BAM 第6页

Tools:seqkit快速多线程全平台fastq处理工具

seqkit的使用方法seqkitgithubmp.weixin.qq.com/s/OJsxFR33ej0ACozNbF_dNA参数如下：amplicon通过引物检索扩增子(或其周围的特定区域)bam检查和在线绘制

wo_monic·2022-10-12 14:49

NGSCheckMate：数据配对正确性检查好工具

原理软件处理fasq、bam、vcf等格式，获得VAF的信息，通过计算VAF的相关性，来判断样本是否来自同一个样本。如何实现fastq的VAF统计？vcf文件中直接存在有VAF的信息，对于b

桓峰基因·2022-10-04 07:13

CV中的Attention机制总结

Attention机制注意力机制CV中的注意力机制卷积神经网络中常用的Attention视觉注意力机制在分类网络中的应用SE-Net(CVPR2017)ECA-Net(CVPR2020)CBAM(ECCV2018)BAM

一直特立独行的猫1994·2022-09-30 07:26

注意力机制：SEnet and CABD and BAM

注意力机制是源于nlp，在这篇论文中主要使用的是squeezeandexcitation（压缩和激活）模块。优点：可以学习使用全局信息来选择性地强调信息特征和抑制无用的特征。se结构简单，轻量化，可以直接放在最先进的框架中，而且计算简单，只是稍微增加了计算的复杂度。自动学习，而不是手工设计。#SEnet0.基础知识0.1Feedforword结构Feedforword结构中主要起作用的是激活函数，

Diros1g·2022-09-30 07:18

GAM注意力机制

2.CBAM注意力解析CBAM=CAM+BAM对于通道注意力的处理：首先对输入特征图进行最大池化和平均池化，再经过MLP分别处理，最终经过Sigmoid激活。

花生吃花生·2022-09-30 07:05

保存igv的信息，igvtools接口的使用：将igvtools查看bam文件的结果保存为txt文件，并提取信息

igvtools算是非常权威的bam文件查看器，市面上就这么一款软件，暂时没发现功能表现类似的。

生信讲师-老高·2022-09-08 04:12

BAM比对文件中flags对应的意义

在bam文件中的第二列有这样一些数字，99，147，83，77，141等等，这些数字表示了这条reads的比对的状态。

佳名·2022-08-21 17:49

python实现GATK多线程加速示例

/usr/bin/python3import_threadimportosimportthreadingimporttimemuthreads=[]bam_file="a.mkdup.bam"out_

·2022-07-01 13:05

loom文件的生成

这个文件需要我们从fastq文件开始，与基因组比对的到sam文件，从sam文件转成bam，再从bam中提取上面的消息，得到.loom为后缀的文件。

Hayley笔记·2022-07-01 10:24

单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity

分析的前提是要我们从单细胞RNA-seq的数据中区分出未成熟的mRNA(unspliced)和成熟的mRNA(spliced)，所以需要从fastq文件开始，与基因组进行比对后得到sam文件，从sam文件转成bam

Hayley笔记·2022-07-01 10:01

如何统计测序文件的reads长度分布

首先需要产生sorted的bam文件，并利用samtoo

不想透明的小透明·2022-06-01 19:28

基于Seurat UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程

第一步：在linux系统中用velocyto将bam文件转换成loom文件；第二步：按照scvelo需要的格式获取

Yu_Lin·2022-05-03 10:25

scVelo 的使用: 从bam和Seurat获取输入数据到画图

一般多样本合并后的Seurat，需要按bam来源取子集，然后去掉cellid后缀再保存。参考一下几个

RedStones·2022-04-15 14:49

bam文件画插入片段长度分布图

比对之后我们会得到bam文件，画图所需的插入片段长度就需要从bam文件中提取，需要注意，这里

笺牒九州的怪咖·2022-03-30 15:25

samtools常用命令详解

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具集合。

生信师姐·2022-03-29 16:25

2022-03-29确定测序数据污染源

1.从bam文件中提取未比对上的reads到新bam文件samtoolsview-bf4IP_988_1_H3K4me3.bam>IP_988_1_H3K4me3unmapped.bam2.提取出未比对上的双端

AsuraPrince·2022-03-29 11:28

RNA-seq转录组差异分析及可视化

通过conda安装fastqc(质控),hisat2(比对),multiqc(质控合并),samtools(sam文件转bam文件),subread(featureCounts集合在其中)。

不会生信·2022-03-02 17:23

Stringtie的使用

Stringtie说明书中文翻译版参考链接：Stringtie说明书参考链接：Stringtie说明书中文翻译版StringTie的基本用法：stringtie[options]*其中，aligned_reads.bam

