Ballgown

RNA-seq阅读2016年【HISAT, StringTie and Ballgown】笔记

2016StevenLSalzbergNatureProtocolRNAseq总体分析流程分为四步：1）alignmentofthereadstothegenome2)assemblyofthealignmentsintofull-lengthtranscripts3)quantificationoftheexpressionlevelsofeachgeneandtranscript4)calcu

小红楼上的树影·2024-01-28 13:08

rnaseq-R

library(ballgown)library(RSkittleBrewer)library(genefilter)library(dplyr)library(devtools)patient_data

MissL_78e0·2023-09-15 05:28

第七步-ballgown的相关参数

转自转录组差异表达分析工具Ballgown|Biochen生物Ballgown的输入文件StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件，Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker

MissL_78e0·2023-04-15 13:47

hisat2、stringtie、ballgown分析RNA-seq数据：安装及使用流程

参考文献:Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown流程示意图图１安装软件HISAT2：将reads比对到基因组上wgetftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_6

东风008·2023-04-04 01:49

R中安装问题Matrix、survival 不能更新

image.png在安装ballgown时显示Matrix、survival不能更新解决方法sudoRoptions(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn

粥粥zz·2023-03-29 02:09

hisat2+stringtie+deseq2 RNAseq（一）

RNAseq作为转录组分析中的比较经典分析方法，现在有很多的分析方法和分析思路从tophat+cufflink到hisat2+ballgown每个分析流程都有相应的优点和缺点。

牧小熊·2023-03-10 16:52

复现Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown文章代码

文章目录前言一、安装R和Rstudio和相应的包二、文章复现0.前期准备：下载文章中的数据1.把所有的测序数据map到referencegenome。2.将SAM文件转换成BAM文件3.组装transcripts4.把所有样品的transcriptsmerge到一起5.optional-使用gffcompare检查transcripts与参考基因组比对情况6.估算transcript的abunda

linuxonly801·2023-02-01 17:37

操作记录-2020-10-30：daizhongye_RNA_seq

dir=/f/xudonglab/zexing/projects/daizhongye/RNA_seq/2020_10_29mkdir-p${dir}/aligned${dir}/aligned/ballgown

垚垚爸爱学习·2022-12-12 14:58

Stringtie详解

为了识别实验之间的差异表达基因，StringTie的输出可以通过专门的软件如Ballgown、Cuffdiff或其他程序（DE

songyi10·2022-12-12 14:23

修改stringtie、ballgown 结果中部分gene_id为ref_gene_id

问题：stringtie组装转录本后会改变原本参考基因组注释文件中的gene_idstringtie组装、merge的stringtie_merged.gtf注释文件中的geneid与ballgown生成的

小红楼上的树影·2022-02-23 16:05

转录组差异表达分析—ballgown

ballgown是一个差异表达分析RNA-Seq数据的R包对数据的要求：1.RNA-Seqreads应已比对到参考基因组上。2.转录组应已经组装或下载参考转录组。

stanford_strive·2021-06-15 05:55

limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图

差异表达分析方法包括：基于Read数目：DESeq、limma和edgeR；基于组装技术：Cuffdif和Ballgown；基于免比对的定量方法（kallisto、Salmon、Salfish）：sleuth

FRMD·2021-05-10 18:02

转录组软件安装及分析流程(Hisat2-Stringtie-Ballgown)

替换镜像源，提高下载速度为了提高下载速度，我们需要替换/etc/apt/source.list中默认镜像源。方法参考自中国科学技术大学开源镜像站备份cd/etc/apt/sudocpsource.listsource.list.bk替换sudosed-i‘s/http/https/g’sources.listsudosed-i‘s/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.e

song_1104·2020-09-16 16:40

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件

Bowtie里的FM-index简介原文链接：http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481最近看新发表的几篇RNA-seq比对，组装的软件，发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法，所以就找了一下，原博文链接如上所示，说的很是透彻另外StringTie用到的算法叫做流神经网络，我发现在chinablog上也有一篇文章详细的介绍，这里就转

夜丘·2020-08-18 11:49

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据本文总阅读量次2017-05-26HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据思路如下：数据质控将RNA-seq的测序

weixin_30885111·2020-07-08 15:56

HISAT2+STRINGTIE+BALLGOWN 分析转录组数据

大新1234·2020-06-25 22:36

hisat2+stringtie+ballgown

hisat2-p8--dta-xchrX_data/indexes/chrX_tran-1chrX_data/samples/ERR188044_chrX_1.fastq.gz-2chrX_data/samples/ERR188044_chrX_2.fastq.gz-SERR188044_chrX.samsamtoolssort-oXX.bamxx.samstringtie-p8-GchrX_da

njmujjc·2020-04-11 06:24

转录组分析文章笔记

Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown用HISAT,StringTie和Ballgown

stanford_strive·2020-03-10 13:16

批量进行miRNA差异分析（geo数据库）以及如何通过R语言对P值进行校正

但假如果手头没有readscount数据，而只有RPKM/FPKM值，一般用ballgown或者T检验进行差异分析。

柳叶刀与小鼠标·2020-03-01 09:16

HISAT+StringTie+Ballgown转录组分析流程介绍

一、软件介绍该分析流程主要根据2016年发表在NatureProtocols上的一篇名为Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown的文章撰写的，主要用到以下三个软件：HISAT(http://ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml)利用

tianzhanlan·2020-02-06 16:33

豆豆文献阅读第二天

Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown利用Hisat、Stringtie、Ballgown

刘小泽·2018-07-09 20:37

edgeR的一些小九九

基本上RNA-Seq等等各种测序手段都需要计算差异表达通常大家常用的软件不外乎cufflinks和几个R包DESeq、EBSeq、edgeR、ballgown。

zhym1992·2017-12-11 14:00

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