转录组第11页

10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境

作者，追风少年i周五了，一周马上过去了，感觉如何？？？和很多人交流，发现一个很有意思的现象，每个人都盯着自己没有的东西，自己拥有的都选择忽视，这样的态度，是不是我们烦恼的根源？？好了，继续我们单细胞空间的研究内容，今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc

单细胞空间交响乐·2023-09-09 15:08

复现3：AD外周血的单细胞转录组与免疫组库分析

Single-CellRNASequencingofPeripheralBloodRevealsImmuneCellSignaturesinAlzheimer'sDiseasePMID:34447367|IF=7.561|FrontImmunol.2021Aug91、关于文章文献思路：作者对来自AD病人与Normal对照的外周血取样，同时进行单细胞转录组测序与单细胞免疫组库测序

小贝学生信·2023-09-09 15:03

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之VECTOR

hello，大家好，今天分享一个轨迹分析的软件VECTOR，文章在UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDirectionsforSingleCellsUsingVECTOR,2020年8月发表于CellReport，影响因子8.1分，关于轨迹分析的软件太多了，我们这次来看一看示例代码UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDire

单细胞空间交响乐·2023-09-09 06:10

2022-08-03 单细胞findmarker找到的基因居然vlnplot时发现上下调不一致？

做单细胞转录组的数据的时候很多时候都找了一个细胞类型之后，想知道这个细胞类型中case和control组上下调基因时怎么样的，做差异嘛，大部分都会做到，这里讲我犯得一个错误。

jiarf·2023-09-09 06:22

转录组测序数据分析

本文参考文献https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095#materials进行bulkRNA-seq数据分析首先进行原始数据的下载，当然因为文章中已经有了链接进行数据的下载，因此直接使用wget命令就能完成所需数据的下载，但是也要学会基本的测序数据、参考基因组、注释文件、index索引文件的下载，当然也可以自己建立index文件。rawdata下载

柴本·2023-09-08 20:26

10X空间转录组之空间临近通讯分析stlearn进阶版

新的一年，2022年，第一周，继cellphoneDB更新到3.0，辅助做空间生态位细胞通讯之后，stlearn也更新了其做空间转录组临近细胞通讯的分析教程，我们来看一下，看看有什么新颖的地方。

单细胞空间交响乐·2023-09-07 14:11

单细胞测序在发育生物学的应用

通过将记录信息与单细胞转录组测序数据的整合，研究人员概述了不同组织类型之间的基本发育过程，并揭示了胚外和胚胎来源的内胚层细胞几乎完全的转录趋同。

today_is_geqi·2023-09-07 10:34

2022-12-28

Cell|大规模平行测量抗原肽序列、TCR序列和单细胞转录组原创风不止步图灵基因2022-12-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=66.85推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点

图灵基因·2023-09-06 22:13

BT × IT | DeepST：通过深度学习识别空间转录组学中的空间域

识别空间域（即在基因表达和组织学上具有空间相关性的区域）是空间转录组学中最重要的课题之一。

尐尐呅·2023-09-06 18:03

Nature：微生物空转 2022-11-17

2022年11月16日，Nature发表了弗雷德·哈钦森癌症研究中心(FredHutchinsonCancerResearchCenter)的研究者们的最新微生物空间转录组研究成果！

笺牒九州的怪咖·2023-09-06 15:05

阿里云国外服务器处理转录组数据RNA-seq

#美国弗吉尼亚8核64G，高主频型4.5rmb/h新建用户adduserwuxiaobinpasswdwuxiaobin赋予root权限：usermod-grootwuxiaobin修改/etc/sudoers文件重启准备工作#安装RSEMwget-chttps://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gztar-xzvf..#安装相应配件sud

好风凭借力·2023-09-06 07:31

细胞发育学—小胶质细胞_Science

安哥生个信·2023-09-06 04:31

seurat单细胞转录组整合分析教程-02

接前面的流程，我们使用FindIntegrationAnchors()函数识别锚点，该函数将Seurat对象列表作为输入，并使用IntegratedData()函数，用这些锚点将两个数据集集成在一起。ifnb.list#$CTRL#AnobjectofclassSeurat#14053featuresacross6548sampleswithin1assay#Activeassay:RNA(140

whitebird·2023-09-06 02:00

单细胞转录组学习笔记-9-每个细胞检测到的基因数量差异

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.7.5-第二单元第七讲：每个细胞检测到的基因数量差异笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-09-04 17:53

空间转录组分析-工具箱

空间转录组注释通过marker进行spot注释1、手动2、使用工具-SingleR空间转录组第九讲：利用SingleR进行细胞类型注释if(!

