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ATAC
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第十五章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop
·
2020-08-23 12:22
python
java
机器学习
大数据
数据分析
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第十六章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop
·
2020-08-23 12:22
python
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大数据
机器学习
人工智能
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第十四章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop
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2020-08-23 12:22
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人工智能
大数据
数据分析
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第十三章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop
·
2020-08-23 12:21
python
java
人工智能
机器学习
大数据
ATAC
-Seq入门加高阶传送门
最近看到小伙伴们很希望看到完整的
ATAC
-Seq分析教程，甚至在某群里呼吁众筹。
六六_ryx
·
2020-08-20 19:36
#3D基因组 #表观遗传
本篇简单介绍3D基因组在近期主流的两个获得数据的手段：Hi-C及
ATAC
-seq。
土豆_leah
·
2020-08-18 23:04
ATAC
-seq基础知识（资源整理）
ATAC
-seq全名AssayforTransposaseAccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing(基于高通量测序的染色质转座酶可接近性实验)，该技术使用改造后的
皈依yyy
·
2020-08-18 23:55
NCBI组学数据上传流程
论文发表之前我们常常会有递交测序数据到NCBI的需求，这些数据例如：基因组，转录组，ChIP-seq，
ATAC
-seq，基因组注释文件，三代测序原始数据等都有不同的NCBI子数据库将其收集。
王忙
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2020-08-13 15:58
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第十二章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
·
2020-08-13 14:51
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第十一章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
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2020-08-13 14:41
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第九章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
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2020-08-13 14:30
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第十章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
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2020-08-13 14:21
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第八章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
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2020-08-13 14:07
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第七章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
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2020-08-13 14:54
转载
ATAC
-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
转自：生信技能树这是目前发现不错的
ATAC
系列，原作者在也有更新https://www.jianshu.com/u/d5b900bea027
ATAC
系列连载：
ATAC
-Seq入门加高阶传送门（点击进入交流群
土豆学生信
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2020-07-31 18:16
ATAC
-seq原理及现有技术的比较
ChromatinaccessibilityandtheregulatoryepigenomeSandy文献阅读及分析总结在开始讲述之前，我们先来了解一下本文中接下来的几种染色质可接近性的技术，主要包括早期的DNase-seq技术，
ATAC
-seq
forever luckness
·
2020-07-29 10:31
文献阅读分析
表观遗传学文章组学
ATAC
-seq以及相关技术(DNase-seq,MNase-seq，NOMe-seq)的发展
ATAC
-seq技术及相关技术的发展RevelingintheRevealed这篇文章中，对DNase-seq和
ATAC
-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。
forever luckness
·
2020-07-29 10:31
文献阅读分析
组学相关文献
[zz]使用 Python 为 KVM 编写脚本，第 1 部分: libvirt
PaulFerrill,CTO,
ATAC
简介：本系列文章由两部分组成，将探讨如何使用Python创建脚本，用这些脚本管理使用KVM的虚拟机。
