Stringtie

StringTie参数备忘

StringTie参考链接：https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?
陈光辉_山东花生·2024-02-08 10:10

2019-08-21 gffread----gff、gtf格式转换

寻找过程中发现gffread有官网直接下载http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtmlhttp://www.bioinfo-scrounger
老_Z·2024-02-02 07:59

RNA-seq阅读2016年【HISAT, StringTie and Ballgown】笔记

2016StevenLSalzbergNatureProtocolRNAseq总体分析流程分为四步：1）alignmentofthereadstothegenome2)assemblyofthealignmentsintofull-lengthtranscripts3)quantificationoftheexpressionlevelsofeachgeneandtranscript4)calcu
小红楼上的树影·2024-01-28 13:08

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie
xuzhougeng·2024-01-23 14:16

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。
学术程稻属·2024-01-15 20:34

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie
微光**·2024-01-06 14:38

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

stringtie组装转录本gffrea
学术程稻属·2023-12-18 03:56

一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie

本期的教程代码（部分）#!/bin/bash##使用fastq-dump解压sra数据#本数据集为双端数据#解压格式为fq.gzforiinSRR6929571SRR6929572SRR6929573SRR6929574SRR6929577SRR6929578;dopfastq-dump--split-files--threads20--gzip-s00_RawData/${i}.sra--out
小杜的生信筆記·2023-12-05 21:44

使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集分析

genomes/all/GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X/基本流程是Hiast2比对samtoolssam转bamstringtie组装转录本gffcompare将stringtie
小明的数据分析笔记本·2023-11-21 04:20

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:37

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount
生信森林·2023-08-22 19:05

Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R

前言因为以前的分析流程要在Shell和R之间切换，然后可控性还差，有点烦，正好最近有点数据要分析，干脆就重新建立一个allinone的流程，方便以后使用。运行环境Ubuntu18.04R3.6.1用到的软件fastpbowtie2hisat2stringtieDESeq2RefferencedatarRNAindex:用bowtie2去除fastq文件中的rRNAtRNAindex:http://
547可是贼帅的547·2023-07-28 10:36

StringTie 插件 | 直接在 Windows 下进行转录组组装与读段计数

写在前面前述，我已经写了两个TBtools插件，实现了在纯粹的WIndows环境下（非虚拟机，非WSL），使用Hisat2进行基因组索引构建以及转录本回帖。最近家里事情较多，期间不少时间可以天马行空的想事情。过于具体的生物学问题难以思考出个答案，毕竟是以实践为主。但数据分析上的鬼点子倒是非常合适。过去几年，正是这类时间，让我能设计出TBtools/JIGplot，优化出其中各式各样的特性。正如现在
生信石头·2023-04-19 14:46

转录组分析所需软件

Trimmomatic，Hisat2，SAMtools，Stringtie/Htseq，Deseq首先先下个conda，便于下载某些软件：1.先将这个链接中的命令跟着走一遍（安装的时候如果失败/出错，重新试一次就可以了
清珺·2023-04-19 00:54

转录组 fastq to counts

hisat2+stringtie转录组###filtertrimmomaticPE-phred33SRR1951884.sra_1.fastq.gzSRR1951884.sra_2.fastq.gzSRR1951884
一直想要成为大牛的科研狗·2023-04-15 21:27

第七步-ballgown的相关参数

转自转录组差异表达分析工具Ballgown|Biochen生物Ballgown的输入文件StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件，Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker
MissL_78e0·2023-04-15 13:47

hisat2、stringtie、ballgown分析RNA-seq数据：安装及使用流程

参考文献:Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown流程示意图图１安装软件HISAT2：将reads比对到基因组上wgetftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_6
东风008·2023-04-04 01:49

hisat2+stringtie+deseq2 RNAseq（一）

RNAseq作为转录组分析中的比较经典分析方法，现在有很多的分析方法和分析思路从tophat+cufflink到hisat2+ballgown每个分析流程都有相应的优点和缺点。最近读了一篇NatureCommunications文章《Gainingcomprehensivebiologicalinsightintothetranomebyperformingabroad-spectrumRNA-s
牧小熊·2023-03-10 16:52

转录组定量工具-featureCounts安装及使用

计算表达量可以用StringTie、Htseq-count或featureCount，第一次做转录组分析时，参照了一篇Cell的子刊文章的分析方法，里面使用的STAR+featureCount，就直接用了这个软件
吕强强学生信·2023-03-09 20:39

技巧 | StringTie 计算 Raw Counts

featureCounts不用多说，这里主要介绍StringTie自带的计算脚本prepDE.py，介绍如下：Usage:prepDE.py[options]GeneratestwoCSVfilescontainingthecountmatricesforgenesandtranscripts
biogeeker·2023-02-06 03:32

Hisat2-Stringtie-DESeq2复现Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with ...

