ATAC 第2页

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)

本文免费阅读地址:http://xuzhougeng.top/archives/analysis-sc-atac-seq-with-archr-chapter2第2章:使用ArchR推断Doublet单细胞数据分析中的一个重要问题就是

xuzhougeng·2023-06-07 18:36

ATAC-seq实战 0 Tn5转座

这篇文主要参考Tn5asamodelforunderstandingDNAtransposition，来了解Tn5的转座机制。转座概念参与分子转座过程转座(transposition)可移动的DNA片段即可移动因子(Transposableelements)在基因组上自由转移称为转座，DNA与所插入的基因位点可以是非同源的。转座是产生基因多样性的重要机制，可移动因子可产生插入(insertion)

安然桑·2023-06-07 11:50

10X单细胞转录组整合、转录组 && ATAC整合分析之VIPCCA

隔离的第11天，人生如戏，得与失都是很平常的事，可能我们错过了很喜欢的姑娘，可能被深爱的人所伤害，也可能面对所在的城市感到无力留下来，“躺平”或许很对，但努力一定很酷。好了，今天我们来分享一个单细胞多样本整合的分析方法，VIPCCA，顾名思义，CCA的进阶版，参考文献在Effectiveandscalablesingle-celldataalignmentwithnon-linearcanonic

Evil_Genius·2023-04-20 04:47

研究思路 | 单细胞ATAC+基因表达多组学研究思路怎么破，一起来拍拍最新文章（下篇）

单细胞ATAC和单细胞基因表达的多组学结合的研究模式逐渐成为CNS文章的“标配”，已被广泛应用于肿瘤、疾病、神经科学、发育生物学及免疫等研究领域，引领着未来单细胞发展的主流趋势。

贝瑞科服·2023-04-17 12:06

ATAC-seq 质控

1.写在前面1年前看技能树在的文字教程第一次跑ATAC-seq分析流程，当时还很懵懂，以为每一步只有一个工具，现在通过技能树刚发在b站的视频再次学习ATAC-seq分析流程，感觉眼界更开阔了，同时看视频总是能偷学到很多

大吉岭猹·2023-04-14 12:35

【珍藏版】热点综述 | 人类脑疾病的多组学数据资源和综合分析总结

回顾了近年来单细胞技术在大脑研究中的发展（如单核RNA-seq、单细胞ATAC-seq和空间转录组学），同时进一步研究

尐尐呅·2023-04-07 22:28

如何根据染色体坐标批量提取对应的DNA序列（bedtools）

方法如下：Step1你需要先拿到差异peaks从ATAC-seq数据中分析得到的差异p

生信start_site·2023-04-05 10:17

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（一）: SnapATAC简介与安装

SnapATAC简介SnapATAC(SingleNucleusAnalysisPipelineforATAC-seq)是一个能够快速、准确和全面分析单细胞ATAC-seq数据的R包，它可以对单细胞ATAC-seq

Davey1220·2023-04-05 10:37

利用TCseq包进行基因表达趋势分析

TCseq包提供了一个统一的套件去处理不同时序类型的数据分析，可以应用于转录组或者像ATAC-seq，Chip-seq的表观基因组时序型数据分析。

凯凯何_Boy·2023-04-03 16:20

Single cell ATAC-seq

https://www.nature.com/articles/nature14590http://cole-trapnell-lab.github.io/projects/sc-atac/https:

zhoujj2013·2023-04-03 11:45

结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析

上一篇文章里讲到了如何进行ATAC-seq的简单分析（ATAC-seq分析练习）。在文献中（CellStemCell2017Nov2;21(5):650-664.e8.）

生信start_site·2023-04-03 02:49

Motif 文库筛选策略——精准定义转录因子结合 DNA 基序！—钟鼎生物

随着生物技术的创新发展，特别是高通量测序技术的日益成熟，近几年涌现出Dap-seq，Cut&tag,ATAC-seq等一系列新的技术手段，转录因子蛋白与DNA结合的面纱被一层层

