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转录组
单细胞
转录组
数据分析||界面版数据分析工具简介
今天,卑微小王为大家介绍几款单细胞
转录组
界面在线工具,以飨读者。也许您在入门单细胞的时候有思考过这个问题:我应该选择哪种技术来做呢?数据分析平台如何选择呢?是学习编程还是用在线的工具呢?
周运来就是我
·
2024-01-09 03:13
circRNA测序及机制全面讨论
纪伟讲测序,每周一讲,讨论组学,包括基因组,
转录组
,蛋白组,代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。
纪伟讲测序
·
2024-01-08 16:46
RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组
ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引:(不推荐)2、关于hisat2:Hisat2主要是用来进行
转录组
数据的比对
javen_spring
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2024-01-08 15:16
2021-11-14
NatMed|空间
转录组
学分析单细胞分辨率图谱原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文:存在一棵树IF=28.547推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:开发了SpaGCN,一种图卷积网络方法,其可通过图卷积从相邻点聚合每个点的基因表达
图灵基因
·
2024-01-07 16:58
10X单细胞 && 10X空间
转录组
分析之cellphoneDB可视化进阶
10X单细胞(10X空间
转录组
)细胞通讯的一个小小的细节考虑空间位置的通讯分析手段---
单细胞空间交响乐
·
2024-01-07 15:22
2022-07-17
NatBiotech|单细胞全长
转录组
分析新方法:实现廉价和高通量原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=68.164
图灵基因
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2024-01-07 07:25
【Amazing brain】之人脑前额叶背外侧皮质空间基因表达谱
10XGenomicsVisium空间
转录组
的初探索编辑:陆瑶校对:ANIMUS编者按:脑科学是最迷人的学科之一,也是最可能取得重大突破的学科,一直是全世界科学研究热点。
ANIMUS爱丽慕斯
·
2024-01-06 19:23
空间
转录组
分析流程(使用Seurat对空间数据集进行分析)
空间
转录组
分析流程(使用Seurat对空间数据集进行分析)因为每次打开这个网页都非常慢,所以我讲这个网页进行一个翻译,方便学习。
微光**
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2024-01-06 14:41
r语言
10X空间
转录组
----空间临近通讯的实现方法
EstimatingMicroenvironmentfromSpatialDataNICHESisatoolsetwhichtransformssingle-cellatlasesintosingle-cell-signalingatlases.Itisengineeredtobecomputationallyefficientandveryeasytorun.Itinterfacesdirect
单细胞空间交响乐
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2024-01-05 23:03
【单细胞组学】scCITE-seq(单细胞
转录组
+细胞表面蛋白表达)
单细胞水平的测序技术发展的越来越快,目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间
转录组
。
SciNote
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2024-01-05 13:43
基因组联合代谢组与
转录组
锁定关键通路--03
案例三研究背景构树(Broussonetiapapyrifera,2n=2x=26)属于桑科(Moraceae)构属(Broussonetia)多年生乔木,是我国乡土树种和先锋植物,有悠久的历史和文化,因为蔡伦用它造纸而世界闻名。构树的树皮和树干是造纸的优质原料,树叶还可以作为蛋白饲料,其根、茎、叶、果实及种子均可入药,富含黄酮类化合物;还是尾矿处理、生态绿化的理想树种。然而,全基因组测序工作还未
百迈客生物
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2024-01-04 20:37
表达矩阵的归一化和标准化,去除极端值,异常值
表达矩阵的归一化和标准化,去除极端值,异常值今天在学习
转录组
知识,在进行做表达量热图时候发现表达量差值很大,于是上网查资料看到关于解决问题的方法,就赶紧转存记下了。
天明豆豆
·
2024-01-04 14:44
10X空间
转录组
之共定位分析(细胞类型和配受体基因)
hello,大家好,今天我们来深入分析一下有关10X空间
转录组
的共定位分析问题,其实有关共定位问题呢,之前的一些文章也都分享过,文章在空间
