ATAC

bam文件画插入片段长度分布图

对于ATAC文库而言，其插入片段的长度分布有着非常典型的规律，示意如下image.png每200bp会存在一个峰，这个周期性波动反应的是核小体的个数。
笺牒九州的怪咖·2022-03-30 15:25

10X单细胞 & ATAC 研究揭示人类妇科恶性肿瘤的多组学单细胞图谱

hello，大家好，今天是个好日子，女神节，什么是女神呢？我百度了一下，意思指对女性的神明或至尊的称谓，特指神话传说中的女性至高者。后来引申为善良、纯洁、高素质、气质脱俗以及容貌美的女性。在现代社会，女神常用来定义男性心目中喜爱，但还未成为真正恋爱对象的女生，那么女孩子们，你们是不是女神，看来还是取决于男性的内心啊，~~~~今天我们来分享一篇关于女性的研究文章，妇科恶性肿瘤的研究内容，文章在Amu
单细胞空间交响乐·2022-03-08 13:23

10X单细胞空间（RNA、ATAC、Spatial）联合分析剖析类风湿关节炎中炎症相关滑膜成纤维细胞的异质性及其驱动因素

又是周五，一周又将过去，时间总是匆匆，半刻不会停留，很想挽留，但是却没有方法，很多时候不希望时间就这么悄悄溜走，只好在时间的道路留下一些标记，回头看时，知道自己曾经来过今天又是单细胞空间占据身心的一天，分享的文献在HeterogeneityofInflammation-associatedSynovialFibroblastsinRheumatoidArthritisandItsDrivers，单
单细胞空间交响乐·2022-03-04 11:48

利用ATAC-seq技术研究Ⅰ型干扰素通路活化后人单核细胞的染色质开放性改变

ATAC-seq技术是近年
Kenmly墨雲·2022-02-19 15:34

使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq

目前，Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据，之后还会添加其他基于染色质调控的单细胞测序数据分析的新功能。
Davey1220·2022-02-15 08:59

ChIP-Seq/ATAC-Seq/DNAse-Seq的一站式质量控制和分析流程

另一个分析流程是针对ATAC-Seq或者DNAse-Seq的，链接在这里。之所以说是宝贝，是因为这两个pipeline都提供了一体化的质量控制以及分析流程。
傅小潇·2022-02-12 13:58

ATAC-Seq Motif 富集分析

本文是《ATAC-Seq分析流程》的Motif富集分析部分。峰注释能够提供峰可能影响的基因和功能区域，但这不够直接解释开放区域的作用机制。
BeeBee生信·2022-02-10 13:24

Seurat 4.0 ||单细胞数据分析工具箱有更新

现在，我们可以说单细胞是中心法则的反应器，DNA，rna，atac，膜蛋白，等等等等，都在细胞中生成与反应。为了顺应（某种意义上也是推动）单细胞技术的发展，最大限度地打开我们的视野。
周运来就是我·2022-02-09 08:23

第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools

学习目标：探讨ChIP-seq数据质量低的来源理解链交叉相关性（strandcross-correlation）使用phantompeakqualtools计算交叉相关性和其他相关的质控度量值评估交叉相关图ChIP-Seq质量评估在下游分析前，最好是先对peakcalling后的ChIP-Seq数据进行质量评估。链交叉相关（Strandcross-correlation）链交叉相关是一个有效的评估
六六_ryx·2022-02-08 14:16

Seurat包学习笔记（六）：scATAC-seq + scRNA-seq integration

对于scATAC-seq，我们还开发了一个独立的Signac包，可以用于单细胞ATAC-seq的数据分析及其整合分析，详细的使用方法可以参考Signac包官网的说明文档。im
Davey1220·2022-02-07 02:21

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（三）：Integrative Analysis of PBMC scATAC-seq and scRNA-seq

image.png简介在本教程中，我们将对PBMC的两个scATAC-seq数据集(5K和10K)和一个scRNA-seq数据集进行整合分析。这三个数据集均来自10Xgenomics测序平台产生的数据，可以直接在10x官网下载使用。具体来说，我们将主要执行以下分析内容：CellselectionforPBMC5kand10kscATAC;Randomlysample10,000cellsaslan
Davey1220·2022-02-05 20:17

生信 | IGV Web快速搭建（无需root，无需更改配置文件）

最近需要将ATAC-Seq生成的bw导入IGV查看peak的分布情况，但是一个个的将bw文件从服务器上下载到本地再传到IGV里面太麻烦了，偶然间就看到了IGV官网上有一个叫做【igv.js】的东西，这一下让我想到了他可能和
生信卷王·2021-12-10 15:39

