转录组第4页

空间转录组文章精析-第一期黑色素瘤遗传异质性

本期，我们一起来分析一下2018年发表在CancerResearch（2019年该杂志最新影响因子为8.378）上的一篇由瑞典皇家理工学院发表的关于皮肤恶性黑色素瘤的文章。文章题目：SpatiallyResolvedTranscriptomicsEnablesDissectionofGeneticHeterogeneityinStageIIICutaneousMalignantMelanoma空间

我爱工作_工作使我快乐·2024-01-12 10:02

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM

把常用的函数写成了几个包，方便之后使用，bioquest包括三个子包tl、pl、st分别是常用的工具包括dataframe的处理、画图、字符串处理。genekit包括提取tcga数据、基因名转换、格式转换、差异分析等的函数。sckit包括单细胞分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek

恩喜玛生物·2024-01-12 08:25

全长转录组-结构分析

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后（全长转录本鉴定，全长转录本比对），便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。本次小编通过结合一个全长转录本后续分析的工具集Cupcake的使用方法，来给大家介绍一下Iso-seq测序得到高质量转录本之后的一些分析。1.Cupcake安装在介绍Iso-seq后续分析之前，先来看一下Cupcake如何安

生信阿拉丁·2024-01-11 17:46

10X空间转录组空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceX

hello，大家好，其实之前已经给大家已经分享过很多空间基因共表达模式的文章，今天给大家介绍一个新的方法，用于评断在组织中不同空间位置或细胞类型的基因-基因共表达的表征能够描绘空间共调节模式，而不是标准的差异单基因分析，参考文章在SpaceX:GeneCo-expressionNetworkEstimationforSpatialTranscriptomics，非常棒的文章，很适合用于分析空间转录

单细胞空间交响乐·2024-01-11 15:06

这个工具让你５分钟搞定GSEA分析！还不来看看？

在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？

科研小行星·2024-01-11 15:56

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

10X空间转录组数据分析之功能信号网络（Ligand---receptor----downstream genes network）

今天我们要继续空间转录组的分析内容，还是主要研究细胞在空间位置上的相互作用，参考文章在Decodingfunctionalcel

单细胞空间交响乐·2024-01-10 01:29

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。密苏里大学许东教授和俄亥俄州立大学马勤教授的团队发表在NatureCommunications上的一篇文章“scGNNisanovelgraphneuralnetworkframeworkforsingle-cellRNA-Seqanalyses”。单细胞RNA测

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

单细胞转录组数据分析||界面版数据分析工具简介

今天，卑微小王为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。也许您在入门单细胞的时候有思考过这个问题:我应该选择哪种技术来做呢？数据分析平台如何选择呢？是学习编程还是用在线的工具呢？

周运来就是我·2024-01-09 03:13

circRNA测序及机制全面讨论

纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。

纪伟讲测序·2024-01-08 16:46

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对

javen_spring·2024-01-08 15:16

2021-11-14

NatMed|空间转录组学分析单细胞分辨率图谱原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=28.547推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了SpaGCN，一种图卷积网络方法，其可通过图卷积从相邻点聚合每个点的基因表达

图灵基因·2024-01-07 16:58

10X单细胞 && 10X空间转录组分析之cellphoneDB可视化进阶

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节考虑空间位置的通讯分析手段---

单细胞空间交响乐·2024-01-07 15:22

2022-07-17

NatBiotech|单细胞全长转录组分析新方法：实现廉价和高通量原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164

图灵基因·2024-01-07 07:25

【Amazing brain】之人脑前额叶背外侧皮质空间基因表达谱

10XGenomicsVisium空间转录组的初探索编辑：陆瑶校对：ANIMUS编者按：脑科学是最迷人的学科之一，也是最可能取得重大突破的学科，一直是全世界科学研究热点。

ANIMUS爱丽慕斯·2024-01-06 19:23

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）因为每次打开这个网页都非常慢，所以我讲这个网页进行一个翻译，方便学习。

