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Linux
转录组
StringTie在注释基因组时的注意事项
在利用RNA-seq注释基因组时,有一个问题就是,我将不同组织来源的
转录组
数据和参考基因组比对之后,那下一步是1)先将这三个比对结果进行合并,然后用StringTie进行预测,还是2)用StringTie
xuzhougeng
·
2024-01-23 14:16
3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study
它是一种针对全
转录组
关联分析的方法,旨在通过比较转录本3'端适配器的使用情况,来研究基因表达水平与特定表型或疾病状态之间的关系。
m1chiru
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2024-01-23 09:23
人工智能
标准化方法
转录组
测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段,再将reads比对到参考基因组上,并对读序定量,因而最初的表达矩阵是读序数。那么,当需要对样本进行差异分析时,就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy
·
2024-01-23 02:43
生物信息学导论-北大-新一代测序NGS:
转录组
分析RNA-Seq 1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤:Real-TimeQuantita
陆沙
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2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
10X单细胞(10X空间
转录组
)轨迹分析之绘图
下面这张图,大家不陌生吧,一般是用Velocyto做出来的。图片.png今天我们借助别人的数据,用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图,从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。首先是Seurat的二维降维结果(这次我们作为范例啊,这个聚类结果,真的让我一口老血吐出来了,大家分析的时候可要认真分析啊)。MK_cell_clusters_UMAP.png包括二位聚类的坐标文件图片
单细胞空间交响乐
·
2024-01-22 23:47
linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
#高通量测序获得宏基因组/宏
转录组
进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA
·
2024-01-22 15:47
Linux
生物信息学
linux
运维
服务器
Linux系统下,提取.fasta文件中序列长度>n的序列(举例:sqlen>1000)
#在宏基因组/宏
转录组
数据进行组装后,常需要去除短片段,筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中,您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。
WDPLA
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2024-01-22 15:17
linux
服务器
运维
宏
转录组
组装软件rnaSPAdes输出文件解读
#rnaSPAdes作为宏
转录组
数据组装软件,数据结果表现优秀。mataSPAdes更适用于宏基因组组装,宏
转录组
组转推荐rnaSPAdes。
WDPLA
·
2024-01-22 15:16
Linux
生物信息学
组装
linux
转录组
测序1-测序原始数据说明
转录组
测序是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。
纪伟讲测序
·
2024-01-22 08:45
零代码进行
转录组
数据分析实战(一):质量控制
一个完整的
转录组
测序项目大概分为以下三个阶段:体内:mRNA生成阶段。转录生成mRNA前体,再经过转录后加工形成成熟的mRNA。体外:建库测序阶段。RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。
简说基因-专业生信合作伙伴
·
2024-01-22 08:49
数据分析
数据挖掘
临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究?
肿瘤基因组和
转录组
的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具,但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去,临床诊断依赖于基于抗体的检测策略,但这些方法有一定的局限性。
尐尐呅
·
2024-01-22 04:38
时空组专辑数据库文献详解 | ZESTA:斑马鱼胚胎发育时空图谱
研究人员首次绘制了斑马鱼胚胎早期发育的时空
转录组
图谱,构建了在组织空间维度上的发育轨迹。此研究能够直观地
尐尐呅
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2024-01-22 03:46
基因组联合代谢组与
转录组
锁定关键通路--02
案例二研究背景香蕉广泛分布于热带和亚热带地区,是数百万人的主食和水果,是一种重要的食物资源,具有重要的社会经济和生态作用。香蕉栽培种(Musassp.)是二倍体、三倍体和四倍体的杂交种,源自于Musaacuminata(A基因组)和Musabalbisiana(B基因组)。虽然A基因组是香蕉遗传改良的关键一步,但缺乏高质量的B基因组序列极大地阻碍了香蕉种质的鉴定和分子育种。本研究测序组装了香蕉B基
百迈客生物
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2024-01-21 08:08
10X空间
转录组
数据推断基因拷贝数畸变(copy number aberrations)CNA
在空间
转录组
之前,我们可以利用单细胞数据进行推断CNA,用到的软件就是inferCNV,至于inferCNV的原理,我们这里就不详细叙说了,大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata
单细胞空间交响乐
·
2024-01-20 18:15
单细胞
转录组
|Seurat 4.0 使用指南
正好前段时间刚做过单细胞
转录组
分析,今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。
木舟笔记
·
2024-01-20 01:01
scRNA-seq Course 学习