10X单细胞 & 10XATAC联合之调控网络分析（IReNA）

也很经典，参考的文献在IReNA:integratedregulatorynetworkanalysisofsingle-celltranscriptomes，我们看看分析的方法和内容,关于10X单细胞联合ATAC
单细胞空间交响乐·2021-11-30 17:12

通过ATAC-seq和FAIRE-seq研究开放染色质发现驱动体内肿瘤发育的转录因子和调控区域

DavieK,JacobsJ,AtkinsM,PotierD,ChristiaensV,HalderG,AertsS.DiscoveryoftranscriptionfactorsandregulatoryregionsdrivinginvivotumordevelopmentbyATAC-seqandFAIRE-seqopenchromatinprofiling.PLoSGenet.2015Fe
笺牒九州的怪咖·2021-11-04 12:17

单细胞笔记9-scATAC-seq测序方法和数据分析

检测染色质开放性（Accessibility）结合高通量测序（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing，ATAC-Seq
江湾青年·2021-11-03 16:19

文献分享：从原始数据开始一步一步分析ATAC-seq

最近在编写全新的ATAC-seq流程，看到一个非常好的文献《Fromreadstoinsight:ahitchhiker’sguidetoATAC-seqdataanalysis》文献堪称是目前最全的ATAC-seq
xizzy·2021-10-27 20:52

表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通

在诸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我们常常听到一个词CallPeak。CallPeak究竟是什么东西，得到的结果又有什么生物学意义呢？
xizzy·2021-10-27 20:50

单细胞笔记3-scATAC-seq介绍

ATAC-seqATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术
江湾青年·2021-09-16 20:53

单细胞多组学技术 | 在流感疫苗作用机制研究的应用

在本文中，研究者使用包括单细胞ATAC测序、单细胞转录组测序等单细胞多组学技术综合分析了流感疫苗接种后引起的表观基因组变化，为流感疫苗作用的机制提供了新的见解。文章详情文章题目：Thesingl
生物芯时空·2021-08-31 10:05

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

批量跑完了20个数据的ATAC-seq流程，结果发现样本的比对率参差不齐，有的能达到80-90%，有的
六六_ryx·2021-06-26 06:22

Motif scanning tool: FIMO（在线版分析笔记）

换言之，你需要提供你的序列（比如ChIP-seq峰，或者ATAC-seq峰，或任何你感兴趣的序列片段）；并且，你还需要提供motif文件，目的就是要查看感兴趣的序列里有没有这些motif。
生信start_site·2021-06-21 01:54

ATAC-Seq Protocol for Buck Cell

ATAC-SeqProtocolforBuckCell版权说明：(XMU_Zhang_Lab,V-2019-03-23,特别致谢：刘俊佳/边成林同学）参考资料：基本原理其他实验室的P材料准备1.转座酶试剂
xmu_zhang_lab·2021-06-20 12:02

单细胞数据分析神器——Seurat

近两三年，单细胞技术从最开始的基因组，转录组测序，发展成现在的单细胞DNA甲基化，单细胞ATAC-seq等等。
呆呆聊生信·2021-06-20 07:03

从零开始学Circos绘制圈图（一）

一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq
xuzhougeng·2021-06-11 00:13

系统生物学课程相关文献

RNA-Seq、ATAC-Seq、单细胞分析等1.ATAC-seq技术及数据分析Buenrostro,J.,Giresi,P.,Zaba,L.etal.Transpositionofnativechromatinforfastandsensitiveepigenomicprofilingofopenchromatin
PureZhang·2021-06-09 17:14

2019-04-24-ATAC-seq

foriin*_1.fastq;doi=${i%_1.fastq*};perl'/media/shen/disk1/biosoft/TrimGalore-0.6.0/trim_galore'--paired--gzip${i}_1.fastq${i}_2.fastq-o./;donebowtie2-p40-t-q-N1-L25-X2000--no-mixed--no-discordant-x'/m
njmujjc·2021-06-09 08:47

实验流程图怎么画

Thesis_Figure3_1_ATAC-seqpipeline.png可以试试ProcessOn.com,一个专业在线画流程图的工具，使用Chrome&Firefox浏览器，支持快捷键，非常方便。
Ternq8·2021-05-14 10:22

10X空间转录组细胞通讯之stlearn（寻找区域交流热点中心）

hello，大家好，就在昨天（2021.5.10）李彦宏举办了第一届生物计算大会，不知道大家听了没有，其实我认为最值得关注的一点就是同一样本的多组学检测，就是说同一样本，同时检测外显子，转录组，ATAC
单细胞空间交响乐·2021-05-11 16:01

