FPKM

整合gdc-client批量下载的文件

凡是用gdc-client下载过文件的小伙伴们一定注意到，你下载的几百个count文件，或者是FPKM文件，都是一个文件在一个文件夹里，而且还是压缩文件，就会很头疼，那么如何把这几百个文件整合到一个文件里呢
生信start_site·2020-08-09 04:17

RPM(CPM)/RPKM/FPKM/TPM

RPM/CPMRPM/CPM:Reads/CountsofexonmodelpermillionmappedreadsCalculateFormula:RPM=Totalexonreads/Mappedreads(Millions)Wecangetthedecisioneasily:Thelongerthegene,thegreaterthenumberofreads.So,wecalculate
jlyq617·2020-07-11 21:06

单细胞测序实战（第二部分）

而要用RPKM/FPKM，这两个的标准化是在CPM的基础上，
生信start_site·2020-07-01 12:02

RNA-seq的标准化方法罗列

在RNA-seq标准化这个领域也是如此，目前用的最多也就是,RPKM/FPKM,TPM,但是注意，有些时候一个方法
weixin_34334744·2020-06-28 17:56

差异表达基因分析：差异倍数(fold change), 差异的显著性(P-value) | 火山图

一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平，所以基因表
weixin_30384031·2020-06-27 19:50

理论 | 简述RPKM，FPKM，TPM

因此，Mortazavi等人提出了RPKM/FPKM的方法对readcounts进行normalization以使基因表达量的比较可以在不同文库间进行。
尘世中一个迷途小书僮·2020-06-06 15:39

bioinfo100 —— 第35题 RNA-Seq 数据的定量之RPKM和FPKM

根据之前的规划，我们将用接下来的几期问题来探索一下RNA-Seq定量的问题，也就是要探索一下我们常说的RPKM，FPKM，
RachaelRiggs·2020-05-26 15:54

RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 计算对比

在高通量测序当中，很重要的一块就是检测基因的表达量，它是差异分析和转录组数据分析的基础。与q-PCR相似，基因表达量的衡量也是采取相对定量的方法。落在一个基因区域内的readcounts数目取决于基因长度和测序深度。1.基因长度的影响在同一个样本中，基因越长，随机打断得到的片段就越多，该基因被测到的概率就越大，比对到该基因的reads就越多。2.测序深度的影响不同样本里，样本的测序深度越高，同一基
cHarden13·2020-05-23 16:58

TCGA数据库下载整理FPKM格式数据

TCGA官网下载数据网址：https://portal.gdc.cancer.gov进入官网数据下载界面后，点击RepositoryTCGA数据下载界面在Files和Cases两个界面中选择自己需要的数据FPKM
勤劳的管道工·2020-05-21 13:25

BBQ(生物信息基础问题35，36)：RNA-Seq 数据的定量之RPKM，FPKM和TPM

  在讨论RNA-seq相关方法的时候，我们有一个基本的假设。就是说我们对细胞/组织/个体的不同状态进行比较，然后就是为了寻找到差异表达的基因。然后从差异表达的基因去推测其生物学功能！part1：  而我们的RNA-Seq一般情况下是针对mRNA以及带polyA的lncRNA进行建库测序分析的。那么理论上把测序的FASTQ文件mapping到参考基因组上，再结合参考基因组的GTF/GFF文件就可以
liu_ll·2020-04-09 19:49

生存分析

文件格式生存状态（布尔值）：0-Alive；1-Deadgroup：根据fpkm值将其分为高表达（1）和低表达（0）library(survival)library(rJava)library(xlsxjars
白云梦_7·2020-04-07 23:32

学习：StatQuest-Normalization

而标准化也是对数据进行缩放，但是它不会改变各样本间的生物学差异，只不过也是将数据缩放到一定的范围内，并且统一量纲，方便观察和计算接下来我们讨论下在差异分析中的标准化DESeq我们之前知道标准化的方式有RPKM，FPKM
小潤澤·2020-04-03 13:01

RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法

目录1.标准化1.1.House-keepinggene(s)1.2.spike-in1.3.CPM1.4.TCS1.5.Quantile1.6.MedianofRation1.7.TMM2.为什么说FPKM
UnderStorm·2020-03-30 23:36

TCGA——数据整理（FPKM到TPM）

0.安装包rm(list=ls())if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("dplyr")BiocManager::install("rtracklayer")BiocManager::install("SummarizedExperi
养猪场小老板·2020-03-28 14:39

复现详解：纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度

一.从GEO数据库中下载表达矩阵文件GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt，把GSE112996_series_matrix.txt
mayoneday·2020-03-24 08:54

生物信息学流程：mRNA Analysis Pipeline

Introduction介绍GDCmRNA定量分析管道测量HT-Seq原始reads统计中的基因表达水平，FragmentsperKilobaseoftranscriptperMillionmappedreads（FPKM
文章收集器·2020-03-23 03:44

【原创】R语言实战：edgeR-RNASeq差异基因鉴定

输入数据为readcounts数据，而不是normalize之后的FPKM/TPM输入文件：第一列为基因名，2-4列为control组3个重复，5-7列为infected组3个重复#载入数据mycounts1.5
酷睿_1991·2020-03-21 18:01

如何获得FPKM/RPKM计算需要的基因长度（考虑exon之间的overlap）

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处这里我们跟Cufflinks的原理一致，使用总的外显子长度，并且去除过多的重叠的外显子的部分。使用R语言,输入为基因的GTF文件包的安装依赖data.table,IRanges,rtracklayerinstall.packages("data.table")if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE)
ywliao·2020-03-19 10:00