转录组
细胞类型的spotdistance-basedanalyses
单细胞空间交响乐
·
2024-01-04 13:24
植物空间||拟南芥单细胞空间
转录组
图谱文献解析
在经过一段时间对单细胞
转录组
和空间
转录组
相关技术的了解,我认为对两项技术在生物领域的应用有了一定的认知。
畅背书
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2024-01-04 07:58
生信数据类型
生信在基因组学、
转录组
学、蛋白质组学和代谢组学等方面有广泛应用,可以帮助科学家们理解生物体内的基本生物过程和疾病发生机制,为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。生信领域中常见的数据类型包括:基因组学
m1chiru
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2024-01-03 23:39
数据库
Paper 1:
转录组
+miRNA+降解组相关文章
Paper1:
转录组
+miRNA+降解组相关文章标题:Transcriptome-wideidentificationofmiRNAtargetsandaTAS3-homologousgeneinPopulus
催催莎
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2024-01-03 19:02
“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”
种数据类型是远远不够的,随着高通量测序和多组学的快速发展,生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法,传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求,机器学习作为从数据中进行学习的算法,可以对不同组学来源(如基因组学、
转录组
学
20220705
·
2024-01-03 12:07
人工智能
python
RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq,你想知道的都在这(续)
前言NGS系列文章包括NGS基础、
转录组
分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞
生信宝典
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2024-01-02 16:05
转录组
分析实战第一节:Rawdata的质量控制与清理
在
转录组
数据拿到后,公司一般会给我们一个Rawdata和Cleandata如果喜欢折腾的可以直接拿着Rawdata进行一下数据清理后再进行后期的数据分析我们今天就对我们之前获得的一个Rawdata进行分析和质量控制为后期做数据分析做准备需要安装的软件是
Yeyuntian
·
2024-01-02 02:41
GO注释和富集分析概念介绍
当我们获得了一批生物数据时,例如
转录组
的数据,蛋白质组的数据,其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步,例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。
斗战胜佛oh
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2024-01-02 01:05
10X单细胞(10X空间
转录组
)数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯
六一到了,遥想自己上小学,还是课间操的队长,我在的地方是长治市壶关县北大安村,六一就回去店上镇参加体操比赛,人生如梦,转眼马上就要进入而立之年,小时候的梦想实现了么?这么多年,有没有让自己觉得难忘的事情?今天我们来分享一个通讯分析的内容,当然,方法都在不断的更新升级,考虑的也更加全面,参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySi
单细胞空间交响乐
·
2024-01-01 03:21
【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录
流程使用braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组、
转录组
、蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明:https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER
生物信息与育种
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2024-01-01 01:00
外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试
我们使用血浆RNA评估了六种长RNA测序方法在两个不同位点的性能,并报告了它们在基因组/
转录组
的reads(%)、检测到的基因数量、长RNA转录本多样性和可重复性方面的差异。使用最佳的方法
_十三
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2023-12-31 20:13
测序深度和测序覆盖度,怎么估算?
