AlphaFold

基于人工智能的多肽药物分析的子问题——蛋白质的三级结构预测的第一周学习记录

2021SC@SDUSC文章目录前言一、蛋白质结构的研究意义二、当前研究现状三、AlphaFold的介绍1、AlphaFold出现的意义2、AlphaFold2的方法四、未来发展五、代码情况六、学习计划七
xiaofengzihhh·2022-12-24 14:30

从AlphaFold到AlphaFold2，破解蛋白质结构终极难题

蛋白质对生命来说不可或缺，它们支持生物体的几乎所有功能。这些复杂的大分子由氨基酸链构成，而蛋白质的功能很大程度上决定于它的3D结构。显然，了解蛋白质的结构和形状对医药研究的进步至关重要。生物医学领域的众多挑战，包括开发治疗疾病的创新疗法，都依赖于对蛋白质结构和功能的理解。但是，由于蛋白质结构极其复杂，到现在为止，医学上也只研究出少数蛋白质的构造。但是，这一情况随着用人工智能确定蛋白质的结构方向取得
weixin_4528312·2022-12-24 13:59

谷歌AlphaFold近日宣称预测出地球上几乎所有蛋白质结构

他们利用人工智能（AI）系统AlphaFold预测出超过100万个物种的2.14亿个蛋白质结构，几乎涵盖了地球上所有已知蛋白质。这一突破将加速新药开发，并为基础科学带来全新革命。▲A
weixin_4528312·2022-12-24 13:59

美国物理学会Physics网站公布“年度亮点”工作，AlphaFold和潘建伟团队成果等入选

凭借詹姆斯·韦伯太空望远镜拍摄的令人惊叹的图像、激光聚变的突破、升级后的大型强子对撞机的启动以及小行星防御系统的首次测试，2022年提供了大量的宏伟成果。在生物、量子和凝聚态物理学方面也有重要的小规模努力，以及在多样性、公平性和包容性方面的宝贵工作，这些工作可能会导致更公平的物理学界。以下是美国物理学会Physics网站公布“2022年年度亮点”工作。激光聚变标志性的一年这一年以高潮结束——年末，
weixin_4528312·2022-12-24 13:59

一文了解 AlphaFold 2 背后的 PDB 蛋白质结构数据集

一文了解AlphaFold2背后的PDB蛋白质结构数据集本文转载自：https://blog.csdn.net/HyperAI/article/details/110508015By超神经内容提要：DeepMind
一念思量LG·2022-12-24 13:58

破解蛋白质结构秘密的AlphaFold

蛋白质对于人体和生命来说犹如高楼大厦中的一砖一瓦失去蛋白质,生命也会如同缺少材料的大楼般轰然倒塌人体中存在众多类型的蛋白质,如人体免疫系统的抗体蛋白、胶原蛋白、抗冻蛋白、核糖体等,每种蛋白质都有自己独特的蛋白质三维结构。研究蛋白质,对于生命科学与药物研发具有重要的价值。很多人体疫病,都是由蛋白质的错误折叠引发的,比如帕金森症、阿尔斯海默症、亨廷顿症等。药物原理类似于一把钥匙,锁就是疫病靶点,通常可
资讯快报·2022-12-24 13:28

Alphafold在预测蛋白质折叠方面完爆人类，AI+X将迎来新时代

它的神经网络被称为AlphaFold，能够根据蛋白质的氨基酸序列以前所未有的准确度预测蛋白质的三维结构。其准确性可以与使用冷冻电子显微镜（CryoEM
派派AI学院·2022-12-24 13:27

AlphaFold2爆火背后，人类为什么要死磕蛋白质？

来源：脑极体近期在生命科学领域，有一则爆炸性的新闻，DeepMind的AlphaFold2模型，将人类的98.5%的蛋白质，全部预测了一遍，并且做成了数据集免费开源，供科研圈的人使用。
人工智能学家·2022-12-24 13:56

因AlphaFold获300万美元“科学界奥斯卡奖”，DeepMind创始人：震惊，捐了

生命科学突破奖中，DeepMind创始人哈撒比斯与AlphaFold2一作JohnJumper在列，以表彰他们开发了能准确预测蛋白质结构的算法。根据Nature报道，得知获
QbitAl·2022-12-24 13:55

智源社区周刊：AlphaFold蛋白质宇宙扩展到2亿结构；对话清华代季峰：自动驾驶感知新时代...

