单细胞RNA-seq：质量控制image此工作流程的每一步都有自己的目的和挑战。对于我们原始数据的QC，它们包括：目标：筛选数据，使其仅包含高质量的真实细胞，这样当我们对细胞进行聚类时，就更容易识别不同的细胞类群识别任何不合格的样本，并尝试挽救数据或将其从分析中删除，此外，还要尝试了解样本失败的原因挑战：从
denghb001·2021-11-08 16:21

3.单细胞 RNA-seq：质控分析设置

单细胞RNA-seq：质量控制设置image基因表达量化后，我们需要将此数据读入R中，执行QC的指标。我们将讨论可以预期的数据格式，以及如何将其读入R以便我们可以继续流程中的QC步骤。我们还将讨论我们将使用的数据集和相关的metadata。探索示例数据集我们将使用单细胞RNA-seq数据集，该数据集是Kang等人于2017年进行的一项较大研究的一部分。在本文中，作者提出了一种计算算法，该算法利用遗
denghb001·2021-11-08 16:16

实习记事（针康四）

虽然来到这个科室的时间不长，不过我在这着实是学到了不少东西，如果是以前，让我独自去质控病历怕是是忙到天黑也搞不定。
不想飞的纸鸢·2021-10-28 21:43

益凤：认真学习

今日完成质控数据上报，完成每日工作必须事务，真是最好的修炼场。意识到爱的问题：没有爱情的深入就不存在亲情，而亲情是高于爱情的层次。婶说别那么累，学会让自己轻松活好，不要活得那么精致
天天向上的树·2021-10-13 22:41

转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理

rawdata可以是从公司直接获得的测序数据或者是网上下载的数据，网上下载数据的流程参考使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，新出的
惊鸿影·2021-09-27 19:40

Bulk RNAseq上游比对1：大致流程与conda环境

BulkRNAseq上游比对1：大致流程与conda环境-(jianshu.com)BulkRNAseq上游比对2：下载数据、质控-(jianshu.com)BulkRNAseq上游比对3：比对mapping
小贝学生信·2021-09-23 08:37

Bulk RNAseq上游比对2：下载数据、质控

BulkRNAseq上游比对1：大致流程与conda环境-(jianshu.com)BulkRNAseq上游比对2：下载数据、质控-(jianshu.com)BulkRNAseq上游比对3：比对mapping
小贝学生信·2021-09-21 19:50

测序质控和基因组组装原理

二代质控二代测序中，每测一个碱基会给出一个相应的质量值，这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13，错误率为5%，20的错误率为1%，30的错误率为0.1%。
云养江停·2021-09-18 09:32

snpQT-又一个人基因组SNP填充和GWAS流程

这个流程的目的是让你的SNPcute，为处理人类基因变异提供了帮助：基因组版本转换（b37->b38或者反过来）样本质控人群分层填充前质控本地填充填充后质控GWAS使用自动化的nextflow流程，我们在
zd200572·2021-09-06 21:45

‘室内质控室间化’软件日常操作说明

参加‘2021春-滨海课题’的客户们，网站后台已经录入了各单位的基础信息数据，大家按照组委给定的用户名和默认密码登录即可，登录后修改密码。网址为：http://www.tyjcbio.com/web/index.php，浏览器：搜狗（360好像也可以，但没测试全部）1、登录登录.jpg1、修改密码和其他个人信息修改个人信息.jpg2、提交每日数据提交数据.jpg注意：要先选择批号，再填报数值；如做
Julianne_zhang·2021-07-22 15:28

m6A图文复现02-数据下载和质控

上一篇文章我们提到作者有非常好的代码资源，但是数据没有权限下载。因此，我又重新找了一篇文献，使用这个文章的数据来进行m6A图文复现。数据相关文献简要介绍如下：例子来自于发表exomePeak这个软件的文献中提供，相应文献为：doi:10.1038/nn.3449，于30June2013发表在natureNEUROSCIENCE上，比较老的数据了。现在m6A的实验方法也早已经更新迭代，得到的测序数据
_十三·2021-07-14 00:33

基因组Survey(二代测序数据质控）

2.Survey分析数据准备3.Survey数据质控软件4.重点总结1.为什么要进行Survey分析（目的）？
my_summer_time·2021-06-27 17:49

fastqc质控及multiqc整合使用记录

fastqc使用比较方便的可以设置线程批量操作，可以使用MultiQC综合报告查看。gitclonehttps://github.com/ewels/MultiQC.gitmultiqc.重点还是记录一下fastqc的结果报告：fastqc结果查看1.产生两个结果文件：html：网页版结果zip：本地结果压缩文件2.需要重点关注的结果：BasicStatistics：**对数据量的概览Perbas
土豆_leah·2021-06-27 07:53

Seurat3 学习笔记

包学习笔记（一）：GuidedClusteringTutorial4.2019-10-22R语言Seurat包下游分析-1image.png目录1.数据下载2.数据读取3.质量控制 3.1载入注释 3.2质控及其细胞选取
caokai001·2021-06-26 23:22

