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转录组
Q30与Phred值
转录组
测序数据中,经常会出现Q30或Phred值,它们究竟是什么含义?Q30表示一个碱基的质量值,也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30,错误率为0.1%,正确率为99.99%。
新欣enjoy
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2024-02-07 10:57
2021-12-10
前沿分子生物学机制撰文:楠烟不可言IF=53.242推荐度:⭐⭐⭐⭐亮点:这篇文章介绍了诱导多能干细胞(iPSC)存在线粒体单核苷酸变异(mtSNV),近年来的单细胞分析表明,相同的诱导多能干细胞单个细胞之间的
转录组
存在差异
图灵基因
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2024-02-07 08:30
前沿Perspective | 空间
转录组
数据分析方法最新进展
空间
转录组
学是一个迅速发展的领域,有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。
尐尐呅
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2024-02-07 08:31
Seurat 单细胞
转录组
测序数据分析教程(三)——python(scanpy)
Seurat单细胞
转录组
测序数据分析教程(二)——python(scanpy)文章参考至scanpy官网,做了一个更详细的解读。
coffeeii
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2024-02-07 03:31
python
数据分析
10X单细胞(10X空间
转录组
)多种通讯软件联合分析之liana
hello,今天我们分享一个简单的,将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起,分析我们的单细胞数据,直接看看代码部分注意一个名词,cell-cellcommunication(CCC),细胞通讯的软件方法很多了,thesemethodsandresourcesareusuallyinafixedcombinationofatoolanditscorrespondingresource,butinpr
单细胞空间交响乐
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2024-02-06 21:15
PCA图
首先,要准备好要分析的
转录组
数据。
呼啦啦可爱的Sherry雪莉
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2024-02-06 17:39
2022-08-14
我想完善一下,会使用Linux,会使用R语言,学了
转录组
分析的流程和
佳奥
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2024-02-06 09:00
谈谈数次生信线下活动的收获和体会
http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份,共进行了5次培训研讨活动,内容依次为
转录组
高级分析、生物信息作图系列
生信宝典
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2024-02-06 08:48
六个样本+
转录组
标准分析=IF5.81——最新项目文章:氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制
近些年,
转录组
测序凭借其周期短,价格低,普适性高等优势,备受科研人员的青睐。
ee00dc6faab7
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2024-02-06 02:30
Paper_7: Natural killer/T cell淋巴瘤的基因组、
转录组
特征
HighlightsIntegratedanalysisprovidesinsightintothemolecularclassificationinNKTCLEBVlyticgenesplayanimportantroleonNKTCLpathogenesisGenomicalteration-basedmolecularsubtypesassociatewithclinicaloutcomes
TOP生物信息
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2024-02-05 23:47
RNA-seq
转录组
数据分析
B站:RNA-seq
转录组
数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access
医学小白学生信
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2024-02-05 15:35
2022-08-25
细胞级表达图谱匹配测序和病理图像,发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文:骄阳似我IF:47.99推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:①空间分辨
转录组
学
图灵基因
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2024-02-04 23:21
借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析
hello,大家好,礼拜天了,明天又要上班了,但是很想写一点东西,留下点足迹,但是又不想太动脑子,所以分享一篇代码文,分享给大家,单细胞
转录组
和ATAC的联合分析。
单细胞空间交响乐
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2024-02-03 20:19
200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引
RNA-seq(5):序列比对:Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2建索引和比对史上最快的
转录组
流程
dicklim
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2024-02-03 15:13
学习小组Day7——宣Xuanan
因为课题就是做
转录组
测序的,所以基础知识有一些了解,接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析:使用fastqc进行质量分析,这是一款Java软件,支持多线程。
宣Xuanan
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2024-02-03 05:04
EVM 对预测结果进行整合
从头预测,同源注释和
转录组
整合都会得到一个预测结果,EVidenceModeler(EVM)可以对上述结果进整合软件安装wget-4https://github.com/EVidenceModeler/
斩毛毛
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2024-02-03 03:52
了解和绘制火山图
首先,什么是火山图火山图是
转录组
分析中经常能够见到的一类统计图,常用于反映差异表达基因概况。例如肿瘤组织与正常组织相比,那些基因存在过表达或被抑制,可以是编码基因、蛋白表达水平,也可以
纪伟讲测序
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2024-02-02 21:39
病原菌共感染研究思路
随着测序的发展,应用高通量
转录组
测序对于感染多种病原菌的研究也不断深入,今天跟大家分享两篇病原菌共培养研究共感染过程的相互作用,希望能给研究共感染的老师一些样本准备设计的思路的参考
爱基百客
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2024-02-02 15:43