微光**·2024-01-06 14:41

10X空间转录组----空间临近通讯的实现方法

EstimatingMicroenvironmentfromSpatialDataNICHESisatoolsetwhichtransformssingle-cellatlasesintosingle-cell-signalingatlases.Itisengineeredtobecomputationallyefficientandveryeasytorun.Itinterfacesdirect

单细胞空间交响乐·2024-01-05 23:03

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03

案例三研究背景构树（Broussonetiapapyrifera,2n=2x=26)属于桑科(Moraceae)构属(Broussonetia)多年生乔木，是我国乡土树种和先锋植物，有悠久的历史和文化，因为蔡伦用它造纸而世界闻名。构树的树皮和树干是造纸的优质原料，树叶还可以作为蛋白饲料，其根、茎、叶、果实及种子均可入药，富含黄酮类化合物；还是尾矿处理、生态绿化的理想树种。然而，全基因组测序工作还未

百迈客生物·2024-01-04 20:37

表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值

表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值今天在学习转录组知识，在进行做表达量热图时候发现表达量差值很大，于是上网查资料看到关于解决问题的方法，就赶紧转存记下了。

天明豆豆·2024-01-04 14:44

10X空间转录组之共定位分析（细胞类型和配受体基因）

hello，大家好，今天我们来深入分析一下有关10X空间转录组的共定位分析问题，其实有关共定位问题呢，之前的一些文章也都分享过，文章在空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses

单细胞空间交响乐·2024-01-04 13:24

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

在经过一段时间对单细胞转录组和空间转录组相关技术的了解，我认为对两项技术在生物领域的应用有了一定的认知。

畅背书·2024-01-04 07:58

生信数据类型

生信在基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等方面有广泛应用，可以帮助科学家们理解生物体内的基本生物过程和疾病发生机制，为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。生信领域中常见的数据类型包括：基因组学

m1chiru·2024-01-03 23:39

Paper 1：转录组+miRNA+降解组相关文章

Paper1：转录组+miRNA+降解组相关文章标题：Transcriptome-wideidentificationofmiRNAtargetsandaTAS3-homologousgeneinPopulus

催催莎·2024-01-03 19:02

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求，机器学习作为从数据中进行学习的算法，可以对不同组学来源（如基因组学、转录组学

20220705·2024-01-03 12:07

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2024-01-02 16:05

转录组分析实战第一节：Rawdata的质量控制与清理

在转录组数据拿到后，公司一般会给我们一个Rawdata和Cleandata如果喜欢折腾的可以直接拿着Rawdata进行一下数据清理后再进行后期的数据分析我们今天就对我们之前获得的一个Rawdata进行分析和质量控制为后期做数据分析做准备需要安装的软件是

Yeyuntian·2024-01-02 02:41

GO注释和富集分析概念介绍

当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。

斗战胜佛oh·2024-01-02 01:05

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯

六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySi

单细胞空间交响乐·2024-01-01 03:21

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

流程使用braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER

生物信息与育种·2024-01-01 01:00

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

我们使用血浆RNA评估了六种长RNA测序方法在两个不同位点的性能，并报告了它们在基因组/转录组的reads（%）、检测到的基因数量、长RNA转录本多样性和可重复性方面的差异。使用最佳的方法

_十三·2023-12-31 20:13

测序深度和测序覆盖度，怎么估算？

下面就给大家解释下这两个概念：（图片来源于知乎余功旺）测序深度（depths）测序深度（depths）指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小

朱渠成·2023-12-31 17:09

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组

不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

2020-11-24: 文献阅读: 压力超负荷驱动的心衰小鼠免疫浸润的单细胞转录组测序揭示了免疫激活程度

论文信息Title:Single-CellSequencingofMouseHeartImmuneInfiltrateinPressureOverload-DrivenHeartFailureRevealsExtentofImmuneActivationJournal:CirculationIF:23.603Publishdate:2019Author:Martini,Elisa;Kunderfr