编辑精选AlphaFold揭示蛋白质结构宇宙：已从100万扩展到超过2亿个结构查看详情7月29日，DeepMind发文公布了AlphaFold的最新研究里程碑成果。
智源社区·2022-12-24 13:54

后AlphaFold时代的蛋白质结构预测

这正值谷歌团队AlphaFold2在上一届CASP大赛给该领域带来革命性冲击后两周年。两年后，该领域的状况如何，蛋白质结构预测该何去何从？
weixin_4528312·2022-12-24 13:24

一键构建云上高可用蛋白质结构预测平台

简介Deepmind团队于2021年7月公开了Alphafold2算法源代码和相关论文，这一方案被认为可解决困扰生物学长达半个世纪的蛋白质折叠结构预测难题，其准确度高达92.4(百分制)。
亚马逊云开发者·2022-12-23 10:18

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
微服务技术分享·2022-12-21 12:21

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
微服务技术分享·2022-12-21 11:17

基于炼丹神器深度学习下的生命科学冷冻电镜单细胞基因分析的解决方案

生命科学|冷冻电镜|蛋白质结构深度学习|基因测序|卷积神经网络当前随着冷冻电镜、蛋白质组学、深度学习、基因测序、卷积神经网络、高性能计算、单细胞基因、数据挖掘、数据分析、靶点发现、晶体预测、AlphaFold
高性能服务器·2022-12-21 09:32

Nature｜人工智能助力蛋白质折叠预测

谷歌DeepMind的人工智能系统AlphaFold2于2020年11月首次亮相，用于预测蛋白质的三维结构，自从该工具在7月免费提供以来，人们对它的讨论更加激烈。
weixin_4528312·2022-12-19 19:10

【学习笔记AProt】

在最近的CASP14中，Deepmind证明了他们新版本的AlphaFold（AF）可以产生几乎接近实验结构的高精度3D模型。
JackCrum·2022-12-18 23:49

谷歌宣布：上帝的密码防线逐渐崩溃！人工智能有可能是人类文明史的终结！

来源：dang归网谷歌突然宣布：谷歌最新人工智能AlphaFold，在一项极其困难的任务中击败了所有对手，成功根据基因序列预测了生命基本分子——蛋白质的三维结构。谷歌宣布：上帝的密码防线逐渐崩溃！
Evan-yzh·2022-12-17 16:03

谷歌突然宣布：上帝的密码防线逐渐崩溃！人工智能有可能是人类文明史的终结！...

谷歌突然宣布：谷歌最新人工智能AlphaFold，在一项极其困难的任务中击败了所有对手，成功根据基因序列预测了生命基本分子——蛋白质的三维结构。谷歌宣布：上帝的密码防线逐渐崩溃！
架构师小秘圈·2022-12-17 16:54

AlphaFold2源码解析(4)--模型架构

AlphaFold2源码解析(4)–模型架构我们将Alphafold的流程分为一下几个部分：搜索同源序列和模板特征构造特征表示MSA表示与残基对表示之间互相交换信息残基的抽象表示转换成具体的三维空间坐标模型参数
发呆的比目鱼·2022-12-16 01:29

AlphaFold2源码解析(2)--推理参数说明

AlphaFold2源码解析(2)–推理参数说明运行的入口脚本文件：run_alphafold.py(这里讲解的都是以单体序列为例)其中，参数接受使用了第三方包：abslflags.DEFINE_list
发呆的比目鱼·2022-12-16 01:59

AlphaFold2源码解析(3)--数据预处理

AlphaFold2源码解析(3)–数据预处理数据预处理整体流程数据处理入口：feature_dict=data_pipeline.process(input_fasta_path=fasta_path
发呆的比目鱼·2022-12-16 01:58

AlphaFold2源码解析(1)--安装使用

AlphaFold2源码解析(1)–安装使用AlphaFold2有两种安装方式：具体可以参考我之前写的博客：Alphafolddocker安装:参考GitHub：https://github.com/deepmind
发呆的比目鱼·2022-12-16 01:58

