ATAC

coltron

python2.7/site-packages/coltroncoltron-eENCFF906WKZ_peaks_AllEnhancers.table.txt-bENCLB080OEI.sort.bam-SACC_atac.bed-gHG19
清晨起床满满正能量_Go·2020-01-08 06:52

MACS2文档学习

文档链接：https://github.com/taoliu/MACS/MACS2是ChIP-Seq、ATAC-Seq、DNAsel-Seq等分析中callpeaks的常用软件。
六六_ryx·2020-01-05 16:17

第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC

1.学习目标讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法用ChIPQC产生质量统计报告鉴定低质量数据的来源概览图AdditionalQualityMetricsforChIP-seqdataENCODE评估数据质量采用多种指标，如前面已经讨论过的链相关的指标NSC和RSC。这一节将会讨论评估信号分布的其他指标。NOTE：这里给出的评估指标只是反映数据质量的好坏，符合阈值的并不意味着实验是成功的，不符
六六_ryx·2019-12-27 00:27

Python groupby

Enhancer_TCGA_ATAC_1000.bed图片.png#-*-coding:utf-8-*-"""CreatedonTueApr1619:38:322019@author:Administrator
清晨起床满满正能量_Go·2019-12-26 04:34

关于 ATAC-seq，你需要知道的6点知识

ATAC-seq已然成为表观遗传研究的利器，关于ATAC-seq，我们可能需要知道以下几件事情：1.何为ATAC-Seq？
华联科生物·2019-12-25 16:25

第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同

ATAC-Seq简介ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是2013年由斯坦福大学WilliamJ.Greenleaf
六六_ryx·2019-12-23 23:35

LeetCode 1160. 拼写单词 java

示例:输入:words=["cat","bt","hat","tree"],chars="atac
烛火的咆哮·2019-12-23 02:17

2019-01-07

20.SIW/SNF主要调控染色质对转录因子的可接近性，而PBAF属于SIW/SNF，因此该研究使用ATAC-seq评估了Pbrm1缺陷型细胞系在有和没有IFNγ处理的情况下，与对照组细胞相比24h的染色质可接近性
Mingyan_C·2019-12-22 22:28

HMMRATAC检测ATAC数据的开放性

比如，DNase-seq，FAIRE-seq和ATAC-seq，其中ATACA-seq方法试验技术简单、快捷、重复性好，得到了极大的发展和使用。
浩渺予怀·2019-12-15 11:33

老大哔哩哔哩-chip_seq视频

chip-seq参考的资料-三个链接总结目录一不小心就把ChIP-seq数据分析教程给写完了一个系列第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析（本系列完结，内附目录）给学徒ChIP-seq
小梦游仙境·2019-12-13 05:12

第3篇：用MACS2软件call peaks

学习目标：学会用MACS2callpeaks理解MACS2callpeaks的结果PeakCallingPeakcalling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域
六六_ryx·2019-12-12 05:14

APLS：表观数据简化可视化工具（必备）

产生可用发表的可视化文件，主要针对全基因组表观基因组学数据，例如ChIP-seq，ATAC-seq等。
二货潜·2019-12-06 13:55

2019-10-13-周末班-表观调控技术day1-2

//mubu.com/doc/38y7pmgzLgChIP-seq学徒第4周，ChIP-seq数据分析实战训练https://mubu.com/doc/11taEb9ZYgATAC-seq学徒第5周-ATAC-seq
程凉皮儿·2019-10-13 21:28

文献阅读-190621- ATAC-seq和转录组拼接相关新方法

aHiddenMarkovModeleRforATAC-seqDOI(url):https://doi.org/10.1093/nar/gkz533杂志：NucleicAcidsResearch发表日期：14June2019关键点本文利用ATAC-seq
思考问题的熊·2019-06-24 10:47

文献阅读-190621- ATAC-seq和转录组拼接相关新方法

aHiddenMarkovModeleRforATAC-seqDOI(url):https://doi.org/10.1093/nar/gkz533杂志：NucleicAcidsResearch发表日期：14June2019关键点本文利用ATAC-seq
思考问题的熊·2019-06-24 10:47

ATAC-seq简介

以下内容来自知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/31924355真核生物的DNA并不裸露在外面，而是与组蛋白相结合，即DNA缠绕在组蛋白上（即形成核小体），形成念珠状结构。然后，进一步折叠，压缩，并在其他架构蛋白的辅助作用下，形成染色体。DNA复制时，DNA需要先从核小体上解下，即打开染色质，这部分开放的染色质叫开放染色质（openchromatin）。而染色质一旦打开
zypiner·2019-06-20 15:00