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批测序数据后，也总是忽略了去看测序策略是什么，按照固定的流程用
六六_ryx·2021-06-26 06:22

NMPA批准的肿瘤-NGS IVD产品 — step8 飞朔-人EGFR/KRAS/BRAF/HER2/ALK/ROS1 基因突变检测试剂盒（半导体测序法）

伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物四、未经伴随诊断验证的基因突变类型未经伴随诊断验证的基因突变类型五、产品预期用途和检测原理产品预期用途和检测原理六、生信质控点生信质控点七
小灰灰不会飞那又怎样·2021-06-25 06:39

单细胞交响乐31-实战十四 10X HCA计划的38万骨髓细胞

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2021-06-24 16:30

OSCA教程2 | Overview

bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html主要分为六个部分：1.实验设计2.数据预处理3.构建SingleCellExperiment对象4.数据处理：质控
ScorpioGirll·2021-06-24 05:27

分享

标签：恐惧焦虑贪婪自私愤怒冷漠羞愧内疚自责悲伤轻狂傲慢自以为是第二层开始了舍外求内，逐步脱离部分物质控制，有意识的选择放下一些，开始回归到身体本质层面，明白身体
豆予鑫·2021-06-23 19:12

情商课167【人情往来】你的独一无二，不在于一件衣服——撞衫

2.看见别人的独特之处人，不要被物质控住金句：1.当我们跟别人撞衫的时候，这就表示，我们刻意塑造出来的自我，跟别人撞在一起了。我由独一无二的地位，变成了两者之一了。
Heart_Flow·2021-06-23 17:27

装修轻奢风 流行正当道

轻奢族，其实就是这方面的“细节控”、“品质控”。轻奢族，喜欢美好的事物，追求美好的体验。
左边的路·2021-06-23 05:16

生信 | 基因组组装实战（二）：Survey数据质控、NT比对

写在前面以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记1.Survey分析的目的看我上一次的：生信|基因组组装实战（一）：基础知识与基本思路2.Survey分析所需要的数据二代基因组高通量测序(如iluminaHiSeq/BGI等测序平台)得到的原始图像数据文件经碱基识别(BaseCalling)分析转化为原始测序序列(SequencedReads)，我们称之为Ra
生信卷王·2021-06-22 15:57

盲人摸象--single cell sequencing的Seurat学习--详细版

这里的良好不仅仅是建库和测序整个过程的良好质控。事实上，测序业务已经愈发成熟，主要建库合格，数据的QC基本上都不会差。那么作为一个
冻春卷·2021-06-21 07:55

扩增子分析：16s rRNA分析snakemake流程

16srRNA分析主要有质控、去冗余、聚类OTU、去嵌合体、生成OTU表和物种注释等步骤。更多知识分享请到https://zouhua.top/。
华仔少年·2021-06-21 05:23

人有三个层级自我检查：

（2）第二个层级叫做「内修」：开始了舍外求内，逐步脱离部分物质控制，有意识地选择放下，开始回归到身体与心灵的本质层面，明白身体是修行的根基，开始爱自己，花精力去修复还原自我身体受伤的细胞
CHYAOYU·2021-06-20 15:57

群体遗传笔记（一）：群体间选择信号的检测及GO注释

从获取下机数据做质控、比对，到callingsnp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4.0和全基因组数据分析实践（上），还有Samtools+bcftoolsCallSNP等等。
有梦的少年橙·2021-06-20 15:22

Trimmomatic：用于Illumina NGS数据的灵活读取修剪工具

数据质控软件：官网：http://www.usadellab.org/cms/index.php?
Amy_Cui·2021-06-20 03:00

2021-05-13

从投放规划、方案执行、运作流程、品质控
ac5dd29047e4·2021-06-19 16:55

测序数据质控和预处理之fastp

1.引言下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理，以保证下游分析输的准确性。
吴十三和小可爱的札记·2021-06-19 14:42

HiCExplorer使用

因为HiC是嵌合片段，因此使用部分比对提高比对效率3、调整比对参数2、数据的预质控hicQuickQC第一次评估数据质量（建议设置restrictionenzyme和danglingend参数）3、创建矩阵
夸克光子·2021-06-15 13:43

分享生命的三层次四境界

第一层一直活在物质的世界里一辈子被物质假相迷惑所困全部精力去追求财富名利欲望身体消亡那一刻也没弄明白为何而来回归何处这一世等于白来85%的人活在这个层标签：恐惧焦虑贪婪自私愤怒悲伤冷漠羞愧内疚自责轻狂傲慢自以为是第二层开始了舍外求内逐步脱离部分物质控制有意识的选择放下一些开始回归到身体本质层面明白身体是修行的根基开始了
段晓英·2021-06-15 04:54

数据质控

参考：从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第3节数据质控前言碱基矿工如上图显示，整个完整的WGS流程一般有以下步骤：1）获取测序数据。2）原始测序数据的质控。3）read比对，排序，排除重复序列。
Peng_001·2021-06-14 12:50

