质控

03.单细胞数据质控及降维标准流程

线粒体基因通常为MT开头，我们在下面处理中会使用正则表达式以计算这一系列细胞的表达百分比作为质控指标。当制备单细胞悬液时
科研小徐·2022-03-12 21:55

RNA-seq转录组差异分析及可视化

通过conda安装fastqc(质控),hisat2(比对),multiqc(质控合并),samtools(sam文件转bam文件),subread(featureCounts集合在其中)。
不会生信·2022-03-02 17:23

QJ未遂打麻将，见义勇为蹲班房，是什么让赵宇重获自由？

2018年12月，赵宇因上前制止正在殴打邻居的李某，向其腹部踹了一脚，导致李某重伤，公安先后质控他涉嫌故意伤害罪和过失致人重伤罪。
小惊娱·2022-02-21 23:30

单细胞交响乐27-实战十 CEL-seq-小鼠造血干细胞

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-20 19:26

品牌连锁生鲜O2O新零售解决方案

品质控制困难：生鲜产品标准化十分困难，产品持续供应也很成问题，往往造成品类不全，同时损耗率十分惊人。千
又一城方明志·2022-02-20 11:25

单细胞交响乐29-实战十二 10X 小鼠嵌合体胚胎

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-19 23:21

2020.5.31-6.6周检视

补的，所以就只能记得个大概90天目标检视自律早起有间断英语学习中断体质控制完成八大关注一、健康饮食上乱了，火锅油腻的食物，还有酒，希望不要再这样了二、工作6月2日提出离职三、家庭周末接到爸爸电话，向爸爸撒娇说
NeverAn·2022-02-19 22:14

QC、QA、IPQC、JQE、DQA、SQE、DQC、MQC、IQC、FQC、OQC质量职位简称

质量职位1、QCQUALITYCONTROL的简称，中文意思是品质控制、质量检验。为达到品质要求所采取的作业技术和活动。
·2022-02-19 20:12

植物基因组学-fastp进行高通量测序数据的质控

今天我们要推荐的软件是fastp，一个包含了质控，过滤，校正以及预处理的fastq文件处理软件。相比于传统的Fas
blue_unique·2022-02-19 19:31

单细胞交响乐7-聚类分群

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-19 16:25

And Then There Were None

当晚，一个神秘的声音发出质控，分别说出每个人罪恶的秘密。接着，一位客人离奇死亡。暴风雨令小岛与世隔绝，《十个小士兵》——这首古老的童谣成立死亡咒语。如同歌谣中语言的，客人一个接一个死
好在春夏秋冬·2022-02-19 15:13

晨读感悟-大思想

更奇葩的是，我们还不是质控部，也不是法规部。每个公司都是跟着ISO9000干活的，但是是不是所有的人都一定要知道里面的每一条法规呢？我当时就提议做个脑图，链接规章制度和现实工作的关系。
Janet大昕鼓徵·2022-02-17 16:23

要成长，控制本能不如利用本能

他是有大脑的前额皮质控制的。意志力有三个
那颗星Star·2022-02-16 15:20

2018-06-04

这样应该算是被物质控制的反例吧。这两天稍微地罗列了一下一整天的时间分配发现拿来学习的时间还真是少之又少。一整天里，只有早读和晚课结束后到图书馆的时间是好好拿来学习
我在风里等风停·2022-02-16 09:32

单细胞交响乐28-实战十一 Smart-seq2-小鼠造血干细胞

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-15 22:17

使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq

Signac包主要支持以下功能：单细胞数据质控指标的计算数据降维、可视化和细胞聚类细胞类型特异性peak的鉴定“pseudo-bulk”coveragetracks的可视化多样本scATA
Davey1220·2022-02-15 08:59

单细胞交响乐30-实战十三 10X 小鼠乳腺上皮细胞

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-12 12:56

一款计算亲缘关系和祖先分析的软件-AKT

对大样本的WGS和WES分析，亲缘关系和祖先分析是一个非常重要的质控点，可以用来保证实验的稳定性。
生信阿拉丁·2022-02-12 09:01

单细胞交响乐19-实战二 STRT-Seq

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-11 02:10

RNA-seq摸索：2.sra下载数据→fastqc质控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比对→Samtools格式转换→IGV可视化结果

