转录组

10X单细胞（10X空间转录组）转录组 + VDJ联合分析（13）之基础术语

这一篇我们扫盲，总结一下VDJ的所有技术术语。AIRR：适应性免疫受体库。在Scirpy文档中，简单地谈到了免疫受体(IR)。TheAIRRcommunitydefinesstandardsaroundAIRRdata.ScirpysupportstheAIRRRearrangementschemaandcomplieswiththeAIRRSoftwareGuidelines.关于AIRR软件之
单细胞空间交响乐·2023-10-09 17:57

【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)

传统转录组的分析想必大家已经非常熟悉，无非是质控->比对->组装->定量->差异分析->差异表达基因功能富集分析这个套路。
xizzy·2023-10-09 05:02

pacbio 三代全长转录组数据分析流程

Iso-seq基础概念，转载自https://blog.csdn.net/weixin_34384681/article/details/85937505Iso-seq,全称叫做Isoform-sequencing,是Pacbio公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名；是利用三代测序长读长的特点，不打断转录本，直接测序，从而得到全长转录本的一种测序技术。1）ROI了解过三代测序数据分析的人，对
生信小院·2023-10-08 19:03

Tutorial | 单细胞转录组数据【细胞注释指南】

细胞注释是单细胞转录组分析的重要环节，来自加拿大的研究人员在《Natureprotocols》发表细胞注释教程综述，介绍了单细胞转录组数据分析中细胞注释的一般工作流程，涵盖可用于每个步骤的软件工具和资源的指导原则和具体建议
尐尐呅·2023-10-08 16:46

RNA m6A甲基化检测方法

meRIP-seq高通量测序技术的出现，能够高效精确检测全转录组不同的
生信交流平台·2023-10-08 13:48

10X单细胞（10X空间转录组）scanpy做多样本整合的智慧（bbknn）

hello，大家好，今天我们来回顾一下，不讲新的东西，回顾一下scanpy做10X单细胞（10X空间转录组）多样本整合的方法，这个方法跟Seurat差别比较大，目前引用scanpy做多样本整合的文献还比较少
单细胞空间交响乐·2023-10-06 20:54

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet多条件差异通讯

作者，追风少年i周三了，好好学习，天天搬砖，人生没有倒带，前进才是真理接上一篇，10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析，不同条件下样本之间的差异通讯，其实关于通讯最开始的分析是细胞类型之间
单细胞空间交响乐·2023-10-06 17:13

转录组分析笔记（4）质量控制

fastq-dump将sra数据转换成fastq格式for((i=59;i<=62;i++));dofastq-dump--gzip--split-3-Arawdata/SRR35899$i.sra-O/01fastqdata;done结果没有文件输出111.jpg删了输出文件夹，就可以了（时间约2个小时）for((i=59;i<=62;i++));dofastq-dump--gzip--spli
韦巍_e3f3·2023-10-06 10:44

2021-10-19

NatBiotech|整合空间转录组进行单细胞分割原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：huacishuIF=54.901推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、研究人员描述了一种分割方法
图灵基因·2023-10-06 06:22

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（三）：多样本数据整合

第三节：多样本数据整合在本节教程中，我们将探讨多个样本scRNA-seq数据集整合的不同方法。我们使用两种不同的方法来校正跨数据集的批处理效应。同时，我们还给出一种量化措施，以评估不同数据集整合的效果。Seurat使用单细胞数据综合集成中介绍的数据整合方法，而Scran和Scanpy使用相互最近邻方法（MNN）。以下是用于多样本数据集整合的常用方法：MarkdownLanguageLibraryR
Davey1220·2023-10-05 07:51

热点综述 | 跨模态单细胞分析的最佳实践

跨模态单细胞分析转录组scRNA-seq测量每个细胞的mRNA分子丰度。提取的生物组织样本构成了单细胞实验的输入。组织在单细胞解离过程中被消化，
wen05054105·2023-10-05 01:17