定量-分析多看手册详细步骤分析前准备工作新建工作目录对RNA-seq结果进行QC下载基因组生成索引文件偷懒神器-python标准分析流程step1.HISAT2--将测序结果比对到参考基因组step2.stringtie
linuxonly801·2023-02-01 17:37

复现Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown文章代码

文章目录前言一、安装R和Rstudio和相应的包二、文章复现0.前期准备：下载文章中的数据1.把所有的测序数据map到referencegenome。2.将SAM文件转换成BAM文件3.组装transcripts4.把所有样品的transcriptsmerge到一起5.optional-使用gffcompare检查transcripts与参考基因组比对情况6.估算transcript的abunda
linuxonly801·2023-02-01 17:37

Stringtie详解

StringTie是一种快速高效的将RNA-Seq比对到潜在转录本的组装器。它使用新的网络流算法以及可选的从头组装步骤来组装和定量代表每个基因位点的多个剪接变体的全长转录本。
songyi10·2022-12-12 14:23

RNA-seq数据分析(HISAT2+featureCounts+StringTie)

RNA-seq数据分析简介1生物基础1.1中心法则1.2RNA-seqProtocol1.3RNA-seq总的路线图2数据分析2.1前期准备2.1.1创建目录&安装conda2.1.2常用文件格式简介2.2软件安装2.2.1conda安装软件2.2.2预编译版本软件安装2.2.3源码安装2.3数据下载下载完成之后一定要检查数据完整性，不然分析白做使用awk命令提取md5值，生成md5文件，运行以下
生信小菜鸟啊·2022-11-28 04:29

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount
·2022-10-07 22:31

【基因组学】使用StringTie+gffread鉴定基因的新转录本

写在前面    转录组通常被用来寻找差异基因，但是有的时候我们想看一下已报道的基因是否存在可变剪切现象，即新转录本的挖掘，这个时候就需要利用StringTie+gffread来挖掘基因的新转录本。
巩翔宇Ibrahimovic·2022-05-26 20:11

修改stringtie、ballgown 结果中部分gene_id为ref_gene_id

问题：stringtie组装转录本后会改变原本参考基因组注释文件中的gene_idstringtie组装、merge的stringtie_merged.gtf注释文件中的geneid与ballgown生成的
小红楼上的树影·2022-02-23 16:05

RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析

一、安装软件1、HISAT2将reads比对到基因组上wgetftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zipunziphisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zipecho'exportPATH=~/RNA-Seqruanjian/hisat2-2.1.0/bin:$PA
呆_6547·2022-02-22 03:14

Stringtie的使用

本文用作个人学习，全部摘抄于Stringtie说明书中文翻译版参考链接：Stringtie说明书参考链接：Stringtie说明书中文翻译版StringTie的基本用法：stringtie[options
一只烟酒僧·2022-02-19 09:50

stringtie的渣渣报错信息

呃，最近在做转录本的组装，然后需要用到stringtie，在看报错信息的时候，看得一脸懵逼。这是啥啊，都是乱码。我一开始以为是xshell的问题，然后在本地manjaro下运行了下，也还是这样。
妄想天开的人·2022-02-12 12:20

StringTie: 一款RNA-seq序列转录本重构软件

StringTie:一款RNA-seq序列转录本重构软件转录本测序方法通常会产生大于200million的短序列。针对这样的序列，StringTie可以用来组装转录本，包括denovo。
shenny_·2022-02-09 00:39

RNA-Seq数据分析：cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2

FastQC对当前测序数据的质量进行评估;Stringtie对数
zyp1997·2021-07-01 09:23

新基因功能注释 Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String/转录因子预测数据库的搭建

一、新基因发掘基于所选参考基因组序列，使用StringTie软件对MappedReads进行拼接，并与原有的基因组注释信息进行比较，寻找原来未被注释的转录区，发掘该物种的新转录本和新基因，从而补充和完善原有的基因组注释信息
生信小白修炼记·2021-06-21 23:34

转录组差异表达分析—ballgown

两个流程能生成ballgown所需的格式数据1TopHat2+Stringtie2pHat2+Cufflinks+Tablemaker由Stringt
stanford_strive·2021-06-15 05:55

