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转录组
Seurat 单细胞
转录组
测序数据分析教程(二)——python(scanpy)
Seurat单细胞
转录组
测序数据分析教程(二)——python(scanpy)文章参考至scanpy官网,做了一个更详细的解读。
coffeeii
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2023-11-08 08:55
python
数据分析
上游分析学习笔记
第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到
转录组
。第二阶段量化与每个基因或转录本来源的reads数量,构建表达矩阵。
jiarf
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2023-11-05 16:56
GTEx:基因型和基因表达量关联数据库
GTEx全称如下Genotype-TissueExpression该项目对来自人体多个组合和器官的样本,同时进行了
转录组
测序和基因分型分析,构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库。
生信修炼手册
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2023-11-05 12:54
数据库
可视化
大数据
数据可视化
java
单细胞
转录组
高级分析二:转录调控网络分析
然而单细胞
转录组
数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点,给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Sing
Seurat_Satija
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2023-11-05 04:44
转录组
笔记(5)序列比对
HISAT2:比对到基因组TopHat首次被发表已经是7年前,STAR的比对速度是TopHat的50倍,HISAT更是STAR的1.2倍。HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/i
韦巍_e3f3
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2023-11-05 01:56
单细胞
转录组
数据分析|| scanpy教程:空间
转录组
数据分析
正如我们之前介绍过的:10X空间
转录组
Visium:基本概念10X空间
转录组
Visium||空间位置校准Seura
周运来就是我
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2023-11-05 00:22
3月份计划--
转录组
及单细胞
转录组
分析方法建立
学习资料:陈巍学基因:https://www.bilibili.com/video/av79295678?from=search&seid=11730831477922519685https://www.bilibili.com/video/av79301729?from=search&seid=11347525676144926676https://www.jianshu.com/p/eeb61
一只烟酒僧
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2023-11-04 21:03
第三代测序技术在微生物研究中的应用
第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术,它的出现为基因组学、
转录组
学及DNA甲基化等研究
wangchuang2017
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2023-11-04 09:02
2020年
转录组
文章到底有多难发?一文说明白!
转录组
是一类让人既爱又恨的项目,实验门槛低,却是文章泛滥的重灾区,总有人问小编,现在
转录组
还能发文章吗?
组学大讲堂
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2023-11-04 05:46
10X单细胞(10X空间
转录组
)轨迹分析(拟时分析)之基因开关(GeneSwitches)
hello,大家好,今天给大家分享的是,拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析,挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析,这个方面大家应该都不陌生,文章在GeneSwitches:orderinggeneexpressionandfunctionaleventsinsingle-cellexperiments,我们首先来分享一下文献,最后看一看参考代码。首先认识一下什么是开关基因,开关基因指细胞
单细胞空间交响乐
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2023-11-03 11:18
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、
转录组
分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析
生信宝典
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2023-11-03 04:45
html
css
数据挖掘
数据可视化
正则表达式
bam格式转换为Fastq/Fasta格式
bam格式转换为Fastq/Fasta格式SamtoolsFastqGATKSamToFastqBedtoolsbamtofastq举例说明,比如说我们现在有一个
转录组
比对文件D1_D1.sort.bam
lazymark2
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2023-11-03 04:43
生物信息学
生物信息学
生物学
java
r语言
seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析
前几天,将服务器的seurat包升级到4.1.0版本,在跑单细胞
转录组
流程的时候发现在FindAllMarkers步骤报错,想细究下原因。
whitebird
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2023-11-03 03:32
10X单细胞(10X空间
转录组
)RNA速率分析之scVelo
今天我们测试一下软件scVelo,这个软件应该很多人都用过了,但是玩的好的人,应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据(loom,h5ad,csv),我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果,这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片
单细胞空间交响乐
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2023-11-03 01:18
转录组
分析(五)--王通老师讲解
19tophat(二)具体演示(重中之重来了)A为对照组,B为处理组,A和B都采用illumina测序,reads读长分别为70bp,插入片段大小为200bp,reads之间的距离为200-70-70=60bp,将这个两个样品分别与人全基因组参考序列进行比对,也就是前面下载好的参考序列文件和GTF文件。(因为数据量比较大,所以两个样本作者只截取500M数据进行展示)后面会描述如何评估测序数据是否达
不如好好学生信吧
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2023-11-02 20:40
IF: 4+ 通过共表达网络鉴定急性心肌梗死患者血小板
转录组
关键基因模块和通路
点击关注,桓峰基因桓峰基因生物信息分析,SCI文章撰写及生物信息基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你81篇原创内容-->公众号这期分享一篇贼简单的4+文章,2021年4月发表在AmJTranslRes.通过共表达网络(WGCNA)分别鉴定了ST段抬高型心肌梗死(STEMI)和非ST段抬高型心肌梗死(NSTEMI)中血小板相关的中枢基因。摘要急性心
90066456ace6
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2023-10-31 09:55
cDNA_Cupcake处理Iso-Seq
该工具用于处理三代
转录组
(CCS)结果具体请关注:https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wikihttps://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake
斩毛毛
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2023-10-31 01:42
10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理
这里演示了如何使用cell2location模型将单个细胞参考细胞类型映射到空间
转录组
数据集。
单细胞空间交响乐
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2023-10-30 23:09
10X空间
转录组
& 10X单核
转录组
联合分析解析肥厚性心肌病的调控机制
hello,大家好,又到了周五了,一周的收官之战,今天分享的内容有点多,涉及到很多单细胞和空间的分析方法,我们要精读并且进行深入的解析,我认为方法都很经典,而且运用的也比较好,我们慢慢逐一解析,文章在Lineage-specificregulatorychangesinthepathologicalcardiacremodelingofhypertrophycardiomyopathyunrave
单细胞空间交响乐
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2023-10-30 05:48
转录组
从下机数据到GO、kegg、GSEA
具体软件参数,见
转录组
全新学习之总篇clusterProfiler小试牛刀#!/bin/bash#复制下机数据到新的文件夹data,尽量避免操作原始文件~/disk/lyb/find.
