BAM 第7页

【单细胞转录组】将序列UMI映射到细胞聚类分群

一、需求背景10XV5转录组vdj分析中，因为有一段特殊基因序列比对不上参考基因组，所以bam文件没有这个barcode信息。

Geekero·2021-05-20 12:22

Cancer基因组研究常见三格式

FASTQ,BAM,VCFFASTQFormatSpecificationIntroductionFASTQformatstoressequencesandPhredqualitiesinasinglefile.Itisconciseandcompact.FASTQisfirstwidelyusedintheSangerInstituteandthereforeweusuallytaketheSa

王诗翔·2021-05-18 03:30

镇海杂货铺--运气

bam从小就是个很幸运的人，吃零食会拿到自己想要的稀有角色卡，买饮料会经常遇到买一赠一，过马路几乎没有等过红灯，哪怕偶尔只是走在街上也会莫名的成为第整数名顾客收到大奖......在旁人看来，这种幸运是他们梦寐以求的

然_也·2021-05-15 00:36

rmats2sashimiplot可变剪切可视化

官网：https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot安装：略使用：py2.7使用1.先给bam建index2.直接：gff3=/media/pc/disk1/sun

苏牧传媒·2021-05-14 10:14

2018-02-07 记录一次变异检测实战过程

原始材料准备双端测序材料：R1.fqR2.fq参考基因组：MH63.fa基因组注释文件:gffgftgff32软件准备fastqc:质量检测Trimmomatic：质控BWA：比对软件samtools:操作bam

小郑的学习笔记·2021-05-13 22:04

最全Bedtools使用说明--只看本文就够了

Bedtools可以对基因组广泛使用的数据格式BAM,BED,GFF/GTF,VCF进行处理，进行取交集、并集、补集、计数以及格式转变等操作。

生信小书童·2021-05-12 21:30

BAM注意力机制模块

参考链接:BAMandCBAM.实验代码:importtorchimportmathimporttorch.nnasnnimporttorch.nn.functionalasFclassFlatten(nn.Module):defforward(self,x):returnx.view(x.size(0),-1)classChannelGate(nn.Module):def__init__(sel

敲代码的小风·2021-05-07 16:02

Bam文件的修改

修改bam文件其中一部分代码如下samtoolsviewpossorted_bam.bam-h|sed-n"s/你要修改的/你修改后的/g"|samtoolsview-b>result.bamsamtoolsview

可能性之兽·2021-05-07 10:30

一. 染色体不同区域基因表达水平可视化（bwa, samtools, bedtools, TBtools ）

fqread2.fq>aln-pe.sam2>1.log;eg:$nohupbwamemGenome.fas>Root_1.sam2>Root1.log&3.samtoolsview-bSabc.sam>abc.bam

小飞虎·2021-05-06 13:27

sam和bam格式文件的shell小练习

sam和bam格式文件的shell小练习原文链接练习解答首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps

天涯清水·2021-04-27 01:32

舞蹈课程

课程将世界各地的舞蹈风格融合在一起.精心编排的动作中包含了拉丁,FunkGroove,加勒比舞蹈,街舞,芭蕾,爵士及百老汇等风格把世界各地的舞蹈风格糅合在一起，精心编排的动作中包含了拉丁、FunkGroove、SH'BAM

运动康复颜鲁森·2021-04-17 17:38

conda报错解决之python模块版本

可以用samtools工具实现sam和bam文件之间的转化。peaks注释：就是想看看该peaks在基因组的哪一个区段，看看它们在各种基因组区域(基因上下游，5,3端UTR，启动子，内含子，外显子，基

星语star·2021-04-15 05:13

利用python对GATK多线程加速

/usr/bin/python3import_threadimportosimportthreadingimporttimemuthreads=[]bam_file="a.mkdup.bam"out_file_prefix

陈光辉_花生所·2021-04-13 17:21

VCF格式文件的shell小练习

首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn

林枫bioinfo·2021-03-31 03:41

服务器集群，非root用户安装breakdancer以及缺乏perl包

breakdancer软件软件主页非常简单，http://breakdancer.sourceforge.net/bam2cfg.html不过从中至少可以找到下载地址。

