KEGG富集

非模式生物KEGG富集分析

写在前面因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。
BioinfoFungi·2023-08-08 23:17

非模式生物KEGG富集分析

写在前面因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。
BioinfoFungi·2023-08-08 23:17

单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID

很多软件在做注释时会基于某个细胞和参考细胞表达谱的相似性，今天看到的这个软件使用的是另一种思路：将某个细胞的特征基因集与表征细胞类型的参考基因集做富集分析，
TOP生物信息·2023-08-08 23:11

复现Cell图表：双侧柱状图展示上下调GO富集结果

双侧柱状图及坐标轴设置|ComplexHeatmap图例设置3、复现《Cell》图表：多形状气泡图4、复现《Cell》图表：ggplot做回归、折线图并添加置信区间今天我们做一下这篇《Cell》文章的富集结果图
KS科研分享与服务·2023-08-08 09:54

为什么四川凉山会理和会东种植的软籽石榴占据优势

哈尔滨、广州、深圳、杭州、上海等地，并出口东南亚各国及俄罗斯等国，深受广大消费者的喜爱，而这个地方也是全中国甚至全世界常年紫外线照射的地方，会理县和会东县地处四川省凉山彝族自治州西南部、山川秀美、资源富集
c16cfe3fc0a7·2023-08-07 17:58

单细胞测序基础知识

差异表达分析与富集分析找出差异表达显著的基因，对结果进行可视化。火山图左侧表示下调的基因，右侧表
来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

【单细胞高级绘图】07.KEGG富集结果展示

如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway
TOP生物信息·2023-08-06 08:01

如果可以回到五年前，你会不会多发几篇这样的纯生信呢？

就单纯的GEO数据下载、差异分析、GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析就可以轻松发表SCI文章，根本不用担心发不出去，因为有大量的生信友好期刊等着接收你的文章。
SCI狂人团队·2023-08-05 09:34

GO分类条形图

R绘图脚本rm(list=ls())library(ggplot2)windowsFonts(myFont=windowsFont("TimesNewRoman"))setwd("D:\\data\\kegg_go_class
清水咸鱼·2023-08-05 02:29

怎么样创新可以让纯生信好发一些？可以参考这份答案

当别人还在做meta分析的时候（2015年），你作为第一批做纯生信的人，那个时候的纯生信绝对好发，随便下载GEO数据，简单做一下差异分析、GO分析、KEGG分析、PPI分析、生存分析就可以发表了，这就是创新的厉害之处
SCI狂人团队·2023-08-04 02:11

连载 | 4.1 富集数据资源

欢迎大家来到第四章，富集数据资源。我会为大家介绍什么叫做富集资源以及富集哪些资源。image概述首先，富集词典词槽。这是指需要收集到任务完成的关键词和关键要素。
李佳芮_chatbot·2023-08-03 23:20

医学生视角下的GSEA富集分析

原理理解关于GSEA富集分析，其实很早就接触过了，但一直没有深究下去。这里白介素同学抽空进行了测试。
医科研·2023-08-03 02:23

KEGG Pathway通路结果绘制气泡图

参考CSDN博客ntuYision：使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码getwd()setwd("D:/Desktop/")#查看和修改工作目录
小灰灰want_to_fly·2023-08-02 23:42

一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润（二）

学会本专栏课程，可以具备发一篇五分左右文章的水平：本专栏目录如下：Figure1：差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考)Figure2.生存分析，箱线图表达改变分析（图片仅供参考）Figure3.基因富集分析
楷然教你学生信·2023-08-02 22:43

单基因gsea_GSEA：基因集富集分析和ssGSEA:单样本基因集富集分析

传统富集分析(基于超几何分布或者Fisher精确检验)：关注一列差异基因是否是随机分布在某一感兴趣的基因集中(某通路的基因)得到通路富集的结果时：(1)、一条通路中既有上调基因又有下调基因，无法确定这条通路总体的表现形式
weixin_39907289·2023-08-02 14:25

RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你122篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析，
桓峰基因·2023-08-02 14:18

GSEA结果解读、原理介绍、操作方法的资料的整理

权威详细文档（英语能力好的这个最佳）：权威详细的pdf文档R语言环境下的一个例子：https://www.jianshu.com/p/be8fe1318850GSEA的一个内容汇总（很详细）：一文掌握GSEA富集分析
superqun·2023-07-31 15:04

Seurat包的打分函数AddModuleScore

在单细胞数据分析的过程中，Seurat包提供了一个为一个基因集打分的函数AddModuleScore（自定基因集），为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA，今天我们来看看Seurat这个函数的用法和意义
单细胞空间交响乐·2023-07-29 23:25

《未来简史》

作者在书中提到的假设我觉得是很有可能的，人工智能将把财富集中在少数的精英手中，很多人也许都会失去工作。看书的时候才知道那些具有创意的工作例如作曲，也被机器人掌握，我觉得这真的是很可怕的事情。
lucky哈哦·2023-07-29 05:24

