转录组

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

NGS测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。
简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 15:52

火山图——直观的特征差异可视化

Volcanoplots）是散点图的一种，根据变化幅度（FC，FoldChange）和变化幅度的显著性（Pvalue）进行绘制，其中标准化后的FC值作为横坐标，P值作为纵坐标，可直观的反应高变的数据点，常用于基因组学分析（转录组学
Odd_guy·2023-11-15 22:44

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物
SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-14 22:57

数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test）

前言差异分析是转录组数据分析的必需技能之一，但众多的转录组分析R包如DESeq2，limma和edgeR等让分析人员不知如何选择，还有它们之间的优劣如何？
十三画者·2023-11-14 15:27

CoSTA：用于空间转录组分析的无监督卷积神经网络学习方法

空间转录组学技术的兴起使人们
wen05054105·2023-11-14 05:28

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法
Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

转录组学习之序列比对（Hisat2）[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之序列比对（hisat2）[学习笔记通俗易懂版]data:2023.7.25recorder:CYH-BI特别注意：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考。
CYH-BI·2023-11-14 00:39

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面（看到曾老师收费不能白嫖我就写个脚本）首先我下载了一个10x的文件集合哈我的理想是整成这个样打开后是这个样式如何实现呢我提供了py的脚本
sayhello1025·2023-11-13 16:06

知识分享| 转录组个性化分析(6）——WGCNA

近年来，很多SCI高分文章中都使用了WGCNA，那么WGCNA是什么，它可以应用于哪些研究方向，又如何进行WGCNA分析，其分析结果如何看？现在就带着这些问题，跟着小易一起学习探讨吧！1WGCNA介绍WGCNA（weightedgeneco-expressionnetworkanalysis，权重基因共表达网络分析）是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模
bioyigene·2023-11-13 16:02

生物学重复好不好--看看样本相关性

以转录组数据为例，一般会设置3-5个生物学重复，如何确认生物学重复的效果好坏呢，方法有很多，可以计算两两样本之间的相关性，可以进行样本的PCA分析，或者绘制聚类热图，这里首先介绍样本相关性方法。
Neptuneyut·2023-11-10 03:53

手把手教学差异表达基因分析

文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码其他问题引言对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组
Neptuneyut·2023-11-10 03:53

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。
coffeeii·2023-11-08 08:55

上游分析学习笔记

第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到转录组。第二阶段量化与每个基因或转录本来源的reads数量，构建表达矩阵。
jiarf·2023-11-05 16:56

GTEx:基因型和基因表达量关联数据库

GTEx全称如下Genotype-TissueExpression该项目对来自人体多个组合和器官的样本，同时进行了转录组测序和基因分型分析，构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库。
生信修炼手册·2023-11-05 12:54

单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Sing
Seurat_Satija·2023-11-05 04:44

转录组笔记（5）序列比对

HISAT2：比对到基因组TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/i
韦巍_e3f3·2023-11-05 01:56

单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：空间转录组数据分析

正如我们之前介绍过的：10X空间转录组Visium:基本概念10X空间转录组Visium||空间位置校准Seura
周运来就是我·2023-11-05 00:22

3月份计划--转录组及单细胞转录组分析方法建立

学习资料：陈巍学基因：https://www.bilibili.com/video/av79295678?from=search&seid=11730831477922519685https://www.bilibili.com/video/av79301729?from=search&seid=11347525676144926676https://www.jianshu.com/p/eeb61
一只烟酒僧·2023-11-04 21:03

第三代测序技术在微生物研究中的应用

第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术，它的出现为基因组学、转录组学及DNA甲基化等研究
wangchuang2017·2023-11-04 09:02

2020年转录组文章到底有多难发？一文说明白！

转录组是一类让人既爱又恨的项目，实验门槛低，却是文章泛滥的重灾区，总有人问小编，现在转录组还能发文章吗？
组学大讲堂·2023-11-04 05:46

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之基因开关（GeneSwitches）

hello，大家好，今天给大家分享的是，拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析，挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析，这个方面大家应该都不陌生，文章在GeneSwitches:orderinggeneexpressionandfunctionaleventsinsingle-cellexperiments，我们首先来分享一下文献，最后看一看参考代码。首先认识一下什么是开关基因，开关基因指细胞
单细胞空间交响乐·2023-11-03 11:18

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-03 04:45

bam格式转换为Fastq/Fasta格式

bam格式转换为Fastq/Fasta格式SamtoolsFastqGATKSamToFastqBedtoolsbamtofastq举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam
lazymark2·2023-11-03 04:43

seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析

前几天，将服务器的seurat包升级到4.1.0版本，在跑单细胞转录组流程的时候发现在FindAllMarkers步骤报错，想细究下原因。
whitebird·2023-11-03 03:32

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片
单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

转录组分析（五）--王通老师讲解

19tophat(二)具体演示（重中之重来了）A为对照组，B为处理组，A和B都采用illumina测序，reads读长分别为70bp，插入片段大小为200bp，reads之间的距离为200-70-70=60bp，将这个两个样品分别与人全基因组参考序列进行比对，也就是前面下载好的参考序列文件和GTF文件。（因为数据量比较大，所以两个样本作者只截取500M数据进行展示）后面会描述如何评估测序数据是否达
不如好好学生信吧·2023-11-02 20:40