scRNA-seq和bulkRNA-seq相似,区别只在于研究的细胞数量,后者是对同一组织的大量细胞进行
转录组
分析,而前者是对单个细胞进行
转录组
分析。
劳工小朋友
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2024-01-20 01:29
生物信息学
10X空间
转录组
-----空间高变基因检测之SpatialDE
今天我们来学习一下简单的基础知识,空间高变基因,之前呢,已经分享过Seurat内置的方法计算高变基因,文章在10X空间
转录组
之基因的空间表达模式,其实有关10X空间
转录组
计算空间层面的高变基因,还有有很多值得挖掘的分析内容
单细胞空间交响乐
·
2024-01-20 00:17
GenTree:基因进化和功能分析
转录组
数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx。蛋白质组调用了HPM。群体数据调用了GWASdb2,PopHuman。详细信息见下图。Mo21ot.md.jpg这个网站的使用方式很简单。
橙子牛奶糖
·
2024-01-19 16:36
ceRNA:一种全新的基因表达调控模式
它代表了一种全新的基因表达调控模式,相比miRNA调控网络,ceRNA调控网络更为精细和复杂,涉及更多的RNA分子,包括mRNA、编码基因的假基因、长链非编码RNA和miRNA等,它为科研工作者提供一个全新的视角进行
转录组
研究
Seurat_Satija
·
2024-01-19 08:51
不做WB或免疫组化,也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐
其利用
转录组
学和蛋白质组学技术,从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达
尐尐呅
·
2024-01-19 00:30
10X单细胞(10X空间
转录组
)画图操作之二维colorbar
之前一些同学一直问一个问题,如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况,但是最直观的思考就是一个点(cell)如果展示两个基因的表达量,那必将填充两种颜色,这明显是不可行的,结果将是两种颜色的叠加,当然这种情况又是必须的,因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况,那么今天就给大家带来一种方法,设置二维colorbar,以下图为例:图片.png图上展示的就是
单细胞空间交响乐
·
2024-01-18 17:16
第一篇新冠单细胞文献!|解读
我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读,基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析,而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞
转录组
分析,是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献
生信宝典
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2024-01-18 07:04
无参
转录组
起步
刘小泽写于19.2.1发觉好久没写了,果然临近过年事情比较多,最近重新开始无参
转录组
。
刘小泽
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2024-01-18 06:46
如何用
转录组
数据定量肿瘤浸润免疫细胞
有哪些方法可以用于评判肿瘤免疫浸润ToolTypeMethodCelltypesCodeavailabilityCellMixReferencesTIminerMPrerankedGSEADifferentgenesetswith31[10],28[11],and64celltypes[12]http://icbi.i-med.ac.at/software/timiner/timiner.shtm
王子狐
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2024-01-18 01:06
生物信息百Jia软件(21):hisat2
基因学苑Q群:32798724编者按现在的软件更新实在太快了,光是
转录组
用来比对的软件就有很多,bowtie,tophat,star,现在又有hisat以及hisat2,这款软件居然不叫tophat3。
基因学苑
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2024-01-17 21:53
单细胞
转录组
学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析
前言最近接触比较多肝纤维化项目,包括空转、单细胞和普通的BULK
转录组
,本文是肝脏疾病类器官构建,所以结果是比较确定的,只是对比不同处理和培养哪种效果更好,适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与,以及其机制
恩喜玛生物
·
2024-01-16 23:07
人工智能
深度学习
机器学习
2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活
在这里,我们使用单细胞多组学分析,从107,201细胞中研究了细胞异质性、
转录组
调控和微环境因素的动态变化,这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本,这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。
一只小脑斧
·
2024-01-16 20:43
易基因:表观遗传学和表观
转录组
修饰在植物金属和准金属暴露中的作用 | 抗逆综述
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。非必需金属(non-essentialmetal)和准金属(metalloid,也称类金属)对土壤的污染是全球许多地区面临的严重问题。这些非必需金属和准金属对影响作物产量和人类健康的所有生物体均有毒性。作物暴露于高浓度的这些金属中会导致矿物质稳态失调、光合作用效率降低、细胞分裂抑制、氧化应激、基因毒性影响,以及随后的生长阻碍。植物可以激
易基因科技
·
2024-01-16 13:53
文献科普
高分文献
高分文章
生物信息学
生物学
经验分享
易基因:DNA甲基化和
转录组
分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化
然而尚未对双生病毒感染期间宿主
转录组
、sRNA谱
易基因科技
·
2024-01-16 13:21
文献科普
精准医学
科普
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
根瘤固氮单细胞核转录还能这么用!