薄皮儿核桃·2021-03-25 14:17

bam文件截取指定长度的序列

截取长度在50-100的序列samtoolsview-htest.bam|awk'length($10)>50&&length($10)new.bam截取长度为50，51的序列samtoolsview-htest.bam

今天没回家·2021-03-22 14:40

2020-04-23 绘制Circos图之二测序深度

RNA转录组测序完成后，会进行序列比对，得到的结果是BAM格式的文件。首先将生成的bam文件进行排序，samtoolssort-@10-o./sort.bam/19-1.sorted.bam.

zebra_mito·2021-03-12 15:37

DamID-seq分析（三）

e0bfa7b75ccbmapping:https://www.jianshu.com/writer#/notebooks/30869589/notes/66543025接下来，我需要去提取mapping完后的bam

liu_ll·2021-03-06 17:02

NGS reads去重知多少

比如说，对于比对后BAM文件中reads的Duplicates是否需要去重？

Peter_iris·2021-03-02 10:08

Day2-xiaode

二代测序数据的分析学习目标解释测序技术如何形成NGS描述FASTQ、SAM/BAM和VCF数据格式比较将NGS数据与参考基因组对比的各种方法描述基因组变异的类型及其定义过程解释对比、组装和变异识别中的错误解释预测某个基因组中变异的功能后果方法

1c9f38e0bb6b·2021-02-24 09:27

bam2fq

!/bin/bash$-lmem=30G,time=50::$-jy$-Nbam2fq$-cwdsource~/.bashrcforiin$(seq196)dosamtoolsbam2fq/ifs/scratch/L001_C{i}.fastqdoneReference:https://sites.google.com/site/wiki4metagenomics/tools/samtools/c

为了梦走一遭·2021-02-18 02:32

Chip-seq call peak和注释

我的样本是：input，CK，treatment================首先肯定是比对得到bam文件============================下面就是callpeak了======

jjjscuedu·2021-01-29 15:09

如何对细菌基因组做SNP calling

e305f6824707bwa-mem2mem-t4-MPAO1.fastafqdata/WT-LCG7144_combined_R1.fastq.gzfqdata/WT-LCG7144_combined_R2.fastq.gz-oalign_bam

Jung_He·2021-01-18 18:20

生信格式之vcf格式

VCFformat一、VCF格式背景1、VCF的由来VCF（VariantCallFormat）格式是记录测序结果里相对于参考序列的序列变异情况；一般用比对结果产生的bam文件作为输入，利用GATK等variantcalling

小贝学生信·2021-01-16 23:55

CscoreTool接HicExplorer进行A/B分析

ReadName名称第2列).染色体第3列).位置第4列).方向第5列).染色体第6列).位置第7列).方向首先由hicexplorer中hicBuildMatrix建立矩阵时，参数-outBam生成一个bam

夸克光子·2020-12-31 09:08

从bam/sam 生成可视化 IGV .tdf 文件；Generating .tdf from bam/sam for IGV

igv官网上只说了igvtools里ToTDF支持的格式，没有sam/bam在内，所以在查了一些forum后整理如下。prerequisite:samtools,igvtools.igv

compbiofarmer·2020-12-24 14:47

methylkit差异甲基化分析

文件格式可以是最基本的甲基化调用文件也可以是bismark下游的BAM/SAM文件。在这里使用的是经过处理得到的文本文件。

蓬举举·2020-11-27 10:44

RNA-Seq数据分析流程

高美玲·2020-11-03 13:43

RNAseq转录组分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2

使用工具fastp(质控),hisat2(比对),samtools(sam文件转bam文件),featureCounts(count计数),DESeq2(差异分析)环境配置使用conda配置环境,安装fastp

WuYankang·2020-10-29 19:00

修改 bam 文件中染色体名

这里，通过代码对bam文件作为修改，实现染色体名的统一。代码实现假设我们有一个名为test.bam的文件，其中染色体名不包含chr字符，需要在染色体名前加上chr字符。

Billymeme·2020-10-09 14:37

samtools直接查看bam文件

SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式，比如tophat输出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。BAM格式其实就是SAM格式的二进制格式，占用存储空间更小。

hs6605015·2020-09-23 20:16

Go、Java、C++，下一代测序工具开发谁更强？

CharlotteHerzeel&WilfriedVerachtert译者|弯月，责编|夕颜出品|CSDN（ID:CSDNnews）简介背景介绍我们有一个成熟的多线程框架：elPrep，用于在测序流水线中准备SAM和BAM

