AlphaFold

PSP - 基于开源框架 OpenFold Multimer 蛋白质复合物的结构预测与BugFix

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/132410296AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-23 08:18

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-21 13:30

PSP - 配置 AlphaFold2 的高效 Tensorflow 运行环境

CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130560538AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-17 18:51

PSP - 关于 AlphaFold2 的 openmm.patch 补丁

CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130541313在配置AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-17 18:50

关于人工智能的高新项目与技术

关于人工智能的高新项目与技术关于人工智能的高新项目：OpenAIGPT-3：AlphaFold：Waymo自动驾驶:DeepMind医疗项目关于人工智能的高新技术深度学习（DeepLearning）：自然语言处理
大余小牛成长记·2023-08-12 23:56

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-12 06:53

详解AlphaFold生成的PDB文件以及3D打印所需的STL文件

继上篇帖子https://blog.csdn.net/yhlhhhhh/article/details/122507090?utm_source=app&app_version=4.21.0&code=app_1562916241&uLinkId=usr1mkqgl919blen里写的将预测的模型用3D打印机打印出来，而这其中就涉及到格式转换的问题，但据我所知貌似没有专门的转换工具，所以需要用编程
yhlhhhh·2023-08-11 06:56

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-10 16:44

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-07-21 06:50

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-07-18 14:47

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-20 18:28

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。通过中心法则不难看出，如果把DNA比喻为进行工业生产的设计蓝图，那么蛋白质就像实现这个蓝图的工具，所以说蛋白质是一切生命活动的基础，它几乎参与了所有的生物学过程，如遗传、发育、繁殖等等。对蛋白质进行深入地研究，能让我们从更深层
·2023-06-19 10:43

Alphafold2 初识体验

最近刚刚开始研究DeepMind的Alphafold2，据说是一项解决生物学50年来关键问题的一个算法。听了李沐大佬的讲解，感觉非常入门起来会少花几天或者几个星期的时间。
Seaton·2023-06-17 06:17

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-16 13:34

谷歌 Alpha 家族再添“猛将”：AlphaDev 重磅亮相，打破多年计算瓶颈，新排序算法提速 70%！...

从名字上便可以看出，AlphaDev与AlphaGo、AlphaFold一样，同属DeepMind旗下的Alpha系列，而AlphaDev的发布也同样在业界引起了广泛关注。
CSDN 程序人生·2023-06-13 10:10

使用numpy计算分子内坐标

但是除了笛卡尔坐标表示方法之外，其实也有很多其他的方法用于粗粒化或者其他目的的表征方法，比如前一篇文章中所介绍的在AlphaFold2中所使用的残基的刚体表示方法。
DechinPhy·2023-06-11 12:05

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-09 04:31

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-08 13:20

盘点 | 从单目标优化到多目标优化，3D 打印材料开发进入 100X 倍速阶段

本文首发自HyperAI超神经微信公众号~以AlphaFold为代表，机器学习在生物制药、蛋白质结构预测等领域，已经有了喜人的研究成果，尤其是几何深度学习(Geometricdeeplearning)在原子结构建模方面取得的巨大进展
·2023-04-19 00:32

四大顶级专家谈AlphaFold2：关于技术细节、局限与意义

2020-12-1603:25:07AlphaFold2的胜利就像是一场接力赛，往往是跑到最后一棒的人会有更多的高光时刻。但是，我们依然要记住为这门学科贡献智慧的人。
喜欢打酱油的老鸟·2023-04-16 12:13

AlphaFold2开源了，不是土豪也不会编程的你怎么蹭一波？

2020年，AlphaFold2在CASP14蛋白质结构预测关键评估大赛中夺得透明，其预测的大部分结构达到了空前的准确度，不仅与实验方法不相上下，还远超解析新蛋白质结构的其他方法。
生信宝典·2023-04-16 12:13

AI制药 - AlphaFold DB PDB 数据集的多维度分析与整理 (2)

blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130118339数据集：AlphaFoldProteinStructureDatabase下载地址：https://alphafold.ebi.ac.uk
SpikeKing·2023-04-16 12:10

NEWS|AI增强的蛋白质设计制造从未存在过的蛋白质

AI-enhancedproteindesignmakesproteinsthathaveneverexisted，naturebiotechnologyVolume41|March2023|303–309|303蛋白质工程师正在利用快速发展的机器学习工具、深层数据库和AlphaFold2
DrugPython·2023-04-13 15:41

用于3D分子生成的等变扩散模型ICML2022

在Alphafold在蛋白质折叠预测方面取得成功的背后，越来越多的工作开发了深度学习模型来分析或合成分子。分子存在于物理3D空间中，因此受制于几何对称性，如平移、旋转。
tzc_fly·2023-04-11 18:11