人有三个层级自我检查：

（2）第二个层级叫做「内修」：开始了舍外求内，逐步脱离部分物质控制，有意识地选择放下，开始回归到身体与心灵的本质层面，明白身体是修行的根基，开始爱自己，花精力去修复还原自我身体受伤的细胞
如是宝宝·2021-06-12 03:04

NMPA批准的肿瘤-NGS IVD产品 — step4 艾德-人类10基因突变联合检测试剂盒（可逆末端终止测序法）

伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物四、未经伴随诊断验证的基因突变类型未经伴随诊断验证的基因突变类型五、产品预期用途和检测原理产品预期用途和检测原理六、生物信息质控点生物信息质控点七
小灰灰不会飞那又怎样·2021-06-09 09:19

NMPA批准的肿瘤-NGS IVD产品 — step1 燃石-人EGFR、ALK、BRAF、KRAS基因突变联合检测试剂盒（可逆末端终止测序法）

试剂盒的基本信息二、伴随诊断及非伴随诊断对应的基因变异类型伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物未经伴随诊断验证的基因突变类型三、产品预期及产品检测原理产品预期及产品检测原理四、生物信息分析部分1.生物信息质控点生物信息质
小灰灰不会飞那又怎样·2021-06-09 00:50

2019.01.09

此刻正在完成质控员的任务：查病历，每月一次，现在有些检查重点还是浮于表面，重点还是基本文书工作！昨Dora爹从苏州回来，饭后开车去接他，老人家又面露不悦！总是很难平衡彼此的状态，是因为心态的不平和吧！
温柔笑笑·2021-06-08 09:20

顺寰《大学精义》三纲之明明德读后感 2019.2.17

不要“心为物役”被外在物质控制，心是自由的。在起初很长一段时间读启予四书时读了也不明白，听了也不懂！因为会
顺寰·2021-06-06 15:23

聊一聊未来康复护理信息化

头脑发烧️这几天去广州市第一人民医院学习《护理信息系统建设与临床应用新进展学习班》让我受益匪浅若有所思，各位老师不断的向我们灌输、分享护理信息系统的开发和应用，包括随访，慢性病的管理、智能化排班、安全管理、质控
风飞雪·2021-06-05 13:04

测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth

00写在前面测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的cleandata和后续的基础分析结果。
fatlady·2021-05-28 09:13

生信星球转录组培训第一期Day5——卖萌哥

数据质控昨天完成了数据格式的转换，接下来就可以对得到的fastq文件进行处理啦。
卖萌哥·2021-05-26 23:14

微生物多样性（扩增子或16S rDNA测序）-数据处理与统计方法描述

一、数据的处理与统计Miseq测序获得的是双端序列数据，根据两端序列的互补区域，进行拼接获得单条完整序列，同时对序列的质量和拼接的效果进行质控过滤，根据序列首尾两端index序列和引物序列区分序列来自于哪一个样品
JarySun·2021-05-19 00:25

客户审核，技术爆炸和快速学习

客户一行七人审核，我负责后方支援，很显然客户并没有对产品质量和公司的质控能力作比认为的更加苛刻的要求。
终身践行者·2021-05-17 16:09

2. 蛋白质组学样品前处理（3）

蛋白提取的质量控制--脱盐的处理方法--还原烷基化及酶解的步骤--蛋白质及肽段的预分级蛋白提取的质量控制我们通过上一篇笔记里介绍的各种方法把蛋白质提取出来以后，这事儿还没完，因为我们需要对提取出来的蛋白进行一下质控
bioin·2021-05-16 14:08

池塘那些事

（5）提高水质控制效率。分区养殖的主要设备——推水动力，目前国内主要采用气提系统，由空气压缩机、微孔气管（也称纳米管）和导
水产养殖·2021-05-14 23:07

2018-02-07 记录一次变异检测实战过程

1原始材料准备双端测序材料：R1.fqR2.fq参考基因组：MH63.fa基因组注释文件:gffgftgff32软件准备fastqc:质量检测Trimmomatic：质控BWA：比对软件samtools
小郑的学习笔记·2021-05-13 22:04

到哪里才能买到真正的无公害蔬菜?

2017-06-22王丞相诚信商友精英论坛无公害蔬菜，实际上是指商品蔬菜中不含有有关规定中不允许的有毒物质，并将某些有害物质控制在标准允许的范围内，保证人们的食菜安全。
商亿通进销存软件·2021-05-13 13:58

整合QC质控结果的利器——MultiQC

但是这时又出现了一个难题，那就是几乎所有的质控工具都是针对单个样本生成一个报告，这就要求用户自己去逐一
生信宝典·2021-05-12 06:14

如何让EXCEL图表在护理管理中说话

爱德华.塔夫特跟以前很多次质控一样，重点科室组组长丁芳8:30左右到重点科室去质检，不同的是今天要看看某些科室做的护理不良事件年度报表。
燕尾无声·2021-05-11 06:08
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