IF: 4+ 通过共表达网络鉴定急性心肌梗死患者血小板转录组关键基因模块和通路

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你81篇原创内容-->公众号这期分享一篇贼简单的4+文章，2021年4月发表在AmJTranslRes.通过共表达网络（WGCNA）分别鉴定了ST段抬高型心肌梗死（STEMI）和非ST段抬高型心肌梗死（NSTEMI）中血小板相关的中枢基因。摘要急性心
90066456ace6·2023-10-31 09:55

cDNA_Cupcake处理Iso-Seq

该工具用于处理三代转录组（CCS）结果具体请关注：https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wikihttps://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake
斩毛毛·2023-10-31 01:42

10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理

这里演示了如何使用cell2location模型将单个细胞参考细胞类型映射到空间转录组数据集。
单细胞空间交响乐·2023-10-30 23:09

10X空间转录组 & 10X单核转录组联合分析解析肥厚性心肌病的调控机制

hello，大家好，又到了周五了，一周的收官之战，今天分享的内容有点多，涉及到很多单细胞和空间的分析方法，我们要精读并且进行深入的解析，我认为方法都很经典，而且运用的也比较好，我们慢慢逐一解析，文章在Lineage-specificregulatorychangesinthepathologicalcardiacremodelingofhypertrophycardiomyopathyunrave
单细胞空间交响乐·2023-10-30 05:48

转录组从下机数据到GO、kegg、GSEA

具体软件参数，见转录组全新学习之总篇clusterProfiler小试牛刀#!/bin/bash#复制下机数据到新的文件夹data,尽量避免操作原始文件~/disk/lyb/find.
wo_monic·2023-10-29 13:55

单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正

本文是参考学习单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。前言实际的科研项目中不可能只有一个样本，多样本的单细胞数据如何合并在一起，是否需要校正批次效应呢？
Seurat_·2023-10-29 02:39

2022-04-09

-04-0910:49收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者介绍了EasyFuse，一种机器学习计算工具，用于检测从人类癌症样本中获得的转录组数据中的癌症特异性基因融合
图灵基因·2023-10-28 12:39

RNA-seq 详细教程：分析准备（3）

学习目标了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中，RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。
冷冻工厂·2023-10-28 11:56

单细胞scRNA-seq学习笔记6-单细胞批次效应

课程学习生信技能树单细胞转录组（基础）现在福利来了，单细胞课程免费开放了：#完整版视频上线！全！面！免！费！
天涯清水·2023-10-27 04:18

单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析

本文是参考学习单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija·2023-10-26 16:07

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

空间转录组学鉴定了在每个发育阶段对应不同解剖区域的独特基因图谱。通过单细胞RNA测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型，证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用
六博说·2023-10-26 13:45

【单细胞转录组】KEGG通路反推基因列表

#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2NAME)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTID)PATH2ID<-mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAM
Geekero·2023-10-26 06:04

10X单细胞（10X空间转录组）之单细胞精度分析细胞通讯

开工了，到了我们上班的时间了，刚开始，我们来分享一些新出现的方法，看看方法上有哪些更新，我们虽然做不了潮流的引领者，但是要跟随潮流，保证自己不被时代抛弃，今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结，我们借鉴一下，并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细
单细胞空间交响乐·2023-10-26 03:34

2022-05-15

NatBiothech|通过空间转录组学与细胞类型对应关系原创存在一棵树图灵基因2022-05-1519:19收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=54.902推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了一种基于条件自回归的反卷积的方法
图灵基因·2023-10-25 20:29

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:37

转录组之质量控制（FastQC）[学习笔记通俗易懂版]

转录组之质量控制（FastQC）本文简介：这篇文章是经过了自己学习实践出来的，参考了很多资料，如若有大佬能指出错误，我将感激不敬，有错误，请在评论区留言，谢谢。
CYH-BI·2023-10-25 12:07

转录组之序列剪切（Trimmomatic）[学习笔记通俗易懂版]

转录组之序列剪切（Trimmomatic）本文简介：这篇文章是经过了自己学习实践出来的，参考了很多资料，如若有大佬能指出错误，我将感激不敬，有错误，请在评论区留言，谢谢。
CYH-BI·2023-10-25 12:07

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意（声明）：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:07

2021-09-30-day6-重点是

主要参考百迈客医学公众号的文章“SRA数据下载的几种常见方法”和生信星球公众号的文章“生信小白第19天--转录组实战(一)”。
重点是·2023-10-25 11:44

2021-08-05 Omics Playground在线转录组和蛋白质组数据分析工具

网站链接OmicsPlayground是一个免费的生信分析平台，可以用于组学数据的可视化、分析和挖掘。适用于没有任何计算基础的生物小白，界面友好、图形可视化，没有任何编程经验的人都能用。参考文献：MurodzhonAkhmedov,AxelMartinelli,RogerGeiger,IvoKwee.OmicsPlayground:acomprehensiveself-serviceplatfor
iColors·2023-10-25 11:00

上海见 | 易基因科技与您相约2023年中国微生物学会学术年会

图片来源：中国微生物学会公众号易基因科技受邀参加会议，将携原核三代甲基化、原核转录组、宏病毒组、细菌ChIP-s
易基因科技·2023-10-25 10:03

跟着NatureMetabolism学作图：R语言ggplot2转录组差异表达火山图

论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论
凉亭下·2023-10-24 06:42

使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引
凉亭下·2023-10-23 08:34
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