实验设计单细胞核
转录组
(snRNA-seq):使用根瘤菌接种大豆幼苗,14天后取样,取样分为N组(包含根瘤和根)和R组(
SHANGHAILINGEN
·
2024-01-16 10:14
测序
组学
#植物单细胞核
转录组
利用单细胞核
转录组
挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程
近期,发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核
转录组
文献,以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象,首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系,完成了首例荔枝单细胞图谱构建
SHANGHAILINGEN
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2024-01-16 09:40
组学
测序
10X空间
转录组
速率分析(Velocyto)之SIRV
相信很多人都做过,大家也应该很了解RNAVelocyto了,那么今天我们分享一个内容,就是RNAVelocyto如何在空间数据上的运用,发育不仅仅是细胞的转变,更重要的是,空间位置上的变化,我们多么希望在空间
转录组
上直接同时体现细胞的发育进程和位置变化
单细胞空间交响乐
·
2024-01-16 07:56
文献集锦 | 学术爆款“空间
转录组
”最新研究与应用
文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题:单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊:Cell发表时间:2021年1月影响因子:41.582应用领域:人(肠道)肠道是人体最大的屏障器官,可与肠道菌群共生,协调营养需求和免疫。多种相互关联的细胞类型构成了成熟的肠道及其独特的形态,但是
ee00dc6faab7
·
2024-01-16 00:03
生信步骤|
转录组
测序上游分析:hisat2+samtools+stringtie
转录组
分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富,本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从
转录组
数据中挖掘差异表达基因。
学术程稻属
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2024-01-15 20:34
生信步骤
linux
单细胞
转录组
测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性
单细胞
转录组
测序(scRNA-seq)技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。
晶典教你玩转科研
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2024-01-15 16:01
10X单细胞(10X空间
转录组
)聚类算法之leiden
hello,大家好,今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden,其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到,其中有一个参数algorithm,有4个可选项,我们列举出来1=originalLouvainalgorithm(原始Louvain算法)2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement(具有多级细化的Louvain算
单细胞空间交响乐
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2024-01-15 15:08
如何鉴定数据的建库方式(链特异性或非链特异性)
来自SRA的
转录组
数据,很多文章方法描述简单,无法判断是否为链特异性数据,导致在mapping和rawreadscount时参数不知如何选择。
生信助手
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2024-01-15 07:29
哺乳动物器官中基因表达水平的进化
在这里,为了了解哺乳动物
转录组
进化的动态,我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现,由于选择压力的
亦是旅人呐
·
2024-01-15 04:33
13.时间序列数据分析
利用implut时间序列数据分析的部分综述https://www.jianshu.com/p/94520ce07c95
转录组
时间序列数据处理(软件中利用的一些模型和计算差异基因的方法)https://www.jianshu.com
夏大希
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2024-01-14 21:17
10X空间
转录组
Visium || 空间位置校准
SpaceRanger10X公司提供两款空间
转录组
软件,和单细胞对应的软件很相似,最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么,如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢?