大魔王鱼鱼鱼·2023-09-03 16:20

跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化

接着单细胞下游分析：从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！

KS科研分享与服务·2023-09-03 16:46

10X单细胞个性化分析之CNV篇

目前单细胞分析而言，分析方向大致包括以下几个方面，1）器官发育（这个用空间转录组更为合适）；2）疾病样本，尤其是肿瘤样本的分析研究；3）其他非模式物种的细胞图谱。

单细胞空间交响乐·2023-09-03 12:17

2022-04-19

黑色素瘤恶化和免疫编辑的高精度空间图景原创huacishu图灵基因2022-04-1909:14收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=39.397推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者整合了3D高分辨率显微镜和空间转录组学来研究原发性黑色素瘤的免疫逃避和免疫编辑

图灵基因·2023-09-03 11:34

单细胞转录组数据 + 动力学：常见软件包&一般研究内容

目录RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络

素材积累·2023-09-03 09:09

linux学习100篇39：转录组分析用软件及安装trim-galore

安装(rnaseq)root11:58:44~$condainstall-ytrim-galoretrim-galoreCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.cutadaptremovesadaptersequ

Seurat_·2023-09-03 01:47

求臻医学：肿瘤免疫微环境+RNA：破解免疫治疗单一biomarker困境

同时，RNA种类繁多、功能复杂，借助RNA-NGS这一强大而灵活的转录组学工具，深度解析免疫微环境，助力免疫治疗策略优化，已取得极大进展……本期，求小臻将带领大家一起

求小臻·2023-09-03 00:35

轰动学界的Nature重磅进展：生信研究迎来史诗级大爆发

生信宝典·2023-09-02 19:30

10X单细胞和10X空间转录组学联合分析运用的方法思路及运用

hello，大家好，今天我们来总结一些10X单细胞和10X空间转录组联合分析的运用案例，让我们对10X单细胞和10X空间转录组的联合分析有一个深入的认识。

单细胞空间交响乐·2023-09-02 17:24

文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性

一句话评价：小样本量单细胞转录组在冷门疾病领域应用前景尚可，常规套路也能发NC1.Title标题可以看出本研究的主要内容：①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性；②找到一群（相对于正常样本）在纤维化皮肤病中含量升高的间充质成纤维细胞

TOP生物信息·2023-09-02 17:29

10X单细胞（10X空间转录组）BCR（TCR）数据分析之(9)changeo

hello，大家好，前面分享了很多有关TCR的数据分析，今天我们来继续这个专题,今天的分享都是为后续最终的目的做准备，现在还都只是中间过程，好了，我们今天我分享的软件是changeo，大家可以参考文章Change-O:atoolkitforanalyzinglarge-scaleBcellimmunoglobulinrepertoiresequencingdata，2015年便发表了，而我们分享这

单细胞空间交响乐·2023-09-02 06:53

老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境

单细胞RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关，这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的

felix108·2023-09-02 00:36

单细胞转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变

Transcriptionaldiversityandbioenergeticshiftinhumanbreastcancermetastasisrevealedbysingle-cellRNAsequencing，单细胞转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变

拾光_2020·2023-09-01 01:12

Pancancer之肿瘤的细胞系模型转录组综合分析

作者的思路很清晰，利用TCGA数据库和CCLE数据库，评估细胞与肿瘤组织的相关性，并进行下游的转录组学分析，最终得到了所谓的TCGA-110，就是说与各类原发肿瘤相关度最高的细胞系类型。

熊逸Byron·2023-08-31 14:57

高通量测序的前世今生

今天有师弟问我关于转录组测序和基因芯片的东西。问题如下：芯片里面用RMA方法标准化的方法是以FPKM作为标准么？

研平方·2023-08-31 06:23

10X单细胞（10X空间转录组）聚类分析之scDCC

hi，各位好，今天我们努努力，看一下10X单细胞和10X空间转录组普遍存在的dropout现象对我们数据分析的影响和文章中的方法scDCC是如何规避的，文章在Model-baseddeepembeddingforconstrainedclusteringanalysisofsinglecellRNA-seqdata

单细胞空间交响乐·2023-08-30 12:41

Cancer Letters|胰腺癌：蛋白组+转录组

今天跟大家分享的是2019年11月发表在CancerLetters上的一篇文章，影响因子6.508。Noveltargetsidentifiedbyintegratedcancer-stromalinteractomeanalysisofpancreaticadenocarcinoma癌-基质相互作用组分析确定的胰腺癌新靶标首先让我们通过摘要了解一下这篇文章的主要内容，胰腺癌微环境对癌症的发展，进

概普生信·2023-08-30 07:42

【文献分享，IF=66.85】CyTOF分析发现毒性T细胞加剧COVID-19重症风险

为了鉴定T细胞是否参与了免疫病理或者哪一亚类的T细胞导致免疫损伤，德国柏林大学研究团队将单细胞蛋白组（CyTOF）与单细胞转录组（scRNA-seq）技术相结合，评估COVID-19重症过程中致病T细胞的功能和诱导信号