钟小博·2023-03-29 05:31

【ATAC-Seq 实战】三、比对与Peaks Calling

这里是佳奥！我们继续clean数据的比对。1使用bowtie2进行比对用bowtie2进行比对和统计比对率,需要提前下载参考基因组然后使用命令构建索引，或者直接就下载索引文件：下载小鼠参考基因组的索引和注释文件,这里用常用的mm10#索引大小为3.2GB，不建议自己下载基因组构建，可以直接下载索引文件，代码如下：mkdirreferece&&cdreferencewget-4-qftp://ftp

佳奥·2023-03-18 09:57

sci-RNA seq 2017；sci-CAR 2018； sci-RNA seq3 2019

science]Jointprofilingofchromatinaccessibilityandgeneexpressioninthousandsofsinglecells[sci-CAR（RNA+ATAC

韧_7e6f·2023-03-15 16:48

关于文集《Single_Cell》拆分的说明

其主要内容有：Seurat教程scanpy教程空间数据分析免疫组库数据分析细胞通讯细胞类型鉴定公开课的ppt（以及其他单细胞课件）ATAC相关10X文档综述文章个人写的《XXX在单细胞数据分析中的应用》

周运来就是我·2023-03-13 07:58

10X单细胞转录组与10X单细胞ATAC联合分析之Seurat

hello，大家好，这是第一次和大家分享有关10X单细胞和10XATAC的联合分析，我们这一次来深入看一下10X单细胞和10XATAC的联合分析方法（Seurat）。IntegratingscRNA-seqandscATAC-seqdata（最新的内容是3月18日完成的）。单细胞转录组学已经改变了我们表征细胞状态的能力，但是对生物学的深入了解不仅需要分类学的分类列表（也就是对细胞类型的研究）。随着

Evil_Genius·2023-03-10 12:19

分享 | ATAC-seq建库protocol

哈喽大家好，前面小编和大家分享了ATAC-seq数据分析的流程，那么，ATAC-seq建库是否也可以DIY呢？

拾柒Zzz·2023-03-10 07:25

10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达原理与应用

单细胞多组学ATAC+基因表达是10xGenomics推出的单细胞多组学解决方案，可以同时获得同一细胞的基因表达和染色质可及性图谱，从而更好地分辨终末分化细胞和发育轨迹上的细胞类型，揭示调控元件、开放染色质和基因表达之间复杂的相互作用

贝瑞科服·2023-02-18 18:38

二月week4文献阅读：Lineage-Determining Transcription Factor TCF-1 Initiates the Epigenetic Identity of T...

一、介绍Introduction文章使用染色质开放检测技术（ATAC-seq）研究T细胞成熟过程中开放染色质的变化，发现成熟早、中、晚期启动的开放染色质都富集转录因子TCF-

米妮爱分享·2023-02-18 13:10

10X单细胞免疫图谱分析汇总

相比较单细胞转录组，ATAC和VDJ的文章相对较少，当然了，分析起来也没有单细胞转录组那么容易，所以就导致了一般大家做单细胞都是3端转录组，ATAC和VDJ一般不考虑，不考虑不代表不重要，只是ATAC和

Evil_Genius·2023-02-03 00:53

干货 | 一文教会你如何分析ATAC-seq数据

哈喽大家好，好久没有跟新啦，小编最近面临博士三年级毕业的压力，所以公众号都没时间打理了，不过偶尔还是能看到有人关注我的公众号或者留言，还是很受鼓舞哒~所以还是想抽时间将之前学的ATAC-seq数据分析的代码分享给大家

拾柒Zzz·2023-01-31 13:00

A paper A Week-2021-12-27

大家好，本周给大家分享的是一篇2020年9月17日发表在naturecommunication上使用ATAC-seq实验数据探究牛胚胎染色质重塑表明基因组激活的物种特异性调控的文章。

ZMQ要加油呀·2023-01-29 11:34

ATAC-seq分析：数据处理（5）

1.子集划分我们可能希望将比对的读数分成代表核小体游离和核小体占据的读数。在这里，我们通过使用插入大小来过滤读取，为代表无核小体、单核小体和双核小体的读取创建BAM文件。atacReads_NucFree 180 & insertSizes 315 & insertSizes 学习目录更多教程->转录组测序分析教程合集更多教程->单细胞系列教程：合集本文由mdnice多平台发布