「文献01」ATAC-pipe: ATAC-seq分析的工具包

日期：2019年1月6日——2019-Week1分类：「工具」题目：ATAC-pipe:generalanalysisofgenome-widechromatinaccessibilityDOI:10.1093
六六_ryx·2019-06-08 14:04

bioRxiv-高通量单细胞染色质图谱研究人体免疫细胞发育和肿瘤内T细胞衰竭

Massivelyparallelsingle-cellchromatinlandscapesofhumanimmunecelldevelopmentandintratumoralTcellexhaustion期刊：biorxiv日期：April18,2019  单细胞领域伴随着单细胞分离建库等技术的发展，不少优质实验室也产出了大量的高水平文章，对于新型的ATAC-seq
基因侦探·2019-04-26 21:58

Loupe Cell Browser ATAC教程翻译-Part2

仅供学术交流，严禁转载及商用！原内容来自于10XGenomics官方支持文档。使用PeakViewer分析差异可接近性-AnalyzingDifferentialAccessibilitywiththePeakViewerNOTE:Thissectionpresumesyou'vecreatedcelltypeclustersintheIdentifyingCellTypestutorialsec
Cerasus_sp·2019-04-03 12:16

「文献08」转录因子足迹分析+启动子处染色质可及性与基因表达不一定成正相关

IdentificationoftranscriptionfactorbindingsitesusingATAC-seqDOI:10.1186/s13059-019-1642-2杂志/日期：GenomeBiol.,26Feb2019关键词：ATAC-seq
六六_ryx·2019-04-01 23:01

有关ATAC-seq

ATAC-seq使用改造后的Tn5转座酶，并将转座DNA设计为测序接头，这样通过“剪切”和
Eva旭旭·2019-03-28 18:34

Single cell genomic day 2019||Overview of sci-RNA-seq

Comprehensivesingle-celltranscriptionalprofilingofamulticellularorganismsci-RNA-seq什么是「ATAC-seq技术」？
周运来就是我·2019-03-24 10:28

ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程

放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频)数据来源的文章：Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
热衷组培的二货潜·2019-03-15 16:32

Week25 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-02

Week24—人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-01上篇文章首先回顾了ATAC-seq方法的原理和优点，以及与其他研究染色质可及性方法的比较，然后介绍了这篇文章的主要结果和亮点，以及提供的数据资源。
六六_ryx·2018-11-18 21:10

如何使用deeptools处理BAM数据

如何使用deeptools处理BAM数据总体介绍deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq,ChIP-seq,MNase-seq,ATAC-seq等高通量数据。
xuzhougeng·2018-01-18 18:17

【Fast ATAC protocol】减少线粒体DNA干扰(wet-2)

参考原文：http://www.nature.com/ng/journal/v48/n10/full/ng.3646.html#methodsFast-ATACsequencing.Thisprotocolhasbeenoptimizedforbloodcells.Wenotethatdigitoninisagentledetergentandthisprotocolmaynotbeidealfo
Runuply·2017-08-18 16:57

[zz]使用 Python 为 KVM 编写脚本，第 1 部分: libvirt

Paul Ferrill, CTO, ATAC   简介： 本系列文章由两部分组成，将探讨如何使用 Python 创建脚本，用这些脚本管理使用 KVM 的虚拟机。
·2015-10-30 18:47

[zz]Scripting KVM with Python, Part 1: libvirt

www.ibm.com/developerworks/opensource/library/os-python-kvm-scripting1/   Paul Ferrill, CTO, ATAC
·2015-10-21 11:26

算法导论28（矩阵运算）

最小二乘逼近ATAc=ATy⇒c=(ATA)−1ATy⇒A+=(ATA)−1AT,c=A+yvectorLUPSolve(vec
hz5034·2015-06-26 10:00

将 Linux 作为一个科学计算平台进行探索

将Linux作为一个科学计算平台进行探索使用Sage和Python计算数字PaulFerrill,首席技术官,ATAC简介：Linux?是一种出色的科学计算平台，常被学术团体用来处理大量任务。
584250550·2013-05-23 09:53

Developing SIP Applications with SIP Servlet

原文来自ATAC，无网页连接。
kyleliu·2006-06-24 01:00
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