下面就给大家解释下这两个概念:(图片来源于知乎余功旺)测序深度(depths)测序深度(depths)指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值,简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/
转录组
的大小
朱渠成
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2023-12-31 17:09
癌症基因组重测序第一讲
一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰,由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组,同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein,即分别为
转录组
和蛋白组
不想透明的小透明
·
2023-12-31 08:25
2020-11-24: 文献阅读: 压力超负荷驱动的心衰小鼠免疫浸润的单细胞
转录组
测序揭示了免疫激活程度
论文信息Title:Single-CellSequencingofMouseHeartImmuneInfiltrateinPressureOverload-DrivenHeartFailureRevealsExtentofImmuneActivationJournal:CirculationIF:23.603Publishdate:2019Author:Martini,Elisa;Kunderfr
辛晓红
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2023-12-30 16:47
单细胞
转录组
及空间
转录组
学习资源
(1).单细胞上游软件cellranger:单细胞上游软件cellranger从头说(2).singleR操作说明:singleR(3).seurat操作说明:seurat官网;seurat官方教程:seurat教程(4).多组学单细胞教程:OSCA(5).单细胞课程:scrnaseq-courseSingleCellWorkshop2020NBIS-2021youtube-videos哈佛大学单
小潤澤
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2023-12-30 15:23
AUCell:单细胞
转录组
中识别每一个细胞对某个通路的富集程度
AUCell:能够看出某个通路在细胞中的激活情况,在文章中可以用于差异比较,即这个通路多数在巨噬细胞中激活,而在其他细胞群中不激活8f37c46e064b71c7fc55ec17806e6e2.png1.R包的下载if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")#Tosupportpar
汪汪队队长_莱德
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2023-12-30 13:57
既想学生物学,又想学计算机?——生物信息学了解一下
在这里,您将学习到3大板块的课程内容——生命科学、信息技术及生物信息学,让您轻松玩转职场,把同龄人按在地上使劲摩擦,基因组、
转录组
、蛋白组、代谢组等等各种复杂数据可以
Yolanda_44ad
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2023-12-30 09:59
单细胞
转录组
数据分析课件||7. Clustering of scRNA-seq data
单细胞分析的一个亮点就是可以找出细胞的异质性,也就是可以对细胞进行分群,找出有意思的亚群。所以这节课很重要:数据聚类。数据质控:选择高质量的数据进行聚类特征选择什么叫聚类为什么说聚类是非监督学习如何面对不同聚类算法得到的不同的结果介绍了几种常见的聚类算法ThislecturebyAhmedMahfouz(LeidenComputationalBiologyCenter,LUMC,Netherlan
周运来就是我
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2023-12-29 23:49
sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis
每一章都详细介绍了一个计算工具箱,旨在克服单细胞分析中的特定挑战,如数据规范化、罕见细胞类型识别和空间
转录组
分析,所有这些都侧重于分析实验数据的计算方法的实际实现。
周运来就是我
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2023-12-28 08:31
成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的
转录组
学分类和神经源性轨迹(1/2)
CR细胞:Cajal-Retzius细胞是发现的一类瞬态神经元哺乳动物发育中的大脑皮层的表面。它们以SantiagoRamónyCajal和GustafRetzius的名字命名,他们在19世纪末首次描述了它们。这些“特殊细胞”,正如Cajal最初所说的那样,从发育的早期阶段就占据了皮层的边缘区域(图1),因此具有影响其组织的战略地位。Cajal-Retzius细胞具有独特的形态和独特的水平树突,它
科研菜鸟
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2023-12-27 18:37
【Amazing brain】之基于空间
转录组
揭秘ALS分子病理时空变化
空间
转录组
经典重磅编辑:ANIMUS校对:ANIMUS编者按:2014年开始风靡全球的“冰桶挑战”,让ALS(肌萎缩侧索硬化症,俗称“渐冻人症”)为普通大众知晓。
ANIMUS爱丽慕斯
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2023-12-27 12:10
R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果
做完
转录组
差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释,比如GO或者KEGG的注释,注释好以后通常是富集分析。
小明的数据分析笔记本
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2023-12-27 11:01
单细胞质控和标准化
1.单细胞
转录组
主要应用于:深入了解组织中的细胞异质性。鉴定未知的细胞类型。鉴定已知细胞类型的亚型,原理是在感兴趣的细胞群中寻找差异基因表达模式。
maliming
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2023-12-27 08:54
外泌体多组学04-外泌体sRNA
转录组
数据饱和度评估
文章信息文献标题:SmallRNASequencingacrossDiverseBiofluidsIdentifiesOptimalMethodsforexRNAIsolationDoi:https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.024发表时间:2019,Cell作者:
[email protected]
关注重点用什么方法进行数据评估?评估参数是什么?文章结论如何
_十三
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2023-12-26 19:07
10X空间
转录组
之组织区域临近通讯实现方法
作者,追风少年i周五了,我就不整那些难以理解的了,给大家分享一个简易的空间
转录组