冷冻工厂·2023-01-12 13:14

ATAC-seq数据分析流程

Outline0.ATAC-seq原理0.1染色体结构0.2原理0.3结果0.4意义1.ATAC-seq数据分析流程1.1上游分析（1）序列质控和比对（2）序列筛选（3）Shiftingreads（4）

小木亘·2023-01-09 17:17

CHIP-seq流程学习笔记（13）-ATAC_seq 数据加工处理

今天第一次尝试处理ATAC_seq数据，希望能尽快做完吧。

垚垚爸爱学习·2023-01-09 17:17

ATAC-seq技术原理简介

ATAC-seqATAC-seq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing)isatechniqueusedinmolecularbiologytoassessgenome-widechromatinaccessibility

whereis redhat·2023-01-09 17:17

ATAC-seq数据分析（一）

1.下载需要的SRR数据选择符合要求的数据（具体要看论文，这篇论文就提到了有的ATAC数据和RNA数据没有pass）,选择完数据后点击AccessionList，会得到SRR_Acc_List.txt2

hyena_7·2023-01-09 17:46

【生物信息学】ATAC-seq流程及代码分析、复现文章

1:ATAC-seq的定义及用途whatisATAC-seq全称是AssayforTransposase-AccessibleChromatinsequencing即借助Tn5转座酶对开放染色质区域进行高通量测序主要原理

爱做饭的电饭煲·2023-01-09 17:16

一般的ATAC-seq数据分析流程图

step1：质控step2：比对step3：峰的召回step4：峰的注释step5：差异分析step6：其他的分析，包括：基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学分析的整合

hj99_·2023-01-09 17:15

ATAC-seq原理与步骤

ATAC-seq,英文全称AssayforTargetingAccessible-Chromatinwithhigh-throughoutsequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。

科研小行星·2023-01-09 17:15

ATAC-seq学习记录

ATAC-seq意义为何同样DNA序列的细胞的表型会不同，为何肝细胞是肝细胞，神经细胞是神经细胞？是什么造成了他们生产蛋白不同，决定蛋白生成的RNA不同呢？原因可以用表观遗传来解释。

bannerDr·2023-01-09 17:15

多组学-ATAC-seq-概念

ATAC-seq:（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是美国Stanford大学WilliamGreenleaf

bannerDr·2023-01-09 17:45

ATAC seq

Waddington表观遗传景观首先，我想借助Waddington在1957年提出的表观遗传景观阐释生命科学研究中转录和表观的联系，而在发育生物学中，我们常用这一套理论描述基因调控下细胞分化的动态规律。小球在位于山的最高点，代表其为胚胎干细胞，分化能力最强，状态也最不稳定。小球下行的过程就类似于细胞分化的过程，而山上形成的各种峰和谷会对小球下行的轨迹产生影响。小球抵达盆地时，即形成比较稳定的细胞状

zhengxj_·2023-01-09 17:14

【ATAC-Seq 实战】四、计算插入片段长度，FRiP，IDR值与deeptools可视化

2022年的最后一天，让我们继续ATAC-Seq的学习！

佳奥·2023-01-08 15:04

ATAC-seq分析：比对后处理（4）

1.结果处理现在我们已经处理了GreenleafATACseq双端数据，我们可以开始处理比对。首先，我们将确定ATACseq数据的预期片段长度分布。我们使用GenomicAlignments包读取新对齐的数据。这里我们只想要正确配对的读取，因此我们将使用ScanBamParam()和scanBamFlag()函数来控制将读入R的内容。我们将scanBamFlag()函数参数isProperPair

冷冻工厂·2023-01-07 06:19

ATAC-seq分析：比对（3）

1.质控在比对之前，我们建议花一些时间查看FASTQ文件。一些基本的QC检查可以帮助我们了解您的测序是否存在任何偏差，例如读取质量的意外下降或非随机GC内容。2.Greenleaf在本节中，我们将稍微处理一下Greenleaf数据集。我们将处理从FASTQ到BAM的Greenleaf数据的一个样本，以允许我们审查ATACseq数据的一些特征，并创建一些处理过的文件以供审查和进一步分析。3.参考基因