思考AI科研的未来

StableDiffusion这大概是后AlphaGo时代AI第一次这么火出圈，AlphaFold2也就是在圈内大家都知道而已，但是这个大家都在玩，但是对于三四月看到DALLE2和Imagen效果的我来说
爱睡觉的Raki·2023-04-10 17:48

你真的了解计算生物学和AI for Science吗？

来源：量子位Q1：AlphaFold2的最大意义是什么？A1：这个看似突破性的进展，其实是技术演进的必然结果。
人工智能学家·2023-04-09 00:30

AlphaFold2中的残基刚体表示

技术背景在前面的这一篇博客中，比较全面的介绍了组成蛋白质的各种氨基酸的三维结构。由于每个氨基酸大小不一，在传统的蛋白质折叠预测的方案中，一般会考虑全原子方案或者是粗粒化方案。对于全原子方案而言，即时去除了氢原子，也包含了极大的原子数，对于计算量来说是一个非常大的考验。而将一个氨基酸近似为一个点的方案，因为往往忽略了太多的信息，比如氨基酸之间的二面角等，因此无法达到很好的预测效果。在AlphaFol
DechinPhy·2023-04-08 17:21

迎来智能数据分析的新时代

AlphaFold2获得了第十四屆CASP（两年一
人工智能学家·2023-04-07 10:31

李飞飞高徒盘点年度十大AI亮点：核聚变、ChatGPT、AlphaFold上榜

来源：新智元编辑：Aeneas昕朋【导读】2022年有哪些人工智能的突破？今天，李飞飞高徒JimFan盘点了年度十大AI亮点。人工智能的爆炸正在扭曲我们的时间感。你能相信StableDiffusion只有4个月大，而ChatGPT的出现还不到一个月吗？打个形象的比喻，只要眨一下眼，你就会错过一个全新的行业。2022年的AI领域，大规模的生成模型像雨后春笋一样地冒出，改变了整个AI界的格局。而且，这
Imagination官方博客·2023-04-06 10:27

从GPT-3到DETR，一起来盘点2020有哪些突破？

从OpenAI的GPT-3，再到AlphaFold，都是令人振奋的成就。与此同时，数据科学在机器学习、自然语言处理（NLP）、计算机视觉等领域中蓬勃发展。
人工智能学家·2023-04-03 01:56

AlphaFold2代码阅读（九）

2021SC@SDUSC写下前面:之前是在GoogleColab中运行的简化版本的代码，今天看一下AlphaFold2源码中写的运行程序一、运行AlphaFold运行AlphaFold的最简单方法是使用提供的
xiaofengzihhh·2023-04-01 08:54

AlphaFold2源码解析(6)--模型之特征表征

AlphaFold2源码解析(6)–模型之特征表征整体推理说明：Embedding只是在推理使用，影响非常小（sup-Inference篇章）特征表征表示的入口模型如下：evoformer_module
发呆的比目鱼·2023-04-01 08:11

蛋白质结构预测 AlphaFold2、ColabFold、Uni-Fold、ESMFold

AlphaFold2：官方地址https://github.com/deepmind/alphafoldColabFold：高效封装加速AlphaFold2及Alphafold2-multimer（四级结构
loong_XL·2023-04-01 08:40

AlphaFold2源码解析(5)--模型之特征构造

AlphaFold2源码解析(5)–模型之特征构造入口processed_feature_dict=model_runner.process_features(feature_dict,random_seed
发呆的比目鱼·2023-04-01 08:40

What‘s next for AlphaFold and the AI protein-folding revolution / 什么是AlphaFold和AI蛋白质折叠革命的下一步？

What'snextforAlphaFoldandtheAIprotein-foldingrevolution/什么是AlphaFold和AI蛋白质折叠革命的下一步?
redoop's blog·2023-04-01 08:00

AlphaFold/run_alphafold.py代码阅读理解

前言：代码中使用到多个生物学工具：参考超算跑模型|Alphafold蛋白质结构预测-知乎正式阅读代码：flags.DEFINE_list（）：设置命令行需要的参数，在运行代码时直接传入。
cv一段代码交差·2023-04-01 07:25

Ubuntu配置AlphaFold过程

文章目录安装NvidiaDocker注意安装对应的GPU驱动安装docker与NVIDIAContainerToolkit下载代码下载数据集注意数据集目录结构常规下载手动下载超常规手动下载额外处理配置环境运行Demo坑坑坑坑坑1.docker中的一些目录挂载出错。坑2.运行时提示`ValueError:jaxlibisversion0.1.69,butthisversionofjaxrequire
DL路人甲·2023-04-01 07:48