辛晓红·2023-12-30 16:47

单细胞转录组及空间转录组学习资源

(1).单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说(2).singleR操作说明：singleR(3).seurat操作说明：seurat官网；seurat官方教程：seurat教程(4).多组学单细胞教程：OSCA(5).单细胞课程：scrnaseq-courseSingleCellWorkshop2020NBIS-2021youtube-videos哈佛大学单

小潤澤·2023-12-30 15:23

AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度

AUCell：能够看出某个通路在细胞中的激活情况，在文章中可以用于差异比较，即这个通路多数在巨噬细胞中激活，而在其他细胞群中不激活8f37c46e064b71c7fc55ec17806e6e2.png1.R包的下载if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")#Tosupportpar

汪汪队队长_莱德·2023-12-30 13:57

既想学生物学，又想学计算机？——生物信息学了解一下

在这里，您将学习到3大板块的课程内容——生命科学、信息技术及生物信息学，让您轻松玩转职场，把同龄人按在地上使劲摩擦，基因组、转录组、蛋白组、代谢组等等各种复杂数据可以

Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

单细胞转录组数据分析课件||7. Clustering of scRNA-seq data

单细胞分析的一个亮点就是可以找出细胞的异质性，也就是可以对细胞进行分群，找出有意思的亚群。所以这节课很重要：数据聚类。数据质控：选择高质量的数据进行聚类特征选择什么叫聚类为什么说聚类是非监督学习如何面对不同聚类算法得到的不同的结果介绍了几种常见的聚类算法ThislecturebyAhmedMahfouz(LeidenComputationalBiologyCenter,LUMC,Netherlan

周运来就是我·2023-12-29 23:49

sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis

每一章都详细介绍了一个计算工具箱，旨在克服单细胞分析中的特定挑战，如数据规范化、罕见细胞类型识别和空间转录组分析，所有这些都侧重于分析实验数据的计算方法的实际实现。

周运来就是我·2023-12-28 08:31

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹（1/2）

CR细胞：Cajal-Retzius细胞是发现的一类瞬态神经元哺乳动物发育中的大脑皮层的表面。它们以SantiagoRamónyCajal和GustafRetzius的名字命名，他们在19世纪末首次描述了它们。这些“特殊细胞”，正如Cajal最初所说的那样，从发育的早期阶段就占据了皮层的边缘区域（图1），因此具有影响其组织的战略地位。Cajal-Retzius细胞具有独特的形态和独特的水平树突，它

科研菜鸟·2023-12-27 18:37

【Amazing brain】之基于空间转录组揭秘ALS分子病理时空变化

空间转录组经典重磅编辑：ANIMUS校对：ANIMUS编者按：2014年开始风靡全球的“冰桶挑战”，让ALS(肌萎缩侧索硬化症，俗称“渐冻人症”)为普通大众知晓。

ANIMUS爱丽慕斯·2023-12-27 12:10

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。

小明的数据分析笔记本·2023-12-27 11:01

单细胞质控和标准化

1.单细胞转录组主要应用于：深入了解组织中的细胞异质性。鉴定未知的细胞类型。鉴定已知细胞类型的亚型，原理是在感兴趣的细胞群中寻找差异基因表达模式。

maliming·2023-12-27 08:54

外泌体多组学04-外泌体sRNA转录组数据饱和度评估

文章信息文献标题：SmallRNASequencingacrossDiverseBiofluidsIdentifiesOptimalMethodsforexRNAIsolationDoi：https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.024发表时间：2019,Cell作者：[email protected]关注重点用什么方法进行数据评估？评估参数是什么？文章结论如何

_十三·2023-12-26 19:07

10X空间转录组之组织区域临近通讯实现方法

作者，追风少年i周五了，我就不整那些难以理解的了，给大家分享一个简易的空间转录组通讯的分析的方法，其实原理跟下面的一样，但是具体的细节我们要探讨一下。

单细胞空间交响乐·2023-12-26 19:23

周运来就是我·2023-12-26 14:25

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