GTF与GFF

相信大家做转录组分析时候经常会看到Cufflinks或者Stringtie软件对转录组进行定量与组装会时产生一个gtf文件，里面包含的信息如下：gtf文件示例每列信息的含义如下：seqname-序列的ID
枫狂灬呆子·2021-06-11 01:56

RNA-seq分析流程大比较

HISAT2+StringTie+BallgownTophat2+cufflinks+cuffdiffHISAT2+featureCounts+DESeq2Tophat2+featureCounts+DESeq2subread
热衷组培的二货潜·2021-05-14 01:56

第六步-stringtie-to-ballgowm的input文件

第五步为optional5|Examinehowthetranscriptscomparewiththereferenceannotation(optional):$gffcompare–rchrX_data/genes/chrX.gtf–G–omergedstringtie_merged.gtf第六步：6|Estimatetranscriptabundancesandcreatetablecou
MissL_78e0·2021-05-11 01:17

StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析

我的选择是StringTie进行组装取得readcounts数值，DESeq2分析差异基因。这里把我方法跟大家共享。
BeeBee生信·2021-04-19 06:43

转录组软件安装及分析流程(Hisat2-Stringtie-Ballgown)

替换镜像源，提高下载速度为了提高下载速度，我们需要替换/etc/apt/source.list中默认镜像源。方法参考自中国科学技术大学开源镜像站备份cd/etc/apt/sudocpsource.listsource.list.bk替换sudosed-i‘s/http/https/g’sources.listsudosed-i‘s/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.e
song_1104·2020-09-16 16:40

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件

blog/stormlovetao/7048481最近看新发表的几篇RNA-seq比对，组装的软件，发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法，所以就找了一下，原博文链接如上所示，说的很是透彻另外StringTie
夜丘·2020-08-18 11:49

利用DESeq2来分析RNA-seq的数据Analyzing RNA-seq data with DESeq2

前情提要：实现Stingtie与DEseq2的无缝连接RNA-seq数据分析下文是将StringTie产生的数据利用DESeq2进行处理。
Luster_Li·2020-07-15 12:06

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据本文总阅读量次2017-05-26HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据思路如下：数据质控将RNA-seq的测序
weixin_30885111·2020-07-08 15:56

HISAT2+STRINGTIE+BALLGOWN 分析转录组数据

师兄推荐这篇文章，按照里面的命令，先做一套转录组分析。参考文献：PerteaM,KimD,PerteaGM,etal.Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown.[J].NatureProtocols,2016,11(9):1650.全文链接：http://www.ccb.
大新1234·2020-06-25 22:36

第四步-stringtie-merge-得到一个merged.gtf文件

第四步：Mergetranscriptsfromallsamples:warning:此处的mergelist.txt是自己创建的，需要包含之前output.gtf文件的路径10samples和16samples中有重复的，所以去掉重复，合并到一个文件夹中，新文件夹有20个samplesstringtie--merge-p12-Ggencode.v31.annotation.gtf-o20samp
MissL_78e0·2020-06-21 16:13

高通量测序数据分析：RNA-seq

☆RNA-seq方法原理☆RNA-seq的生物信息分析1.数据获取测序数据下载与处理（SRAToolkit）测序数据质控与过滤（fastp）2.序列比对（SAMtools、HISAT2）3.序列组装（StringTie
精分大神·2020-06-20 15:56

Stringtie的使用说明

stringtieenablesimprovedreconstructionofatranscriptomefromrNA-seqreads帮助文档：http://ccb.jhu.edu/software/stringtie
一只烟酒僧·2020-04-20 16:40

第三步-StringTie-assemble-得到.gtf文件

Assembleandquantifyexpressedgenesandtranscripts第三步：Assembletranscriptsforeachsample:(base)luoyang@DESKTOP-AO2ICCR:/mnt/d/AAA-台式机-LY-WorkSpace$stringtie-p12
MissL_78e0·2020-04-13 07:14

hisat2+stringtie+ballgown

hisat2-p8--dta-xchrX_data/indexes/chrX_tran-1chrX_data/samples/ERR188044_chrX_1.fastq.gz-2chrX_data/samples/ERR188044_chrX_2.fastq.gz-SERR188044_chrX.samsamtoolssort-oXX.bamxx.samstringtie-p8-GchrX_da
njmujjc·2020-04-11 06:24

2019-07-11

stringtie-p12-Ggencode.v31.annotation.gtf-oaligned/108TRA/108TRA.gtf-l108TRAaligned/108TRA/108TRA.sorted.bamstringtie-p12
MissL_78e0·2020-03-31 09:38

转录组分析文章笔记

Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown用HISAT,StringTie和
stanford_strive·2020-03-10 13:16
上一页 1 2 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他