跟着 NC 学画图: GSEA 富集结果可视化

尝试变得正常1引言一篇NC文章Neutrophil-inducedferroptosispromotestumornecrosisinglioblastomaprogression中的gsea图:文章:目前简单的想法就是拼图,不够也会遇到一些问题,下面展示一下结果:小伙伴们可以在推文末尾打赏我5个大洋,然后截图私戳我,我把文献,测试数据,代码分享给你。2测试数据上传一下测试数据,包含两个通路:# 
木舟笔记·2023-07-29 03:44

DAVID数据库简介及使用说明

可以用来做基因的差异分析，也可用于通路的富集。他可以将输入列表中的基因，关联到生物注释上。
翾格格·2023-07-27 12:45

靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！

靶向RNA-seq则是对特定的转录本进行重点分析，与标准RNA-seq类似，靶向富集方法可用于评估基因表达、RNA种类分析，以及基
chSNP·2023-07-26 16:33

GO和KEGG学习笔记1（含R代码）

材料：一个只有genename的表格需求：KEGG富集分析背景功能富集分析：按照功能分类，将功能相近的基因/蛋白分到一起，并关联其生物学表型。
聪明如你啊·2023-07-26 15:56

怎么肥事：P53你竟然不让我HDR精准修复！

CRISPR-Cas9技术和TP53的关系，最近聊的两篇文章内容可以简述为：（1）CRISPR-Cas9诱导DSB，DSB激活P53，导致细胞死亡；（2）CRISPR-Cas9无法使得P53mutant细胞死亡，从而富集
冻春卷·2023-07-26 03:28

一句代码同时运行多组富集分析

传统的富集分析的步骤是：计算出差异表达基因列表运行GO运行KEGG当然，也可以运行其他富集分析，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等，然后再可视化结果，这里所有的操作都不能一次性运行
欧阳松·2023-07-25 14:57

大医至简第二章学习心得

这个区间，富集淋巴和粘膜。多免疫细胞，且下通水道。也是可以排邪的。何为阴阳人体对病邪产生的反应亢盛，称之为阳证。反之，对病邪产生的反应虚衰，称之为阴证。其差别来源于人体精血能量的多少！
岱恕如其名·2023-07-25 11:09

11 KEGG通路绘制

一般来说KEGG数据库是一个很好的选择，但是KEGG数据库中的通路图是静态的图片，而有的时候我们会需要对于这些通路图做一些修改或是美化。下载KEGG数据首先我们需要将相关通路的数据下载下来。
油炸椒盐菠萝·2023-07-24 14:06

TCGA 数据分析实战 —— GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析

前言前面，我们介绍过了差异基因的功能富集分析，今天，我们对这部分的内容作一些补充主要介绍一下GEVA、ssGSEA和单基因的富集分析GSVA我们知道，GSEA富集分析方法是针对两组样本来进行评估的，也就是说对基因列表的排列方式是根据基因与表型的相关度
名本无名·2023-07-23 14:50

富集分析后的结果如何画chord弦状图

ChordDiagram弦状图-用来画富集分析的结果前面看的文献中，有一个很漂亮的圈图，https://mp.weixin.qq.com/s/NIqSTvJ916ZGk_dwsRlH5w，就是kegg和
小梦游仙境·2023-07-22 20:17

蛋白组学富集分析 uniport id蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析 代谢组学

使用蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析-知乎(zhihu.com)昨天，有个童鞋咨询如何使用蛋白ID进行功能富集分析，功能富集分析主要是KEGG和GO。
Young.Dr·2023-07-21 22:57

教你如何申请一张大额信用卡！

欣富集团今天在信用卡这个圈子里面，5万是一条潜在的分水岭，超过5万也可以称为大额卡，是区别于级别的一个象征。
韦爵爷大名叫小顺子·2023-07-21 07:34

文献：Identification of key gene modules and pathways of human breast cancer by co-expression analysis

通过GO和KEGG来对生物过程和通路进行富集分析。结果使用136个样本，4000个基因进行过表达网络的构建。鉴定了9个模块。相互作用分析证明模块之间的独立
康君爱上了蕊酱·2023-07-20 23:37

DAVID在线功能富集介绍

我们通过GEO或者其他数据库筛选出了一批显著差异基因，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，我们下一步需要进行GO功能注释和KEGG（pathway）通路富集分析。那么，啥叫GO功能注释呢？
victor卡西莫多·2023-07-20 01:15

注释气泡图函数（更新）

3)富集分析结果气泡图展示。这个函数还是受到很多小伙伴的喜爱的。但是在实际应用过程中发现了一些问题，所以这里我们对这个函数进行一下更新，解决一些问题，之前购买过此函数的小伙伴可微信联系
TS的美梦·2023-07-19 16:18