weixin_33755554
·
2020-07-28 17:59
sc-
ATAC
-seq细胞类型注释策略
由于缺乏专门设计的工具以及在单细胞
ATAC
-seq数据中使用不直观的顺式和跨式调控元素（unintuitivecis-andtrans-regulatory），因此单细胞
ATAC
-seq数据中的细胞类型标注具有挑战性
周运来就是我
·
2020-07-28 14:04
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第四章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
·
2020-07-28 10:07
使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第三章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC
-seq数据(第二章)第3章:创建ArchRProjectArchRProject
xuzhougeng
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2020-07-28 10:49
ATAC
-seq 分析流程入门
ATAC
-seq全称是AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing可以理解为借助转座酶对开放染色质区域进行高通量测序
BeeBee生信
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2020-07-17 16:20
TF binding from
ATAC
-seq data
NucleoATAChttp://kzhang.org/Taiji/tutorial.htmlhttp://centipede.uchicago.edu/https://github.com/hiranumn/
ATAC
_peakhttps
zhoujj2013
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2020-07-15 17:51
ATAC
-Seq入门加高阶传送门
ATAC
-Seq入门加高阶传送门还记得生信技能树的传送门系列吗？
生信技能树
·
2020-07-15 16:19
Week11— methy-
ATAC
-seq同时测甲基化和染色质的可及性
导读伴随着10Xgenomics最近推出的sc-ATACseq的protocol，
ATAC
-seq技术将会掀起一股新的研究热潮。
六六_ryx
·
2020-07-14 14:49
【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part1
大家搜索三维基因多组学联合分析的时候，会搜到Hi-C，RNA-seq,ChIP-seq,
ATAC
-seq,BS-seq,3C,4C，SVpromoter，enhancer等核心关键词，这张字符云几乎涵盖了三维基因组学全部内容
XuningFan
·
2020-07-13 10:42
第6篇：重复样本的处理——IDR
前言
ATAC
-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理
ATAC
-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少2次技术重复）。
六六_ryx
·
2020-07-13 08:39
部分研究兴趣
干湿结合的生物学表观测序可观测值是每个基因的表达量，隐变量是不同细胞类型的组成，比如建立某一类细胞和基因表达的关系，推断细胞丰度feature表达，可以是signature或者转录本，chromState等
ATAC
-seq
Shaoqian_Ma
·
2020-07-02 15:05
ATAC
-Seq 数据分析（上）
背景：染色质和染色体的结构和功能每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和表达调控能准确和高效进行。包装分为多个水平，核小体核心颗粒(nucleosomecoreparticle)、染色小体(chromatosome)、30nm水平染色质纤丝(30nmfibre)和高于30nm水平
徐洲更hoptop
·
2020-06-30 20:21
#小王子旅行杂货铺#——干货满满之意大利旅行篇
实用贴士交通网站意大利签证申请中心官网：www.italyvac.cn意大利铁路官网：www.trenitalia.com罗马公共交通网：www.
atac
.roma.it公交车Atral：www.atral-lazio.com
小王子4ever
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2020-06-27 06:41
Seurat的scATAC-seq分析流程
scRNA-seq和scATAC-seq,主要体现在：基于scRNA-seq的聚类结果对scATAC-seq的细胞进行聚类scRNA-seq和scATAC-seq共嵌入(co-embed)分析整合步骤包括如下步骤:从
ATAC
-seq
徐洲更hoptop
·
2020-06-27 02:06
生物信息学
文献阅读High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell
High-throughputsequencingofthetranscriptomeandchromatinaccessibilityinthesamecell这篇文章是在单细胞测序的基础上通过联合
ATAC
-seq
forever luckness
·
2020-06-24 03:19
文献阅读分析
组学相关文献
第10篇：
ATAC
-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
从RNA-Seq层面，我们可以探究哪些基因具有显著差异，上调或下调；从ChIP-Seq层面，我们可以研究某个特定转录因子的调控作用；从
ATAC
-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化，由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关
六六_ryx
·
2020-06-22 05:17
ATAC
-seq
寻找开放染色质区域的传统方法寻找开放染色质区域的传统方法主要是MNase-seq和DNase-seq。这两个实验的思路是相似的：在染色质开放时，DNA和组蛋白的浓聚程度会降低，有一部分DNA暴露出来。而一旦失去了蛋白质的保护，这部分DNA就可以被DNA酶（MNase或DNase）所切割。然后，我们再把切割完的DNA拿来测序，和已知的全基因组序列相比较，就能发现被切掉的是哪些东西？没有被切掉的地方又
简boo
·
2020-06-11 23:48
使用HINT-
ATAC
进行
ATAC
-Seq的footprinting分析
关于
ATAC