wo_monic
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2023-10-29 13:55
单细胞
转录组
高级分析一:多样本合并与批次校正
本文是参考学习单细胞
转录组
高级分析一:多样本合并与批次校正的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。前言实际的科研项目中不可能只有一个样本,多样本的单细胞数据如何合并在一起,是否需要校正批次效应呢?
Seurat_
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2023-10-29 02:39
2022-04-09
-04-0910:49收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=54.908推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者介绍了EasyFuse,一种机器学习计算工具,用于检测从人类癌症样本中获得的
转录组
数据中的癌症特异性基因融合
图灵基因
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2023-10-28 12:39
RNA-seq 详细教程:分析准备(3)
学习目标了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中,RNA-seq已成为
转录组
差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。
冷冻工厂
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2023-10-28 11:56
单细胞scRNA-seq学习笔记6-单细胞批次效应
课程学习生信技能树单细胞
转录组
(基础)现在福利来了,单细胞课程免费开放了:#完整版视频上线!全!面!免!费!
天涯清水
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2023-10-27 04:18
单细胞
转录组
基础分析七:差异基因富集分析
本文是参考学习单细胞
转录组
基础分析七:差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija
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2023-10-26 16:07
【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱
空间
转录组
学鉴定了在每个发育阶段对应不同解剖区域的独特基因图谱。通过单细胞RNA测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型,证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用
六博说
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2023-10-26 13:45
【单细胞
转录组
】KEGG通路反推基因列表
#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2NAME)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTID)PATH2ID<-mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAM
Geekero
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2023-10-26 06:04
10X单细胞(10X空间
转录组
)之单细胞精度分析细胞通讯
开工了,到了我们上班的时间了,刚开始,我们来分享一些新出现的方法,看看方法上有哪些更新,我们虽然做不了潮流的引领者,但是要跟随潮流,保证自己不被时代抛弃,今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结,我们借鉴一下,并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细
单细胞空间交响乐
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2023-10-26 03:34
2022-05-15
NatBiothech|通过空间
转录组
学与细胞类型对应关系原创存在一棵树图灵基因2022-05-1519:19收录于合集#前沿分子生物学技术撰文:存在一棵树IF=54.902推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:开发了一种基于条件自回归的反卷积的方法
图灵基因
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2023-10-25 20:29
转录组
学习之转录本组装与定量(stringtie)[学习笔记通俗易懂版]
转录组
学习之转录本组装与定量(stringtie)[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意:本文为我自己学习的学习记录,没有任何权威,只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI
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2023-10-25 12:37
转录组学习
学习
笔记
学习方法
linux
转录组
之质量控制(FastQC)[学习笔记通俗易懂版]
转录组
之质量控制(FastQC)本文简介:这篇文章是经过了自己学习实践出来的,参考了很多资料,如若有大佬能指出错误,我将感激不敬,有错误,请在评论区留言,谢谢。
CYH-BI
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2023-10-25 12:07
转录组学习
学习
笔记
学习方法
linux
转录组
之序列剪切(Trimmomatic)[学习笔记通俗易懂版]
转录组
之序列剪切(Trimmomatic)本文简介:这篇文章是经过了自己学习实践出来的,参考了很多资料,如若有大佬能指出错误,我将感激不敬,有错误,请在评论区留言,谢谢。
CYH-BI
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2023-10-25 12:07
转录组学习
学习
笔记
linux
转录组
学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]
转录组
学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意(声明):本文为我自己学习的学习记录,没有任何权威,只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI
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2023-10-25 12:07
转录组学习
学习
笔记
linux
学习方法
2021-09-30-day6-重点是
主要参考百迈客医学公众号的文章“SRA数据下载的几种常见方法”和生信星球公众号的文章“生信小白第19天--
转录组
实战(一)”。
重点是
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2023-10-25 11:44
2021-08-05 Omics Playground在线
转录组
和蛋白质组数据分析工具
网站链接OmicsPlayground是一个免费的生信分析平台,可以用于组学数据的可视化、分析和挖掘。适用于没有任何计算基础的生物小白,界面友好、图形可视化,没有任何编程经验的人都能用。参考文献:MurodzhonAkhmedov,AxelMartinelli,RogerGeiger,IvoKwee.OmicsPlayground:acomprehensiveself-serviceplatfor