AlphaFold2源码解析(9)--模型之损失及其他

AlphaFold2源码解析(9)–模型之损失及其他损失函数和辅助头该网络是端到端训练的，梯度来自主帧对齐点误差(FAPE)损失LFAPEL_{FAPE}LFAPE和许多辅助损失。
发呆的比目鱼·2022-12-16 01:54

【论文分享】Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold

前言：本文是PPT分享的文字稿，偏口语化，仅供参考。Outline论文正文内容梳理团队介绍背景介绍预测方法分类预测效果算法框架1.模型输入2.Evoformer3.StructureModuleLossFunctionAF2推理生成结果训练过程Openfold(AF2复现)训练集训练步骤训练命令AF2潜在问题其他类似算法-EsmFold预测效果结构简要说明
zoetu·2022-12-14 19:33

AlphaFold2源码解析(8)--模型之三维坐标构建

AlphaFold2源码解析(8)–模型之三维坐标构建该模块牵扯到了欧几里得变换，相关的基础知识请查阅欧几里得变换–转载至生信小兔这个模块我们讲解AlphaFold的Structuremodule模块，
发呆的比目鱼·2022-12-14 09:21

Alphafold2/multimer本地安装+报错处理

Alphafold2本地部署常见的有两种方式：一、构建Docker镜像；二、Conda部署。
grosetta·2022-12-11 15:28

人工智能：细数一年事 约略两态势

AlphaFold或是2021年人工智能（AI）领域的“一哥”。
AI_Pro·2022-12-09 10:22

名校 AI 课程｜斯坦福 CS25：Transformers United 专题讲座

RL）、生成对抗网络（GANs）、语音甚至是生物学等领域也大显锋芒，于是就有了近年来看到的基于Transformer创建的大型语言模型GPT-3，以及“魔改”的Transformer在蛋白质折叠问题的AlphaFold2
矩池云Matpool·2022-12-06 20:50

首个大众可用PyTorch版AlphaFold2复现，哥大开源OpenFold，star量破千

作者丨小舟来源丨机器之心AlphaFold2是2021年AIforScience领域最耀眼的一颗星。现在，有人在PyTorch中复现了它，并已在GitHub上开源。
Tom Hardy·2022-12-06 14:47

测序组学助力新的酶发现

2020年，深度学习算法AlphaFold2在从原始序列预测蛋白质三维结构方面取得了里程碑式的成果。宏基因组学产生的大量测序数据，让人们得已窥见未经培养的微生物的生物合成潜力。
谷禾牛博·2022-12-06 11:00

一文了解 AlphaFold 2 背后的 PDB 蛋白质结构数据集

By超神经内容提要：DeepMind的最新一代算法AlphaFold2，在近日被称为「蛋白质奥林匹克竞赛」的CASP中，完虐其它对手，取得惊人的突破，震惊整个科研圈。
HyperAI超神经·2022-12-01 23:18

吴恩达：2020 年，这些 AI 大事件让我无法忘怀...

作者|吴恩达编译|陈大鑫、贝爽编辑|青暮转自|AI科技评论日前，吴恩达在圣诞节之际回顾了2020年AI的一些重大事件，包括AI应对新冠疫情、数据集存在种族偏见、对抗虚假信息算法、AlphaFold预测蛋白质三维结构
湾区人工智能·2022-11-27 03:58

生命科学领域下的“全球突破性十大技术”干货与分享

细胞分析|分子图谱|IND生物识别|基因测序|AlphaFold在细胞分析、视觉识别、生物识别、基因测序、IND、AlphaFold快速发展的大背景下，各项造福于人类的新兴技术开始展现。
高性能服务器·2022-11-26 17:07

【论文视频】AlphaFold 2 论文精读. Nature 2021【论文精读】

参考资料视频内容前言这是AlphaFold2了，因为之前有一篇了，不要搞错早在论文发表的5个月前，就已经写了博客，虽然文章还没写同一天，2021July15，来自另一个团队也宣布了自己的工作RoseTTAFold
I"ll carry you·2022-11-26 04:29

亚马逊云科技：云计算提速人工智能辅助药物发现(AIDD)，药物研发全面步入“AI时代”