一只烟酒僧·2022-02-19 09:50

Python入门四+小部分linux

sam转bam：samtoolssort-@8-oP3S_05_1.bamP3S_05

陈洪瑜·2022-02-18 07:11

WES2Neoantigen Pipeline

Part3Samtoolsviewview命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为

_linun_·2022-02-17 19:25

注意力机制之BAM

先附程序importtorchimportmathimporttorch.nnasnnimporttorch.nn.functionalasFimportnumpyasnpclassFlatten(nn.Module):defforward(self,x):returnx.view(x.size(0),-1)classChannelGate(nn.Module):def__init__(self,

gogogo123456123·2022-02-14 12:01

2021-05-26 新发现的Aligment-free的转录组分析软件

最近在做样品比较多的转录组分析项目，有部分样品bam文件极大。所以导致用featurecounts去进行基因的count过程出奇的慢！！！

AsuraPrince·2022-02-09 13:11

数据格式-sam和bam

1.SAM（sequencealignmentmap）formatisagenericformatforstoringlargenucleotidesequencealignments.短片段序列与参考序列的比对（mapping）的结果，存储核苷酸序列比对的通用格式。2.BAMisthecompressedbinaryversionoftheSequenceAlignment/Map(SAM)fo

小洁忘了怎么分身·2022-02-09 12:22

全外显子测序(wes)数据分析详细流程(小样本)

)(大样本727个)分析流程目录如下：1wes相关软件下载与安装并添加环境变量2下载GATK需要的参考基因组文件3wes测序质量的控制3_0_4要理解并会用的几个脚本4测序数据批量比对到参考基因组输出bam

Y大宽·2022-02-09 09:26

词根这样记，一辈子忘不了

ambambi词根:行走am+bam=是b=不开车的时候我们经常问:是不是走错路了？

Kyle_2843·2022-02-08 23:59

4 比对到参考基因组输出bam文件

进到align目录对质量好的测序数据进行比对1.一个个比对，生成BAM文件align目录sample=SRR7696207bwamem-t2-R"@RG\tID:$sample\tSM:$sample\

Y大宽·2022-02-08 21:40

bam转fastq一直WARNING，并且两个fastq结果文件都是空的

下面这个报错信息较常见，但是如果每一条bam记录都是这样，就不常见了，我这两天遇到了这种情况。

TOP生物信息·2022-02-08 16:31

5 一步法找基因变异流程

1先查看sam文件随机选择3个$samtoolsmpileupSRR8517854.bam|head-95|tail-3[mpileup]1samplesin1inputfileschr110105N8AAAAcAAAkuuu

Y大宽·2022-02-07 16:34

生信常用基础语法及技巧

-name"*.bam"-typef-execmv{}~/ChIP_seq/bam\;find.-name"*.bai"-typef-execmv{}~/ChIP_seq/bam\;find.

落寞的橙子·2022-02-06 17:57

bam/sam数据格式——转载

1.bam文件读取samtoolsviewxxx.bamsamtoolsviewxxx.bam|less2.bam和sam的区别与一致sam是带有比对信息的序列文件（即告诉你这个reads在染色体上的位置等

酷睿_1991·2022-02-05 15:52

sam文件转换为bam文件——SAMtools

在转录组数据与参考基因组进行比对后，得到sam文件，后续分析需要将sam转换为bam，这里用到的工具是SAMtools。

Wei_Sun·2022-02-04 02:27

不同版本坐标转换工具CrossMap

人类参考基因组有多个版本，在分析中，我们可能会用到不同的版本，抑或有事我们得到的bed、bam或者vcf文件并非我们想要的参考基因组的，这时便可以通过CrossMap进行坐标转换。

井底蛙蛙呱呱呱·2022-02-03 10:07

RNA-seq数据的上游处理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon

比对是将reads比对到染色体或者基因，并生成sam或者bam文件记录比对情况以及质量。定量既是统计比对到同一位置的reads，当然并不是比对上就计数，还有一些其他的筛选