普罗亭·2023-08-29 19:45

易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinalvesicle，GV)卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizinghormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和早期胚胎发育能力。同时还需要卵母细胞和粒细胞(granulosacell，GC)之间高度复杂的激素和能量互相

易基因科技·2023-08-29 13:09

【趋势速览】-单细胞研究数据库揭示转录组学研究趋势

迄今为止已发表的1000多项单细胞转录组学研究构成了生物发现的宝贵而庞大的资源。

六博说·2023-08-29 12:29

黄单胞菌在多种生物膜下的差异基于表达

本研究对逆转录黄单胞菌转录组在单种生物膜、双种和四种菌群中与根嗜寡养单胞菌、氧化单胞菌和溶淀粉酶Paenibacillusamylolyticus的基因表达进行了比较分析。

小三的后一位小四·2023-08-28 12:04

2021-12-12转录组分析（四）--王通老师讲解

09测序数据处理（不是不好就不用，而是要尽可能去处理，挖掘数据的价值；即使是好的数据也需要处理）---也就是对数据进行过滤。[if!supportLists]1.[endif]过滤啥（1）非“基因组”本身序列（自身加的4个，adapter接头；测序引物；barcode;index等）1.1去adapter反向互补，adapter一般在0.1以下；1.2去除含N碱基过多的reads(错配最多5bpr

不如好好学生信吧·2023-08-28 11:21

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf--star~/gene_annotation/GRCm38.primary_

好风凭借力·2023-08-27 22:26

学习小组Day7笔记--Danny

image.png转录组数据处理，试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍

Danny_dddf·2023-08-27 04:50

10X空间转录组重点分析合集2

作者，追风少年i马上国庆了，祝大家节日快乐，我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学

单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测

转录因子也称反式作用因子，在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，已成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。因此我们可以通过转录因子注释，或者可通过表达量聚类分析，筛选出关注生物学问题过程中起主要调控作用的一些转录因子。并且可以结合WGCNA鉴定的基因模块，筛选关键转录因子在基因模块中是否为hubgene，并通过预测转录因子的靶基因（MEME），筛选出基因

bioyigene·2023-08-26 12:27

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!

bioyigene·2023-08-26 12:57

copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞CNV（自动识别肿瘤normal和tumor）

hi，各位，2021年1月份发表了一篇文献Delineatingcopynumberandclonalsubstructureinhumantumorsfromsingle-celltranscriptomes,2021年1月发表于naturebiotechnology，影响因子36分多，非常高，前几位的作者都是中国人，非常值得一看，文章中推出新的推断肿瘤细胞CNV的方法：copyKAT，也是通过

单细胞空间交响乐·2023-08-25 15:19

2021-12-22

自身免疫炎症期间稳态和致病性细胞的转化原创骄阳似我图灵基因2021-12-2207:03收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：骄阳似我IF：41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.本文通过在体内稳态和CNS自身免疫炎症期间对84000多个Th17细胞的转录组和

图灵基因·2023-08-25 05:04

转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集

写在前面：本文是新手学习全记录，仅供参考，欢迎交流！1.rawdata1.1QCfastqc-oout_pathfilenamemultiqc./1.2数据量统计调用工具：iTools使用：iToolsFqtoolsstat-InFq-InFq-OutStat2.cleandata2.1fastp过滤fastp-q15#期望碱基质量值-u40#去除高于40%低质量碱基数量的reads-n5#去除多

NICE_AGIS·2023-08-24 20:39

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

转录组分析是一种快速有效的基因组调查、大规模功能基因和分子标记鉴定的方法[1]。

罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

生信小白教程之Count转TPM，FPKM

相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。

生信宝库·2023-08-24 08:00

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯之组间通讯差异分析（scDiffCom）

hello，大家好，今天我们来学习一个很实用的分析方法，scDiffCom，主要研究组间通讯差异，比如正常和疾病样本之间，不同发育样本之间的通讯差异等等，比较实用。大家多多学习，文章在scAgeCom:amurineatlasofage-relatedchangesinintercellularcommunicationinferredwiththepackagescDiffCom。我们来看看示例

单细胞空间交响乐·2023-08-23 03:19

跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释

书接上回（跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类）。

KS科研分享与服务·2023-08-22 10:08

空间转录组国产平台之光------STOmics

今天我们要继续空间转录的内容，不过今天我们需要介绍一个国产空间转录组平台----STOmics，技术文章在Largefieldofview-spatiallyresolvedtranscriptomicsatnanoscaleresolution

单细胞空间交响乐·2023-08-21 21:13

全长转录本结构分析（下）

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica前面我们介绍了PacBio三代全长转录组测序相关的全长转录本鉴定、全长转录本比对、全长转录本结构分析上篇。

生信阿拉丁·2023-08-21 19:43

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