2020年底，DeepMind旗下人工智能（AI）系统AlphaFold在蛋白质分子结构预测领域取得了史无前例的进步。
Discovering_·2022-11-24 12:35

20210716未来智能实验室收录资料

《科学》：媲美AlphaFold2的蛋白质结构预测新工具问世，一台游戏计算机十分钟出结果，完全免费2.清华团队综述全面解读图神经网络理论方法与应用3.芯片行业76个细分领域企业（国内对比国外）4.前沿丨
人工智能学家·2022-11-24 11:18

它将改变一切：AI解决了生物学50年来的重大难题

11月30日，一条重磅消息引发了科技界所有人的关注：谷歌旗下人工智能技术公司DeepMind提出的深度学习算法“AlphaFold”破解了出
人工智能学家·2022-11-23 20:01

我们和计算生物学从业者深度聊了聊｜ 对撞派 · 圆桌实录

量子位智库发自凹非寺量子位|公众号QbitAI名噪一时的AlphaFold2背后，是蓄势待发的计算生物学。但，计算生物学究竟是什么？目前进展如何，又蕴藏了怎样的未来机遇？
QbitAl·2022-11-23 17:04

从GPT-3到DETR，一起来盘点2020有哪些突破？

从OpenAI的GPT-3，再到AlphaFold，都是令人振奋的成就。与此同时，数据科学在机器学习、自然语言处理（NLP）、计算机视觉等领域中蓬勃发展。
深度学习技术前沿·2022-11-22 21:21

运行AlphaFold2时，报错：No module named ‘simtk.openmm.app.internal‘

文章目录报错原因解决原因非Docker方式Docker方式Reference报错原因Alphafold2的官方目前只支持OpenMM==7.5.1,但是目前OpenMM的最新版本已经更新到了7.7.0，
LoveFishO·2022-11-22 05:36

2020年人工智能十大技术进展

位于北京的智源人工智能研究院请“智源学者”们从全球的研究成果中评选了一份年度成就名单，其中有文本能力惊人的自然语言处理预训练模型GPT-3，有惊艳结构生物学领域的AlphaFold2，也有不少中国学者的成果
人工智能学家·2022-11-21 09:40

alphafold初探

alphafold初探1.数据库初探2.mmCIF文件解析与数据读取参考文献资料1.数据库初探近期，alphafold这个模型又开始刷爆各种平台，其主要贡献简单说就是通过AI技术解决了复杂蛋白质结构预测的难题
cnjs1994·2022-11-14 19:45

使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测

前言AlphaFold2，是DeepMind公司的一个人工智能程序。
北鲲云_beikun·2022-11-11 11:14

AI制药，噱头还是未来？

DeepMind团队以AlphaFold2算法在Nature杂志发表的文章给行业投下重磅炸弹，这篇文章报道了35万个预测的大分子蛋白质结构，理论上包含了人类98.5%的蛋白质数量。
北鲲云_beikun·2022-11-11 11:12

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
微服务技术分享·2022-11-10 10:34

AlphaFold对手来了：Meta发布6亿“暗物质”蛋白预测结果，仅用2周完成

Alex发自凹非寺量子位|公众号QbitAI预测蛋白质结构的AI超级新星AlphaFold，现在遇到了强劲对手。
QbitAl·2022-11-07 09:22

本周AI热点回顾：AI消除马赛克神器公布；Github黑暗模式正式发布；「中国AlphaFold」创生！

点击左上方蓝字关注我们01打马赛克就安全了吗？AI消除马赛克，GitHub开源项目上线三天收获近7000星像素化（又称马赛克）是一种常见的打码方式，通过降低图像中部分区域的分辨率来隐藏某些关键信息，比如：最近，一个名为Depix的GitHub项目爆火，上线三天star量已经高达6.9k。项目作者SipkeMellema是一名信息安全顾问。项目地址：https://github.com/beurts
飞桨PaddlePaddle·2022-10-15 07:08

AI 企业多云存储架构实践 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
Juicedata·2022-10-11 09:16

GPT-3和AlphaFold 2震撼2020，2021年AI最大看点在哪儿？

GPT-3和AlphaFold背后的Transformer2020年最大的两项人工智能成
人工智能学家·2022-09-13 10:19
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