-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：
ATAC
-seq数据分析工具的比较和推荐（GenomeBiology综述）
ATAC
-seq生信分析综述翻译(GenomeBiology
生信start_site
·
2020-05-28 08:15
NGS012 转座酶建库及
ATAC
-seq
转座因子Transposon一段DNA顺序可以从原位上单独复制或断裂下来，环化后插入另一位点，并对其后的基因起调控作用，此过程称转座。这段序列称跳跃基因或转座子。转座子是存在于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。I型转座子（复制-粘贴）I型转座子转座中间体是RNA。I型转座子又被称为逆元件（Retroelement）。该型转座子会先被转录为RNA，然后该RNA被逆转录，再次成为DNA，才被插
caoqiansheng
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2020-05-19 16:22
Snakemake搭建生信分析流程-步骤
snakemake官网地址：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/使用snakemake的好处processdatawiththesamepipeline自动生成拓扑图
ATAC
-seq
RachaelRiggs
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2020-05-18 17:50
SNARE-seq：RNA-seq和
ATAC
-seq合体
直接通过转录组的结果并不能得到TF上游开放染色质的信息，也就是说，要构建一个完整的调控网络，RNA-seq和
ATAC
-seq往往是需要结合分析的。虽然已经有很多算法可以实现多组学数据整
Shaoqian_Ma
·
2020-05-01 12:20
「工具」使用BETA整合分析
ATAC
-seq/ChIP-seq和RNA-seq数据
BETA网址:http://cistrome.dfci.harvard.edu/BETA/tutorial.html功能介绍数据准备：peakbedfile#chrstrend$headmep_ebDfpeak_deseq2_sig.bedchr81205080812052743chr96649299966494729chr4125632449125634758chr410182030101835
六六_ryx
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2020-04-06 16:06
ATAC
-seq 分析（上）
简介
ATAC
-seq的目的是鉴定DNA的可触及区域，即未被组蛋白保护的开放区域，相当于DNaseI能够起作用的区域。用来探究转录因子反式调控机制。
presentlife
·
2020-03-25 02:23
各种二代测序技术演变
ATAC
-seqAssayforTransposaseAccessibleChromatinusingsequencing，简称
ATAC
-seq，即是运用测序手段研究转座酶接近的染色体片段。
国产在读博士
·
2020-02-28 09:37
2019-12-26 复习表观调控相关内容（图1-3）
此次表观调控课程是整合RNA-seq数据和表观数据，比如Chip-seq和
ATAC
-seq，主要是依托于文章GlobalchangesofH3K27me3doma
程良平
·
2020-02-26 23:49
《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 5
这一章主要介绍了
ATAC
-seq的基本分析方法
ATAC
-seq这种测序主要用于检测全基因组的染色体开放程度的一种方法它的基本原理是用Tn5transposase随机插入开放的染色体区域（未开放的区域Tn5
小潤澤
·
2020-02-26 16:29
Harvard FAS Informatics出品的
ATAC
-seq测序指南
HarvardFASInformatics出品的
ATAC
-seq测序指南github链接：harvardinformatics/
ATAC
-seq参考文献：
ATAC
-seq:AMethodforAssayingChromatinAccessibilityGenome-WideATAC-seq
天地本宽
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2020-02-23 00:32
搞懂illumina nextera Tn5 和
ATAC
seq adaptor 序列
在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5，NexteraDNALibraryPreparationKit，比如
ATAC
-seq就有用到这个Tn5。
Runuply
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2020-02-22 14:54
给学徒的
ATAC
-seq数据实战
给学徒的
ATAC
-seq数据实战本次给学徒讲解的文章是:Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
生信技能树
·
2020-02-14 04:07
ATAC
-seq分析练习
这篇文章来练习一下
ATAC
-seq分析。
ATAC
-seq和CHIP-seq的分析非常相似，CHIP-seq检测的是抗体结合的DNA序列；而
ATAC
-seq检测的是“易接近”的DNA序列。
生信start_site
·
2020-02-13 15:12
给学徒的
ATAC
-seq数据实战
给学徒的
ATAC
-seq数据实战本次给学徒讲解的文章是:Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
生信技能树
·
2020-02-07 19:50
ATAC
-seq分析实操生信技能树健明教程
放在最前面的参考链接：给学徒的
ATAC
-seq数据实战（附上收费视频)数据来源的文章：Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
二货潜
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2020-02-05 06:27
coltron
python2.7/site-packages/coltroncoltron-eENCFF906WKZ_peaks_AllEnhancers.table.txt-bENCLB080OEI.sort.bam-SACC_
atac
.bed-gHG19
清晨起床满满正能量_Go
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2020-01-08 06:52
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