清零2000·2021-12-22 20:50

htslib 的使用( C++ 处理BAM文件）

我们需要对bam文件进行读写。目前有相对方便的库pysam和htsjdk，这两个库提供的api可以方便python和java读写，操作BAM。

茄子_0937·2021-11-18 14:45

65.《Bioinformatics Data Skills》之使用samtools提取与过滤比对结果

上节我们已经知道samtoolsview命令可以用于转换sam与bam文件类型，其实samtoolsview还可以用于提取与过滤比对结果，下面让我们了解一下。

DataScience·2021-10-16 09:29

70. 《Bioinformatics Data Skills》之pysam AlignmentSegment属性

pysam包使用AlignmentFile对象存储BAM/SAM文件，而通过AlignmentSegment对象存储它的read子集。

DataScience·2021-09-29 20:30

SAM/BAM文件HEADER/FLAG/CIGAR

SAM文件HEADER:SAMFormatHeaderSAM文件每一列的信息：image.pngimage.pngimage.png理解FLAG值含义的关键在于将FLAG转换为二进制，再对照下方的表，哪一位上是1，就代表这个比对符合后面的描述。计算机处理时，可通过对FLAG值和每种FLAG进行与运算，若为True，则包含此FLAG，反之不包含。FLAG(十进制)二进制描述英文描述11Pairend

WuYankang·2021-09-23 11:55

下载已发表文章原始数据之SRA Toolkit（Fastq转换bam）

https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/15083885.html1、下载进NCBI官网2、3、4、根据系统选择版本，下载即可5、查看自己系统6、centos和redhed使用软件一致因此选择：7、[root@PC3test]#wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2

Dr家硕的科研之路·2021-09-21 15:29

BAM文件转换成fastq

1、使用samtools##将BAM文件按照readname进行排序samtoolssort-n${SAMPLE}.bam-@20-o${SAMPLE}_sorted.bam##将排序以后BAM转为fastqsamtoolsfastq

生信菜菜鸟·2021-08-19 15:22

SAM文件格式介绍

biozx.top/sam.htmlimageSAM是sequencealignmentformat[http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf]的缩写，BAM

我是爱哭虫小鱼·2021-08-13 11:17

生物数据格式 - SAM/BAM

bam文件是sam格式的二进制格式，转换为二进制之后，可以减小文件的存储。

半夜一更·2021-08-01 14:52

转录组分析(7) - 比对

序列比对的过程包括：首先对参考基因组建立索引，建立索引之后，利用比对软件将cleandata与参考基因组进行比对，得到sam文件，通过samtoolsview转换为bam文件，bam文件为二进制文件，对

半夜一更·2021-07-31 13:54

生信分析常见文件格式说明

【原创】生信分析常见文件格式说明生信分析中经常会遇到各种格式特殊的文件，例如：fasta、gff、gtf、gbk、m8、sam/bam、vcf等；本文主要就生信分析中常见的一些文件格式做简单说明，持续更新中

枫狂灬呆子·2021-07-02 15:29

2021-03-11 测序线性化深度图

04-23绘制Circos图之二测序深度https://www.jianshu.com/p/ce76f043b45f首先需要生成一个bed文件的滑窗RNA转录组测序完成后，会进行序列比对，得到的结果是BAM

zebra_mito·2021-06-30 10:38

cosmos-sdk详解---委托、解除委托、重新委托

loggerlog.Logger,dbdbm.DB,traceStoreio.Writer,loadLatestbool,invCheckPerioduint,baseAppOptions...func(*bam.Ba

08f1b6c52d2a·2021-06-26 05:54

舞蹈课程～

课程将世界各地的舞蹈风格融合在一起.精心编排的动作中包含了拉丁,FunkGroove,加勒比舞蹈,街舞,芭蕾,爵士及百老汇等风格把世界各地的舞蹈风格糅合在一起，精心编排的动作中包含了拉丁、FunkGroove、SH'BAM

健身教练雷闹闹·2021-06-23 13:32

samtools`markdup`操作的正确顺序

samtoolsmarkdup操作的正确顺序Thefirstsortcanbeomittedifthefileisalreadynameorderedsamtoolssort-n-onamesort.bamexample.bam

Y大宽·2021-06-20 04:52

生信数据分析常见格式（一）

前言首先，这篇文章介绍的文件格式格式：基因组fasta、测序数据fasta、基因组不同软件构建的索引文件index、fastq、sam、bam、bed、gtf、gff、vcf、bigwig、wiggleimage.png

Biofantasy·2021-06-14 16:33

链特异性建库如何区分正负链？

image.png太长不看系列链特异性建库拆分正负链：单端测序samtoolsview-b-f16test.bam>test.rev.bamsamtoolsv

鹿无为·2021-06-14 12:25

RNA-seq流程[sra->bam]

一：启动conda环境sourceactivateapa二：将sra转化为fastq格式ls*sra|whilereadid;do(nohupfastq-dump--split-3$id&);done三：质量报告ls*fastq|whilereadid;do(nohupfastqc-t5$id&);donemultiqc./四：质量处理#双端ls*1.fastq>1ls*2.fastq>2past

Alex_cactus·2021-06-05 14:21

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