周运来就是我
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2024-01-13 13:38
基因组编码区的注释
UTR区准确性较低同源预测(homology-basedprediction):有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞,所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于
转录组
预测
loooop
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2024-01-13 03:18
转录组
分析6——GO/KEGG富集分析
莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天,要一直坚持写啊,加油!image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网:http://geneontology.org/GO(geneontology)是基因本体联合会(GeneOnotologyConsortium)所建立的数据库,旨在建立一个适
猪莎爱学习
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2024-01-12 22:14
空间
转录组
文章精析-第一期 黑色素瘤遗传异质性
本期,我们一起来分析一下2018年发表在CancerResearch(2019年该杂志最新影响因子为8.378)上的一篇由瑞典皇家理工学院发表的关于皮肤恶性黑色素瘤的文章。文章题目:SpatiallyResolvedTranscriptomicsEnablesDissectionofGeneticHeterogeneityinStageIIICutaneousMalignantMelanoma空间
我爱工作_工作使我快乐
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2024-01-12 10:02
100个GEO基因表达芯片或
转录组
数据处理之GSE126848(003)
等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据,还是会有大量的需求去处理芯片数据,并且建模或验证自己所研究基因的表达情况,芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战,因此准备更新100个基因表达芯片或
转录组
高通量数据的处理
恩喜玛生物
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2024-01-12 08:26
数据库
100个GEO基因表达芯片或
转录组
数据处理之GSE159676(002)
等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据,还是会有大量的需求去处理芯片数据,并且建模或验证自己所研究基因的表达情况,芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战,因此准备更新100个基因表达芯片或
转录组
高通量数据的处理
恩喜玛生物
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2024-01-12 08:26
数据库
转录组
实战03: Count转TPM、FRKM、CPM
把常用的函数写成了几个包,方便之后使用,bioquest包括三个子包tl、pl、st分别是常用的工具包括dataframe的处理、画图、字符串处理。genekit包括提取tcga数据、基因名转换、格式转换、差异分析等的函数。sckit包括单细胞分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek
恩喜玛生物
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2024-01-12 08:25
程序人生
全长
转录组
-结构分析
作者:Arno审稿:童蒙编辑:angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后(全长转录本鉴定,全长转录本比对),便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。本次小编通过结合一个全长转录本后续分析的工具集Cupcake的使用方法,来给大家介绍一下Iso-seq测序得到高质量转录本之后的一些分析。1.Cupcake安装在介绍Iso-seq后续分析之前,先来看一下Cupcake如何安
生信阿拉丁
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2024-01-11 17:46
10X空间
转录组
空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceX
hello,大家好,其实之前已经给大家已经分享过很多空间基因共表达模式的文章,今天给大家介绍一个新的方法,用于评断在组织中不同空间位置或细胞类型的基因-基因共表达的表征能够描绘空间共调节模式,而不是标准的差异单基因分析,参考文章在SpaceX:GeneCo-expressionNetworkEstimationforSpatialTranscriptomics,非常棒的文章,很适合用于分析空间转录
单细胞空间交响乐
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2024-01-11 15:06
这个工具让你5分钟搞定GSEA分析!还不来看看?
在某一项研究中,我们通过
转录组
或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱,获得了数千个基因的变化信息,如何从这些表达谱中发掘有用的信息?
科研小行星
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2024-01-11 15:56
科研数据库
GSEA
GSEA分析
10x 空间
转录组
最新文献集锦
2021年是空间
转录组
技术蓬勃发展的一年,应用空间
转录组
技术的文章也不断涌现,小诺挑选了6篇文章进行分享,内容涵盖了发育生物学、肿瘤学、免疫学、神经学等领域,让我们一起来看一看吧!
ee00dc6faab7
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2024-01-10 09:38
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