Nature Methods | 空间组学数据库推荐：SODB

主流空间组学技术包含空间转录组、空间蛋白质、空间代谢组等。随着技术的发展，大量的空间组学数据快速产生，并存储在各种异构数据平台中。
wen05054105·2023-10-05 01:17

前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展

空间转录组学是一个迅速发展的领域，有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。
wen05054105·2023-10-05 01:17

Tangram Tutorial 2：配合 squidy 使用 Tangram

推荐先按顺序阅读往期内容：文献篇：1.文献阅读：使用Tangram进行空间解析单细胞转录组的深度学习和比对教程篇：1.TangramTutorial1：映射小鼠皮层MOp的snRNAseq数据到Slide-seq2
Tiger Z·2023-10-05 01:46

空间转录组学数据分析软件包和算法的比较分析

关注我们时空组/空间组学专辑的同学一定知道此前小编已经分享过很多空间转录组的分析工具，不过这么多工具，我们在做实际分析的时候要怎么选呢？
wen05054105·2023-10-05 01:46

单细胞跨模态分析综述

单细胞转录组数据现在可以通过染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体库分析和空间信息进行补充。跨模态单细胞数据的可用性越来越高，推动出新的计算方法，以帮助科学家获得生物学见解。
tzc_fly·2023-10-05 01:16

空间转录组实战01: SpaceRanger定量

安装SpaceRangerhttps://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/downloads/latestcd ~/APPwget -O spaceranger-2.0.1.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/spatial-exp/spaceranger-2.0.
生信探索·2023-10-05 01:16

【无标题】

空间转录组自用笔记前言一、空间转录组分类二、实验内容1.选择二者之一2.结合scRNA及核染色3.空间转录组数据分析流程3.1预处理3.2用于下游分析的通用工具包3.3空间特征识别3.4去卷积3.5插补和映射到单个细胞
老铁加油666·2023-10-05 01:44

R——处理批次效应

（1）多个数据集合并在生信分析过程中，尤其是转录组分析中，经常会遇到测得数据不足，需要利用公共数据库中已有的数据，那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗？如果贸然混合，就会存在批次效应。
找兔子的小萝卜·2023-10-03 14:50

定量分析htseq

HTSeq使用注意事项简述：HTSeq是转录组定量分析的软件，其输入文件必须有bam（sorted）和GTF文件。
小鹏_哒哒哒·2023-10-03 02:27

单细胞转录组学生物标志物和靶点挖掘的新方法

单细胞转录组学（sc-RNAseq）研究，可以更加有效的解释组织的异质性，从单个细胞分辨率来解释更多bulk水平上难以解释的生物学问题。已经广泛用于肿瘤异质性、细胞发育、免疫微环境等课题研究。
felix108·2023-10-03 00:46

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

利用单细胞功能基因组学分析技术(单细胞RNA-Seq转录组分析、单细胞DNA甲
刘小泽·2023-10-02 19:08

外泌体多组学13-EVs转录组综述：cargo内含物以及占比情况讨论

外泌体和微囊泡是几乎所有类型的细胞都能释放的细胞外囊泡(ev)的两大类，在生物液体中非常丰富，ev的分子组成和释放都被认为是受到外界刺激的严格调控的。多项研究一致表明，ev可以在不同的细胞类型之间转移蛋白质、脂质和RNA，从而介导细胞间的通信和信号转导。重要的是，ev中的小非编码rna被认为是在受体细胞中发生的分子事件的主要贡献者。此外，外泌体和微囊泡中的RNA可以作为多种疾病的非侵入性的生物标志
_十三·2023-10-02 17:20

单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control of scRNA-seq data

本文介绍了单细胞转录组数据分析非常重要的一步：数据质控。数据质控应当引起我们的注意，数据的清洁程度决定了数据挖掘的上限。数据质控的几个方向：低质量细胞、多细胞捕获、有效基因识别，细胞碎片，批次效应等。
周运来就是我·2023-10-02 09:23