冷冻工厂·2023-01-07 06:49

ATAC-seq分析：教程简介（1）

简介本课程[1]介绍Bioconductor中的ATACseq分析。该课程由2个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peakcalling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。环境准备IGVIGV可以从BROAD网站安装。》https://www.broadinstitute.org/igv/MACS2MACS2[2]没有R包，但MACS2可在

冷冻工厂·2022-12-29 13:51

ATAC-seq分析：数据介绍（2）

1.简介ATACseq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing)使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的DNA（DNA可极性）。结果提供了一种绘制可访问/开放染色质基因组范围的方法。与其他技术相比，ATACseq有几个优点，包括：所需输入材料少（>10,000个细胞）实验所需时间短（约4小时）ATACseq2.酶下面介绍几种不同酶

冷冻工厂·2022-12-29 13:51

SCS【11】单细胞ATAC-seq 可视化分析 (Cicero)

点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出单细胞系列教程，有需要生信分析的老师可以联系我们！首选看下转录分析教程整理如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单

桓峰基因·2022-12-07 17:59

RiceENCODE：水稻多元表观基因组数据库

可访问地址：https://www.nature.com/articles/s41467-020-16457-5图1水稻DNA调控元件数据库RiceENCODE的框架结构该数据库收集了包括ChIP-seq,ATAC-se

SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:55

单（核）细胞、VDJ、ATAC个性化分析大合集

作者，EvilGenius~~~被隔离了，受单细胞测序网的邀请做了一次直播课，PPT放给大家，希望大家都能有所收获，每次都有人问我关于单细胞空间的分析问题，之前呢，大多数教程都是关于空间转录组的，其实我是最早做单细胞分析的一批人，后来去了空间，不过目前而言，单细胞远比空间火的多。所以这里把单细胞所有的个性化分析来了一个大汇总，内容非常多，讲了将近4个小时。好了，开始分享PPT，当然了，很多文章我设

单细胞空间交响乐·2022-10-17 20:18

单细胞多组学整合分析方法讨论

作者，EvilGenius周一了，这一篇我们来讨论关于单细胞+ATAC多样本、多组学整合分析的方法。分两种情况，一种是样本分两份，一份做RNA，一份做ATAC，另外一种是单核+ATAC多组学。

Evil_Genius·2022-10-17 17:38

染色质调控区域的研究：对CHIP-seq和ATAC-seq发展的深入思考

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局

易基因科技·2022-09-24 07:39

单细胞多模态GAN揭示三阴性乳腺癌的空间模式

目录摘要引言结果scMMGAN整体架构空间、scRNA-seq和蛋白质组学数据之间的映射RNA-seq和ATAC-seq之间的映射三阴性乳腺癌数据的整合局限摘要生物实验数据越来越多地沿着多个不同的模态生成

tzc_fly·2022-09-21 13:07

ATAC-seq

背景知识真核生物的DNA并不是裸露的，而是会与组蛋白结合。DNA缠绕在组蛋白上，形成串珠式结构，珠是组蛋白，线是DNA。这样的结构进一步折叠，并在其它蛋白的辅助下形成染色质。染色质，染色体在细胞周期的不同时期，DNA的浓缩程度不同，间期表现为染色质具有转录活性，而中期染色体是转录惰性。细胞主要处于分裂间期，所以DNA大部分时间都是染色质而不是染色体，只不过大家喜欢用染色体泛指染色质和染色体。间期染

ytbao·2022-08-16 22:41

基因表达趋势分析-1：TCseq

TCseq包可以应用于转录组，单细胞转录组，ATAC-seq，Chip-seq等的表观基因组时序型数据分析。该包主要用于不同时间点的差异分析，时间趋势分析及可视化作图。

Hayley笔记·2022-07-01 10:27

液滴型单细胞测序技术的比较

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法4.单细胞ATAC-seq

Hayley笔记·2022-07-01 10:56

CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序