通讯的分析的方法,其实原理跟下面的一样,但是具体的细节我们要探讨一下。
单细胞空间交响乐
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2023-12-26 19:23
单细胞
转录组
数据挖掘推荐
数据挖掘推荐单细胞
转录组
测序(Single-cellRNASequencing)通过在单个细胞水平上进行测序,解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题,为科学家研究动植物单个细胞的行为
周运来就是我
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2023-12-26 14:25
成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的
转录组
学分类和神经源性轨迹
Transcriptomictaxonomyandneurogenictrajectoriesofadulthuman,macaque,andpighippocampalandentorhinalcells成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的
转录组
学分类和神经源性轨迹发表时间
科研菜鸟
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2023-12-25 16:41
2022-04-28
MolCell|单细胞分析
转录组
和组蛋白修饰细化表达调控研究图灵基因图灵基因2022-04-2813:44收录于合集#前沿生物大数据分析单细胞技术的进步不仅使分析单个细胞中的多个分子家族成为可能,而且还使科学家能够解析由于测量参数的细胞间多样性引起的数据分析的局限性
图灵基因
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2023-12-25 01:00
Trinity软件对
转录组
进行无参比对教程
写在前面2023年将结束,小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中,分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力,自己认为还算满意吧。对于个人来说,自己一直的目的都是分享自己的学习笔记,以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人,而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚,自己研究的方向也是比较局限,我们并
小杜的生信筆記
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2023-12-24 17:46
生物信息学
组学
转录组学
转录组无参比对
基因组学
数据比对
转录组
无参比对教程
写在前面2023年将结束,小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中,分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力,自己认为还算满意吧。对于个人来说,自己一直的目的都是分享自己的学习笔记,以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人,而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚,自己研究的方向也是比较局限,我们并
小杜的生信筆記
·
2023-12-24 17:45
转录组学
无参转录组
转录组比对
数据比对
基因组学
生物信息学
组学无参比对教程
转录组
无参比对教程当作物是没有参考基因组时,需要无参进行比对。Trinity是现在使用最广泛的
转录组
Denovo组装软件。
小杜的生信筆記
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2023-12-24 17:43
组学
生物信息学
无参比对
数据比对
空间
转录组
空转写在前面一些概念下载数据三级目录写在前面尝试尝试理解空转参考:1.Seurat空间
转录组
分析(一)数据读入:https://mp.weixin.qq.com/s/06qiP4_yE8UOvXt4eP6org
愿航
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2023-12-24 17:37
生活
教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]
相比于几年前火爆的通过
转录组
测序挖掘生物学问题策略,通过基因组,尤其是比较基因组分析,往往可以给我们带来更多确定性结果,如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红?这完全有可能是特定家族成员扩张导致。
生信石头
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2023-12-24 17:22
RNA-seq数据库(ChatGPT)
截至我最后更新知识的时间(2022年1月),存在许多RNA测序(RNA-seq)数据库,这些数据库提供了大量的基因表达和
转录组
学数据。
素材积累
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2023-12-24 07:11
笔记
数据库
RNA-seq
2021-12-15
NatBiotech|深度数据融合得到超分辨率空间
转录组
学原创huacishu图灵基因2021-12-1509:00收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=54.900推荐度:⭐⭐⭐⭐
图灵基因
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2023-12-24 02:22
汇总 | 转录本表达矩阵 到 基因表达矩阵
写在前面前天,我写了一个TBtools插件,意在让所有人都能自主分析
转录组
测序数据,进而获得基因表达量矩阵(TPM)和基因读段计数矩阵(Count)。
生信石头
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2023-12-23 09:13
知识分享 |
转录组
个性化分析(4)——蛋白互作分析
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI)是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体(proteincomplex)的过程。在进行数据挖掘的时候往往会得到很多的差异表达的基因,当你对着一堆基因毫无头绪时,此时PPI数据库对你的数据挖掘起了很大的助攻作用。接下来,跟着小编一起来学习下PPI分析吧!文中附详细代码,小伙伴们可以使用自己项目数据
百易汇能生物
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2023-12-23 07:57
单细胞从理论到实践-这一本书就够了
视频)10X单细胞RNA-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ测序10XGenomics的Visium空间基因表达解决方案空间
转录组
学
生信交流平台
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2023-12-23 03:13
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