转录组工具文献介绍

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wo_monic·2023-10-02 07:06

综述盘点|Nature：利用空间转录组技术探索组织结构

近日，美国纽约大学科研团队在Nature发表综述文章，回顾了常见的空间转录组技术，讨论了这些方法产生的数据的探索原则，检验了空间转录组技术在不同实验设计中的效用，并强调了该技术通过与其他数据模式的整合在生物学上的应用前景
百奥益康·2023-10-01 23:00

“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

LandscapandDynamicsofSingleImmuneCellsinHepatocellularCarcinoma》，为了同时整合两类数据（包括SMART-seq2和10X）（Hemberg-lab单细胞转录组数据分析
生信宝典·2023-10-01 09:09

单细胞测序-scRNA的测序基础

scRNA-seq发展概述单细胞转录组测序(single-cellRNA-seq)这项技术是由Tangetal.[1]在2009年首次发
作图丫·2023-10-01 06:00

ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦

2、让火山图躺下来：倾斜45°的火山图3、跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化4、ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因但是最近在做单细胞差异基因可视化火山图的时候
KS科研分享与服务·2023-10-01 02:16

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，参考的文献在Single-cellmulti-omicvelocityinfersdynamicanddecoupledgeneregulation，非常棒的文章，我们先来分享文章，最后看看示例代码
单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

GPU版scanpy (rapids)实践 | 大型单细胞数据分析利器

随着10xGenomics等商业化单细胞建库平台的快速推广，单细胞转录组分析为更多的研究者使用，现在一个项目，不管是原创性自己测的，还是从海量公共数据搜集的研究，都要面临分析巨大的单细胞数据，例如2021
seqyuan·2023-09-30 10:49

转录组测序中的文件格式

FastQfastq是scRNASeq中最常见的原始数据格式。所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。bam/sam文件中含有样品制备信息、测序、比对、tab分割的单个read比对信息。bam文件信息某些测序设备会自动将您的reads映射到标准基因组，并提供BAM或CRAM
实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

单细胞聚类---浅析监督学习与无监督学习

单细胞转录组分析在线性降维后通常要进行聚类，使用到机器学习的常用方法，主要分为有监督学习[supervisedlearning]和无监督学习unsupervisedlearning。
云养江停·2023-09-29 08:53

深度学习中Dropout原理解析（10X单细胞和10X空间转录组）

1.Dropout简介1.1Dropout出现的原因在机器学习的模型中，如果模型的参数太多，而训练样本又太少，训练出来的模型很容易产生过拟合的现象。在训练神经网络的时候经常会遇到过拟合的问题，过拟合具体表现在：模型在训练数据上损失函数较小，预测准确率较高；但是在测试数据上损失函数比较大，预测准确率较低。过拟合是很多机器学习的通病。如果模型过拟合，那么得到的模型几乎不能用。为了解决过拟合问题，一般会
单细胞空间交响乐·2023-09-29 03:07

转录组分析Day1笔记--xiaofan1991

  转录组分析之前最重要的是实验设计。严谨实验设计的目的是确保产生的实验数据能够回答我们感兴趣的生物学问题。准确的说，实验设计其实是术语转录组分析之前的步骤。
xiaofan1991·2023-09-28 08:55

转录组分析——如何寻找差异基因中的中枢基因（hubgene）

一、前言好久没更新过文章啦，今天我们来聊一聊怎么找hubgene。二、常见的寻找hubgene方法我们如果要研究一个疾病，通常会做一个疾病的正常和非常基因差异表达分析，而得到的这些差异基因，怎么往下缩小范围往往是一个比较头疼的问题。如果你经常阅读文献或者对生信分析了解过一段时间，就会知道我们一般会从两个方向去看①GO和KEGG富集寻找感兴趣的通路②利用Cytocape及STRING数据库进行PPI
糕糕python·2023-09-28 05:22

MC：RNA修饰万字综述

更多精彩文章生信人更多个性化生信分析生信意向表单表观转录组的情况非常复杂，迄今已描述了170多种不同类型的RNA化学修饰，以修饰编码和非编码RNA。
概普生信·2023-09-27 14:23