参考这些主要根据这篇操作！！！我觉得学RNA-seq必看的文献！！这篇写的特别好：RNAseq-workflowRNA-seq原始数据的下载方法fastq格式大全本科生搞定RNA-seq上游数据分析RNA-seq一般流程转录组入门：序列比对RNA分析简洁版序列比对我觉得这个作者这样的分类特别清晰，值得学new_workflow/│└──annotation/1ls你放fastq数据的路径/sra/
没有猫但是有猫饼·2022-02-10 10:22

单细胞交响乐25-实战八 Smart-seq2 胰腺细胞

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-10 06:56

全基因组测序——贰.质控

质控高通量测序数据下机后的原始fastq文件，包含4行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，得到下机数据后我们首先进行质量检测，详细见质量检测：FastQC然后进行质量控制，这个过程包括去接头、过滤低质量
oddxix·2022-02-09 11:30

全外显子测序(wes)数据分析详细流程(小样本)

需要的参考基因组文件3wes测序质量的控制3_0_4要理解并会用的几个脚本4测序数据批量比对到参考基因组输出bam文件5一步法找基因变异流程6GATK4完整流程7对比对和变异结果用IGV进行可视化8比对及找变异步骤的质控本流程参考
Y大宽·2022-02-09 09:26

单细胞测序-scRNA-seq数据的预处理与质控

scRNA-seq与bulk-RNA-seq同样是RNA的通量测序数据，在前期质控与后期分析都有什么异同？
作图丫·2022-02-09 00:50

去PCR冗余

PrefixPE/1TACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT>PrefixPE/2GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTrimmomatic等通常的质控软件
苏牧传媒·2022-02-08 14:28

第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools

学习目标：探讨ChIP-seq数据质量低的来源理解链交叉相关性（strandcross-correlation）使用phantompeakqualtools计算交叉相关性和其他相关的质控度量值评估交叉相关图
六六_ryx·2022-02-08 14:16

4. 蛋白质组学数据分析基础（1）

主要知识点：--质谱数据格式--结果报告的质控--DDA模式的工作原理质谱数据格式话说，蛋白质质谱从十几年前就形成了固定的数据结构和格式。
bioin·2022-02-07 17:53

单细胞交响乐4-归一化

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-scRNA的细胞质控
刘小泽·2022-02-07 15:51

Seurat学习与使用（一）

简介  Seurat是一个r包，被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析。Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源，同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数。
小胡子老爷·2022-02-07 14:39

变天

今天的环节质控督导工作，查看手术病人的保暖工作是否做落实到位。嗯，每个人都非常细心的把自己的手术病人照顾的很暖和。术中保暖已经成为手术专科护理中
笑笑_a436·2022-02-07 04:38

【基因课】测序数据过滤和质控

1.课程大纲基础知识数据质控Fastqc结果解读数据过滤2.学习笔记2.1基础知识2.1.1测序原理SamplePrep：DNA随机打断加adapter；ClusterGeneration：桥式PCR；
猪猪头看世界·2022-02-07 03:57

扎根土壤向阳生，破茧成蝶终有日（持续更新中~~）

一、自我实现1.在公司二0一七年度评优评先活动中被评为先进个人2.统筹科室“新梦想•再起航”暨武汉格力旺季评优评先活动，奖项申报相关工作3.荣获质控部2018年旺季“最佳奋斗者”4.在公司申报武汉市质量奖中完成对
自强不息进化·2022-02-06 20:14

单细胞交响乐17-不同单细胞R包的数据格式相互转换

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-06 08:43

单细胞交响乐10-数据集整合后的批次矫正

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-06 04:23

关于利用脚本批量下载、转换、质控

首先我们明确一下操作流程1、利用Aspera批量下载文件2、利用FastQC语需要.fastq.gz文件，所以我们需要利用SRA-toolkits做格式转换3、利用FastQC做质控我的需要批量下载的序列放在
Better_man1·2022-02-05 05:27

单细胞测序-scRNA-seq数据的标准化处理

我们都知道，从数据质控开始已经进入了scRNA分析阶段，在这个阶段开始测试代码，进行实操是很重要的。测试过程中出现的各种问题可能成为你学习路上的拦路虎。
作图丫·2022-02-04 21:12

单细胞测序-scRNA-seq数据的降维和可视化

在scRNA-seq数据通过一些列的预处理，质控以及标准化之后，后续分析步骤需要通过识别细胞间的基因表达差异来进行聚类，分析不同细胞群的差异性。
作图丫·2022-02-03 14:45