CSDN资讯·2020-09-17 11:37

RNA-seq 数据上游分析

FastQC的主要功能是：从BAM、SAM或Fast

生信摆渡·2020-09-16 19:33

将cram/bam文件转换为fastq文件

NCBI下载的cram文件无法直接使用，需要先转成bam/sam文件，根据官网说明下载了cramtools，发现早已没有维护，报错如下：$java-jarcramtools-3.0.jarError:Invalidorcorruptjarfilecramtools

Q.1·2020-09-16 17:38

BAM-07033 failed to be authenticated错误

配置ODI与BAMServer通信后,反向BAM模型报错：严重:errorgettingcontext=java.lang.SecurityException:User:weblogic,failedtobeauthenticated

qingqingxuelang·2020-09-15 17:58

$(this)与this的区别

$(this).html($(this).html()+"BAM!")

郝静and静静·2020-09-15 03:55

ws2812/6810 RGB灯带在高通芯片上的控制

最后尝试了几种，选择了spi+bam的方式，这玩意就类似spi+dma，只是bam是高通家定义的。ws2812们的要求如下：思路如下：1、

dotbefore·2020-09-15 02:37

samtools常用命令详解

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。

weixin_33883178·2020-09-14 09:39

samtools软件作用

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。

weixin_30457465·2020-09-14 09:02

samtools使用大全

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的，具体格式可以在消息框输入“SAM”查看）的工具合集，包含有许多命令

宁生信·2020-09-14 09:36

samtools学习及使用范例,以及官方文档详解

#第一步：把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件system"samtoolsview-bSmap.sam>map.bam";#第二步：sort一下BAM文件,得到map.sorted.bamsystem"samtoolssortmap.bammap.sorted

gaorongchao1990626·2020-09-14 08:14

samtools命令大全

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是序列比对工具如bwa，bowtie2，hisat2，tophat2等等产生的）的工具合集，包含有许多命令，以下是常用命令的介绍。

chen_amiao·2020-09-14 08:04

samtools命令使用

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍。

Timothy飞·2020-09-14 08:45

Samtools使用大全

一、简介Samtools是一个用于操作sam和bam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。它从SAM（序列比对/映射）格式导入和导出，进行排序，合并和索引，并允许快速检索任何区域中的读数。

Davey1220·2020-09-13 21:55

“妈妈，下次你别穿成这样来接我了！”妈妈不注意形象，对孩子的影响有多大？

作者丨C妈来源丨CC爸妈（ID：cc-bam）妈妈，你能不能不要再穿成这个样子来接我了？据朋友说，当她从五岁的孩子口中听到这句话时，整个人都是震惊的。紧接着就是感觉到些许的羞愧和心塞。

家教智慧·2020-09-13 00:00

项目名称:Bank Account Management System 银行账户管理系统简称BAM

有兴趣的高手可以发表一下代码供我们初级者借鉴借鉴项目名称:BankAccountManagementSystem银行账户管理系统简称BAM项目描述:这是一个银行账户管理系统,用户可以操作自己的银行账户.

yanqiu520happines·2020-09-12 21:40

师创作业--Bank Account Management System 银行账户管理系统简称BAM

*;//项目名称:BankAccountManagementSystem银行账户管理系统简称BAM//项目描述:这是一个银行账户管理系统,用户可以操作自己的银行账户.//项目实施方式:这是一个同步练

bao2516090·2020-09-12 19:30

【干货】基于pytorch的CNN、LSTM神经网络模型调参小结

DemoSite:https://github.com/bam

zenRRan·2020-09-11 22:01

resin watchdog启动报错

报错信息如下：Resin/4.0.40can'trestart-server'app-0'.com.caucho.bam.RemoteConnectionFailedException:BamError

叫我泽西哥好吗·2020-09-11 04:10

2020-05-26 PASA 基因组结构注释（debugging）

formatdb命令格式化数据，formatdb命令找不到NCBIftp下载了老版blast寻到了formatdb，折腾了一天时间，发现它生成格式与makeblastdb一样3.Trinity合并多个bam

lalalapa·2020-08-31 15:38

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