iColors
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2023-10-25 11:00
上海见 | 易基因科技与您相约2023年中国微生物学会学术年会
图片来源:中国微生物学会公众号易基因科技受邀参加会议,将携原核三代甲基化、原核
转录组
、宏病毒组、细菌ChIP-s
易基因科技
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2023-10-25 10:03
生物学
生物信息学
经验分享
科技
跟着NatureMetabolism学作图:R语言ggplot2
转录组
差异表达火山图
论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码,但是所有作图数据都公开了,我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论
凉亭下
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2023-10-24 06:42
r语言
开发语言
使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题(计算集群slurm)
building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考
转录组
进行索引
凉亭下
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2023-10-23 08:34
开发语言
时间序列的单细胞
转录组
数据分析
——恩格斯单细胞
转录组
数据分析在阐述多细胞生物发育与疾病进程方面已经开发了多种新的方法,如比较有名的轨迹推断(TI,trajectoryinference)。
周运来就是我
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2023-10-23 08:12
「文献06」植入前胚胎的染色质可及性和
转录组
图谱
日期:2019年2月9日——2019-Week6分类:「思路,方法」题目:Anintegratedchromatinaccessibilityandtranscriptomelandscapeofhumanpre-implantationembryosDOI:https://www.nature.com/articles/s41467-018-08244-0.pdf杂志:NatureCommuni
六六_ryx
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2023-10-23 05:28
学习小组Day7——林瑶
一代测序(Sanger测序):利用双脱氧核苷酸ddNTP去摸索DNA分子二代测序构建DNA文库上样桥式PCR测序名词结构化基因组学(核酸序列分析)
转录组
学(基因表达分析)蛋白质组学代谢组学Day7.png
瑶_4ff9
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2023-10-23 05:18
RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍
发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息,是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲RNAseq的应用第二课RNAseq技术
转录组
概念中心法则
Drone_xjw
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2023-10-21 20:42
生物信息学
机器学习
其他
2021-12-31
前沿分子生物学技术撰文:风不止步IF=49.962推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:人们对肿瘤克隆在组织内是如何组织的,以及癌症的发展在多大程度上是由克隆特异性遗传畸变或环境线索驱动的仍然知之甚少,依然需要有新的方法来整合基因组、
转录组
和空间的规模测量
图灵基因
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2023-10-21 17:17
2022-04-02
收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:骄阳似我IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:作者及其研究团队使用高通量单细胞基因组分析方法来描述原发性胶质母细胞瘤以及匹配的患者来源的外植体和胶质球细胞系的遗传和
转录组
异质性
图灵基因
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2023-10-21 16:12
模式植物GO背景基因集制作
本期教程点击访问原文:模式植物GO背景基因集制作前言我们在做
转录组
数据分析时,大多数都会进行功
小杜的生信筆記
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2023-10-20 21:47
R语言精美图形绘制教程
数据库
开发语言
信息可视化
数据挖掘
学习
r语言
空间
转录组
介绍
而最受欢迎的,莫过于空间
转录组
的培训,动辄就上千人,而且大家的提问也很热烈,充分显示了科研工作者对这项刚推出不久的新技术的浓厚兴趣。今天,就带大家全面了解一下这项新技术——Visium空间
转录组
测序。
空谷百合花
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2023-10-20 11:18
(Python)在Matplotlib中对图像坐标轴进行log转换
对于跨度很大其分布离散的数据,常用log转换来缩写其差距,呈现在图上的效果也更好,比如在绘制
转录组
的表达量数据时,常用log转换之后的值进行绘制。
Think@
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2023-10-19 05:43
Python
python
matplotlib
开发语言
“非因线上讲堂”DSP空间多组学系列第一讲——从单细胞到空间
转录组
非因生物诚邀您参加2021年9月23日下午15:00-16:00举办的“DSP空间多组学系列第一讲——从单细胞到空间
转录组
”线上会。本次线上会将围绕单细胞与空间组学结合的实际案例进行详细解析。
FynnBio
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2023-10-18 23:47
基因组+
转录组
助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究
派森诺与华中农业大学合作,在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗
菌小落
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2023-10-18 18:07
基因组
RNA 17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)
关注公众号,桓峰基因这期继续补充一下
转录组
高级分析内容之一的筛选Hub基因,这个模块在SCI文章中也是经常出现,并且很多文章也是直接作为文章的两点来分析的,现在就介绍一下这部分的内容该怎么分析?
90066456ace6
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2023-10-18 13:16
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