学习
细菌
共感染
10X空间
转录组
数据分析之方法小结
今天我们来提炼一下10X空间
转录组
在文章中一些新的运用,文献在Thecellulararchitectureoftheantimicrobialresponsenetworkinhumanleprosygranulomas
单细胞空间交响乐
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2024-02-01 20:59
单细胞
转录组
数据分析||用10X软件分析已发表的10X数据
---大师大师,我想学单细胞
转录组
数据分···要不先下载一个示例数据挖掘一下?单细胞是生命科学的一个里程碑事件,而单细胞
转录组
是这个里程碑的上冠花。
周运来就是我
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2024-02-01 20:03
《生物信息学:导论与方法》--新一代测序NGS:
转录组
分析RNA-Seq--听课笔记(十四)
第八章新一代测序NGS:
转录组
分析RNA-Seq8.1
转录组
介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓
转录组
盲人骑瞎马5555
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2024-02-01 12:52
生物信息学
RNA-Seq
Cufflinks
TopHat
单细胞
转录组
测序技术及各类数据分析方法总结
自从2009年**单细胞
转录组
测序(single-cellRNA-seq,scRNA-seq)**技术首次问世,至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。
AIPuFu
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2024-02-01 09:22
单细胞测序
生物学
医学
生物信息学
单细胞测序
生物学
医学
单细胞
转录组
数据分析的10大软件/流程
单细胞数据分析现在已经有上千个软件工具可供使用了,这为用户带来便利的同时也造成了选择困难。就像时间一样,一个表,没问题,但如果有两个表,时间还不一样,该信谁的呢?正好我们前面一篇文章介绍了这样一个开源数据库:https://www.scrna-tools.org/,里面收集了几乎所有的单细胞数据分析工具,我们在这个网站上通过工具的引用数排序,截取前10行结果,得到目前引用数最多,应用最广的10个单
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-02-01 09:21
数据分析
人工智能
大数据
数据挖掘
10X空间
转录组
基因相关性分析之schex(寻找空间细胞单元)
hello,今天分享一个重要的内容,在空间上寻求基因的相关性,当然,也可以利用这个方法寻找我们的空间细胞“单元”,我们来看看详细的分析。我们知道,空间分析中常见的是解析每个spot中的细胞数,这是往细了做。而临近的细胞放到一个bin中获得概览,不仅是在可视化方面,在数据集大了之后,这种分箱的操作可以减少维度。这种分析方法或可叫做spotbinning抑或是pseudospot。之所以产生这个联想是
单细胞空间交响乐
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2024-01-31 17:35
单细胞
转录组
数据分析课件||9. Cell type identification in scRNA-seq data
本课件介绍了单细胞
转录组
数据分析的一个分析点:细胞类型识别。
周运来就是我
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2024-01-31 16:32
精选推文 | 基于三代
转录组
的基因注释踩坑经历以及GSAman使用
邀请并收到一位「GSAman」用户的稿件,非常详尽且实在。相信这份推文可以为一些做功能基因组方面工作的朋友,提供实用参考。--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及,现如今已经步入到“功能基因组学”(functionalgenomics)的时代。基因组注释是各种基因功能研究的基础,在之前的《生信石头》推文中,CJ大佬已经多次强调一个准确可靠的基因注释的重要性。基因注释可以分为结构注释和功能注释,
生信石头
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2024-01-31 04:39
【文献简报】-空间
转录组
学和原位测序研究联合研究阿尔兹海默症
空间
转录组
文章逐步进入爆发期,单细胞方向的未来是单细胞空间组学,这篇文章利用空间
转录组
(ST)和原位杂交测序(ISS)研究阿尔茨海默症。
六博说
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2024-01-30 22:07
基因组联合代谢组与
转录组
锁定关键通路--01
转录组
和代谢组可以从大量
转录组
信息中发掘差异基因,快速判断核心调控网络和关键候选基因,阐述生物学机理。基因组结合
转录组
及代谢组,将系统的锁定关键通路中的基因和代谢物。
百迈客生物
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2024-01-30 13:58
评估LLM在细胞数据上的实用性(4)-插补,模拟生成,涌现
由于看不见或无法测量的基因,对空间
转录组
数据进行插补。当前的空间插补方法在不同的数据集上没有表现出很强的性能(Optimizingxeniuminsitudatautility
tzc_fly
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2024-01-30 13:27
单细胞多组学分析
人工智能
算法
机器学习
超过1000种工具揭示了单细胞RNA数据分析的趋势
Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志:GenomeBiology年份:2021从2016年开始,scRNA-tools数据库(https://www.scrna-tools.org/)不断收集单细胞
转录组
数据分析软件
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-30 10:16
数据分析
数据挖掘
跟着Cell学单细胞
转录组
分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分
更多精彩请至我的公众号《KS科研分享与服务》第一次接触基因评分是在一篇文章中,也不知道这样的叫法对不对,作者选定了几个炎症基因,利用seurat包的一个打分函数AddModuleScore,依据基因的平均表达水平进行分析,最后得到的score称为炎症分数,其实这样的叫法有点欠缺,但是有这样的做法。(演示数据没有意义)选择基因进行计算。DefaultAssay(immune)<-"RNA"cd_fe
KS科研分享与服务
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2024-01-30 09:57
干货分享| 多组学助力中国科学家发表多篇CNS
多组学联合研究从多分子层次出发,通过整合生物系统中基因组、
转录组
、蛋白质组、
ee00dc6faab7
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2024-01-30 00:10
Seurat4.0:空间
转录组
与scRNA-seq参考整合
我认为需要自己写,那是一段异常艰难的时光。学,然后知不足。与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释,我们利用了由Saunders*,Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。数据可在此处作为已处理的Seurat对象下载,而原始计数矩阵可在DropViz网站上获得。ref<-readRDS("../data/mouse_hippocampus
Seurat_
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2024-01-29 14:33
10X单细胞(10X空间
转录组