ATAC-seq Guidelines

https://informatics.fas.harvard.edu/atac-seq-guidelines.html图片发自App好像需要翻墙。
热衷组培的二货潜·2021-05-07 20:17

Network在单细胞转录组数据分析中的应用

单细胞技术正在弥补分子生物学和组织生物学之间的鸿沟，进入高通量时代以来，这项技术所揭示的不是单一元素的信息，而是在单细胞层面揭示某种系统关系：DNA，RNA，ATAC等。
周运来就是我·2021-04-15 05:49

ChIp-Seq,ATAC-seq, DAP-seq

1ChIP-seq染色质免疫共沉淀（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)研究体内蛋白质与DNA结合的技术。简单原理：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的D
斩毛毛·2021-03-13 15:43

2020推文合集

2020年发送的推文列表如下ATAC最近大火的ATAC,究竟是干什么的引用2115次的ATAC经典论文解读划重点
生信修炼手册·2021-02-05 20:00

如何提取ATAC-seq数据的差异peaks?（DiffBind包的使用）

在很久以前我写过一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析练习），里面没有涉及到差异peak的分析。现在补起来。参考的是DiffBind的一份官方文档：这里。
生信start_site·2021-01-02 12:56

ATAC-seq讲座视频笔记

ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-ATAC-seq讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信·2020-12-17 19:49

ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记

ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-ATAC-seq讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信·2020-12-17 19:41

RIC-seq讲座视频学习

ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-ATAC-seq讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信·2020-12-17 19:31

Ribo-seq讲座视频笔记

ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-ATAC-seq讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信·2020-12-17 19:26

CLIP、RIP-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:22

(eccDNA)circle-seq讲座视频学习

ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-ATAC-seq讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信·2020-12-17 19:47

Seurat4版本的WNN的运行与原理与softmax

Seurat4已经出了beta版本，最大的改变有两点（1）推出了多模态分析，WNN（权重最近邻），由此可以联合单细胞转录组与蛋白组、ATAC，空间转录组等一起分析（2）Rapidmappingofquerydatasetstoreferences
单细胞空间交响乐·2020-11-11 15:20

ATAC-seq分析干货-1

近两年应用ATAC-seq方法发表的文章数量也是飞速上升，可见ATAC-seq的火爆程度。现在，如果你还不了解ATAC，还不抓紧学起来！今天我们先来学习一下ATAC-seq相关的背景介绍。
生信阿拉丁·2020-10-08 00:20

pyGenomeTracks—表观多组学个性化track可视化工具

今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。
生信阿拉丁·2020-10-07 11:13

Single-Cell ATAC-Seq的初步了解

这一篇笔记是有关于单细胞ATAC-seq的初步了解。在阅读相关文献之前，我还是在网上找了些视频来看，想先对其有一个整体上的认识。这里有一个比较好的视频，讲的很浅显易懂。
生信start_site·2020-09-17 09:53

使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（下）

image.pngGeneratingFASTQswithcellranger-atacmkfastqOverviewcellranger-atac软件提供了cellranger-atacmkfastq
Davey1220·2020-09-15 11:54

使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（上）

image.pngCellRangerATAC简介cellranger-atac软件是用于处理10xGenomics平台ChromiumSingleCellATAC-seq测序数据的分析流程。
Davey1220·2020-09-13 21:57

16/10/2019 一步步学会分析ATAC-seq

https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684关于illumina测序的原理so,我的测序结果是paired-endsequencing并且是在不同的lanes上测序的。原始名称为：larvae1_S1_L001_R1_001.fastq.gz,larvae1_S1_L001_R2_001.fastq.gz,larvae1_S1_L002_R1_001.fastq.gz
uqyuan0515·2020-09-13 03:33

2019/0715_生物信息学R语言教程——book

目录前言第一章R/Bioconductor入门第二章:基因芯片分析第三章RNA-seq数据分析第四章ChIP-seq数据分析第五章ATAC-seq数据分析第六章scRNA-seq数据分析第七章下游分析第八章上游分析第九章代码背后
uqyuan0515·2020-09-13 03:33

20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解

染色质免疫共沉淀ChromatinImmunoprecipitation,ChIP技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富
uqyuan0515·2020-09-13 03:02

ATAC-seq原理与步骤

ATAC-seq,英文全称AssayforTargetingAccessible-Chromatinwithhigh-throughoutsequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。
Brickvstar·2020-08-30 17:05

第2篇：原始数据的质控、比对和过滤

ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），因为线粒体DNA是裸露的，也可以被Tn5酶识别切割。
六六_ryx·2020-08-23 20:12
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