[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析

这里介绍一个可以在Python中进行基因富集分析的Python软件GSEAPY(GeneSetEnrichmentAnalysisinPython)GSEApyisapythonwrapperforGESAandEnrichr.It
何物昂·2023-07-16 19:11

云享富里好“耕田”

3月6日，云享富集团董事长何演婷透露，站在2018起跑线上，云享富人满怀信心，驱动品质物联商城、生态养生大数据、文化传播三驾马车，构筑品质生活健康生态圈；经营品质商品，实行全场商品都经过平台严格审查，上线优质生态可溯源商品
趋势动车组·2023-07-16 19:58

R语言ggplot2绘制热图展示GO富集分析结果的简单小例子

昨天有读者在公众号留言问下面这个热图如何画image.png这个图的实现办法有很多，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2实现上图的代码。首先是构造示例数据构造两份数据一份是最左侧的分组颜色条一份是右侧展示数值的热图构造数据用到的代码x%insert_left(p2,0.1)最终的结果如下image.png欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本
小明的数据分析笔记本·2023-07-16 00:31

circRNA对基因调控起到怎么样的作用？基因敲除细胞株来揭秘！

CircRNA最早是在上世纪70年代在病毒中被发现，但是由于早期RNA文库制备广泛使用polyA富集的方式（circRNA没有游离的5’和3’末端），以及RNA-seq读数要求以线性方式与基因组对齐的计算算法
源井生物b·2023-07-15 17:59

2019-10-13

2）口腔中微生物最富集的地方是牙龈缝隙，它们多是厌氧微生物，晚上睡觉，经过口腔的空气减少，它们就能够快速繁殖，然后会分泌出许多挥发性的化合物，这就是导致了我们的“清晨口臭”。3）为什么顺产比剖腹产好？
寻世良方Cc_Sandy拎0·2023-07-15 12:03

2020-02-27 clusterProfiler富集分析之疾病富集

clusterProfiler-book/index.html网红教授的一本书第四章Chapter4DiseaseanalysisDOSE(Yuetal.2015)支持DiseaseOntology(DO)富集分析
程凉皮儿·2023-07-15 10:21

msigdb数据库提供多个物种的基因集

image富集分析是一种大家常用分析方法；msigdb数据库中有定义好的基因集，但其中绝大多数数据都是人类的；老鼠和其它物种的基因集有的，但是比较少，无法满足大众的需求。
Seurat_·2023-07-15 08:53

待更新的问题

富集相关compareClusterclusterProfiler包中富集条目可以挑选重复的问题富集条目不一致的问题文字溢出问题网格图绘图错误的问题网格图使用genesymb绘制的问题自动换行的问题一些
Aech·2023-07-15 02:19

一文读懂基因富集分析：从小白到SCI

对于小编来讲，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，基因组可以算突变率、转录组可以算基因表达水平、表观组可以观察甲基化水平、蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度。最终，在分子水平的出口都是在生物学中心法则的核酸水平，确切的说是在基因水平，但是基因的种类有很多，包括蛋白编码基因（mRNA）、非编码基因（miRNA、lncRNA、snRNA等），理解这些基因所代表的
概普生信·2023-07-13 17:15

R语言脚本：关于 TissueEnrich包 得到的组织特异性基因富集结果的进一步处理

1.说明(来自官方文档)：TheTissueEnrichpackageisusedtocalculateenrichmentoftissue-specificgenesinasetofinputgenes.Tissue-specificgenesweredefinedbyprocessingRNA-SeqdatafromtheHumanProteinAtlas(HPA)(Uhlénetal.201
@ZyuanZhang·2023-06-24 08:07

KEGG pathway 注释整理

#KEGGpathway注释整理##获得KEGG注释通过[eggnog-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2
·2023-06-24 04:22

渐进式学习：如何用R和GO富集可视化捕捉生命的关键信号？

在这个领域，GO（GeneOntology）富集分析已成为一种常见的技术，用于识别在给定的基因集合中与特定生物过程和机制有关的基因集合，是研究生物信息学、基因组学和转录组学的重要方法之一[1,2]。
笑不语·2023-06-23 23:14

kegg 上ko号对应的通路数据

kegg上ko通路数据的获取最近一直在弄kegg的一些东西，就把心得写下来吧。
最怕被温柔以待·2023-06-23 07:11

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma差异分析、火山图、功能富集
生信宝典·2023-06-21 12:39

奶嘴娱乐

这个词的历史背景是全球化会加剧贫富差距，80%财富集中在全球20%的人手上，那么如何化解剩下80%的人和这些精英的冲突矛盾呢？当时的美国高级智囊--布热津斯基提
茄子炒蛋·2023-06-21 12:17

祝永富集团兴旺发达！

镶满钻石的永富集团迎宾墙奢侈豪华的施华洛世奇的水晶灯图片发自App俯瞰东莞长安，远眺宝安机场！
王成皓庭新风·2023-06-21 03:37
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