转录组专题：edgeR以raw count数据为起点做差异表达分析

参考：https://www.jianshu.com/p/5f94ae79f298library(edgeR)#载入rowcount文件raw_count0.5)>=2table(keep)genelist.filted<-genelist[keep,,keep.lib.sizes=FALSE]#使用TMM算法对DGEList标准化genelist.norm<-calcNormFactors(ge
挽山·2023-09-27 07:01

利用不同类型数据构建系统发育树

一.数据类型（1）SNP-单核苷酸多态性（Singlenucleotidepolymorphism）利用SNP数据构建Phylogenetictree，（2）转录组数据（3）单拷贝直系同源基因（single-copyorthologousgenes
生信学习小达人·2023-09-26 21:05

JSTA：将空间转录组原始数据转换成单细胞水平空间表达谱的专用工具

基于RNA杂交的空间转录组方法提供了极高的RNA检测准确率。然而其需要使用图像分割算法将图像分割成细胞，将RNA检测转换为空间单细胞数据。
尐尐呅·2023-09-25 21:26

骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径

MappingDistinctBoneMarrowNichePopulationsandTheirDifferentiationPaths骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径MSCGeneVisualization文章信息介绍的文章利用单细胞转录组分析骨髓龛中不同细胞类群间的关联及其分化轨迹中不同的转录调控因子的功能
天涯清水·2023-09-25 13:45

医学专题-多组学在疾病发生发展过程中的研究思路

从疾病表型或某种生物现象出发，寻找影响疾病发生发展的关键因子或通路，借助高通量的技术手段，设置相应的患者组和健康组，通过转录组、蛋白质组或代谢组学分析，筛选差异表达基因、蛋白或差异代谢物。
bioyigene·2023-09-25 10:22

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-09-25 08:00

SCENIC单细胞转录因子分析原理

1.简介SCENIC（single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering）是一个基于共表达和motif分析，计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法
Seurat_Satija·2023-09-25 08:51

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【3】：胚胎发育/干细胞分化

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【2】：肝脏生理学/疾病03胚胎发育/干细胞分化胚胎发育和干细胞分化为理解协调细胞命运决定的分子调控和组织模式的构建提供了范例
尐尐呅·2023-09-24 06:30

scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（一）

简介scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等常用对象的数据。
Davey1220·2023-09-24 06:59

一文读懂FastQC Report

前言：从今天开始就开始为拼装转录组做准备啦，今天听了技能树组织的生信人论坛，感觉很有意思。特此声明：本文所有代码及文件经通过本人亲自实践！绝对没有副作用！
实验狗的简书·2023-09-23 16:43

11+单基因泛癌，转录组+单细胞+机器学习+预后模型

今天给同学们分享一篇单基因泛癌+多实验的生信文章“Atranscriptomicpan-cancersignatureforsurvivalprognosticationandpredictionofimmunotherapyresponsebasedonendothelialsenescence”，这篇文章于2023年3月28日发表在JBiomedSci期刊上，影响因子为11。微血管内皮本质上控
生信风暴·2023-09-23 08:13

5+：基于单细胞测序和转录组数据构建胰腺癌中坏死性凋亡相关的预后模型

原文公众号：一起实验网对下述分析方法感兴趣或者没有研究思路的小伙伴，欢迎踊跃探讨！早！今天小编和大家分析一篇2022年10月发表在《FrontiersinImmunology》（IF:5.0）期刊上的文章《Anecroptosisrelatedprognosticmodelofpancreaticcancerbasedonsinglecellsequencinganalysisandtranscr
一起生信分析·2023-09-23 07:55

8+孟德尔随机化+转录组，双样本和多元MR分析。

今天给同学们分享一篇孟德尔随机化+转录组的生信文章“ExploringthecausalityandpathogenesisofsystemiclupuserythematosusinbreastcancerbasedonMendelianrandomizationandtranscriptomedataanalyses
生信风暴·2023-09-23 07:48
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