)数据分析迁移之scGCN
图片.png单细胞组学数据,例如
转录组
(scRNA-seq),表观组(scATAC-seq)记录了细胞间的分子水平的差异性和相互作用,使生物学家得以深入了解复杂生物生态系统的单个细胞组成部分。
单细胞空间交响乐
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2024-01-27 21:29
使用OSCA进行eQTL分析
OSCA发表文献OSCA主要可以做以下几个事情:计算表观标记(或者基因表达)数据个体之间的表观组(
转录组
)的亲缘关系基于混合线性模型的方法检测DNA甲基化(或者基因表达)标记与复杂性状之间的关联(使用MOA
只看不写_nathan
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2024-01-27 14:03
【细胞通讯】LIANA
最近,其实我已经推荐了很多不同的细胞通讯的方法和工具,目前大多数的细胞通讯网络推理方法都是基于单细胞
转录组
数据。
jjjscuedu
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2024-01-26 13:01
一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程
转录组
测序的最直接目的,就是设法寻找组间显著表达变化的基因,解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。
纪伟讲测序
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2024-01-26 12:20
单细胞+空间
转录组
,这套思路够你用到2022!
如果说单细胞技术是热门,那空间
转录组
就是黑马,10xVisium技术一经问世,便备受
裁尘的人儿
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2024-01-26 10:24
空间
转录组
细胞类型的spot distance-based analyses,距离分析
最近发表的一篇关于空间
转录组
的文章《Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentats
单细胞空间交响乐
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2024-01-25 00:08
基因组与
转录组
,深入挖掘基因表达信息--02
案例4研究背景猕猴桃因维生素C含量非常高而被称为“水果之王”。猕猴桃的起源中心在中国西南部的山脉和山脉中。猕猴桃的驯化历史很短,始于20世纪初期,种子被引入新西兰。经过数十年的驯化,猕猴桃已幵发了许多品种。本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”(A.chinensis)的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物
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2024-01-24 23:12
10X空间
转录组
Visium:基本概念
2019年12月3日10X空间
转录组
Visium流程发布了,不再是Comingsoon...。流程打包SpaceRanger软件里面,感兴趣的小伙伴可以安装下来学习了,自带了数据集,还奉送了代码。
周运来就是我
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2024-01-24 15:48
【R>>Mfuzz】时间序列分析
时间序列分析:对不同时间点(状态)
转录组
或蛋白表达谱数据,进行模糊c均值聚类(fuzzyc-meansclustering,FCM),找出具有相似表达模式的基因或蛋白并聚类。
高大石头
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2024-01-24 14:30
基因组评估软件gaep
基因组组装评估指标基因组评估软件geap,overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代测序以及
转录组
测序数据
花生学生信
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2024-01-24 08:17
10X单细胞(10X空间
转录组
)之细胞通讯软件之间的分析比较
hello,大家好,这一次给大家分享一下有关各个通讯软件之间的结果是否具有一致性,当然,做细胞通讯的软件非常多了,我也分享了很多,但是分享不是目的,用起来才是我们的终极目的,哪个软件该用,软件哪个好,优劣势都是什么,今天我们就来看一下。ComparisonofResourcesandMethodstoinferCell-CellCommunicationfromSingle-cellRNAData
单细胞空间交响乐
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2024-01-24 00:08
2021-11-26
IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析,从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态;通过测序将免疫细胞的单细胞RNA测序(scRNA-seq)的结果与
转录组
和表位的细胞索引
图灵基因
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2024-01-23 22:41
2021-12-02
Nature|人原肠胚的单细胞
转录组
学特征原创huacishu图灵基因2021-12-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=49.960推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者分析了一个在自愿终止妊娠后被捐赠用于研究的人类胚胎
图灵基因
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2024-01-23 15:02
StringTie在注释基因组时的注意事项
在利用RNA-seq注释基因组时,有一个问题就是,我将不同组织来源的
转录组
数据和参考基因组比对之后,那下一步是1)先将这三个比对结果进行合并,然后用StringTie进行预测,还是2)用StringTie
xuzhougeng
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2024-01-23 14:16
3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study
它是一种针对全
转录组
关联分析的方法,旨在通过比较转录本3'端适配器的使用情况,来研究基因表达水平与特定表型或疾病状态之间的关系。
m1chiru
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2024-01-23 09:23
人工智能
标准化方法
转录组
测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段,再将reads比对到参考基因组上,并对读序定量,因而最初的表达矩阵是读序数。那么,当需要对样本进行差异分析时,就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy
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2024-01-23 02:43
生物信息学导论-北大-新一代测序NGS:
转录组
分析RNA-Seq 1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤:Real-TimeQuantita
陆沙
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2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
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