复训《重建价值大楼》练习五

——质控查病历二、这件事涉及的元素/材料是什么？——病历内容，医嘱，日常需要检查的项目，医政医保的要求三、这件事的步骤和流程是什么？
SUE用生命起舞·2022-02-03 07:31

单细胞交响乐21-实战四 批量处理并整合多个10X PBMC数据

因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细胞交响乐2-scRNAseq从实验到下游简介单细胞交响乐3-细胞质控单细胞交响乐
刘小泽·2022-02-03 06:24

【晚间复盘日记】2022-01-20

【成功日记】1，去质控办找了黄院长两次，关于那个学习的事情2，沟通耗材的事情，最后定于明天早上9点半一起沟通3，明天晚上一起吃饭，大家聚餐4，其他的没有了【反思日记】关于承担，关于家庭，当多了一个人的事情
木子的远方·2022-01-20 22:24

【晚间复盘日记】2022-01-18

【成功日记】1，整理文件柜里的资料，两年了，把那些不适合全部粉碎，极简主义，做到电子化2，为湘东联系了临床路径的学习，质控办杨主任3，关于湘东的三大中心接口前期会议4，阅读1个半小时，安排明天的事项，完成了小红书的手抄金句
木子的远方·2022-01-18 22:14

【晚间复盘日记】2022-01-13

5，联系了质控科的黄主任，他说要年后再来参观学习【反思日记】今天主要是反思啥呢，自己做的决定容易受到外人的劝导而改变，立场不坚定，
木子的远方·2022-01-13 22:19

益凤：开心

今日工作复盘：完成工作日常、完成科室考核表、完成考勤表，完成质控学习。国网预报名成功，省网信息保存。最为开心的是档案处盖章解决了，最初的焦虑不堪，到瞬间柳暗花明。想到发青同学，虽上次电话
天天向上的树·2021-12-23 23:20

单细胞转录组双细胞判别软件scDblFinder

在后续数据质控分析中，线粒体基因占比和双细胞率均很高，用scDblFinder进行双细胞预测，双细胞占率竟然高达34%。我很好奇，双细胞率为什么会这么高，如何审视这个结果？
whitebird·2021-12-22 13:44

RNA-Seq data analysis

数据准备数据来源测序下机数据直接进行质控和后续分析；已发表数据以“ThePP2A-interactorTIP41modulatesABAresponsesinArabidopsisthaliana”，这篇文章为例
胡小兵plus·2021-12-03 15:22

益凤：复盘

多年来的质控检查一直轻描淡写，今年却令我印象最深。见识了人品的浅薄，看到了现实的残酷，收到了整改的方向。
天天向上的树·2021-11-20 06:17

益凤：检查日

终于迎来质控检查，每一次来的都是新面孔，每一次都会有新的发现，形形色色，七七八八。
天天向上的树·2021-11-18 08:27

益凤：记录

忙完高校体检又是质控检查，与此同时好运来得太突然，在疫苗登记时遇到检查官相识的人，开玩笑之余也了解了一番，可爱的阿姨还亲自打电话过去，提醒检查时别吓到小姑凉了，哈哈。
天天向上的树·2021-11-10 06:46

4.单细胞 RNA-seq：质控分析

学习目标：构建QC指标和相关图便于直观地查看数据质量评估QC指标并设置过滤条件去掉低质量细胞单细胞RNA-seq：质量控制image此工作流程的每一步都有自己的目的和挑战。对于我们原始数据的QC，它们包括：目标：筛选数据，使其仅包含高质量的真实细胞，这样当我们对细胞进行聚类时，就更容易识别不同的细胞类群识别任何不合格的样本，并尝试挽救数据或将其从分析中删除，此外，还要尝试了解样本失败的原因挑战：从
denghb001·2021-11-08 16:21

3.单细胞 RNA-seq：质控分析设置

单细胞RNA-seq：质量控制设置image基因表达量化后，我们需要将此数据读入R中，执行QC的指标。我们将讨论可以预期的数据格式，以及如何将其读入R以便我们可以继续流程中的QC步骤。我们还将讨论我们将使用的数据集和相关的metadata。探索示例数据集我们将使用单细胞RNA-seq数据集，该数据集是Kang等人于2017年进行的一项较大研究的一部分。在本文中，作者提出了一种计算算法，该算法利用遗
denghb001·2021-11-08 16:16
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