一文教会你从头开始做GSEA

生信路上自学愉快～imageStep1输入数据输入：实验组：敲出掉某基因的基因symbol及FPKM值对照组：没有敲出掉某基因的基因symbol及FPKM值##读入数据setwd("/Users/XXX
PriscillaBai·2020-03-05 14:27

批量进行miRNA差异分析（geo数据库）以及如何通过R语言对P值进行校正

但假如果手头没有readscount数据，而只有RPKM/FPKM值，一般用ballgown或者T检验进行差异分析。
柳叶刀与小鼠标·2020-03-01 09:16

RNA-seq的标准化方法罗列

在RNA-seq标准化这个领域也是如此，目前用的最多也就是,RPKM/FPKM,TPM,但是注意，有些时候一个方法
徐洲更hoptop·2020-02-24 07:14

简单小需求：如何将FPKM转换成TPM？

刘小泽写于19.2.21或许这还是个比较常用的需求我们做转录组分析，得到的结果可能是FPKM。但是FPKM确实存在不准确性，推荐使用TPM。
刘小泽·2020-02-22 06:25

RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别

浅谈RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别在RNA-Seq的分析中，我们常用RPKM、FPKM和TPM作为转录组数据定量的表示方法。
天明豆豆·2020-02-16 22:07

【原创】R语言实战：read counts如何转化为TPM和FPKM, TPM和FPKM相互转化

载入数据mycounts<-read.csv("2020武汉加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<-mycounts[,1]mycounts<-mycounts[,-1]head(mycounts)TPM计算kb<-mycounts$Length/1000kbcountdata<-mycounts[,1:9]rpk<-countdata/kbrpktpm
酷睿_1991·2020-02-09 00:30

为什么说FPKM和RPKM都错了？

曾经（2015年），我接触了一个RNA-seq的项目，做完之后，我重新思考了FPKM和RPKM的计算，觉得它们很可能是不对的（当时是第一次接触RNA-seq数据，还不知道TPM的存在），后来查阅了一些文
黄树嘉·2020-02-06 13:03

limma差异分析

注意这两者只能处理count，不能处理FPKM等矫正后的数据。二代测序数据符合柏松分布，理论上不能用T检验，只能用非参数检
PriscillaBai·2020-02-02 06:35

数据预处理之变量变换

在学习「数据挖掘导论」的数据预处理时，里面谈到了变量变换，我联想到了在基因表达量分析时的常见操作，例如FPKM，TPM，CPM，log对数变换。
徐洲更hoptop·2019-11-30 14:10

RPKM、FPKM、TPM详解

简写RPKM:ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreads(每千个碱基的转录每百万映射读取的reads)FPKM:FragmentsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedfragments
NoviceWitch·2019-11-24 01:50

R 数据可视化 01 | 聚类热图

pll7文件说明示例数据，其中数据均为虚拟数据，与实际生物学过程无关文件名：dataset_heatmap.txt列分别为基因，cell1的5个重复样本，cell2的5个重复样本行代表每个基因在所有样本的FPKM
白墨石·2019-10-03 22:27

kmeans 对表达量进行聚类

/kmeans/gene.fpkm.csv",header=None)printdf.head()#去掉第一行tdf=df.drop(index=[0])#去掉第一列mdf=tdf.drop([0],axis
raisok·2019-09-04 14:00

RPKM/FPKM/TPM/CPM说明

RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)#唯一的区别是FPKM适用于双端测序文库FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)#而RPKM适用于单端测序文库TPM(
装在瓶子里的阳光_2a70·2019-05-16 20:28

相关系数+散点图+拟合曲线

>ggscatter(data,x="NuCy1_FPKM",y="NuCy2_FPKM",add="reg.line",cor.coeff.args=list(method="pearson",label.x
njmujjc·2019-01-17 16:42

记录一次venn图的绘制

目的使用从文件中提取的四组数据绘制venn图，并保存各自独有的数据以及用来制作venn图的原始数据分别提取fpkm=fpkm),]#getrowskin2_data=fpkm),]#getrowskin3
EngineerChicken·2019-01-14 15:40

标准化进行时

刘小泽写于18.10.19-20看一看转录组的定量相关术语原版介绍视频请到公众号后台回复“fpkm”获得哦（无字幕版）首先看概念我们做转录组很大程度上是为了看基因表达量差异的，那么什么是表达量？
刘小泽·2018-10-20 23:14

第四次生物统计作业

表1胃癌患者的肿瘤样本和正常样本中TP53的表达量(FPKM)肿瘤样本30.0918.6819.905.1339.6930.87正常样本30.2517.1425.798.643
DSY_PICB·2018-05-08 13:35

转录组学习六（reads计数与标准化）

转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化）转录组学习七（差异基因分析）转录组学习八（功能富集分析）任务学习了解各个reads计数，及标准化的原理，如RPKM/FPKM
Dawn_天鹏·2018-03-29 20:05

RNA-Seq名词解释

4.FPKM（FragmentsPerKiloba
wangyunpeng_bio·2016-11-14 15:07

合并基因表达水平(merge gene expression levels, FPKM)

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时，当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平。 ThiscodeisasolutiontocollapsingduplicateFPKMsforagene.CollapseFPKMThiscodeisasolutiontocollapsingduplicateFPKMsforageneProblem/Issue
emanlee·2016-05-26 09:00
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