AlphaFold 和 AI 蛋白质折叠革命的下一步是什么

来源：ScienceAI编辑：萝卜皮十多年来，分子生物学家MartinBeck团队一直在努力拼凑世界上最难的拼图游戏之一：人类细胞中最大分子机器的详细模型。这种被称为核孔复合体的庞然大物控制着分子进出细胞核的流动，也就是基因组所在的地方。每个细胞中都存在数百个这样的复合物。每个都由超过1,000种蛋白质组成，这些蛋白质在穿过核膜的孔周围形成环。这1,000块拼图由30多种蛋白质构建块组成，这些蛋白
人工智能学家·2023-04-01 07:38

AI制药 - AlphaFold Multimer 的 MSA Pairing 源码

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/129794694目前最新版本是v2.3.1，2023.1.12AlphaFoldmultimerv1于2021年7月发布，同时发表了一篇描述其方法和结果的论文。AlphaFoldmultimerv1使用了
SpikeKing·2023-04-01 07:54

一文盘点最近特别火的 10 款惊艳的 AI 工具（附项目代码）

文章目录一、AI围棋机器人：AlphaGo二、AI蛋白质结构预测：AlphaFold技术交流三、AI对话机器人：ChatGPT四、AI搜索引擎：BingAI五、AI对话机器人：文心一言六、AI办公：Mi
Python数据挖掘·2023-03-31 19:22

对接算法在AlphaFold2预测结构中的应用

题目：AreDeepLearningStructuralModelsSufficientlyAccurateforVirtualScreening?ApplicationofDockingAlgorithmstoAlphaFold2PredictedStructures文献来源:https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01270代码:https://github.co
DrugPython·2023-03-21 05:05

BioRxiv|利用AlphaFold进行环肽结构预测和设计-Baker课题组环肽新工作

从偏计算的Rosetta，转到AI-driven的Alphafold可谓是一个惊喜，不知道环肽的设计是否可以由这一篇进入更广大的AI-driv
DrugPython·2023-03-21 04:56

如何下载、安装和运行AlphaFold2

前言：AlphaFold2在CASP14蛋白质结构预测关键评估大赛中夺得第一名的好成绩，其预测的大部分结构达到了空前的准确度，与实验方法（X-ray、冷冻电镜、核磁共振）不相上下，其成绩也远超其它的选手
巴斯德的细菌·2023-03-13 15:55

Pymol使用

安装下载已知蛋白结构蛋白三级结构预测（ITASSER）alphafold2蛋白三级结构预测如何用Pymol做出那些美呆的结构图（基础篇Pymol实现2个蛋白结构比对#1-(HowtoaligntwostructuresinPymol
落寞的橙子·2023-03-09 06:46

[datawhale202302]CS224W图机器学习：图机器学习导论

图机器学习可以解决的任务：分为节点、边、子图、图四个层次，以及一些应用示例（其中AlphaFold，谷歌地图，和药物联合副作用预测的案例非常有趣）。此外，还穿插了图机器学习的学习路线，
SheltonXiao·2023-02-17 17:31

李飞飞高徒盘点年度十大AI亮点：核聚变、ChatGPT、AlphaFold上榜

点击上方“视学算法”，选择加"星标"或“置顶”重磅干货，第一时间送达来源丨新智元编辑丨Aeneas昕朋导读2022年有哪些人工智能的突破？今天，李飞飞高徒JimFan盘点了年度十大AI亮点。人工智能的爆炸正在扭曲我们的时间感。你能相信StableDiffusion只有4个月大，而ChatGPT的出现还不到一个月吗？打个形象的比喻，只要眨一下眼，你就会错过一个全新的行业。2022年的AI领域，大规模
视学算法·2023-01-18 22:19

开发AlphaFold的谷歌如何涉足生物医药行业

在生命科学领域，谷歌最广为人知的成就是AlphaFold。2020年底，AlphaFold显示能够进行高精度蛋白质结构预测。
weixin_4528312·2023-01-18 18:00

IGfold的window版本应用及原理（无rosetta微调） 快速预测抗体结构的IgFold深度学习方法，其准确率可以与AlphaFold2媲美。

模型流程图官方权重下载链接：https://pan.baidu.com/s/1Zbqw5t2fWo9Z9Zep07Y74g提取码：1234模型可应用代码（代码最下面填充序列和保存路径）importtimeimportosfromtypingimportListfromeinopsimportrearrangeimporttorchimportnumpyasnpimportsysimportiofr
Mario cai·2023-01-12 02:15

张亚勤：未来10年AI+生物制药大有可为，我们正开展破壁计划 | MEET2022

那么，去年谷歌DeepMind推出的AlphaFold2，无疑将当下的AI技术与尚在探索的生物技术完美结合起来。
QbitAl·2023-01-05 21:46

alphafold-multimer环境部署

前言Alphafold2（AF2，二狗）发布以后，一大堆科学家把这个人类历史上最高精度的蛋白质预测模型当起了玩具，并且把大家的新发现发在了推特上（openscience的形式）。
python-码博士·2022-12-31 11:04
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